BeOS rozpoznaje jedno-, dwu- i trzy-przyciskową myszkę. Standardowo, lwy przycisk jest pierwszym przyciskiem, prawy drugim, a środkowy trzecim.
Jedno-przyciskowa mysz może symulować dwu- lub trzy-przyciskową myszkę. Na klawiaturze PC (wliczając w to klawiaturę Windows) kombinacje są następujące (opierają się one na 104 klawiszowej klawiaturze):
Control+Alt + kliknięcie symuluje drugi przycisk myszki.
Control+Win + kliknięcie symuluje trzeci przycisk myszki.
Aby zmienić ustawienie klawiszy, długość czasu pomiędzy następującymi po sobie kliknięciami, czy też prędkość poruszania się myszki użyj aplikacji Mouse.