Enzymologia – materiały

wykładowe

CENTRUM (MIEJSCE) AKTYWNE ENZYMU

Miejsce katalityczne

Miejsce

wiązania

substratu

MIEJSCE AKTYWNE

KARBOKSYPEPTYDAZY A

Karboksypeptydaza A

• Enzym proteolityczny.

• Hydrolizuje substraty
białkowe od C-końca.

• C-końcowy
aminokwas substratu
powinien zawierać
pierścień aromatyczny
lub rozbudowany
alifatyczny łańcuch
boczny.

Modele wiązania substratu

Model Ogstona

Model Ogstona – trójpunktowego wiązania substratu

Istota aktywacji

• Wzbudzone dopasowanie

• Destabilizacja substratu

• Efekty entropowe

Diagram Clelanda

• Reakcja jednosubstratowa

E + S ES EP E + P

S P

E (ES; EP) E

Mechanizm sekwencyjny losowy

Diagram Celanda

S

1

S

2

P

E

S

2

S

1

ES

1

S

2

E

(EP)

(S

2

ES

1

)

E

Kinaza kreatynowa

(CK, CPK)

EC 2.7.3.2 - fosfotransferaza ATP-kreatyna

Mechanizm sekwencyjny

uporządkowany. Diagram Clelanda

S

1

S

2

P

E

ES

1

(

S

2

ES

1

)

E

( EP)

Dehydrogenaza mleczanowa (LDH)
EC 1.1.1.27 oksydoreduktaza L-mleczan :NAD

Mechanizm podwójnego
przeniesienia. Diagram Clelanda.

E

E

S

1

- x

P

1

S

2

P

2

- x

ES

1

– x

x - EP

2

x - ES

2

EP

2

- x

x - E

Aminotransferaza asparaginianowa (AspAT,AST)

EC 2.6.1.1

aminotransferaza L-asparaginian:2-oksoglutaran

Sposoby badania mechanizmów

reakcji dwusubstratowych

• Szybkość reakcji jest mierzona jako funkcja stężenia substratu.
• Mechanizmy sekwencyjne: Mechanizm ping-pong BiBi

Wzrastające
stężenie
substratu B

1/v

0

-1/K

s

A

1/[A]

Wzrastające
stężenie
substratu B

1/v

0

1/[A]

Rozpoznawanie mechanizmu reakcji
dwusubstratowej przez hamowanie produktami

Dehydrogenaza mleczanowa

•

P

2

- drugi produkt (NAD

+

) współzawodniczy z wiodącym substratem S

1

(NADH) o

centrum aktywne enzymu i dlatego jest inhibitorem kompetycyjnym przy stałym
[pirogronianu].

• Pirogronian wiąże się tylko z ENADH, czyli NAD+ jest mieszanym inhibitorem dla
pirogronianu przy stałym stężeniu NADH.

• Mleczan, który łączy się z E-NAD

+

jest mieszanym inhibitorem dla NADH przy

stałym stężeniu pirogronianu oraz wobec pirogronianu przy stałym stężeniu NADH.

(S

1

)

(S

2

)

(P

1

)

(P

2

)