Internet jako źródło

informacji na temat

budowy

biomakromolekuł

Prezentowane bazy



Proteopedia



Protein Data Bank



ExPASy



SCOP



Uniport



The Human Protein Atlas



ProtinDB

www.proteopedia.org
„Trójwymiarowa encyklopedia białek”



Twórcy: Jaime Prilusky, Eran Hodis i Joel L.
Sussman z Instytutu Naukowego
Weizmanna w Izraelu.



Zawierająca między innymi opisy ponad 50
000 białek z uznanej bazy Protein Data
Bank.

Zalety proteopedia.org



Interaktywne obrazy pozwalające zrozumieć budowę

poszczególnych białek.



Intuicyjne menu pomocne przy zmianach widoku

cząsteczki



Nie wymaga instalowania dodatkowego

oprogramowania (dla przeglądarek z zainstalowaną

wtyczką Javy).

PDB- Protein Data Bank

•

Zawiera struktury 3D dużych molekuł takich jak białka i kwasy
nukleinowe.

•

Dane odnośnie danej molekuły zawierają rentgenografię strukturalną,
pomiary spektroskopowe NMR, a także informacje na temat struktury
drugorzędowej, sekwencji aminokwasów i położeń atomów w danej
molekule.

•

Dane są zdeponowane przez badaczy z całego świata i dostępne
nieodpłatnie

•

Adres strony głównej : www.wwpdb.org – Worldwide Protein Data Bank

•

Występuje dodatkowy podział ze względu na rejon świata:

www.pdbe.org – Protein Data Bank in Europe
www.pdbj.org - Protein Data Bank Japan

Źródło:

http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank

PDB- Protein Data Bank

Rok

Struktu

ry

dodane

Łączna

ilość

struktur

Rok

Struktu

ry

dodane

Łączna

ilość

struktur

2013

9622 96,585 1994

1289

2,871

2012

8930 86,964 1993

696

1,582

2011

8072 78,111 1991

187

694

2010

7897 70,039 1990

142

507

2009

7380 62,142 1989

74

365

2008

6956 54,762 1988

53

291

2007

7198 47,806 1987

25

238

2006

6473 40,608 1986

18

213

2005

5359 34,135 1985

20

195

2004

5180 28,776 1984

22

175

2003

4167 23,596 1983

36

153

2002

3001 19,429 1982

32

117

2001

2831 16,428 1981

16

85

2000

2627 13,597 1980

16

69

1999

2360

10,97

1979

11

53

1998

2057

8,61

1978

6

42

1997

1565

6,553

1977

23

36

1996

1172

4,988

1976

13

13

1995

945

3,816

• W roku 2014

liczba
zdeponowany
ch struktur w
bazie
przekroczyła

100 000!

• PBD jest

aktualizowana
co tydzień

Źródło:

http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank

PDB- Protein Data Bank

Poglądowy zrzut z ekranu strony głównej PDB.

[2]

[2]

http://www.wwpdb.org/

ExPASy-
Expert Protein Analysis System.

Serwer proteomiczny stworzony przez
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
jest przeznaczony do analiz sekwencji i
struktur białkowych.

Zawiera bazy danych z takich dziedzin
jak: proteomika, genomika,
filogeneza… np.
SWISS-PROT+ TrEMBL- sekwencje
aminokwasów w białkach, struktura
domen, funkcje
SWISS-2DPAGE- wyniki analiz protein
metodą dwuwymiarowej elektroforezy
w żelu poliakrylamidowym

SCOP

Structural classification of proteins

Definicja bazy SCOP

Jest to klasyfikacja białek strukturalnych. W
klasyfikacji tej określa się relację pomiędzy
ewolucją poszczególnych białek. Białka mające
tą samą strukturę i pewne podobieństwa w
sekwencji i/lub funkcji są klasyfikowane w
odpowiednie „rodziny” i zakłada się, że
pochodzą od wspólnego „przodka”.

Źródłem przestrzennych struktur białkowych
jest Protein Data Bank . Najmniejszą strukturą,
która klasyfikuje białka w bazie SCOP jest
domena

Klasyfikacja domen

Domeny zostały sklasyfikowane w zależności
od struktury, sekwencji, funkcjonalnych i
strukturalnych zależności pomiędzy nimi.
Poziomy w bazie SCOP zostały sklasyfikowane
następująco:



Class (klasy),



Folds (zwoje),



Super Family (nadrodzina),



Family (rodzina),



Protein(białko)



Species (gatunki),

Klasyfikacja klas bazy
SCOP

Hierarchiczny podział na klasy:



All alpha proteins - białka składające się z α-helisy,



All beta proteins - białka składające się z ß-arkuszy,



Alpha and beta proteins - białka zawierające struktury alfa i

beta występujące razem.



Alpha plus beta proteins - białka, w których struktury alfa i

beta występują oddzielnie,



Multi-domain proteins - złożone z dwóch lub większej liczby

domen należących do różnych klas,



membrane and cell surface proteins and peptides - Białka

błonowe, oraz białka znajdujące się na powierzchni komórki,



Small proteins – małe białka

Istnieje jeszcze kilka podziałów na klasy jednak są one
zdefiniowane jako modele teoretyczne.

Ciekawe portale
edukacyjne

Ciekawe portale
edukacyjne

Ciekawe portale
edukacyjne

Dziękujemy za
uwagę