Ten system to układ oddechowy. Składa się on z dróg oddechowych górnych (jamy nosowej i gardła) oraz dolnych (krtani, tchawicy, dwóch dużych oskrzeli oraz wewnątrzpłucnego drzewa oskrzelowego). Bardzo ważnym czynnikiem zapewniającym prawidłowe działanie układu oddechowego jest jego higiena.
Wdychane powietrze może być zanieczyszczone cząstkami pyłu, kurzu, sadzy, gazami i mikroorganizmami.
Pył, kurz i inne zawiesiny drobnocząsteczkowe powodują drażnienie nabłonka dróg oddechowych, a niekiedy reakcje uczuleniowe. Mogą być one przyczyną schorzeń zwanych pylicami lub rozedmy płuc. Niebezpieczne są przede wszystkim gazowo-pyłowe zanieczyszczenia komunikacyjne i przemysłowe. Znaczną ich część wychwytuje nabłonek migawkowy. Przy zbyt dużym zapyleniu powietrza część zanieczyszczeń przedostaje się do pęcherzyków płucnych, zmniejszając powierzchnię wymiany gazowej i uszkadzając je oraz powodując nieodwracalne zmiany np. zwłóknienie płuc
Szczególnie niebezpieczny jest dym papierosowy, który zawiera ok. 200 substancji szkodliwych dla zdrowia.
Substancje smolne osadzają się na nabłonku, zlepiając jego migawki. W konsekwencji powietrze dostające się do płuc nie jest właściwie oczyszczone. W pomieszczeniach zanieczyszczonych dymem papierosowym nie powinni przebywać cierpiący na rozedmę płuc, zapalenie oskrzeli, zapalenie płuc, zapalenie opłucnej, choroby układu krążenia, nieżyt błony śluzowej nosa, przeziębienia i uczulenia. Badania dwóch kalifornijskich uczonych wykazują, że bierni palacze mają upośledzoną funkcję układu oddechowego w podobnym stopniu, jak osoby wypalające do 10 papierosów. Dzięki zaprzestaniu temu nałogowi można poprawić kondycję fizyczną, zapomnieć, co to kaszel poranny, a także zmniejszyć podatność na infekcje. Nikotyna powoduje uzależnienie psychiczne i fizyczne, w takim stopniu, że dla niektórych palaczy rzucenie nałogu staje się niemożliwe.
Kolejnym czynnikiem silnie oddziałującym na choroby układu oddechowego jest niska temperatura, która ochładza i wysusza drogi oddechowe, czyniąc je podatnymi na infekcje wirusowe, bakteryjne oraz grzybicze. Współdziałającym czynnikiem jest przegrzewanie i przeziębianie organizmu spowodowane niewłaściwym ubiorem. Sprzyja to rozwojowi mikroorganizmów wywołujących katar, nieżyt nosa, grypę, anginę oraz zapalenie oskrzeli i płuc. Znajdujące się w powietrzu bakterie (prątki gruźlicy) mogą być powodem zarażenia się groźną chorobą - gruźlicą. Silny kaszel i duża gorączka są symptomami tej choroby.
Człowiek zakaża się najczęściej drogą kropelkową, rzadziej pyłową, jeszcze rzadziej drogą pokarmową (mleko od chorych krów) i przez skórę. Leczenie jest przewlekłe i długotrwałe, farmakologiczne i spoczynkowo-klimatyczno-dietetyczne. Koniecznym uzupełnieniem jest leczenie objawowe, miejscowe i chirurgiczne. Obecnie choroba ta, choć uleczalna, ponownie stała się niebezpieczna, zwłaszcza w społeczeństwach o dużym rozprzestrzenieniu AIDS.
Bardzo niebezpieczny jest również czad (CO), który łączy się z hemoglobiną w sposób trwały, wówczas krwinki tracą zdolność przenoszenia tlenu. Stopień zatrucia czadem zależy od jego stężenia w powietrzu i czasu przebywania w nim człowieka. Jeśli przez płuca przepłynie 1 l, człowiek traci przytomność. Przy większych stężeniach (pow. 0,32 %) pierwszy objawami zatrucia jest silny ból głowy i wymioty. Mniejsze stężenia powodują przy względnie krótkim wdychaniu jedynie słaby ból głowy i zapadanie w śpiączkę, jednak i te stężenia powodują po dłuższym kontakcie zgon.
Bez wątpienia narażenia środowiskowe również mają duży wpływ na rozwój przewlekłych chorób układu oddechowego. Stały zawodowy kontakt z pyłami minerałów może być przyczyną powstawania pylic, których rozwój może doprowadzić chorego do stanu ciężkiego inwalidztwa oddechowego. Wiadomo też, że smog, czyli nagromadzenie w atmosferze drażniących drogi oddechowe gazów, zwłaszcza tlenków azotu i dwutlenku siarki, powoduje gwałtowne nasilenie objawów u osób z przewlekłymi chorobami