opisać wybrane zagadnienie dotyczące zwijania białek (można było opisać na przykład paradoks Levinthala i lejek zwijnia lub przewidywanie struktur wyższego rzędu na podstawie sekwencji białka)
2) opisać jakie oddziaływania stabilizują struktury wyższego (II i III) rzędu DNA i RNA
3) opisać metodę otrzymywania struktury przestrzennej: pytania naprowadzające: co to struktura przesztrzenna, co się mierzy lub oblicza w metodzie, jak się dochodzi do struktury, jaka jest stosowalność metody
białka - budowa, czyli wiązanie peptydowe, kąty, które i jak wyglądają wykres Ramachandrama, gdzie na tym wykresie są odpowiednie struktury tylu alfa-helisa i jakim kątąm phi i psi odpowiadają te struktury, struktury II rzędowe i III rzędowe białek - co je stabilizuje, zwijanie się białek i tzw. lejek zwijania, co jest na osi pionowej tego lejka i dlaczego to lejek a nie stożek...
2. kw. nukleinowe - budowa A T G C - gdzie przyłącza się cukier, parowanie zarówno po 2 w normalnej helisie jak i po 3 (TAT, CGC) w trypleksie, kiedy może powstać trypleks, jakie warunki spełnione i co sprzyja powstawaniu, struktury II rzędowe i II rzędowe zarówno DNA i RNA, przy DNA mało, przy RNA - pyta o pseudowęzeł często..., efekt hipochromowy - wykres zależności T od A dla np. dwóch oddzielnych nici RNA i nici sparowanych, wykres topnienia DNA (chyba) od temp. i pH - przyznaje bez bicia, że nie wiem o co chodzi - ale prawie wszyscy naokoło wiedzieli, więc nie bedę tłumaczyć...;-)
3. metody - zasada działania, w ultrawirowaniu pyta o współczynnik sedymentacji, co to jest, jaki jest i o czym mówi, generalnie metody bardzo ogólnie, raczej zasady działania i wynik, a nie dokładnie jakie warunki, z rentgenografii np nie chciał wiedzieć zbyt wiele o warunku Bragga...;-)... metody zdecydowanie trzeba umieć wymienić, powiedzieć w czym są pomocne i jeśli zasada działania jest prosta to ewentualnie troche o niej powiedzieć...
ja dostałam pytania:
a) o narysowanie pary AT, potem trójki TAT, potem kiedy powstaja trypleksy, jakie warunki (obecność odpowiednich łańcuchów i warunki środowiska)
b) budowa białek globularnych i co je stabilizuje - jakie oddziaływania, jakie wiązania
c) metody określania budowy przestrzennej związków - rentgenografia przede wszystkim (powiedzialam ze jeszcze np. NMR, ale nie chciał nic więcej), pytał się o to co możemy wyznaczyć z dyfraktogramu --> gęstość elektronową, a z gęstości el. --> współrzędne przestrzenne punktów w jednej komórce kryształu, warunek Bragga go nie interesował...;-)
Rzut neumana (jakkolwiek by się go nie pisało) to odwzorowanie przestrzennego układu wiązań w sposób imitujący patrzenie wzdłuż jakiegoś głównego wiązania (tak, że atom bliższy zasłania nam atom dalszy). Wygląda to jak okrąg z wychodzącymi kreskami ze środka (wiązania bliższego atomu) oraz z obwodu okręgu (wiązania dalszego atomu). Rzut "konikowy" natomiast to spojrzenie na to wiązanie z perspektywy trójwymiarowej (pod kątem do wiązania), co przy pewnej dozie wyobraźni może przypominać zrobionego z patyczków konika (bądź jakieś inne zwierze).
narysowac wykres topienia DNA od temperatury
opisac IIIrz strukture bialek globularnych i strukturalnych
powiedziec co to jest Xk w
pseudosymetrii helisy
opisac dowolna metode badania struktury bialek (ja mowilam o rentgenografii)
scharakteryzowac co mozemy badac i w jaki sposob za pomoca rentgenografii + jak to generalnie dziala, problem fazowy i warunek Bragga
- inne niz helisa drugorzedowe struktury kwasow nukleinowych
- stabilnosc kompleksow, stala asocjacji i dysocjacji
1)metody sekwencjonowania kwasow nukleinowych i omowic jedna
2)opisac struktury II rzedowe bialek i co je stabilizuje
3)porownac bialka strukturalne i blonowe
. Porównać budowę białek globularnych i fibrylarnych.
2. Wyznaczanie struktury przestrzennej cząsteczek przy pomocy NMR (chodziło o 2D NMR, efekt Overhausera i otrzymywanie dzięki niemu odległości między atomami i kątów dwuściennych)
3. Co to jest motyw A-minor (trzeciorzędowa struktura RNA, gdzie adenina wiąże się ze strony małej bruzdy z OH-3' guanozyny sparowanej z cytozyną)
narysowac 3-aminokwasowy peptyd, zaznaczyc katy i podac przyblizone wartosci
2) omowic i czym jest stabilizowana dowolna struktura IIIrz RNA
3) omowic dowolna metode prowadzaca do poznania struktury molekuly
Rentgenografia, co jest potrzebne, co się mierzy, jak się mierzy, problem fazowy, co z tego wynika. Porównać z NMR.
2. Porównać trzeciorzędową strukturę RNA i DNA.
3. Wykres Ramachandrana. Jakie ma konsekwencje dla przewidywania struktury białek z sekwencji.
W pierwszym trzeba było "porównać z NMR", a dokładniej skupić się na dynamicznej strukturze w roztworze [NMR] kontra struktura statyczna w krysztale [rentgenografia]. Tego dowiedzieliśmy się od profesora.
RNA tworzy trzeciorzędowe z drugorzędowych [np. koniczyna w tRNA], a DNA jest na białkach upakowywane.
Wykres należało narysować, opisać osie, napisać jakie kąty ma jaka struktura.
180 stopni - beta kartka, 60 stopni - alfa helisa