Poczynając KBWE, a następnie OBWE, zorganizowała jedenaście misji długoterminowych na obszarze byłego ZSRR i byłej Jugosławii. W kolejności powoływania są to:
- 14 sierpnia 1992 r. Komitet Wysokich Przedstawicieli KBWE ustanowił misję do spraw Federacyjnej Republiki Jugosławii z zadaniem obserwowania polityki władz w Belgradzie wobec mniejszości narodowych. Została ona roz-mieszczona 8 września w Kosowie, Sandżaku i Wojwodinie. 22 lipca następnego roku, na żądanie władz jugosłowiańskich, misję zawieszono, a w Wiedniu utrzy-muje się fikcję prawną dalszego jej istnienia;
- 18 września 1992 r. utworzono i w kilka dni później rozmieszczono misję KBWE w Skopje, która we współpracy z działającym na miejscu kontyngentem pokojowym ONZ z powodzeniem wypełnia funkcje prewencyjne, by nie dopu-ścić do rozszerzenia się konfliktu na Macedonię i zajmuje się łagodzeniem sto-sunków narodowościowych w tym zróżnicowanym etnicznie kraju;
- 6 listopada 1992 r. powołano misję do spraw Gruzji. Na początku grudnia tego roku rozpoczęła ona pomyślną działalność prewencyjno-mediacyjną w terenie na rzecz doprowadzenia do politycznego uregulowania konfliktu wokół Południowej Osetii, a następnie (we współpracy z misją obserwacyjną ONZ - UNI-MOG) w Abchazji;
- 13 grudnia 1992 r. utworzono misję dla Estonii, rozmieszczoną w Tallinie (15 lutego 1993 r.) z filiami w Kohtla-Jarva i w Narwie, dla ułatwienia dialogu i porozumienia między władzami estońskimi a ludnością rosyjską. Misja ta ściśle współpracuje z Wysokim Komisarzem do spraw Mniejszości Narodowych. 16 grudnia 1994 r. Urzędujący Przewodniczący KBWE ustanowił swojego przed-stawiciela przy komisji rządu estońskiego zajmującej się sprawami emerytów woj-skowych, którymi są w większości Rosjanie. Misja w Estonii jest uważana za jedną z najbardziej udanych operacji OBWE;
- 4 lutego 1993 r. powołano misję prewencyjno-mediacyjną do spraw Mołdo-wy w celu ułatwienia politycznego uregulowania konfliktu wokół Naddniestrza, rozwiązywania problemów natury humanitarnej i pomocy w budowie instytucji demokratycznych. Misja została zainstalowana w Kiszyniowie 25 kwietnia, a jej filia w Tyraspolu (Naddniestrze). Misja korzysta ze wsparcia ODIHR;
.- 23 września 1993 r. utworzono misję prewencyjną do spraw Łotwy, mającą za zadanie ułatwienie integracji ludności rosyjskojęzycznej ze społeczeństwem łotewskim. Misja rozpoczęła działalność w Rydze 19 listopada 1993 r. OBWE, na prośbę rządów Łotwy i Rosji, udzielała także pomocy przy realizacji osiągniętych umów o wycofaniu wojsk rosyjskich, zabezpieczeniu emerytalnym rosyjskiego personelu wojskowego zamieszkałego na Łotwie oraz o statusie prawnym rosyjskiej stacji radarowej w Skrundzie. Sukcesem misji było doprowadzenie, wspól-nie z Wysokim Komisarzem do spraw Mniejszości Narodowych i komisarzem RPMB, do złagodzenia przez parlament łotewski w czerwcu 1998 r. restrykcyjnej ustawy o nabywaniu obywatelstwa. Jednak napięcia między rządem łotewskim a liczną rosyjską mniejszością narodową, a w konsekwencji między Łotwą a Ro-sją, nadal się utrzymują;
- l grudnia 1993 r. Rada KBWE podjęła decyzję o ustanowieniu misji w zde-stabilizowanym walkami wewnętrznymi Tadżykistanie. Misja została umieszczona 19 lutego 1994 r. w Duszambe. Jej głównym zadaniem jest ułatwianie kontaktów i dialogu między rządem a islamską opozycją, promowanie respektowania praw człowieka i budowy instytucji demokratycznych w tym kraju. Misja współpracu-je z ODIHR, Misją Obserwacyjną ONZ (UNIMOT) i Wysokim Komisarzem NZ do spraw Uchodźców (UNHCR);
- 2 czerwca 1994 r. Stały Komitet KBWE utworzył misję w Sarajewie (Bośnia i Hercegowina) dla merytorycznego, technicznego i finansowego wspierania działalności ombudsmanów; rozpoczęła ona działalność 31 października tego roku. Po zawarciu porozumienia pokojowego w Dayton, Rada Ministerialna OBWE postanowiła 8 grudnia 1995 r. ustanowić nową misję w Bośni i Hercegowinie, włączając w jej skład, jako wyodrębnioną sekcję, dotychczasową misję w Sarajewie. Nowa misja, licząca 238 funkcjonańuszy międzynarodowych, jest jednym z największych tego typu przedsięwzięć KBWE/OBWE; jej główne biuro znajduje się w Sarajewie (od 29 grudnia 1995 r.), a oprócz tego utworzono 5 regionalnych ośrodków i liczne delegacje w terenie w 21 głównych jednostkach administracyjnych Bośni i Hercegowiny, zarówno w Republice Serbskiej, jak i Federacji Bośniacko-Chorwackiej. Misja organizowała i nadzorowała wybory parlamentarne, prezydenckie i municypalne, zajmuje się (razem z innymi organizacjami międzynarodowymi) obserwacją przestrzegania praw człowieka oraz ułatwia monitorowanie realizacji regionalnych porozumień o kontroli zbrojeń (układu podpisanego we Florencji 14 czerwca 1996 r.) i środkach budowy zaufania;
- 15 czerwca 1994 r. Komitet Wysokich Przedstawicieli powołał misję do spraw Ukrainy. Rozpoczęła ona działalność 24 listopada 1994 r. w Kijowie, a jej filia została później utworzona także w Symferopolu. Celem misji jest rozładowywanie napięć między władzami centralnymi w Kijowie a rosyjskojęzyczną ludnością mieszkającą na Krymie. W maju 1995 r. z inicjatywy misji i HCNM zorganizowano w Locamo Ukraiński Okrągły Stół, który przyczynił się do uła-twienia dialogu na temat przyszłego statusu Krymu jako autonomicznej jednostki w ramach państwa ukraińskiego. W drugiej połowie 1995 r. misja OBWE skoncentrowała się na sprawach Tatarów krymskich, m.in. we wrześniu zorganizowa-no podobny okrągły stół na ten temat w Jałcie;
- 18 kwietnia 1996 r. Stała Rada postanowiła wysłać do Chorwacji misję, mającą za zadanie łagodzenie stosunków narodowościowych i udzielanie pomo-cy w budowie instytucji demokratycznych. Misja rozpoczęła pracę 4 lipca 1996 r. w Zagrzebiu, a następnie otworzyła swoje biura terenowe w Kninie i Vukovarze, potem w Sisaku i Daruvarze; współpracuje ona z HCNM i ODIHR oraz mię-dzynarodowymi organizacjami i instytucjami spoza OBWE;
- 25 października 1998 r. Stała Rada, po zawarciu porozumień między NATO a FR Jugosławii oraz między OBWE a FR Jugosławii, ustanowiła Misję Weryfikacyjną w Kosowie (KVM). Zadaniem tej największej misji OBWE jest nadzoro-wanie wypełniania przez strony konfliktu wewnętrznego w Kosowie rezolucji (nr 1199) Rady Bezpieczeństwa ONZ oraz przestrzegania rozejmu zawartego mię-dzy Armią Wyzwolenia Kosowa a władzami Serbii, a także współpraca z władzami FR Jugosławii, Serbii i Kosowa oraz z organizacjami międzynarodowymi zaangażowanymi w procesie przywracania pokoju w tej serbskiej prowincji. W po-łowie listopada rozmieszczono w Pńsztinie, Belgradzie i kilku miastach Kosowa Dyplomatyczną Misję Obserwacyjną (KDOM), którą zaplanowano włączyć do KVM, po osiągnięciu przez tę drugą zdolności operacyjnej (2000 nieuzbrojonych obserwatorów). Sprawy się skomplikowały po tym jak w połowie grudnia 1998 r., zaledwie w kilka dni po rozpoczęciu inspekcji wojskowych przez misję, doszło do poważnych incydentów naruszających zawieszenie broni w Kosowie.
OBWE prowadzi również operacje nie zaliczane do misji długoterminowych. Taki charakter mają:
- Grupa Wspierająca w Czeczenii,
- Misja OBWE w Albanii.
- Grupa Doradcza i Obserwacyjna do spraw Białorusi