Istotą izomerii funkcyjnej jest takie połączenie atomów w cząsteczkach izomerów, że cząsteczki izomerów o tym samym wzorze sumarycznym posiadają inne grupy funkcyjne, co powoduje zaliczenie tych związków do różnych klas związków organicznych. I tak, izomerami funkcyjnymi są: aldehydy i ketony o tej samej liczbie atomów węgla:
propanal
propanon kwasy karboksylowe i estry o tej samej liczbie atomów węgla:
kwas propanowy
octan metylu
mrówczan etylu alkohole i etery o tej samej liczbie atomów węgla:
butan-1-ol
eter dietylowy
Zobacz też: Izomeria łańcuchowa Izomeria położeniowa Izomeria geometryczna Izomeria optyczna