Genetyka Ochrona_Środ_2013/13_ćwiczenia_3 Marta Jolanta Śliwa
Jakie rodzaje wiązań łączą ze sobą poszczególne polinukleotydy w DNA?
Fosfodiestrowe
Parowanie nukleotydów podlega specyficznym regułom wypisz je (linie między literami oznacz liczbę wiązań): A=T, C =G
Jeżeli normalnej dwuniciowej cząsteczce DNA guanina stanowi 18% wszystkich zasad, to ile procent stanowi adenina? 32%
Sekwencja jednej z dwóch nici DNA jest następująca: 5'-ATGC-3', Dopisz nic komplementarną: 3' TACG 5'
Odcinki podwójnego DNA zawierające dużo cytozyn i guanin będą;
częściej przybierały formę z-DNA
słabiej łączyły się z czynnikami transkrypcyjnymi
trudniejsze do denaturacji termicznej
trudniejsze do cięcia restrykcyjnego
szybciej degradowane przez egzonukleazy
(P czy F)
Czy (A+G)/C+T = 1 ? P
Czy DNA eukariotycznego chromosomu jest jedną długą podwójna helisą? P
Czy niektóre komórki, np. wątroby są przekazywane potomstwu. F
Czy centromer jest zawsze umiejscowiony w samym środku chromosomu F
Czy telomer jest zawsze na końcu chromosomu P
Istnieją cztery kodony treoniny, wskaż prawidłowe (nawet jeśli ich dotąd nie znałeś): (pozycja „tolerancji ang. Wobble)
ACA, ACC, ACG, ACT;
AAC, CAC, GAC, TAC;
AAA, CCC, GGG, TTT;
AAA, ACA, AGA, ATA;
AAA, CAA, GAA, TAA
1. Które fragmenty mogą zostać naprawione przez polimerazę?
5'- ---- CGT TGA CAT ---- TAA CGA ATC GGT -3'
3'- TAC GCA ACT GTA TTG ATT GCT ---- CCA - 5'
1. Plazmid o długości 10 Kbp trawisz enzymem restykcyjnym przecinajacym go w dwóch miejscach (2 Kbp i 8 Kbp). Ile fragmentów DNA i o jakiej długości otrzymasz? 3 odcinki o długości 2, 2, 6 Kbp
2.. Plazmid o wielkości 6 tysięcy par zasad zawiera dwa geny oporności na antybiotyki:
AmpR - powodujący oporność na ampicilinę
TetR - powodujący oporność na tetracyklinę.
Po przecięciu tego plazmidu przez enzym restrykcyjny CiaI otrzymano dwie cząsteczki DNA o długości 2 oraz 4 tysięcy par zasad. Końce dłuższego fragmentu zligowano, otrzymując w ten sposób ponownie kolistą cząsteczkę DNA. Cząsteczką tą transformowano szczep bakterii wrażliwy na oba antybiotyki. Bakterie po otrzymaniu plazmidu mogą rosnąć na podłożu zawierającym ampicilinę, giną jednak po wysianiu na szalki z tetracykliną. Ponadto nie powiodły się próby transformowania bakterii krótszym, (zligowanym) fragmentem.
Narysuj wyjściowy plazmid. Zaznacz możliwe/prawdopodobne miejsce inicjacji replikacji plazmidu oraz geny AmpR i TetR.
3.. Wyizolowałeś cząsteczkę DNA o długości 8 tysięcy par zasad (8 kbp). Następnie trawiłeś ją dwoma enzymami restrykcyjnymi: EcoRI oraz HindIII. Otrzymałeś fragmenty o następującej długości (w kbp):Narysuj mapę restrykcyjną wyizolowanego fragmentu DNA
EcoRI HindIII EcoRI + HindIII
7 5 4
1 3 3
5 3 1
4.. Poniżej przedstawiono sekwencje rozpoznawane przez różne enzymy restrykcyjne. Zaznaczono także miejsce cięcia. Które z nich są względem siebie kompatybilne?
Ⴏ Bam H1 Ⴏ Eco R1 Ⴏ Hind III Ⴏ Bgl II
5'-GGATCC-3' 5'-GAATTC-3' 5'-AAGCTT-3' 5'-AGATCT-3'
3'-CCTAGG-5' 3'-CTTAAG-5' 3'-TTCGAA-5' 3'-TCTAGA-5'
Ⴍ Ⴍ Ⴍ Ⴍ
GATC GATC