1) wszystkie aminokwasy tworzace bialka
a - sa chiralne
b-maja 1 centrum chialne
c maja 1 lub 2 centa
d- 0,1 lub2 centra ( 0- centrów- glicyna, 1-np. leucyna, 2 centra- treonina, izoleucyna)
2) cos o TIM

ze jest barylka ktora w strukturze ma 8 rownoleglych arkuszy beta i 8 helis alfa
3)podany byl jakis lancuch np Lys-Ala-Gly i napisac jaki lancuch tworzy, czy jaki to jest typ lancucha czy cos takiego nie wiem dokladnie

jak pierwszy 4 i 5 aminokwas jest hydrofobowy albo 1 2 5 to bd helisa

jak jest naprzemiennie hydrofoowy i hydrofilowy to arkusz beta

aminokwasy hydrofobowe to FAMILY VW
4)ile wynosi kąt omega – 180^o Kąt omega jest równy 180 stopni dla wszystkich aminokwas� w łańcuchu białkowym.
5) fi i psi jakie wartosci przyjmuja dodatnie czy ujemne

dla alfa sa ujemne ( ok.-50 dla fi i psi)

dla beta psi jest dodatni fi ujemny (około 135 dla psi i -120 fi)
6) cos o amfipatycznych lancuchach??

Chodzi o to, że są hydrofobowe i hydrofilowe zarazem łańcuchy
7) gr C=O i N-H (gdzie się tworzy wiązanie, pomiędzy którymi grupami w jakiejś z helis)
3.6₁₃ alfa i- i+4 3₁₀ i- i+3 4.4₁₆ pi i-i+5?????????
8) dla struktury gamma mamy połączenie:

(i,i+2)
9)wskazać zdanie fałszywe o arkuszu beta
􀂾 w skład arkuszy β wchodzi ok. 20-28% reszt aminokwasowych białek globularnych

􀂾 kolejność nici arkusza β nie jest zgodna z sekwencją

􀂾 najczęściej nić arkusza β tworzy 5-10 reszt aminokwasowych

􀂾 mieszany charakter arkusza β spotyka się w ok. 20% przypadków
10) kiedy sie tworzy struktura 2-go rzedowa

gdy mamy wiązania wodorowe
11) Jakiego zalozenia nie bral pod uwage Pauling i ktos jeszcze

grupy peptydowe są płaskie i posiadają konformację trans

typ łańcucha bocznego nie odgrywa roli

tworzy się maksymalna liczba wiązań wodorowych N-H ... O=C

wiązania wodorowe mają liniową geometrię
12) kiedy sie zaczyna transkrypcja

Gdy mRNA przyłączy się do rybosomu
13) co wiaza rybosomy

mRNA
14) cos o translacji genu u prokariota

być może odpowiedź helisa-skręt-helisa, pytanie się nie kojarzy ale takie coś było wspomniane
15) jak najczesciej jest sprawdzana struktura 2-go rzedowa

chyba przez określanie wiązań wodorowych między atomami
16) gdzie występuje meander
a- dysmutaza ponadtlenkowa
b-gamma krystalina
c)…..

d) dwie są poprawne
17) struktura czwartorzedowa wystepuje
a- w kazdym bialku
b- w hemoglobinie
c-mioglobinie

d- nie występuje w hemoglobinie
18)jaka konformacja wystepuje w lizynie

antyperiplanarna synklinalna
antyperiplanarna i synperiplanarna
antyklinalna i synklinalna
antyklinalna i synperiplanarna
19) jaka konformacje ma wiekszosc bialek
a-cis, prolina trans
b-trans, prolina cis

c- trans a Prolina cis lub trans
20) fi i psi miedzy jakimi atomami sa zawart

fi : Ci-1-N(i)-Calfa-C(i) psi: N(i)-Calfa-C(i)-N(i+1)

21. Gdzie występuje helisa lewoskrętna:
a) EF-hand
b)h-t-h
może w białku beta albo z motywie beta-alfa-beta te wyżej wykluczyliśmy?????
22. Motyw grecki to:
w białku : 3214, w baryłce 4123

23. Parametr Matthewsa, co to jest?
parametr matthewsa okresla objetosc komorki elementarnej przypadajacej na 1 Da masy czasteczkowej białka

24. Białko o budowie sześciopłatkowego skrzydła występuje?
8 smigiel to karboksypeptydaza, jak o 6 to jest neuraminidaza, raczej chodziło o neuraminidazę

25. Chyba jakie kąty fi i psi mamy dla struktury beta na diagramie ramachandrana?
a) 120, 120
b) 120, -120
c) -120, 120
d) -120, -120 albo jakieś tego typu odpowiedzi, nie pamiętam

26. O ile dobrze pamiętam, to było jakieś pytanie o aminokwasy, które mogą się łączyć z Zn

2histydyny i 2 cysteiny

27. Nie wiem czy wśród tych pytań na górze, gdzieś to się znajduje, ale było pytanie chyba o arkusz beta któryś (równoległy albo anty) i było tam:
równoległy (i - 1, j), (j, i + 1)
równoległy (j - 1, i), (i, j + 1)
antyrównoległy (i, j), (j, i) ??????
antyrównoległy (i - 1, j + 1), (j - 1, i + 1)

28. gdzie znajdują się niedozowlone rejony na ramachandrana
tam gdzie fi jest dodatnie

29. Pytanie o rów:

coś się przyłącza do dużego rowu :D palec cynkowy => ANAL???????

30. chyba trzeba bylo jeszcze podac skoki dla ktoregos arkusza beta rownoleglego lub antyrownoleglego
równoległy 3.4A/res

antyrównoległy 3.2A/res

31. zamek leucynowy ze leucyny leza naprzeciw siebie nie na przemian

• kąt omega, czyli kąt określający obrót wokół wiązania peptydowego

• kąt psi, czyli kąt obrotu wokół wiązania CC

• kąt phi, czyli kąt obrotu wokół wiązania CN

(i - 1, j), (j, i + 1) lub

(j - 1, i), (i, j + 1) arkusz

β równoległy

(i, j), (j, i)

lub

(i - 1, j + 1), (j - 1, i + 1)

arkusz β antyrównoległy