Mikroskopy: a) świetlne (od 100-1500x) b) elektronowe (od 250000-400000x). Mikroskop świetlny składa się: a) układ mechaniczny (podstawa, statyw- śróba makrometryczna i mikrometryczna; stolik pod nim urządzenie krzyżowe stolika; tubus w nim okulary wymienne 5,10,12,15x) b) układ optyczny (okulary; obiektywy5,10,40,60x- obiektywy suche preparat ze szkiełkiem nakrytym i obiektywy mokre imersyjne rolę szkiełka pełni olejek imersyjny. Po zakończonym mikroskopowaniu wyciera się do sucha szmatką obiektyw; kondensor- soczewka skupiająca światło; przesłona- reguluje dostęp światła; źródło światła. Odległość robocza to odległość między preparatem a czołową soczewką obiektywu przy której widać obraz, różna dla różnych obiektywów np. 5,10x- 5mm, 40-60x- 0,5mm, 100x-0,1mm. Powiększenie całkowite wyrażamy iloczynem powiększeń okularu i obiektywu. Zdolność rozdzielcza mikroskopu to odległość między dwoma punktami w preparacie kiedy widać je jako wyraźnie ostre. Zależy od długości fali świetlnej (0,55 um) i od aparatury liczbowej. d=λ/A; A=m sinα/2. Aparatura liczbowa zależy od długości fali i od kąta między promieniami preparatu do czołowej soczewki obiektywu i od współczynnika załamanie światła. Mikroskopy świetlne: a) zwykły b) z ciemnym polem widzenia(posiada kondensor ze specjalną osłoną powodującą że promienie nie idą bezpośrednio do preparatu a rozprasza się na boki, ciemne pole widzenia a oświetlone komórki drobnoustrojów) c) kontrastowo fazowy( służy do obserwacji drobnoustrojów zawieszonych w kropli wody lub soli fizjologicznej i pozwala na wyróżnienie poszczególnych struktur komórkowych bez barwienia) d) fluorescencyjny lub luminescencyjny (różni się tym że oświetlenie jest ultrafioletem w związku z tym nie każdy preparat da się zobaczyć bo musi być zabarwiony flourochromami- erytrozyna i rodamina) e) ultrafioletowy( oświetlany promieniami UV różnica taka że te promienie przechodzą przez szkło kwarcowe w systemie optycznym, możliwość zarejestrowania obrazów na kliszy fotograficznej) Mikroskopy elektronowe- strumień elektornów przechodzi przez pole elektromagnetyczne zachowuje się podobnie jak wiązka światła. Obrazy są oglądane na kliszy lub monitorze. Rodzaj mikroskopu elektronowego to skaningowy dzięki niemu obraz można oglądać w trój wymiarze.
Przygotowanie preparatów- w mikrobiologii wykonuje się dwa rodzaje preparatów, tzw. Mokre i suche. Preparaty mokre służą do przyżyciowego oglądania drobnoustrojów- glonów, drożdży, grzybów nitkowatych, promieniowców. Do ich przygotowania używa się szkiełek podstawowych, umytych wcześniej w chromiance lub detergencie, wypłukanych wodą i odtłuszczonych przez przemycie alkocholem etylowym oraz szkiełek nakrywkowych. Preparaty suche uzyskuje się po utrwaleniu a następnie wybarwieniu drobnoustrojów na szkiełku podstawowym. Utrwalenie materiału na preparacie można dokonać za pomocą czynników fizycznych( ogrzewanie szkiełka z rozmazem zawiesiny drobnoustrojów w płomieniu palnika gazowego) lub chemicznych( alkohol etylowy lub metylowy, formalina, pary kwasu osmowego). Utrwalenie materiału ma na celu zabicie obecnych w nim komórek drobnoustrojów, a tym samym ułatwienie wnikania barwnika lub barwników do ich wnętrza. Zabieg ten również w dużym stopniu przeciwdziała mechanicznemu usunięciu drobnoustroju ze szkiełka podstawowego podczas płukania preparatu.
Grzyby strzępkowe (pleśnie) są organizmami heterotroficznymi, należącymi do Eukaryota. Grzyby mikroskopowe są drobnoustrojami występującyminw srodowisku naturalnym przede wszystkim w glebie i w wodzie, a także w roslinach, znane sa także szczepy chorobotwórcze. Cecha charakterystyczna pleśni jest ich zdolność do degradacji materii organicznej, a tym samym uczestnictwo w obiegu pierwiastków w przyrodzie. Do grzybów strzępkowych zaliczamy przedstawicieli rzędu Mucorales z klasy Zygomycetes oraz niektóre gatunki z klas Acomycetes( workowce) i Deutromycetes ( grzyby niedoskonałe). Grzyby nitkowate wykazują zdolność do wzrostu w dużym zakresie temperatur od 0 do 60 stopnia C. Rosną zarówno w warunkach tlenowych jak i beztlenowych. W przedziale ph od 2 do 8,5, preferujac jednak środowisko kwaśne. Ich wzrost morfologicznie przypomina wzrost promieniowców. Grzyby nitkowate hodujemy na podłożach stałych lub płynnych, naturalnych lub sztucznych. Plecha grzybów składa się ze strzępek- tworów nitkowatych powstających z kiełkującej formy spoczynkowej. Formami spoczynkowymi grzybów nitkowatych mogą być: zarodniki wytwarzane na drodze płciowej lub zarodniki wegetatywne wśród których występują: konidiospory, sporangiospory, artrospory, blastospory, a także ciała przetrwalne. Formy spoczynkowe grzybów charakteryzują się uśpieniem metabolicznym, nie wykazując czynności życiowych. Zawierają mniejsza ilość wody, w porównaniu z komórkami wegetatywnymi, ponadto posiadają substancje zapasowe- budulcowe i energetyczne. Spory sa barwne i zawierają grubą dwu- trzywarstwową ścianę. W warunkach korzystnych formy spoczynkowe grzybów nitkowatych zwiększają swoją objętość wskutek pęcznienia spowodowanego wchłanianiem wody, przybierają kształt kuli, na której pojawia się uwypuklenie, wydłużające się czasem w rostek, rozrastające się następnie w strzępkę. Wzrost strzępek odbywa się bezpośrednio pod szczytem tam gdzie ściana komórkowa jest plastyczna. W tym miejscu i w miejscach bardziej odległych od szczytu strzępki pojawiają się wybrzuszenia boczne, rozrastające się podobnie jak szczyt strzępki; z czasem przeształcają się w strzępki boczne, zdolne do dalszego rozgałęziania się. W rozwoju grzybów strzępkowych w trakcie hodowli wyróżniamy dwie formy wzrostu. 1 replikacyjna charakteryzuje się intensywnymi podziałami strzępek grzybni.2 podziały ulegają zahamowaniu, a przyrost biomasy jest wynikiem odkładania w komórkach substancji zapasowych.3 proces zarodkowania, zachodzący częściej w hodowlach powierzchniowych niż wgłębnych. Zarodnikowanie zapoczątkowuje wyrastanie z komórki wegetatywnej sporangioforu lub konidioforu. Na szczychie sporangioforu wytwarza się zarodnia w której znajdują się wewnętrzne zarodniki sporangialne ( klasa zygomycetes). U gzrybów strzępkowych z klas ascomycetes i deutromycetes na szczycie konidioforu wytwarza się mniej lub bardziej rozbudowany układ konidionośny, na którym powstają zarodniki zewnętrzne- konidia. Grzyby z klas zygomycetes i ascomycetes charakteryzują się rozmnażaniem płciowym. U grzybów z klasy deuteromycetes nie swierdza się rozmnażania w procesie płciowym. W środowisku naturalnym w glebie grzyby nitkowate rozkładają materie organiczną przyczyniając się do powstawania próchnicy. Grzyby mikroskopowe znalazły zastosowanie też do produkcji kwasu cytrynowego( Aspergillus niger). Niektóre gatunki z rodzaju Fusarium syntezują gibereliny stosowane whodowli roślin oraz w piwowarstwie przy produkcji słodu jęczmiennego. Nitkowate wykorzystano do produkcji antybiotyków np. penicyliny ( Penicilium chrysogenum). Nitkowate zostały również wykorzystane do produkcji enzymów m in amyllolitycznych ( aspergillus oryzae, A niger ) proteaz ( Mucor sp.)