Pytania z koła z biochemii: (pytania nie są zbyt składnie napisane ,ale mam nadzieje, że pomogą wam choć trochę w nauce)

1. DNA składa się z nukleotydów

2. Między adenina i tyminą występuje wiązanie podwójne

3. opisz i narysuj transkrypcje RNA

4. na czym polega splicing

5. wymień aminokwasy posiadające pierścienie aromatyczne (fenyloalanina, tryptofan, tyrozyna)

6. wymień aminokwasy posiadające gr hydroksylowe (seryna, cysteina, metionina, treonina)

7. na czym polega elektroforez dwustopniowa - ogniskowanie izoelektryczne(ustala się gradient pH elektroforezy, nakłada próbkę i przykłada napięcie, białka migrują do pH=pI) + elektroforeza

8. dlaczego niepolarna cząsteczka ulega w wodzie agregacji - z powodu wzrostu entropii wody, - 4 typ oddziaływań słabych w ukł. biologicznych

9. ile wynosi energia wiązania Van der Walsa - 2-4kJ/mol

10. wodorowe- 5-30kJ/mol

11. elektrostatyczne - 5,9kJ/mol

12. w Ph =12 która z gr w glicynie jest obdarzona ładunkiem - COO-

13. III-rzędowa struktura DNA u eukariota (narysować) - chromatyna:]

14. bialka

1. pierwszorzędowa-określa sekwencję aminokwasów

2. drugorzędowa- opisuje wzajemne przestrzenne ułożenie reszt aminokwasowych, sąsiadujących ze sobą w sekwencji liniowej

3. trzeciorzędowa- odnosi się do powiązań przestrzennych i wzajemnego ułożenia reszt aminokwasowych oddalonych od siebie w sekwencji liniowej oraz lokalizacji mostków dwusiarczkowych.

15. cechy wiązania peptydowego - jest płaskie, 4 cząst. leżą w jednej płaszczyźnie (OCNH), - ma charakter wiązania podwójnego

16. jakie są odpowiedzi komórki na zmiany w środowisku zewnętrznym

17. podaj dwa przykłady przyczyn ewolucji - zmienność gatunkowa czyli organizmy się różnią, mutują się, - dobór naturalny, przeżywają i się rozmnażają tylko organizmy najsilniejsze

18. co to są priony- infekcyjne białka, występujące powszechnie w każdym organizmie i całkowicie niegroźne. Dopiero w sytuacji, gdy zmieniają one swoją naturalną konformację, stają się białkiem prionowym infekcyjnym. Np. zmiana alfa-helisy na beta-kartkę

19. na czym polega test Elisa- jeden z najpowszechniej stosowanych testów w badaniach biomedycznych, zarówno naukowych, jak i diagnostycznych. Służy on do wykrycia określonych białek w badanym materiale z użyciem przeciwciał poliklonalnych lub monoklonalnych skoniugowanych z odpowiednim enzymem.

Zasada działania testu ELISA polega na tym, że przeciwciało związane z określonym enzymem może specyficznie rozpoznawać dane białko (zawarte w materiale biologicznym), które wcześniej zostało unieruchomione na podłożu. Po dodaniu przeciwciał następuje utworzenie kompleksów immunologicznych, zatem przeciwciało także zostaje unieruchomione. Po wypłukaniu niezwiązanego przeciwciała i dodaniu substratu dla enzymu związanego z przeciwciałem zajdzie reakcja enzymatyczna, czemu z kolei będzie towarzyszyło pojawienie się produktu. Wykrycie jego obecności (może to być np. produkt barwny powstający z bezbarwnego substratu) świadczy o obecności danego białka w badanym materiale. Mierząc z kolei ilość powstającego produktu można także przeprowadzić analizę ilościową.

20. jaka cząsteczka może być antygenem - może być każda substancja, która wykazuje dwie cechy: immunogenność, czyli zdolność wzbudzenia przeciwko sobie odpowiedzi odpornościowej swoistej, oraz antygenowość, czyli zdolność do reagowania z przeciwciałami oraz TCR(receptor obecny na powierzchni limfocytu T)

21. w jaki sposób białko tworzy swoja prawdziwa konformacje - poprzez fałdowanie kooperatywne, oraz stopniową stabilizację struktur przejściowych

22. jak się wykrywa biało enzymatyczne?

1. co to jest chromosom? Jak powstaje? 
   2. system replikacji DNA, jakie enzymy biorą w niej udział. Schemat 
   3. Co to są przeciwciała monoklonalne. Jak powstają? 
   4. Jaki test immunologiczny jest najlepszy do wykrycia jakiegos białka w komórce? 
   5. Dlaczego struktura białka samoistnie dąży do uporządkowania, pomimo spadającej entropii? 
   6. Co to są białka poryny? 
   7. Skład aminokwasowy i znaczenie biologiczne oksytocyny i glutationu 
   8. W przypadku enzymu aby wykryc go poddajemy go testowi na: 
   9. 2 dowody molekularne na istnienie ewolucji 
   
   dlaczego replikacja DNA jest semikonserwatywna 
   
   narysować i opisać III-rzędową strukturę DNA eukariota 
   opisać na czym polega i do czego służy test ELISA 
   jak komórka reaguje na zmiany środowiska (ewolucja) 
   wymień i krótko opisz 5 metod analizy białek 
   co to są priony, dlaczego choroba prionowa uważana była za zakaźną 
   jakie aminokwasy występują na powierzchni białka jeśli znajduje się ono w środowisku wodnym 
   w jaki sposób białka przyjmują konformacje, co jest diagram Ramahandrama (czy jakos tak) 
   podaj przyczyny ewolucji 
   jakie cząsteczki mogą być antygenami 
   dlaczego czasteczki niepolarne ulegaja agregacji w wodzie 
   

2. 1. molekularne dowody istnienia ewolucji 
   2. co to jest chromosom, jego struktura, schemat 
   3. replikacja DNA, enzymy, schemat 
   4. Co to jest poryna 
   5. Glutation - skład aminokwasowy i funkcje w komórce 
   6. przeciwciała monoklonalne - schemat powstawania i co to jest 
   7. jak zlokalizować wiązania siarczkowe w łańcuchu peptydowym 
   8. jaka jest energia wiązania wodorowego 
   9. co oznacza, że replikacja jest semikonserwatywna 
   10. jak wykryć enzym, chodziło chyba o metodę western blotting 
   1. chodziło o budowę DNA 
   2. do poryny jeszcze było jakie funkcje pełnią aminokwasy, które ją budują 
   3. początek syntezy białka u bakterii 
   4. aminokwasy w bialkach jaka mają konformacje L i podać wyjątek ( ale ten wyjątek nie pamiętam czy był do tego pytania:P) 
   5. glicyna w pH=7 
   6. dlaczego następuje uporządkowanie struktury bialka, mimo, że entropia rosnie jakoś tak - chodziło tu chyba o oddzialywania hydrofobowe 
   7. co to jest diagram Ramachandrana 
   8. był podany peptyd i trzeba było napisac aminokwas, ktory jest na N- końcu 

3. Sygnał start dla bakterii - narysować (chyba? nie pamiętam) 
   Ile jest wiązań wodorowych pomiędzy G i C? 
   Z jakich powtarzających się elementów składa się DNA 

4. 1. Przyczyny ewolucji 
   2. Transkrypcja RNA, schemat, enzym, etapy 
   3. Test ELISA 
   4. Dlaczego cząsteczki niepolarne ulegają agregacji? 
   5. 3rzędowa struktura DNA - schemat i opis 
   6. Jak komórka reaguje na zmiany środowiska? 
   7. Co to są priony? 
   8. W jaki sposób białka przyjmują konformację 
   9. Cechy wiązania peptydowego 
   10. Jakie cząsteczki mogą byc antygenami 
   11. Na czym polega splicing?\ 
   12. Energia wiązania van der Waalsa 
   13. Glicyna w pH=13 
   14. aminokwasy aromatyczne - 2 przyklady 
   15. aminokwasy z grupą OH - 2 przyklady 
   1. co to jest chromosom? Jak powstaje?
   2. system replikacji DNA, jakie enzymy biorą w niej udział. Schemat
   3. Co to są przeciwciała monoklonalne. Jak powstają?
   4. Jaki test immunologiczny jest najlepszy do wykrycia jakiegos białka w komórce?
   5. Dlaczego struktura białka samoistnie dąży do uporządkowania, pomimo rosnacej entropii?
   6. Co to są białka poryny?
   7. Skład aminokwasowy i znaczenie biologiczne oksytocyny i glutationu
   8. W przypadku enzymu aby wykryc go poddajemy go testowi na:
   9. 2 dowody molekularne na istnienie ewolucji

10. dlaczego replikacja DNA jest semikonserwatywna

5. 1. narysować i opisać III-rzędową strukturę DNA eukariota
   2. opisać na czym polega i do czego służy test ELISA
   3. jak komórka reaguje na zmiany środowiska (ewolucja)
   4. wymień i krótko opisz 5 metod analizy białek
   5. co to są priony, dlaczego choroba prionowa uważana była za zakaźną
   6. jakie aminokwasy występują na powierzchni białka jeśli znajduje się ono w środowisku wodnym
   7. w jaki sposób białka przyjmują konformacje, co jest diagram Ramahandrama (czy jakos tak)
   8. podaj przyczyny ewolucji
   9. jakie cząsteczki mogą być antygenami

10. dlaczego czasteczki niepolarne ulegaja agregacji w wodzie

Pytania z biochemii

1. bialko natywne

2. chromosom, jak powstaje jakis rysunek

3. wiazanie peptydowe jakiego typu - trans i ze w prolinie cis

4. diagram ramachandrana

5. transkrypcja z rysunkiem i enzymy

6. ultrawirowanie w gradiencie stężeń

7. liza Komorek szpiczaka

8. przeciwciała monoklonalane

9. aminokwasy zasadowe?

10. test elisa

11. podstawowa jednostka dna- co tworzy rdzen

12, kinetyka i termodynamika dzialania enzymu

13. reakcje spontaniczne

14.konformacje aminkowasow - L

15. glutation oksytocyna

16. w jakim miejscu antygen wiaze się z przzeciwcialem

17dlaczego struktur abialaka samoistnie dazy do uporządkowania mimo ze entropia rosnie

---