ktore to pytania z tego roku ; >>>>>>>
Czy ma ktoś może listy : 1,2,3 przetłumaczone i chciałby je wrzucic na
maila? ? ?
http://theuglydance.com/?v=hbxozbvstq <- :P ale z niego tancerz no no :P
OD RAZU MI LEPIEJ ;) o ja jebie....:D LAJK IT! łoooo... jeny :D mega! Od dzisiaj inaczej
będę traktował poranny wykład xD hahaha jakie to głupie, chyba 10 min to oglądałem xD
wyslijcie takie Dżejkobowi z nim w roli głównej jak będzie węszył xD
Proponuję zaznaczać odpowiedzi dobre, których jesteśmy pewni na 100%
na zielono, a niepewności na jakiś inny kolor. Nowe pytania dodawajmy na
koniec
1. Podana sekwencja RNA, podać sekwencje nici matrycowej i kodującej
fragment przykładu wprost z podręcznika:
5 -GCGGCGAUU-3 mRNA
3 -CGCCGCTAA-5 matrycowa
5 -GCGGCGATT-3 kodująca
2. Deaminacja cytozyny do uracylu:
a. we wszystkich niciach potomnych będzie mutacja (a tu jak??) NIE
b. zamiana C-G na A-T (niet, ponieważ C-G zamienia się na A-U) a w tym dodatku do dzialu 3
jest napisane ze C--> U powoduje tranzycje GC<---->AT wiec wlasciwie dlaczego nie? bo tak
bedzie w niciach potomnych.
Znalazłam w  genomach taką adnotacje:
 Sekwencja 5 -CG-3 jest rzadka w DNA kręgowców z powodu metylacji C, po której nastęuje
deaminacja zamieniająca C w T. Niemetylowana cytozyna też ulega deaminacji, ale system
naprawy DNA kręgowców wykrywa uracyl i przywraca cytozynę. Tymina natomiast nie jest
wydajnie rozpoznawana przez system naprawy, więc pozostaje w genomie Tadaaamm
mamy odp - to jest zamiana CG na TG, czyli odp jest błędna mi się wydaje, że to pytanie
nie jest aż tak podchwytliwe. Przecież nie jest napisane deaminacja metylowanej cytozyny
przekombinowaliście chyba troche... TA BEDZie W NICIACH POTOMNYCH!!!!!!!!
Deaminacja zmienia oryginalną parę G-C w parę G-U. Po jednej rundzie replikacji jedna
dwuniciowa potomna cząsteczka DNA będzie zawierała parę G-C, a druga - parę A-U. Po
dwóch rundach replikacji będą dwie pary G-C, jedna para A-U i jedna para A-T. (wg ADL)
zgadza sie czyli odp tutaj jest tak czy nie?
c. powoduje, że mamy lepszy mechanizm ochronny, bo w RNA mamy uracyl zamiaast tyminy(
na pewno nie)
1
d. glikozydaza uracylowa naprawia mutację
3. odwrtona tranksryptaza:
a. powstanie hybryd RNA-DNA
b. polimeraza DNA zależna od DNA (przecież jest zależna od RNA -> odp e.. ..)tak, ale ma
3 aktywności, wałkowane to już na fejsie było. z ssDNA robi dsDNA więc ma taką aktywność
naprawdę to jest ok?? ;/ok, znalazlam to w Stryerze i faktycznie....
c. dwuniciowy RNA wbuduje się do genomu ( nie bo jednoniciowy) nie,bo dwuniciowy DNA
wbudowuje się go genomu gospodarza!
d. org. eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa i zmieniać metablizm(retrowrisuy
pwooduja zmiane ekspresji u eukariota)
e. użyta polimeraza DNA zależna od RNA
4. co do szczęścia potrzebuje polimeraza DNA?
a. starter z 3 OH
b. matryca jedno lub dwuniciowa (dwuniciowa matryca?? tak pytaliśmy orłowskiego oto,
może być dwuniciowa Stryer podaje, że dwu- jest optymalna ) NA PEWNO jedno lub dwu
c. jon magnezu (dwa jony)
d. aktywność nukleazy 3 =>5 (niezbedne do naprawy to ok)
e. wszystkie 4 dNTP
5. kod genetyczny:
a. jego uniwersalność nie jest absolutna
b. 3 nukleotydy kodują 1 kodon, np: MET - CAU i CAC, te, co kodują ten sam to synonimy (met
ma jeden kodon? tak, tryptofan też jakby co)Met jest kdoowana przez AUG wiec to odpowiedz
bledna:)
c. u różnych organizmów różne kodony kodują różne aminokwasy, co jest degeneracją kodu
d. ma 64 kodony dla 20 aminokwasów( 61 kodonów dla 20 aminokwasów i 3 kodony stop??
- też tak myślę )czyli w sumie odp. d) niepoprawna? to dobre to jest czy nie? ?:P CZYLI d) TO
NIEPRAWDA
6. tranksrypcja u EUkaryota: to zadanie chyba nas nie dotyczy do 1. koła >Dokladnie nie! to zadanie nas obowiazuje bo jest w 4 rozdziale Stereya!!!
a. kaseta TATA jest u eukariotów i znajduje się bliżej miejsca startu niż homologiczna kaseta u
prokaryota (nie bo kaseta Pribnowa znajduje sie na -10, a TATA na -25) (kto to tak zabazgrał, to
dobra odpowiedz ?)nie to jest zła odp dziękuje
b. kasety GC i CAAT leża tylko na nici antysensownej (materiał z listy 4 - synteza i splicing
RNA)nie prawda bo mogą również działać na nici sensownej
c. związanie TBP do kasety TATA inicjuje transkrypcję (materiał z listy 4)(muszą być jeszcze
inne czynniki transkrypcyjne)
d. jest wspomagana przez sekwencje wzmacniające
Czy enzymy restrykcyjne biora udzial w naprawie????
2
1. Do czego służą enzymy restrykcyjne (naprawa?????, degradacja własnego
dna, obcego dna, rekombinacji fragmentów homologicznych, wymysł inżynierii
genetycznej???)
2. Metoda PCR (--> pyt.36)
3. Co potrzebujemy w dideoksy:
4 dNTP, matryce, znakowany starter, dideoksyanalog, polimeraza DNA I (Matryca może
być zarówno dwuniciowa, jak i jednoniciowa, zarówno kolista, jak i liniowa) wszystko
pięknie ładnie, ale starter nie jest znakowany. znakowane promieniotwórczo są 4 ddNTP
(. W starym Stryerze jets napsiane ze moga byc tez znakowane startery:) ADL mówiła, że
mogą być znakowane startery, dNTP lub ddanalogi
4. Student wykonuje doświadczenie z insercja inaktywacyjna
w sensie to?  34. Wprowadzenie genu w srodek wektora, który zawieraz odporność na
antybiotyk 
5. Jaka sekwencje miała matryca, jeżeli fragment który sekwencjonowano metoda
dideoksy i został uwidoczniony w żelu(rysunek)
6. Jedno z liczeniem ile procent jest w nici nukleotydów znakowanych Jak to się liczy?
7. Metody southern, nortern,westren służą do
suthern - DNA
northern - RNA
western - białka
8. Pytania o helisy typu A, B, Z (rowki w B, zygzak w Z, czy prawoskrętne,
antyrownolegle...
A - prawoskrętna, struktura podobna do podwójnej helisy RNA, nici o przeciwnych
zwrotach
B - rowek szeroki i głęboki, prawoskrętna, 10,4 zasad na skręt, przeciwne zwroty
Z - zygzakowate fosforany, faworyzuje ujemne superhelisy( na pewno?), przeciwne
zwroty (Formation of this structure is generally unfavourable, although certain conditions can promote
it; such as alternating purine-pyrimidine sequence, negative DNA supercoiling or high salt and some
cations) znalazłam coś takiego, czyli że ujemne superhelisy sprzyjają tworzeniu się Z-DNA
9. W przeszukiwaniu biblioteki genomowej- dlaczego met i trp (odpowiada im tylko 1
kodon)
10. Pytanie o ligazy, co łączy i o energię (nie łączy w kolisty, czy uwalnia się zawsze
PPi)(nie zawsze PPi, bo gdy używamy NAD+ to uwalnia się NMN) (łączy w kolisty, ale
tylko dwuniciowy DNA, jednoniciowego nie łączy w koło)
11. Odwrotna transkryptaza (tworzy hybrydę RNA-Dna(-) dalej dosyntezowuje druga nić
DNA(+), ktora jest matryca dla RNA wirusow potomnych)
12. Tworzenie telomerow
3
13. o liczbach oplecen i topoizomerazach (Lk=Tw + Wr)
14. Pytanie o zasady (Pu czy Pi, która jest uraclem, cytozyna, czy wyst w Rna)
15. pytanie o kod genetyczny (nienakladajacy sie, bezprzeczinkowy)
16. co jest przyłączane do wektora aby go sklonowac (linkery Dna)
17. Mutacje (czy metylacja cytozyny prowadzić będzie do mutacji) W
rozdziale  Kontrola ekspresji genów doczytałam, że  grupa metylowa 5-metylocytozyny
wystaje z dużego rowka DNA i może zakłocać wiązanie białek stymulujących
transkrypcję
18. Aż 1 z rodz 7  o paralogu, ortologu, a jest homologiczny do b, b... do c, czy a do
b; czy mutacje zachodzące w jednostce uległej duplikacji mogą prowadzić do
nowego białka???? tak, każda mutacja może prowadzić do nowego białka
19. Różnice miedzy polimeraza Dna, a Rna (włącza dTTP zamiast UTP,polimeraza DNA
wymaga startera a polimeraza RNA nie, a tu nie trzeba jeszcze wspomnieć o tym, że
polimeraza DNA może mieć aktywność nukleazową, tak trzeba?)
20. Pytania o polimeraze Dna1 i holoenzym 3 (np czy podjednostka alfa u eukaryota nie
koryguje-aktywnosść korygującą ma podjednostka epsilon)
21. Naprawa
22. Komplementarny mRna do podanego Dna
23. Które to Dna dwuniciowy lub Rna dwuniciowy lub hybryda DNA-RNA
0. Które z poniższych dotyczące reakcji łańcuchowej polimeryzacji jes niepoprawne?
a) Cykl PCR obejmuje 3 etapy: denaturacja w temp. 95 C& & & & & temp.zaleznej od
dł.startera T denaturacji nie zalezy od startera! tylko temp hybrydyzacji zależy od dł
startera
b) Mieszanina reakcyjna zawiera parę starterow, trifosforany czterech no przcież to jest
prawda!!!!!! (PCR wymaga zawsze dwoch starterow, natomiast Sanger jednego,
Orłu mówił na zajęciach, mam to zapisane)
c) W reakcji PCR DNA powielany jest w postepie geometrycznym- PRAWDA!!!- j to
przeciez geometryczny nie myl ludzi artmetyczny to dodawanie.. ( Stryer mowi, ze nasze
DNA docelowe jestpowielane w postęnie geomertrycznym (wykladniczym), a matryca w
postępie arytmetycznym. Koniec dyskusji!!)
d) służy do wykrywania rearanżacji chromosomalnych powodując białaczkę TO JEST
PRAWDA
e) reakcja PCR może być wykorzystywana do wykrywania niewielkich ilości białek i
cukrów (to chyba jest nieprawda, bo PCR wykrywa tylko materia
ł genetyczny?)
f) produkty PCR mogą być analizowane za pomocą metody Western blooting
(nie, bo western służy do analizy bialek),
1.Mamy jednoniciowe z 200 nukleotydami o składzie [%], bufor z Mg, polimerazę DNA,
4
[ł-32P]dATP i pozostałe dNTP. Dysponujemy komplementarnym starterem do 20 reszty
matrycy od konca 3. Jaka ilość w nowo zsyntetyzowdlaczegodlaczego tylko Tanej nici
DNA będzie mieć znakowany fosfor ?
Odp. 20/200= 1% ( bo 20/200 *100 daje 1% przeciez jak juz to daje 10%)
WYTA
UMACZY MI TO KTOŚ?
A może ktoś kto to rozumie na 100% wykasuje powyższe odpowiedzi i wpisze poprawną?
mi sie wydaje ze jest blad bo przeciez polimeraza musi miec znakowany fosfor
alfa. czyli odp =0 popieram - moim zdaniem to jest podpucha, bo potrzebny alfa-
32P, a nawet gdyby był alfa to trzeba byłoby wziąć pod uwagę tylko T, bo mamy
zaznakowane tylko A i dodatkowo trzeba by było znać skład startera, bo nie
wiemy ile z tych A byłoby w starterze (który przecież znakowany nie jest)
2. Jak aktywność posiadaja odwrotna transkryptaza retrowirusy ?
Odp. Polimeraza DNA zależna od RNA i polimeraza DNA zależna od DNA <-NA PEWNO??
TAK . Hybryd DNA-RNA (to chyba też- na pewno), hydroliza RNA aktywności RNA-zowej- ale
przeciez hydrolize RNA przeprowadza rybonukleaza H ???? ma tę aktywność i koniec dyskusji
3.Bakteria hodowano ze z
ródłem azotu 15N nastepnie przeniesiono do środowiska z
14N , a po jednym pokoleniu znowu do 15N. Jakiego DNA można się spodziewac?
Odp. I 100%ciezkie, II 100% srednie, III 50% srednie, a 50% ciezkie - a dlaczego tak, bo jak by
tego nie liczyła to mi wychodzi 25/75 procent:/ tutaj sie liczy podwojne nici a nie pojedyncze...
4. Gdzie znajduje się urydyno-5-fosforan ?
Odp. Jest w RNA. wiki mówi: Urydynomonofosforan - jeden z nukleotydów pirymidynowych
o wzorze: C9H13N2O9P wchodzących w skład budowy łańcucha kwasu rybonukleinowego
(RNA). Jest pochodną uracylu. NIE MA W RNA ANI DNA!!! W RNA jest urydyno5 -fosforan -
prim!!! czyli fosfor na 5 at wegla w cukrze. 5 bez primu oznaczalo by ze fosfor jest w czasteczce
uracylu !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Brown mówi:
 cztery nuklreotydy biorące udział w syntezie RNA:
adenozyno-5-trifosforan
cytydyno-5-trifosforan
guanozyno-5-trifosforan `
urydyno-5-trifosforan W SYNTEZIE - OWSZEM, ALE W BUDOWANY JEST W ŚRODKU
JUZŻ PRZECIEZ MONO . true
5. Przepływ informacji (zaczynamy od DNA)
Odp. a)Białka & powoduja translacje mRNA
b) tRNA powstaje w wyniku transkrypcji DNA (bo jest kodowany w DNA-bezposresnio z pre-
mRNA
c)mRNA organizmow Eukariotycznych nie zawiera intronow, a pre-mRNA ma je.
6. Dany jest cDNA i trinukleotyd ATG kodujący  start
AGCCACATAGCGA matryca
TCggTCgtagCT kodujaca
Która nicgTA jest matrycowa, a która kodujaca ?
Która tworzy przejsciowa hybryde RNA-DNA ? odp. matrycowa-gorna
Jaka sekwencje na powstający transkrypt ? odp. UCgCUAUgUggCU
7. Polimerazy DNA I i DNA III
5
Usuwaja starter i wypeniala puste miejca  NIE Poli DNA I
Wymagaja startera  TAK Poli DNA I i Poli DNA III
Aktywność nukleazowa 5  3 NIE Poli DNA I (chyba), bankowo, to jest usuwanie starterów
RNA na nici opóz
nionej czy aby napewno? polimeraza DNA I ma aktywność 5 -3 do
usuwania startera, a polimeraza DNA III ma też aktywność 5 -3 . A czasami polimeraza
DNA III nie ma aktywności 3 -5 ?? Orłowski mówił nam ostatnio, że polimeraz DNA
III ma 3 aktywności: 3 -5 , 5 -3 i syntezy DNA 5 -3 . wg Stryera: Podjednostka alfa
tej polimerazy III DNA maaktywność polimerazową, czyli syntezy DNA 5 -3 , tu się
zgadzam, ale nic nie ma na temat aktywności nukleazowej 5 -3 , tylko 3 -5 za co
odpowiada podjednostka epsilon. Wiem, i się z Tobą zgadzam, że Stryer tego nie
potwierdza(agnostyk jebany...). Napisałem tylko to, co Orłowski powiedział. eh to koło
będzie ciekawe ;) bu!
dobra, zacząłem to rozkminiać. W pliku zamieszczonym na eportalu  aktywności
enzymów itd są pokazane te 3 aktywności. Więc myślę, że to będzie ku temu
wytłumaczeniem. Nawet na wykladzie u ozyhacha było podane ze polimeraza 3 nie ma
aktywnosci 5 -3 dla niedowiarkow moge wyslac zdjecie z wykladu gdzie ozi zestawil
wszystkie polimerazy i ich aktywnosci w tabelce ;]
ale u mnie greb markiewczi tez mowila ze nie ma wiec orlowskiemu cos sie musialo
pomieszac. ciocia wikipedia też nie wspomina nic ot ej aktywnośći. ok. przyjmuję takie
wytłumaczenie. :) w takim razie sprawa rozwiązana. polimeraz DNA III nie ma
aktywności nukleazowej 5 -3 .
Obie sa w nukleoplazmie  NIE Poli DNA III jest, ale czmu nie Poli DNA I? PONIEWAZŻ TO S

PROKARIOTY A ONE NIE MAKJ
J
DRA I TYM SAMYM NUKLEOPLAZMY :)
Uczestnicza w transkrypcji DNA- Nie , robi to polimeraza RNA
8. Organizmy z Marsa. Posiadaja tylko 14 aminokwasow kodowanych podobnie jak
ziemskie kodon XXXX, gdzie X = A,T. TTTT = stop, TTTA= nie znany kodon
Szukamy nieznanego kodonu.
Odp. Jeśli to kodon stop, to jest to kod uniwersalny NIE
Kod ten może być zdegenerowany jeśli nieznany kodon koduje aminokwas z tabelki
Antykodon komplementarny do  stop to : TAAA (dlaczego tak? - ATTT jest komplementarny
do TTTA 3 ->5 , a sekwencje podajesz zawsze 5 -> 3 ) ale kodon stop to przecież TTTT
więc skąd TAAA?
Gdy nie znamy kodonu to możemy powiedziec czy jest zdegenerowany czy nie NIE
9. Geny u Eukariota
Większość genow jest nieciagla, bo zawiera introny TAK
10. Czy uda nam się przeprowadzic PCR gdy denaturacja w zbyt niskiej temperaturze,
hybrydyzacja w zbyt wysokiej?
Odp. NIE
11. Mamy dinukleotyd d(AGCATA) jak go możemy znakowac?
Odp. Trzeba mieć : odpowiedni bufor, kinaze polimerazowa (chodzi zapewne o kinaz
6
ę polinukleotydową :>), [ł-32P]dATP
12. Metoda badan Sangera.
Odp. Odcztac od dolu do gory, czyli 5-3. Napisac nic komplementarna=matrycowa i zapisac ja
od 5-3.
13. Biochemiczna Kasia chciala zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC,
GCA, GCG. Fragment DNA to :
5- CGG CCG GAA TGC GTC GTC CCG -3 kodujaca
3- GCC GGC CTT ACG CAG CAG GGC -5 matrycm,owa
Odp. wybrac starter hybrydyzujący z matryca zamieniając kodon Cys na Ala
JAKI BEDZIE TEN STARTER?
5-CGG CCG GAA CGC GTC GTC CCG-3
Wytłumaczy ktoś dlaczego będzie CGC w satrterze a nie GCG????
ale że jak??? potrzebujemy startera, czyli oligonukleotydu, który będzie miał zmienioną
tylko jedną zasadę na tą, która dam nam potem nasz aminokwas. dlatego zamieniamy T
na C. mutageneza ukierunkowana.
zle !!!!!!!!!! bo przeciez CGC nie koduje Ala!!! musi byc zmiana TGC na GCG !!!!!!
właśnie!!! ok. w takim razie mój błąd. wobec tego starter jest z
le napisany?
5 CGG CCG GAA GCC GTC CCG -3 moim zdaniem starter bedzie zawieral GCC! -
poniewaz startet ma byc KOMPLEMATARNY DO MATRYCY
ale na starterze nie musi byc kodon Ala wazne zeby potem po przekształceniach wyszlo
na nici kodujacej Ala NA STARTERZE MUSI BYC czy ktos to ogarnia na tyle zeby napisac
jak powinno byc? i dlaczego?
5 CGG CCG GAA GCC GTC CCG-3 bo starter jest komplementarny do matrycy zawiera
kodon ALA no wiec musi byc przynajmniej jedna zasada z tego kodonu komplementarna
do matrycy GCT zadne nie jest, GCC tu jest to jedno C chociaz, GCA zadne nie jest,
GCGzadne nie jest.
kod mat starter
TGC - ACG - GCC
14. Co potrzebujemy do PCR:
Odp. dNTP, startery, polimeraza DNA odporna na temperature, Mg 2+, matryca (jony nam też
są chyba potrzebne, skoro używamy polimerazy, która de facto tych jonów potrzebuje, więc
siłą rzeczy do PCRu też nam jony będą potrzebne, chyba, że z
le myślę )( moim zdaniem ani
matrycy nie potrzebuje ani jonów) no niby tak, ale potrzebujemy czegoś, co będziemy powielać,
co nie? NA BANK MATRYCA - z nieba ma sobie wziac powielana sekwencje? jony tez sa
wymagane przy kazdej polimerazie<---TRUE!!!
15. Ligaza ze zwierzat
Zrodło energii : ATP u zwierząt i bakteriofagów ( ciocia wikipedia mówi przy haśle  ligaza DNA
mówi, że ATP jest z
ródłem u bakteriofagów) (ATP u zwierzaąt i archeonów, a u bakterii NAD+)
Czy bierze udzieal w naprawie DNA: TAK
Czy bierze udzial w syntezie DNA: TAK
Laczenie jednoniciowego DNA w kolo: NIE, bo dwuniciowe w koło łączy- składnia typowa
dla Langera :) taa. brakuje tylko tego amerykańskiego akcentu. :)) hi hi hi :) on ma akcent
kanadyjski :P
7
Wiazanie fosfodiestrowe 5P 3OH : TAK
Zuzywa 2 wiazanie wysokoenergetyczne : TAK
16. mamy hybryd 19 � , prawoskretna, waski i gleboki duzży rowek to:
Odp. POWINNO BYĆ dsRNA, niektóre hybrydowe RNA-DNA i A-DNA!
17. Podjednostka �(podjednostka czego ?) no chyba polimerazy :> - na drugie koło?
PODJEDNOSTKA POLIMERAZY RNA, więc 2 koło ;)a nie tez podj. polimerazy dna eukariota,
ktora zastepuje alfę?też mi się wydaje że ona jest procesywna i zastępuje alfę.
Zdolność inercji transkrypcji w miejscach paromotorowych: TAK
Znajduje się w polimerazie do paromotorowych rejonow RNA: TAK
Oddysocjowuje od enzymu: TAK
Ulatwia terminacja: NIE
20. Czy cDNA powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA?
Odp. TAK
21. W mRNA introny sa?
Odp. wycięte
22. Replikaza RNA to
Odp. polimeraza RNA RNA zalezna
23. Czy prymaza syntezuje krotki fragment DNA? NIE(syntezuje ona starter RNA)
Czy DnaA przylączaja do  + superhelikalnego skretu: NIE
24. Naprawa dimeru dinukleotydowego (pirymidynowych?)
UvrABC - usuwa dimer i fotoliaza DNA - rozcina dimer
26. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu WC (zad. 3 lista 1)
a) + dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi
b)  tworzy pary A-C i G-T
c) -helisa ma pelny obrot o 34 st. (o 360 st)
d) + puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet
fosfodiestrowy na zewnatrz
e) + sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest rowne,
tak jak ilość G i C
f)  można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici
27. a) podwojna nic DNA: sztywny pret, (ORA
OWSKIE MÓWILA
, ZE TO NIE JEST
STRUKTOURA SZTYWNA, PRAWDA? - WIEC WG MNIE TO JEST ZLE) - lista 1. zad.4 -
poprawna odpowiedz
z ksiązki: A-1 - podwójna nić DNA - jest sztywnym prętem (rigid rod) :>
WIDZIAA
EŚ/AŚ KIEDYŚ SZTYWNY PR
T??? :) A;E ORLOWSKI SIE Z TEGO SMIAL, ZE
DNA NIE MOZE BYC SZTYWNE = PRZECIEZ SIE SKRECA, ZAWIJA ITP
CHOCIAZBY NAWIJA SIE NA HISTONY tu chyba chodzi o to że jest ogolnie stabilne
jak sztywny pręt a zarazem elastyczne jak taki pręt- to chyba pręt z jakiegoś giętkiego
metalu :P
8
hmmmm to jak w koncu? moim zdaniem jest tym sztywnym prętem( chodzi oto że się
poprostu nie rozpadnie)
eee... chodzi tez o model wyobrazenia. ADL mówiła że to jest sztywny pręt ale nie dosłownie
tylko że się nie rozpada i struktura jest sztywna ale elastyczna.
Total Brainfuck
B)w specyficznej temperaturze pokazuje efekt hiper chromowy, Dlaczego to nie jest poprawne?
bo ma być HIPO, hiper tez
C.zawiera rowne ilości zasad T i A
D.pojedyncza nic DNA: latwo reaguje z formaldehydem, (znalezione w jakims starym skrypcie z
uniwerku, że pojedyncza nic DNA reaguje z formaldehydem, pod warunkiem ze jest kolistka :D
have fun!)
E.zawiera rowne ilości G i C
c bhi ???
28. polimeraza DNA I wymaga:
Odp. matrycy, dNTP, Mg 2+ wymaga sttartera
29. Transkrypcja to przeply informacji :
Odp. DNA do RNA, RNA do DNA (RNA do DNA tez? Dlaczeg?)
odwrotna transkrypcja?
no taK, ale czy ODWROTNA transkrypcja to transkrypcja- wiecie ze oni są dziwni ;/ ale u
retrowirusów transkrypcja zachodzi od RNA do DNA. Dziedziec-Letka krzyczała na nas że
odwrotna transkrypcja to też transkrypcja, jej definicja transkrypcji- zamiana jednego łańcucha
kwasów nukleinowych na inny - Greb - Markiewicz powiedziała, że odwrotna transkrypcja
nie jest transkrypcja; przeciez odwrotna to przepływ informacji z RNA do DNA, a założeniem
transkrypcji jest przepływ odwrotny :|
dodatek do Styera, tam skąd się biorą pytania z list:
17. Transcription is directly involved in which of the following possible steps in the flow
of
genetic information.
(a) DNA to RNA (d) RNA to protein
(b) RNA to DNA (e) protein to RNA
(c) DNA to DNA
odpowiedz
:
17. a and b. Answer (b) is correct because the reverse transcription of RNA sequences
into
DNA sequences occurs during the replication of retroviruses. The term transcription is
usually used to describe the formation of RNA from a DNA duplex by RNA polymerase.
9
lol
30. Co jest wymagane do replikacji polimerazy RNA zaleznej od DNA, do produkcji
transktyptu RNA:
Odp. ATP, CTP, GTP, UTP, Mg 2+, sekwencja terminalna (koncowa)<-- to jest też potrzebne,
dla prokariota jest to struktura spinki i ciąg sekwencji poliU, u eukariota według Stryera po
prostu istnieje sygnał  stop ;p wymaga jeszcze matrycy(1-lub2-niciowy DNA) sekwencji
promotorowej
31. Jakie funkcje sa charakterystyczne dla tRNA: (zad. 16 lista 1)
Odp. zawiera antykodon,
może być polaczony z aminokwasem wiazaniem estrowym, strona 123 zielony stryer obr,azek
na samym dole. Aminokwas tworzy wiązanie estrowe z grupą 3 OH końcowej adenozyny w
tRNA
oddzialywuje z mRNA na drodze translacji, ?TO JEST NA PEWNO DOBRZE? na liście brzmi
to  oddziaływuje z mRNA aby stymulować transkrypcję , co jest odpowiedzią nieprawidłową, bo
stymuluje translację :>
może posiadac rozna liczbe roznych sekwencji,
sluzy jako polaczenie miedzy mRNA a pojedynczym aminokwasem
32. Które reagenty beda uzyteczne do uwidacznienia fragmentow restrykcyjnych DNA,
wyseparowanych i roz dzielonych przez elektroforeze w zelu agarozowym i pozostawione
mokre w zelu?
Odp. bromek etydyny
- kiedy suchy zel to jeszcze: kinaza polinukleotydowa, [ą-32P]ATP GAMMA!!!! ALFA =
polimeraza! jaka tu wkońcu odpowiedz
przy tym suchym żelu bo się połapać nie mogę
no przy suchym żelu kinaza polinukleotydowa, i gamma 32-P ATP, lub podczas samej
syntezy można zanakować, ale wtedy trzeba użyć polimerazy DNA i alfa 32-P ATP.
33. Chemiczne syntetyzowane oligonukleotydy mogą być użyteczne:
Odp. do syntezy genow,
tworzenia łączników,
wprowadzania mutacji w klon DNA,
jako primer do sekwencjonowania DNA,
jako sonda do hybrydyzacji
34. Wprowadzenie genu w srodek wektora, który zawieraz odporność na antybiotyk to:
a)- prowadzi do przeniesienia odporności lekow
b) + jest nazywane inaktywacja inercyjna
c) + powoduje czułość komorki na antybiotyk(? wstawienie wektora- tu plazmidu
10
zawierającego opornośc na antybiotyk chyba powoduje ze dany mikroorganizm zyskuje
oporność a nie czułość?? nie jest określone czy wstawienie jest w loci genu oporności na
antybiotyk)<-- nie dyskutuj ;p tak było na liście ;p
d) + może być uzywany do identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA
e)  jest metoda niszczenia patogenicznych bakterii
35. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)
a)  może być pakowany w fag
b) + może być wydzielana z chromosomow sztucznym ch drozdzy
c)  musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie
d) + może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu (na pewno????) tak, na
pewno!
e) mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym (w agarazowym
nie) czyli jak to jest.. na poliakrylo moze byc separowane, a na agarozowym nie moze, tak? bo
zgupłam.. nie, po prostu jest burdel w odpowiedzi. na agarozowym może być odseparowany, bo
jest to duży fragment.
36. Technika PCR (zad 6 lista 2)
a) + wykrywa bardzo male ilości bakterii i wirusow
b)- wprowadzanie normalnych genow do zwierzat posiadających uszkodzony gen
c) + bada DNA w archeologicznych probkach
d)+ monitoruje przebieg chemioterapii pewnych nowotworow
e) + identyfikacja zgodności genetycznych w analizowanych probkach. (test na ojcostwo)
37. A-DNA
Prawoskretna helisa,
Ma strukture podobna do podwojnej helisy RNA
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
Najszersza
38. B-DNA
Ma stosunkowo szeroki i gleboki rowek(duzy rowek)
Ma prawoskretna helise
Ma 10,4 zasad na skret
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
39. Z-DNA
Fosforany w szkielecie sa zygzakowate.
Lewoskrętna
Najwęższa
Faworyzuje ujemne superhelisy(czyli prawoskretne czyli ze nie?) - to jest na pweno
dobrze ??  Negative supercoiling is also thought to favour the transition between B-DNA and
Z-DNA daj link:http://en.wikipedia.org/wiki/Z-DNA CZYLI TO Z T
FAWORYZACJ
JEST
DOBRZE CZY y
LE? ktoś podejmie tutaj męską decyzję??;D
the B-DNA to Z-DNA
transition would require the complete unwinding of the right-handed helix to form the
left-handed one. Negative supercoiling promotes unwinding of B-DNA and thus
facilitates
11
the conversion of a segment of B-DNA into Z-DNA.
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
40. Ligaza DNA jakby nie b yło zadanie 13 lista 3
a) + katalizuje tworzenie się wiazania 3OH i 5P
b) + wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zalezne od zrodła enzymu, dostarcza energii do
tworzenia wiązań fosfodiestrowych(u eukariotów i archeonów jest ATP a u bakterii NAD+)
c) + mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-
adenylan
d) + katalizuje reakcje przez mechanizm który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez
formowanie wiazania fosfobezwodnikowego z AMP
e) + wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji
wszystkie wymienione powyżej są dobre!!!
41. Topoizomeraza zadanie 11 z listy nr 3:)
a) + zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow(zmieniają liczbe opleceń )
b) + przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych(typu I powodują
relaksacje ,a typu II wprowadzaj a ujemne superhelikalne skręty do DNA pz energii z ATP)
c)  wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy
zrelaksowane(topoizomeraza typu II potrzebuje energii z ATP)
d) + tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA
e) + mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego
DNA z formy rozluz
nionej
42. Polimeraza DNA I
Wymagana w naprawie DNA
Wymagana w replikacji
Potrzebuje primera i matrycy
Usuwa primer i wypełnię szczeliny podczas replikacji
43. Polimeraza DNA II
Potrzebuje primera z 3OH wolna i matrycy
Wymagana w naprawie DNA
Posiada aktywność nukleazowa 3-5 �!- to jest też dobrze! no włacha
44. Polimeraza DNA III
Wymagana w replikacji
Potrzebuje primera i matrycy
Tworzy najwięcej DNA podczas replikacji
Posiada aktywność nukleazowa 3-5
45. Widelki replikacyjne  miejsce odwijania DNA
46. oriC - miejsce odwijania DNA, wiaze bialka dnaA, dnaB, dnaC, jest pkt rozpoczęcia
syntezy zad.15 lista 3.
47. nic opozniona  jest syntetyzowana nieciagle, kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku
widelek replikacyjnych
48. nic prowadzaca  jest syntetyzowana ciagle
12
49. fragmenty Okazaki - sa syntetyzowane ciagle (to nić opóz
niona jest syntetyzowana
nieciągle, a fragmenty Okazaki ciągle ) kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku
widelek replikacyjnych - Orłowski nawet tak mówił :)
JEST TAKIE ZADANIE NA LISCIE 3 -
50. helikaza DnaB  rozwiązane nici pochodzące z replikacji w powiazaniu z bialkami dnaA i
dnaC
51. bialko wiążące pojedyncza nic SSB  stabilizuje rozwiniety DNA
52. gyraza DNA  łagodne dodanie superskretu, hydroliza ATP zmniejsza liczbe oplecen DNA
53. prymaza  polimeraza RNA
54. holoenzym polimerazy DNA III  syntetyzuje większość DNA( syntezuje w widełkach
replikacyjnych jednocześnie nić widącą i opóz
nioną)
55. podjednostka � polimerazy DNA III  wykonuje  czytanie i sprawdzanie większości syntez
DNA(wykazuje aktywność korygującą ,czyli 3 ->5 egzonukleolityczna)
56. polimeraza DNA I - kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych,
wypełnię przerwy gdzie RNA wystąpił, zawieraz egzonukleaze 5-3
57. ligaza DNA  laczy konce nici opóz
nionej ze soba, wykorzystuje NAD+ do tworzenia wiązań
fosfodiestrowych
58. Mutacje: wy myślicie że to będzie?! - nie powinno być tego ( w Stryerze tego nie ma,
ale jak się spojrzy na ten dodatek z zadaniami do stryera, to to pytanie tam właśnie jest,
jak zresztą i inne z wrzuconych tutaj. :) Mutacje sa w Stryerze z 2003 roku i ponoc je
mamy umiec (będą)
5-bromouracyl  tranzycja
2-amonipuryna  tranzycja
Hydroksyamina  jednokierunkowa tranzycja BGM mówiła że mamy znać te
zwroty itp (Mówiłą że mamy znać delecje , insercje, tranzwersje , tranzycje,
Akrydyna  insercja lub delecja, interkolacja
Kwas azotawy  tranzycja
Światło ultrafioletowe  blokada replikacji
,
59. Naprawa DNA uszkodzonego światłem ultrafioletowym
1. uvrABC enzym rozpoznaje uszkodzenia w helisie DNA wywolane dimerem tymidynowym
2. enzym fosforeaktywny absorbuje światło i odcina dimer tymidynowy w celu odtworzenie
dwoch sasiednich reszt tyminy
3. uvrABC enzym (ekscynukleza) hydrolizuje wiazanie fosfodiestrowe
4. polimeraza DNA I wypelnia przerwy wytworzone przez usuniecie oligonukleotydu utrzymuje
dimer tymidynowyo
5. ligaza DNA zamyka nowosyttetyzowana nic do nieuszkodzonej DNA utworzyc nienaruszalna
molekule.
13
A gdzie pytania 60-69? zostały usunięte ze względu na niedozwolone treści, które są na 2
kolokwium.
70 Mammy oligonukleotyd, który ma tępe końce. Jakich odczynników musimy dodać ,
aby powstał peptyd o końcach lepkich:
a)Pi
b)ligaza z faga T-4
c)endonukleaza EcoRI
d)ATP
e)kinaza polinukleotydowa
71. Różnice w budowie polimerazy DNA i RNA. Zdania prawdziwe
a)obie wymagają odcinka starterowego(RNA nie wymaga odcinka starterowego)
b)p.RNA poodbnie jak p.DNA ma właśściwości nukleazy(p.RNA nie ma aktywności
nukleazowej)
d)polimeraza RNA podobnie jak i DNA katalizuje reakcję poprzez atak Pi(hydroliza PPi napędza
reakcje w kierunku wydłużania) czyli fdobrze czy zle? raczej dobrze A TO PRZYPADKIEM
NIE BYA
ATAK 3 OH NA P!? bO TU JEST ODRWOTNIE ---> 3 -OH atakuje P w obu
przypadkach czyli odpowiedz jest bledna?
e)
72. .Które zdania są prawdziwe o dNA
a)jeżeli na jednej nici A+G wynosi 30% , to możliwe jest by na drugiej T stanowiło
20%(?) - no raczej jest poprawne bo T musi byc tyle samo co A na drugiej nici, a A może
być 20 % i G wtedy 10%.( jeżeli tak rozumujesz to to się matematycznie nei zgadza-skoro T
ma być 20% to i A musi być 20%, czyli G=30-20%=10% a że G%=C% to wóczas C%=10, co
razem daje nam: 20+20+10+10=60%, czyli reasumując ja myślę że odpowiedz
jest błędna.
DObrze myślę?) no ale na tej pierwszej nici sa tez przecież jakies T i C które nie maja tu
znaczenia zadnego, wiec razem moze dac 100%.No ja bym sie tutaj sprzeczała... no ale skoro
na jednej nici jest A+G 30% to na tej nici musi być T+C 70% i wtedy na drugiej nici A+G jest
70 % a T+C 30% i w tym jest prawdopodone ze T to 20%. (kazda nic trzeba chyba osobno
rozpatrzyć). Jak rozpatrzymy osobno każdą nić to się zgodze. Pytanie moim zdaniem nie do
końca sformułowane poprawnie;/ No ogólnie przeciez jest stwierdzenie że A+G na jednej nici
musi byc równe T+C na drugiej wiec ja bym zaznaczyła, że to jest poprawna odpowiedż :) niech
i tak bedzie:))
b)hiperchronizm jets to efekt podczas topnienia DNA , który powoduje obniżenie
absorbancji przy promieniu 260 nm(2-niciowe DNA absorbje mniej światła niż 1 niciowy)
Zmniejszenie natężenia pasma-hipochromizm
Zwiększenie natężenia pasma-hiperchromizm (http://www.up.poznan.pl/kfiz/images/attachments/
materialy/biofotonika.pdf )
Czyli odpowiedz
błędna ZGADZAM SIE
c)ze wzrostem ilości nukleotydów temp topnienia wzrasta (tak, ale nie liniowo, bo ważną
rolę w temp. top. odgrywa ilość par G+C, ważniejszą niż długość sekwencji nukleotydów)
d)zawsze jest dwunicioa
e)paruje 5 zasad
73. Które z poniższych zdań są cechami kodu genetycznego?
a) jest całkowicie zdegradowny
b) 61 trojek koduje aminokwasy
c) jest zdegerowany , to znaczy z,e 1 aminokwas może być kodowany przez więcej niż
1 kodon
14
d) każdy aminokwas może być kodowany przez więcej niż jeden kodon, przy czym skład
pierwszej i drugiej zasady dla danego aminokwasu jest taki sam (nie zawsze) no włacha np
leucyna uux i cux - ale w książce pisze ze są synonimami te które maja dwie pierwsze zasady
takie same - i pisze ze zazwyczaj tak jest NIE KAZDY AMINOKWAS MOZE BYC KODOWANY
PRZEZ WIECEJ NIZ JEDENJ KODON - NP Trp i Met!-dlatego ta odpowiedz jets bledna,
odpowiedz
jest błędna, bo niektóre aminokwasy są kodowane np. przez 6 kodonów, czyli nie
wystarczy zmiana tylko trzeciej zasady (druga też może ulegać zmianie)
74. . gen
a) w genie prokariota wystepuje współliniowa zależność pomiędzy genem i kodowanym
przez niego białkiem. U eukariota tego nie ma , bo eukariota ma introny a praokariota nie ma
b) eukariota mają introny , a większość prokariota nie ma
c) introny kodują łączniki pomiędzy białkami
d) splacing autokatalityczny jest jedną z metod do otrzymania białka o innnych
właściwościach - to chyba splicing ALTERNATYWNY?! a nie AUTOKATALICZTYCZNY ;
to jest chyba stare pytanie, teraz w książce nic nie ma o alternatywnym (czerwony 2005
Stryer str.138  spicing alternatywny stanowi łatwy sposób uzyskania zestawu białek będącymi
wariantami pewnego podstawowego motywu, zależnie od rozwoju, bez konieczności posiadania
odrębnych genów kodujących te wariany dziękuję, dobranoc ;) ) w zielonym Stryerze tez jest o
splicingu alternatywnym (więc jeśli chodzi im tu o alternatywny, to jest to dobra odpowiedz
)
e) eksony mogą kodować całe domeny białek MOG

75. Czym się różni polimeraza RNA od polimerazy DNA
a) Wymaga dUTP zamiast dTTP (polimeraza RNA nie  doczepia dNTPów :)
b) jako matryce wykorzystuje RNA zamiast DNA (no chyba, że jest to polimeraza RNA
zależna od DNA, chociaż w sumie p. DNA też może używać RNA jako matrycy, więc tak
naprawdę obie mogą używać RNA jako matrycę. - chyba zawsze wykorzystuje matryce
DNA i dobudowuje sama starter RNA, RNA jest uzuwane jako matryca tylko w odwrotnej
transkryptazie. CZYLI DOBRZE/NIE DOBRZE? z
le, bo tu jest napisane, że poli RNA
wykorzystuje matrycę RNA, a wykorzystuje DNA
c) jako startera wymaga RNA zamiast DNA
d) nie ma właściwości nukleazowej
e) wymaga jonu 2-wartościowego (ale polimeraz DNA też wymaga, a pytanie jest o różnice.)
f) syntezę RNA ułatwia nukleofilowy atak na gr 2 OH(też atakje grupe 3 OH)
76. Kwasy nukleinowe:
a) Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA (bo hybryda
może się tworzyć)
b) temperatura topnienia Dna zależy od długości cząsteczki Dna w sposób odwrotnie proporcjonalny(im
dłuższa cząst tym wyższa temperatura ,wiec to chyba wprost proporcjonalnie wpływa) to zalęzy od
tego ile jest par C-G bo to one głównie decydują o temperaturze topnienia bo są bardziej stabilne niż
A-T) z internetu : Tm zalezy od ilosc par G-C i dlugosci polinukleotydu , wiec zalezy proporcjonalnie od
dlugosci, zależy proporcjonalnie i od długości i od ilości par G-C
c) ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 3 (zawiera i jeszcze 2 hydroksylowa)
d) Podczas rozplatania dwuniciowej helisy DNA pod wpływem wzrostu temperatury następuje spadek
absorbancji przy długości fali 260 nm(po denaturacji następuje wzrost absorbancji)
e) Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2
15
f) W DNA obok standardowych wiązań fosfodiestrowych3-5 występują także przejściowo 2 -5 .
Fosfodiestrowe(w RNA może wsytępować 2 ->5 )
8. (brak pytania) Eukariota
a) ponieważ transkrypcja zachodzi w jadrze komórkowym a translacja w
cytoplazmie konieczny jest transport transkryptow z jadra do cytozolu
b) ponieważ wszystkie pierwotne transkrypty zawieraja introny konieczny jest
splicing
c) pierwotne transkrypty tRNA podlegaja intensywnej obróbce potranskrypcyjnej,
po& & . transestryfikacji zbliżone mechanizmem do splicingu pre-mRNA
d) struktura określana mianem  kap tworzona jest na końcu 5 większości
mRNA oraz...
e) większość genow kodujących mRNA jest rozcinana przez endonukleazę
rozpoznająca & ..od konca 3 przez polimerazę poli(a)
f) cząsteczki pre-mRNA kodujące część białek podlegają procesowi redagowania
co, & .. transkryptu nie jest w pełni zgodna z sekwencja odpowiedniego eksonu w genie
kodującym& ..(ale nie jestem pewna????)
11. Które z poniższych sekwencji mogą występować w Z DNA
a) GAGAGAGAGA
b) CGTACGTACG
c) TAGAGGTAGA
d) GAATTTAAAG
e) GCGCGCGCGC
f) TTGGAATTAA
14. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu WC
a) dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi
b) tworzy pary A-C i G-T
c) helisa ma pelny obrot o 34 st. Bo kazda para obraca się o 36 st. Względem
sąsiedniej pary zasady i oddaloneo 3,4 A
d) puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet
fosfodiestrowy na zewnatrz
e) sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest
rowne, tak jak ilość G i C (haha a sądzicie że będą się czepiac że 1.01 to nie jest
równe 1 ?) nie zawsze sa rowne
f) można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici
15. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)
a) może być pakowany w fag
b) może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy
c) musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie
d) może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu
e) mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym
16
16. Topoizimeraza
a) zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow( a nie liczbe oplecen)?
b) przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych (a czy wiązania
fosfodiestrowe mogą być napięte lub zrelaksowane? to chyba helisa może taka być)
c) wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w
formy zrelaksowane
d) tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA
e) mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej
suprhelikalnego DNA z formy rozluz
nionej
17. Miejsca promotorowe E.coli- co za pytanie!!
a) mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji
b) dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje
c) okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA
d) maja identyczne i określone sekwencje
e) sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja
powoduje utrate aktywności)
f) te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane
przez 17 par zasad sa bardzo wydajne
18. Bombel transkrypcyjny( widełki replikacyjne) - to przypadkiem nie do następnego
koła?
a) czesc polimeryzacje enzymu
b) podjednostka � (utrata tej podjednostki, bo wtedy rdzen silniej się wiaze do matrycy
DNA)
c) w przybliżeniu 17 nukleozydow nici kodującej DNA w formie pojedynczej
(nukleotydów czy nukleozydow?)
d) w przybliżeniu 12 nukleozydow konce 5 lini wydłużającej się RNA
e) w przybliżeniu 12 bp helisy DNA-RNA
19.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio
do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna
FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co
zaobserwowano:
Wyobraz
sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz
przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie
wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.
Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace
sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie
sekwencji w tym obszarze 200kb.
A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na
siebie
(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb
B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI
C) izolacja ludzkiego genomowego DNA
17
D) izolacja genomowego DNA z E.coli
E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A
F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu
otrzymania
odpowiedniej ilości klonow
G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda
H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje
genu
A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda
I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej
sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu
hybrydyzowanego z sond
1. Pytanie o wlaściwości i etapy mechanizmu reakcji ligazy
2. Czego potrzebuje polimeraza DNA, DNA zależna do syntezy
3. cechy enzymów restrykcyjnych
4. o plazmidzie i odpornosci na antybiotyki
5. cechy kodu genetycznego
6. ukierunkowana mutageneza
7. Retrowirusy
8. odporność na antybiotyki
9. metoda Sangera
10. zasady purynowe i pirymidynowe
11. Lk
12. Homologi
13. PCR
14. wzory: puryna, pirymidyna, G, A, T, C
15. czego potrzebuje polimeraza DNA I do działania
16. pytanie o to jak sprawdzić czy tryptofan 178 jest potrzebny w enzymie (?)
17. i o to czy orłowski goli jajka
18. Ortologi, paralogi, homologi
19. Ramka odczytu oznakowanych nukl.
20. Wybrac prawidlowe konce 2 roznych DNA
21. Jaka będzie sekwencja nici matrycowej (metoda dideoksy Sangera) jeśli masz podany
wynik elektroforesy żelowej
22. Wybrać starter do mutagenezy sterowanej oligonukleotydami, jeśli chcemy zamienić W na A
23. jak hybrydyzuje RNA?
24. pytanie z ewolucji (homologi, paralogi i ortologi)
25. PCR
26. Jednoniciowe DNA - zawinięte: A-coś jak spinka, B- coś jak spirala. Jakie sekwencje tam
występują - np 5'ATGCT.......AGCAT3" - rożne kombinacje
Wszystkie powyższe to pytania sprzed 2 lat. :)
1. Oligonukleotydy
-służą jako sondy...
- w reakcji PCR używane
18
- w met. dideoksy Sangera
- do mutagenezy ukierunkowanej
- jeszcze coś : P
2. Topoizomerazy:
-wymagaja ATP (tylko topoiz. II wymaga ATP!!)
- coś z topoizomerazami typu II
3. czym sie różni polimeraza DNA od RNA:
- wymaga dTTp zamaiast UTP
- wymaga startera
- matryce wymaga
- od 5' do 3' kierunek
4. Coś o przepływie ing. genetycznej
5. O helisach typu A, B i Z
6. Rysunek wektor z plazmidem ( i napisać co tam jest potrzebne...ale nie pamiętam odp. )
7. O kwasach nukleinowych:
- zawieraja ujemnie mostki fosfodiestrowe
- mostki fosfodiestrowe między cukrem a zasada
- jednoniciowy łańcuch RNA tworzy str. spinki
8. jak można uwidocznić rozcięte fragmenty restrykcyjne:
- bromek etydyny
- metoda Southern
- coś z podłożem mokrym
- metoda dideosy
(2 odp były poprawne etydyna i jeszcze coś )
9. Rysunek z łączeniem sekwencji porozcinanych przez enz. restrykcyjne ( napisać które jak są
rozcinane u bakteriofaga T4, chyba bakterii i ssaka
10. Pytanie o telomerazy
mk11. zadanie z azotem N15 i N14 chodziło o stosunek gęstości w lekkim i cięzkim azocie)
1.obrazek ze zjebanymi ligazami
2. pytanie o wstawianie wektora
3.Histony
4.polimeraza rna od dna czym sie rozni
5.inicjacja u eukariota/prokariota
6. synteza bialek
7. Topoizomerazy
Natomiast te powyższe są z poprawy z sprzed 2 lat. :)
� telomeraza (RNA nie jest starterem tylko matryca!!! I czy syntetyzuje od 5 -3 czy
odwrotnie)
� Obróbka przedtranslacyjna u Eukariota
� Topoizomerazy : klasy, czy wymaga ATP (zmiana Lk, ile nici tna)
� Jaka mutacja żeby białko nie przeszło przez ER
� Naprawa DNA uszkodzonego światłem : kolejno uporządkować etapy
� Cechy wspólne ligazy bakteriofaga i ligazy u zwierząt
� cechy ligazy
� Autokatalityczny splicing i jego klasy
� Porównanie translacji u prokariota i eukariota
� Mechanizm działania PCR
� w metodzie dideoksy Sangera otrzymano następujące widmo. Wskaż, który
19
dinukleotyd był nicią matrycowa
� Mamy oligonukleotyd, który ma tępe końce. Jakich odczynników musimy dodać
aby powstał peptyd o końcach lepkich
� Kod genetyczny- jego cechy
� Mamy dinukleotyd d(AGCATA) jak go możemy znakowac
� Czym się różni polimeraza RNA od polimerazy DNA
� Która z odpowiedzi dotyczącej łańcuchowej polimeryzacji jest nieprawdziwa
� Kasia i Tomek chcieli zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC,
GCA, GCG. Fragment DNA to
� Oczywiście było pytanie w którym było narysowane 6 zasad i trzeba było
rozróżnić, które sa purynami, a które pirymidynami
� Było pytanie o retrowirusy, głównie o odwrotnej transkryptazie (skąd pochodzi).
� jak można wywoływać fragmenty DNA po elektroforezie
� jak można znakować DNA
� Była opisana krótka charakterystyka jakiegoś rodzaju DNA i trzeba było dojść do
tego jaki to jest rodzaj i gdzie wystepuje.
� jakie są kolejne etapy w replikacji DNA
� Kolejne etapy przy wycinaniu dimerów pirymidynowych
� Czy uda nam się przeprowadzic PCR gdy denaturacja w zbyt niskiej
temperaturze, hybrydyzacja w zbyt wysokiej?
� cos o splicingu chyba z pytania
� Czy cDNA powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA?
� Było pytanie o tRNA
� Było pytanie o czynniki elongacyjne
� Operon tryptofanowy, czy występuje odcinek liderowy
� Było pytanie o histony, czy są zasadowe czy kwaśne i dlaczego
� Telomeraza- działanie
� Jakie funkcje sa charakterystyczne dla tRNA
� W mRNA introny sa? NIE
� Czy prymaza syntezuje krotki fragment DNA NIE (tylko starter dla DNA
� Pytanie o fragmenty DNA rozluz
nione
� Pytanie o modyfikacje posttranskrypcyjne lub przedtranslacyjne
� Jak aktywność posiadaja odwrotna transkryptaza retrowirusy ?
� Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania
fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej
� Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy
Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano
przedstawiony nizej autoradiogram
� W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny co
robi czastka DNA
� Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem
genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny
zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie
PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR
przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla
ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil& .
20
polimeraza DNA zależna od RNA polimeraza RNA zależna od DNA
matryca: potrzebna potrzebna
rodzaj
matrycy: ssDNA lub dsDNA ssDNA lub dsDNA
aktywowane
prekursory: potrzebne potrzebne
rodzaj akt.
prekursorów: 5 -trifosforany dNTP (dATP, 5 -trifosforany NTP (ATP, CTP, GTP, UTP)
dCTP, dGTP, dTTP)
produkt: DNA RNA
wymaga
startera: tak nie
wymaga
jonów +2: Mg2+ Mg2+ (lub Mn2+?)
kierunek
syntezy: 5 -3 5 -3
aktywność
korekcyjna
(egzo 3 -5 ) tak nie
aktywność
5 -3 tak (ale nie wszystkie) nie
sposób
powielania
matrycy: semikonserwatywny konserwatywny
21