Notateczki, Biotechnologia PWR, Semestr 5, Biologia Molekularna - Wykład, egzamin - stare pytania, Pytania z lat 2007 - 2011


I DNA, RNA i przepływ informacji genetycznej 107


  1. Podwójna helisa typu WC
    a)2 polinukleotydowe łańcuchy zwinięte wokół osi
    b)helisa ma pełny obrót o 34 st. bo każda para o 36 st względem sąsiedniej i oddalone o 3,4 A
    c)puryny i pirymidyny znajdują się wewn stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy na zew
    d)A=T i G=C
    e)połączenie zasady z cukrem nosi nazwę nukleozydu

  2. Które można obalić lub potwierdzić WC
    a)jeśli jedno aminoacylo-tRNA zawiera antykodon UCG a drugie ICG to w niezmutowanej komórce łączą się one do jednego (w każdym razie najdłuższe)

    Cechy modelu WC:

1)dwa helikalne łańcuchy polinukleotydowe oplatają wspólną oś. Łańcuchy biegną w przeciwnych kierunkach
2)rdzeń cukrowo-fosforanowy biegnie na zew, a zasady są zwrócone do wew helisy
3)płaszczyzny zasad są prostopadłe do osi helisy, a odległość między sąsiednimi wynosi 0,34 nm. Całkowity skręt helisy powtarza się co 3,4 nm. Czyli na jeden skręt przypada 10 nukleotydów w każdym łańcuchu
4)średnica helisy wynosi 2 nm

  1. dsDNA
    a)G paruje się z C poprzez 3 wiązania
    b)zasady superhelikalne znajdują się wew helisy prostopadle do osi helisy
    c)deoksyryboza ma przy 3' wolną grupę OH

  2. Pytanie z dwoma pętlami

a)formę przedstawioną na rysunku można utworzyć z sekwencji 5'ACGGT-ACCGT-3'

  1. ssDNA/ssRNA
    a)mogą tworzyć złożone struktury (spinki)
    b)często ulegają zwinięciu
    c)odgrywają istotną rolę w rybosomach

  2. Kwasy nukleinowe
    a)ssRNA może tworzyć helisę z komplementarnym ssDNA
    b)deoksyryboza nie zawiera grupy 2OH

  3. Rozpoznać puryny pirymidyny
    Pirymidyny- dłuższa nazwa, więc mniejsze cytozyna (-NH3) tymina (-CH3)
    Puryny- krótszą, więc podwójne Adenina (NH2) Guanina (O)

  4. Rodzaje RNA (którego najwięcej, co kodują poszczególne klasy)
    1) mRNA
    -informacyjny

-matryca do syntezy białek (translacja)

- heterogenność klasy

- 1,2 kz

-spinki

-najmniej
-zazwyczaj powstaje z pre mRNA

-na końcu 3' ogon poli(A), niekodowany przez DNA matrycę

-kap na końcu 5

mRNA u Euk
a)zazwyczaj powstają z pre-mRNA
b)posiadają na końcu 3' ogon poli(A), niekodowany przez matrycę
c)mRNA Euk nie zawiera intronów pre-mRNA je ma

2)tRNA

-przenosi zaktywowane aminokwasy do rybosomów, gdzie dochodzi do ich połaczenia w kolejności
określonej przez mRNA
-antykodon i miejsce wiązania aminokwasu na przeciwległym końcu
-zawiera od 70-90 nukleotydów

-duża część jest sparowana

-CCA na końcu 3

-wiele zmodyfikowanych nukleotydów
-ok. połowa nukleotydów jest sparowana

-wszystkie mają fosforyzowany koniec 5'
3)rRNA

-największy, najwięcej

-rybosomowy

-główny składnik rybosomów

-3 rodzaje (23,16 i 5S)

-wszystkie rybosomy E. coli zawierają po jednej cząsteczce każdego z tych rodzajów

-katalizuje syntezę białka

4) snRNA

-małe jądrowe

-biorą udział w usuwaniu intronów i łączeniu egzonów RNA
-posiada kap na końcu 5

5)niskocząsteczkowe RNA

-ważny składnik cząstki rozpoznającej sygnał SRP (cytoplazmatycznego kompleksu zbud z białka i RNA,
który kieruje białka na zewnątrz komórki lub do określonych wewnątrz

6) miRNA

-mikro

-małe, niekodujące RNA, które wiążą się do komplementarnych cząsteczek mRNA i hamują translację

7) siRNA

-małe interferencyjne

-małe cząsteczki RNA wiążące się do mRNA i ułatwiające ich dgradację

-hamowanie ekspresji specyficznych genów

8)jest składnikiem telomerazy, enzymu odpowiadającego za zachowanie telomerów (zakończeń
chromosomów podczas replikacji DNA)

  1. Polimerazy DNA
    a)potrzebna obecność czterech NTP
    b)jon Mg2+
    c)nowy łańcuch jest składany bezpośrednio na istniejącej już matrycy DNa
    d)enzym zależny od matrycy
    e)do zainicjowania syntezy potrzebują krótkiego startera, mający wolną grupę 3OH
    f)nukleofilowy atak 3OH startea na at fosforu
    g)tworzy się wiązanie fosfodiestrowe i zostaje uwolniony pirofosforan
    h)wiele polimeraz DNA może naprawiać błędy przez usuwanie niedopasowanych nukleoydów

  2. Polimerazy DNA (nukleotydylotransferaza DNA) potrzebuje (jak chce syntetyzować DNA):
    a)starter z 3OH
    b)matrycy ss lub dsDNA
    c)Mg
    d)dNTP
    e)aktywne 5'trifosforany deoksyrybonukleotydów
    f)atak na Pi (jak polimerazy RNA)

  3. Polimerazy DNA I
    a)wymagana w naprawie DNA
    b)wymagana w replikacji
    c)potrzebuje primera i matrycy
    d)usuwa primer i wypełnia szczeliny podczas replikacji
    e)egzonukleaza 5-3

  4. Polimerazy DNA II
    a)potrzebuje primera z 3OH wolna i matrycy
    b)wymagana w naprawie DNA
    c)aktywność nukleazowa 3-5

  5. Polimerazy DNA III
    a)wymagana do replikacji
    b)potrzebuje primera i matrycy
    c)tworzy najwięcej DNA podczas replikacji
    d)aktywność nukleazowa 3-5
    e)holoenzym syntetyzuje większość DNA (wiąże się specyficznie z matrycą)
    f)podjednostka ε wykonuje czytanie i sprawdzanie większości syntez DNA
    g)zlokalizowana w nukleoplazmie
    h)tworzy prekursorowi tRNA

  6. Odwrotna transkryptaza 118,130,153,808
    -retrowirusowy enzym (przepływ informacji wstecz od RNA do DNA, mają 2x ssRNA)

-bierze udział w w kopiowaniu RNA na DNA

-katalizuje syntezę komplementarnej nici DNA, rozpad nici RNA, utworzenie komplementarnej nici DNA

-musi być starter DNA z wolną grupą 3'-hydroksylową (oligoT)

-w obecności tri fosforanów czterech deoksyrybonukleozydów
-wbudowuje się dsDNA do genomu

-aktywności: 1)polimeraza DNA zależna od DNA
2)polimeraza DNA zależna od RNA

3)hybryd DNA-RNA
wirusowy RNA odwrotna transkryptazasynteza DNA komplementarnego do RNA hybryda DNA-RNA odwrotna transkryptaza trawienie RNA transkrypt DNA wirusowego DNA odwrotna transkryptazasynteza drugiej nici DNA dwuniciowy wirusow DNA

  1. Translacja
    a)wiązanie aminokwasów jest niekorzystne termodynamicznie i wymaga hydrolizy ATP
    b)że syntetaza aminoacylo-tRNA przeprowadzając aktywację aminokwasów tworzy produkt pośredni, hydrolizując ATP z wytworzeniem pirofosforanu
    c)u Pro transkrypcja sprzężona z translacją a u Euk nie
    d)aminokwasy dodawane do C końca

  2. Translacja mRNA u Pro
    a)cząsteczka elongacyjna Tu oddziałuje ze wszystkimi cząsteczkami aminoacetylo-tRNA oprócz fMet-tRNA
    b)peptydylo-tRNA może zajmować miejsce P lub A zależnie od cyklu komórkowego
    c)fMet-tRNA zajmuje miejsce P
    d)mRNA policistronowe
    f)aminoacylo-tRNA wiąże się do miejsca P
    g)IF2 zdolny do hydrolizy GTP dzię czemu energia do translacji

    ETAPY:
    (1)metionylo-tRNA
    (2)formylometionylo-tRNA
    (3)sekwencja sine-Dalgarno (bogata w puryny) + AUG
    (4)kierunek translacji 5-3
    (5)mRNA policistronowe

  3. translacja mRNA Euk
    a)kończy czynnik uwalniający ( u Pro hydrolizuje GTP)
    b)biorą udział białka wiążące z 5 mRNA i inne czynniki inicjujące
    c)może być regulowane przez kinazy białkowe
    d)aminokwasy aktywowane przez przyłączenia do tRNA
    f)rozpoczęcie na kodonie przez specyficzne pre tRNA i kodonu
    g)wiązanie peptydowe aminoacylo-tRNA miejsca A a reszta peptydylowa (inicjatorowi tRNA) miejsca P

  4. polimeraza RNA potrzebuje do syntezy:
    a)matrycy (dsDNA, ssDNA)
    b)aktywowane prekursory (ATP,GTP,UTP,CTP)
    c)dwuwartościowy jon metalu (Mg, Mn)

  5. Polimeraza RNA I
    a)zlokalizowana w jąderku
    b)syntetyzuje RNA 5-3
    c)jest zbudowana z kilku podjednostek

  6. Polimeraza RNA II
    a)jest zlokalizowana w nukleoplazmie
    b)silnie inhibowany przez amanityne
    c)w kierunku 5-3
    d)ma podjednostkę z powtarzalną sekwencją aminokwasów regulowana w fosforylacji
    e) tworzy prekursorowi mRNA

  7. Polimeraza RNA III
    a)zlokalizowana w nukleoplazmie
    b)tworzy prekursorowy tRNA
    c)5-3
    d)jest zbudowana z kilku podjednostek

  8. Kod genetyczny
    a)bezprzecinkowy
    b)prawie absolutnie uniwersalny
    c)zdegenerowany (ale z innego powodu niż w odp)
    d)61 kodonów koduje 20 aminokwasów

    -jeden aminokwas kodują 3 nukleotydy (kodon)
    -jest nienakładający się
    -nie ma znaków przestankowych
    -jest zdegenerowany (niektóre aminokwasy są kodowane przez więcej niż 1 kodon)

tylko trp i met mają po 1 kodonie

  1. sekwencje Shine-Dalgarno
    a)występuje w bakteryjnym mRNAprzed kodonem AUG lub GUG (koduje Met, sygnał startu)
    b)komplementarna do 3'końcowego rejonu w cz. rybosomalnego RNA
    c)rejon bogaty w puryny ( A i G)







II Poznawanie genów 134


  1. PCR, które niepoprawne:
    a) DNA powielany jest w postępie geometrycznym

b)służy do wykrywania re aranżacji chromosomalnych

c) może być wykorzystywana do wykrywania niewielkich
d)uda nam się przeprowadzić gdy denaturacja w zbyt niskiej temp, hybrydyzacja w zbyt wysokiej

f)produkty PCR mogą być analizowane za pomocą metody Western blooting (do małych ilości białek, swoiste przeciwciała)

-służy do wielokrotnego powielania wybranych sekwencji DNA

-musimy znać sekwencje przylegające

-dodajemy: 1) parę starterów, które hybrydyzują z sekwencjami przylegającymi
2) tri fosforany DTP

3)termo stabilną polimerazę DNA

-składa się z 3 etapów:

1) oddzielenie nici DNA (denaturacja) 95C, 15s

2) hybrydyzacja starterów 54C, 3'-końce, 20-30 nukleotydów

3) synteza DNA (elongacja) 72C, 5'-3', zachodzi na obu niciach

-powielenia sekwencji docelowej wykładniczo następuje, dłuższe cząsteczki zaś liniowo i używane jako matryce

-powielana sekwencja może być znacznie dłuższa od startera

-amplifikacja może zajść nawet wtedy gdy startery nie są idealnie komplementarne

-amplifikacji ulega tylko odcinek zawarty między parą starterów hybrydyzujących z matrycowym DNA

-metoda wysoce specyficzna i czuła(hybrydyzacja w wysokiej temp, powiela nawet pojedynczą cz)

-wykrywa bardzo małe ilości bakterii i wirusów
-bada DNA w archeologicznych próbkach
-monitoruje przebieg chemioterapii
-identyfikacja zgodności genetycznych (test na ojcostwo)

  1. Geny u Euk
    a)większość nieciągła, bo introny
    b)czy współliniowe ze swoimi produktami białkowymi
    c)czy eksony kodują rejony białek odrębne strukturalnie i funkcjonalnie
    d)czy nowe białka powstają w wyniku rearanżacji eksonów

  2. Metoda Sangera
    a)odczytać od dołu, napisać komplementarną i zapisać ją od 5-3
    b)może się w mieszaninie znajdować: polimerazy DNA, matryca, 2,3-dedeoksy analog dNTP
    c)znakuje się przy użyciu alfa lub gamma P32 ATP

    -kontrolowane przerywanie replikacji enzymatycznej
    -ta sama procedura jednocześnie w czterech mieszaninach reakcyjnych
    -we wszystkich wykorzystuje się polimerazę DNA, by utworzyć nić komplementarną do określonej sekwencji w ssDNA
    -syntezę inicjuje fragment DNA
    -zawiera 4 rodzaje tri fosforanów deoksyrybonukleozydów i małą ilość 2'3'-dideoksyanalogu jednego z czterech nukleotydów, innego dla każdej mieszaniny

  3. cDNA
    a)powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA
    b)nie będzie sekwencji intronowych

    -DNA komplementarny do dojrzałego mRNA

-może ulegać ekspresji z kom. gospodarza
-odwrotna transkryptaza (warunek starter DNA z wolną grupą 3OH komplementarny do matrycy RNA)
-jako starter można zastosować oligonukleootyd zbudowany z połączonych reszt tymidyny [oligo(T)]
oligo(T) tworzy komplementarne pary z Poli(A), która jest obecna na końcu 3'wiekszości eukariotycznych cząsteczek mRNA
-w skrócie odwrotna transkryptaza syntetyzuje nić cDNA na matrycy mRNA, a po hydrolizie nici mRNA polimeraza DNA dobudowuje drugą nić do matrycy cDNA


IIIReplikacja, naprawa i rekombinacja DNA 164 i 787


  1. Ligaza bakteriofaga i zwierząt (cechy wspólne)
    a)źródłem energii jest ATP
    b)biorą udział w naprawie uszkodzonego DNA
    c)podczas ligacji powstaje kompleks enzym-adenylan, adenylan-DNA
    d)do utworzenia wiązania fosfodiestrowego ligaza zużywa 2 wysokoenergetyczne wiązania
    e)enzym katalizuje reakcje tworzenia wiązania fosfodiestrowego

    f)bierze udział w syntezie (zwierze)
    g)w jakich procesach uczestniczy
    h)drDNA
    i)przeprowadza reakcję wieloetapową
    j)zużywa 2 wiązania wysokoenergetyczne
    k)uwalnia się zawsze PPi

  2. Ligaza DNA 259, 800 rozdział 28
    a)katalizuje tworzenie się wiązania 3OH i 5P (fosfodiestrowych w msc zerwania)
    b)wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zależne od źródła enzymu, energia do w. fosfodiestrowych
    c)mechanizm wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan
    d)mechanizm wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiązania fosfobezwodnikowego z AMP
    e)wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji
    f)łączy końce nici opóźnionej ze sobą i mogą je zrobić w formę kolistą
    g)potrzebuje wolnej 3OH i ufosforylowanej 5OH
    h)4 nukleotydy

    -łączy DNA plazmidu i wprowadzonego fragmentu
    -katalizuje wiązania fosfodiestrowe w miejscach zerwania łańcucha DNA
    -potrzebuje wolnej grupy 3OH oraz ufosforylowanej 5OH
    -wymaga również, a by łączone odcinki znajdowały się w obrębie dwuniciowej helisy
    -energia potrzebna do ligacji pochodzi z ATP lub NAD+
    -DNA łączy się przez końce kohezyjne
    -wykorzystuje linkery DNA (mogą być rozcinane przez enzymy restrykcyjne)
    (1)łacznik zostaje kowalencyjnie przyłączony do końców DNA lub wektora
    (2)końce 5' linkera i cząsteczki DNA poddaje się fosforylacji za pomocą kinazy polinukleotydowej
    (3)łączenie za pomocą ligazy z faga T4 (dsDNA tępe końce - bez nieparowany odcinków ss)

  3. Które sekwencje w Z-DNA
    a)tam gdzie dużo C i G

  4. hybryd 19·, prawoskrętna, wąski i głęboki rowek to
    a)hybryd DNA-RNA i A-DNA

  5. DNA A
    a)prawoskrętna
    b)struktura podobna do podwójne helisy RNA
    c)nici mają przeciwne zwroty

  6. DNA B
    a)szeroki i głęboki rowek
    b)prawoskrętna
    c)10,4 zasad na skręt
    d)nici przeciwne zwroty

  7. DNA Z
    a)fosforany w szkielecie są zygzakowate
    b)nici przeciwny zwrot

  8. Prymaza
    a)nie syntetyzuje krótkich DNA
    b)polimerazy RNA

  9. Topoizomeraza
    a)zmienia liczbę (opleceń) miejsc wiążących topoizomerów
    b)przerywa DNA i powoduje relaksacje wiązań fosfodiestrowych
    c)tworzy kowalencyjny intermedia z substratem DNA
    d)może używać ATP do utworzenia ujemnej superhelikalnego DNA z formy rozluźnionej
    e)5 fosforan wiąże łączy się z OH tyrozyny

  10. Lk=Tw+Wr
    Wr-liczba zwojów jest cechą topologiczną cz
    Lk-liczba opleceń mówi ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie drugą nić dna i dlatego zawsze dodatnia helisa B

  11. Widełki replikacyjne
    a)miejsce zrelaksowanego DNA

  12. nić opóźniona
    a)syntetyzowana nieciągle
    b)kierunek syntezy przeciwny do widełek

  13. nić prowadząca
    a)syntetyzowana ciągle

  14. Fragmenty Okazaki
    a)syntetyzowane ciągle
    b)kierunek przeciwny

  15. Paralog, homolog, ortolog
    a)czy mutacje zachodzące w jednostce uległej duplikacji mogą prowadzić do nowego białka

  16. helikaza DnaB
    a)rozwiązane nici pochodzące z replikacji w powiązaniu z białkami dnaA i danC

  17. Naprawa DNA uszkodzonego UV
    a)uvrABC enzym rozpoznaje uszkodzenia wywołane dimerem tymidynowym
    b)enzym fosforeaktywny absorbuje światło i odcina dimer tymidynowy w celu odtworzeni reszt tyminy
    c)uvrABC (egzonukleaza) hydrolizuje wiązanie fosfodiestrowe
    d)polimerazy DNA I wypełnia przerwy, ligaza DNA

  18. Telomerazy
    a)nie uzupełniają nici opóźnionej
    b)odwrotna transkryptaza 5-3
    c)RNA matryca/starter
    d)syntetyzuje nici bogate w G
    e)aktywność polimerazowa RNA
    f)dołączają reszty do 3 nici matrycowej, na której będzie syntetyzowana nić opóźniona

  19. Replikacja DNA
    a)etapy, gyraza, prymasa (tab 861)
    b)u Pro nie potrzbea ATP, topoizomeraza I tnie dwi nici, topoizomeraza II nie jedną nić








IV Synteza i splicing RNA 825




  1. Sygnały rozpoczynające i kończące transkrypcję
    b) promotor genów szoku cieplnego różnią się w sposób zasadniczy od typowych promotorów rozpoznawanych przez inne warianty odpowiedniej podjednostki

c) sygnałem terminacji jest cz. RNA o strukturze spinki przed kilkoma UUU oraz antybiotyki (dużo C-G)

d) heksametryczne białko Rho jest ATPazą w obecności ssRNA (nie jest niezbędne)

e) u E. coli wyspecjalizowane sygnały terminacji zwane atenuatorami


DNAtransrypcja RNA translacja BIAŁKO

-synteza RNA na matrycy DNA

-katalizowana przez polimerazę RNA (inicjacja syntezy i stopniowe wydłużanie)

-polimeraza potrzebuje: 1) matryca (dsDNA)

2) aktywowane prekursory (ATP,GTP, UTP, CTP)

3) Mg2+ lub Mn2+

-funkcja polimerazy: 1)poszukuje miejsc odpowiedzialnych za inicjację (msc promotorowe)

2)rozplata krótki odcinek DNA (DNA jako matryca)

3) wybiera tri fosforan rybo nukleozydu i katalizuje utworzenie wiązania
fosodiestrowego

4) rozpoznaje sygnały terminacji

5) oddziałuje z białkami aktywującymi i wpływającymi negatywnie na syntezę

(czynniki transkrypcyjne)

-podjednostki: 1) α-wiąże białko regulatorowe

2)β-wiąże trifosforany rybonukleotydów, wiąże matryce DNA

3)σ - odszukuje miejsca promotorowe, pomaga zainicjować syntezę,
oddysocjowuje od enzymu (ma warianty w zależności od warunków),
zdolność inercji transkrypcji miescach promotorowych

znajduje się w polimerazie do paramotorowych rejonów RNA

  1. Białka ochronne
    a)wiążą się z rosnącymi łańcuchami polipeptydowymi
    b)przykładem jest grupa białek szoku termicznego

  2. Ekspresja genów u Eukariota
    a)aktywatory i represory działają poprzez zmianę szybkości tworzenia się kompleksu transkrypcyjnego

b)zaktywowane związanym hormonem receptory wiążą się ze specyficznymi sekwencjami elementami odpowiedzi na hormon

c)w wielu białkach kontrolujących ekspresję genów, wiążących się specyficznie do palca cynkowego
d)geny w rozluźnionej chromatydzie nieaktywne
e)pufy aktywują transkrypcję

  1. Transkrypcja genów u E. coli
    a)produktem może być policistronowy mRNA
    b)faza elongacji podczas transkrypcji jest przeprowadzana przez rdzeń polimerazy
    c)ekspresja genów jest kontrolowana głównie na poziomie transkrypcji
    d)pre-mRNA podlega procesowi składania (splicing) przed translacją
    e)polimeraza RNA aktywność nukleazowa, która umożliwia korekcję błędów

  2. rho
    a)aktywowane przez ssRNA
    b)działa helikaza DNA-RNA
    c)posiada niekodujące sekwencję?

  3. oriC
    a)produkt inicjacji syntezy

  4. Splicing spliceosomu (miejsce wiązania)
    a)adenylo-2OH atakuje
    b)3OH E1 atakuje E2
    c)nie skróci produktu, powstanie takie samo białko
    d)nie ma ATP
    e)tworzy się lasso
    f)tworzy się wiązanie 2'5'fosfodiestrowe
    g)u wyższych kręgowców Splicing przez spliceosom, u niższych może występować autokatalityczny splicing
    h)w spliceosomie u wszystkich Euk uczestniczą katalityczne cząsteczki snRNA

  5. Splicing alternatywny
    a)segregacje selektywna RNA

  6. Splicing Tethahy
    a)potrzebny kofaktor GTP, GDP
    c)kieszeń (zawiera cząsteczki prekursorowego RNA)
    d)nie potrzeba ATP

  7. Splicing autokatalityczny typu 1
    a)atak grupy 2OH z rozgałęzienia na miejsce splicingowe 5
    b)atak grupy 3OH eksonu pierwszego na koniec 5P eksonu drugiego
    c)powstanie połączonych eksonów oraz intronu w formie lassa

  8. Bąbel transkrypcyjny
    a)podjednostka σ (utrata tej podjednostki, rdzeń silnie się wiąże do matrycy)
    b)17 nukleozydów nici kodującej DNA w formie pojedynczej

  9. I grupa splicingowa
    a)reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
    b)wymaga nukleozydu guanozowego lub nukleotydu

  10. II grupa splicingowa
    a)wymagane wiązanie 2-5 fosfodiestrowe
    b)reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
    d)produkt pośredni o kształcie lassa

  11. Splicing mrNA
    a)wymagane wiązanie 2-5 fosfodiestrowe
    b)reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
    c)spliceosomu wymagany
    d)produkt pośredni w kształcie lassa
    e)snRNPs wymagane
    f) co się stanie jak przesuniemy w stronie 5' - nic, produkt białkowy taki sam, zmieni się kształt lassa

  12. splicing eukariotyczny tRNA
    a)aktywność ligazy I nukleazy są potrzebne

  13. Redagowanie
    a)zwiększa różnorodność genomu
    b)zachodzi po transkrypcji

  14. Redagowanie RNA
    a)może polegać na insercji lub delecji
    b)zmiana w transkrypcie RNA może zajść przez reakcje powodującą zmianę kodonu jakiegoś aminokwasu na STOP
    c)w niektórych mitochondrialnych mRNA sekwencje, które mają być zmodyfikowane rozpoznaje specyficzna cząsteczka RNA zwana przewodnikiem

  15. Bakteriofag i rec
    a)w fazie lizogenicznej w bakterii nazywany profagiem
    b)przyłącza do ssDNA-recA, włącza lize
    c)cro przyłącza się do OR3, hamuje rep lambda
    d)koduje tylko represor w fazie lizogenicznej

  16. Miejsca promotorowe E.coli
    a)mogą wykazywać różną wydajność transkrypcji
    c)określa stronę startu dla transkrypcji na matrycy DNA
    d)te które mają sekwencję prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi (są sparowane przez 17 pz) są b.wydajne

  17. Ogony poliA
    a)dodawne przez polimerazę poliA
    b)zużywane ATP
    c)sekwencja rozcinająca na 3'końcu



V Synteza białek 861


  1. Aminoacylo-tRNA
    a)dla każdego aminokwasu istnieje inny enzym katalizujący tworzenie odpowiedniego

b)rodzaj aminokwasu przyłączonego do tRNA zależy od rodzaju syntetazy

c)większość syntetaz aminoacylo-tRNA posiadają aktywność korekcyjną

Pytanie do syntezy:
a)produkt przejściowy którego gr karboksylowa tworzy wiązanie bezwodnikowe z ortofosforanem
b)estry aminokwasów syntetyzowane na 3' tRNA
c)potrzebne ATP
d)aktywność korygująca pozwala na usunięcie z syntetazy treonylowej serynę

-aminokwas ulega estryfikacji i zostaje przyłączony do 2'OH lub 3'OH adenozyny tRNA

-przyłączenie danego aminokwasu do swoistego tRNA decyduje o prawidłowym odczytaniu kodu genetycznego

-syntetazy aminoacylo-tRNA selektywnie rozpoznają aminokwasy ulegające aktywacji

(każda syntetaza jest specyficzna dla swoistego aminokwasu)

-aktywność korekcyjna syntetaz aminoacylo-tRNA zwiększa poprawność syntezy białka

-większość syntetaz zawiera centra acylujące (odrzuca większe aminokwasy)i hydrolityczne (mniejsze)

-dla każdego aminokwasu istnieje przynajmniej jedna swoista syntetaza aminoacylo-tRNA i przynajmniej jeden swoisty tRNA

  1. Sekwencje sygnałowe
    b)SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka
    c)rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

  2. Synteza białka u Prokariota
    a)hydroliza GTP przez czynnik elongacyjny EF-Tu umożliwia uwolnienie

  3. Transkrypcja u Euk
    a)związanie TBP do TATA zapoczątkowuje transkrypcję
    b)jest wymagana poprzez sekwencję wzmacniające działające w układzie cis wiążąc się z czynnikami transkrypcji działającymi w trans
    c)polimerazy RNA II potrzebuje czynników transkrypcyjnych aby zaszła inicjacja

d)transkrypt przed translacją

  1. Regulacja transkrypcji
    a) mogą aktywować polimerazy DNA i RNA
    b)mogą wiązać się do histonów
    c)zdolność wchodzenia do jądra tylko u Euk
    e)Represor przyłącza się do regionów cis
    f)represory mają budowę modułową

  2. a)ponieważ transkrypcja zachodzi w jądrze kom a translacja w cytoplazmie konieczny jest transport tran skryptów z jądra do cytozolu
    b)struktura określana mianem kap tworzona jest na 5'końcu większości mRNA
    c)cząsteczki pre-mRNA kodujące część białek podlegają procesowi redagowania…transkryptu nie jest w pełni zgodna z sekwencją odpowiedniego eksonu w genie kodującym
    d)większość genów kodujących mRNA jest rozcinana przez endonukleazę od końca 3 przez polimerazę poli(a)

  3. tRNA
    a)zawiera antykodon
    b)może być połączony z aminokwasem wiązaniem estrowym
    c)oddziaływuje z mRNA na drodze translacji
    d)może posiadać różną liczbę różnych sekwencji
    e)służy jako połączenie między mRNA a pojedynczym aminokwasem




VI Kontrola ekspresji genów u Prokaryota 896 (zielony), 1007 (czerwony)


  1. Przedtranslacyjna kontrola ekspresji genów u Eukariota
    a)alternatywny splicing pre-mRNA dzieki któremu powstają różne cząsteczki transkryptu

b)rozluźnienie struktury spakowanego DNA poprzez modyfikacje białek histonowych

c)selektywna degradacja cząsteczek mRNA

d)regulacja tworzenia się kompleksu inicjującego translację

e)selektywne składanie aktywnych kompleksów transkrypcyjnych

  1. Białko C operonu ara
    a)wiąże się specyficznie z DNA w obecności arabinozy
    b)przyłączając się do ataO2 i araI powoduje wypętlenie i blokadę syntezy genów BAD
    c)autoregulacja

  2. Bakteriofag lambda
    a)syntetyzuje tylko represor lambda w bakterii lizogenicznych
    b)sssDNA=recA oddziaływuje z nim także represor lambda
    c)zostaje uwolnione z chromosomu bakteryjnego z kompleksu rexDNA
    d)gdy nic nie atakuje zmienia to w fazie lizogenicznej jest on obecny z uwagi na represor który ulega autoregulacji
    e)profag (DNA) jest także lizogenicznej gdy nie aktywuje zmiany bo represor lambda
    f)cro wiąże się do or3 i wtedy hamuje represor (gen c1)
    g)syntetyzuje 3 różne klasy mRNA które sąwyznaczane poprzez czas po infekcji ich pojawienia
    h)niosą programowaną syntezę białek potrzebnych do replikacji genów i produkcja ich strukturalnych komponentów
    i)tworzą N iQ które działają jako białka regulacji pozytywnej
    j)Ni Q zapobiegają końca transkrypcji
    k) N powoduje produkcję białka niezbędnego do replikacji DNA faga i rekombinacji
    l)Q potrzebne gdy są transkrybowane geny białka główki i ogonka wirusa oraz białka konieczne do lizy kom gospodarza

ł)Represor powinowactwo do OR1
m)w fazie lizogenicznej ekspresji podlega tylko gen c1

n)aby fag przeszedł w fazę lityczną musi dojść do szukodzenia DNA
o)w fazie lizogenicznej DNA faga nazywa się pirofagiem
p)zniszczenie struktury DNA powoduje związanie się nią białek recA, które powodują degradację represora, a jak nie ma represora to jest synteza białka cro i N i fag przechodzi w fazę lityczną

  1. Operon arabinozowy
    b)w obecności cAMP-CAP i arabinozy nie da się zapętlić

  2. Operon trp
    a)kontrola ilości policistronowego mRNA tworzącego na poziomie inicjacji I terminacji transkrypcji
    b)sekwencja i skoordynowana produkcja 5 enzymów metabolizmu trp z ssRNA (przekształcają chory zmian w trp)
    c)produkcja transkryptów różnych rozmiarów zależna od poziomu trp w kom
    d) trp jest korepresorem
    e)transkrypcja operonu trp jest regulowana … odcinka liderowego
    f)liderowy mRNA koduje krótki peptyd testowy

  3. RNA liderowy operonu trp
    a)mutacja delecji w DNA kodującym 3 koniec RNA daje powód do wzrostu poziomu biosyntezy enzymów przekształcających trp
    b)krótkie otwarcie ramki odczytu zawierającego kodon trp, wśród innych istnieje wew literowego RNA
    c)liderowy RNA koduje peptyd którego zdolność syntezy monitoruje poziom trp-tRNA w kom
    e)struktura liderowego RNA in vivo zależy od pozycji rybosomu translacyjnego

  4. lambda Represor
    a)wiąże sekwencję DNA z rejonami o podwójnej symetrii (lac represor)
    b)przeszkadza w funkcjonowaniu polimerazy RNA przez związanie z DNA (lac represor)
    c)efekty regulatorowe są antagonizowane białkiem rho
    d)innaktywowane przez recA
    e)reguluje własną syntezę
    f)współdziała z powtarzalną sekwencją wariantów z ich operonami
    g)stymuluje inicjację transkrypcji
    h)bierze udział jako pozytywny i negatywny regulator
    a)wiąże specyficznie do sekwencji DNA rozpoznawanych przez białko cro
    b)różne powinowactwo do miejsc OR

    trp represor
    a)wiąże sekwencje DNA z rejonami podwójnej symetrii
    b)przeszkadza w funkcjonowaniu polimerazy RNA przez związanie z DNA

    kompleks cAMP-CAP
    a)wiąże sekwencje DNA z rejonami podwójnej symetrii
    b)stymuluje inicjację transkrypcji różnych operonów katabolicznych
    c)stężenie zależy od poziomu glukozy
    d)chroni przed DNAzą -87 do -47
    e)aktywator transkrypcji
    f)w operonie ara wpływa na geny struktury

    białko araC
    a)reguluje własną syntezę
    b)bierze udział jako pozytywny i negatywny regulator
    c)przeszkadza w funkcjonowaniu polimerazy RNA przez związanie z DNA
    d)stymuluje inicjację transkrypcji

    białk N i Q lambda
    a)stymuluje transkrypcję przez stłumienie terminacji transkrypcji

    atenuator operonu trp
    a)wymaga syntezy białka do funkcjonowania
    b)zależy od powiązania translacji i transkrypcji
    c)oddziaływuje przez poziom aminoacylo-tRNA w kom
    d)wymaga rybosomów

    białka rybosomalne
    a)wymaga rybosomów
    b)kontrolowany przez represje translacyjną
    c)reguluje własną syntezę
    d)oddziaływuje przez poziom aminoacylo-tRNA w kom
    e)rRNA katalityczna i strukturalne funkcja

    rRNAs i tRNAs
    a)wymaga rybosomów
    b)oddziaływuje przez poziom aminoacylo-tRNA w kom
    c)wymaga PPPP

    rekombinowany hin
    a)przekształca orientację promotora w stosunku do represora
    b)łamie i rozdziela wiązania fosfodiestrowe DNA
    c)wiąże sekwencje DNA z rejonami o podwójnej symetrii

  5. Histony
    a)replikacj euk chromosomu to kilka widełek
    b)białka kodowane przez pojedyncze kopie genów
    c)sekwencje powtórzeniowe
    d)silnie zasadowe białka, ładunek +
    e)H1,H2A,H2B,H3,H4
    f)geny kodujące histony wielokrotnie powtórzone
    g)wiążą się z nicią wodzącą
    h)mogą być fosforyzowane, metylowane, ubikwitynowane, acetylowane
    i) w euchromatynie acetyluje N koniec
    j)140 pz otacza 8 białek histonowych
    k)białka aktywatorami transkrypcji podjednostek
    l)H1 rdzeń nukleosomu
    ł)mRNA ulega adenylacji
    m)nie mają intronów
    n)w euchromatynie acetylacja Nkońców
    CO TO JEST KOD HISTONOWY

  6. Beta-galaktozydaza
    a)obecny w różnych stężeniach zależnie od źródła węgla
    b)produkowana z jednostki genu zwanej operonem
    c)hydrolizuje wiązanie 1,4-beta oligosacharydu allolaktozy
    d)tworzy wiązanie 1,6-beta oligosacharydu allolaktozy
    e)jej poziom wzrasta w koordynacji z primazy galaktozydowej acetylotransferazy tiogalaktozydowej
    f)IPTG (reguluje) induktorem niemetabolizowanym przez galaktozydazę i transacetylazę
    g)jest produktem genu z

  7. Operon laktozowy
    i
    a) koduje białka które zakłócą aktywność polimerazy RNA
    b)koduje białka wiążące allolatoze
    c)jest genem regulatorowym
    d)koduje Represor lac

    p
    a)promotor lac operonu
    b)zawiera specyficzne sekwencję wiązania dla polimerazy RNA
    c)zawiera miejsca wiązania dla kompleksu cAMP-CAP

    o
    a)operon lac
    b)zawiera specyficzne sekwencje wiązania dla represora lac

    z
    a)koduje białko wiążące allolaktoze

    y i a
    a)koduje premazę galaktozydową
    b)koduje Represor lac

    a)tworzy się permeaza i transacetylaza

  8. Palec cynkowy
    a)

  9. Białko CAP
    a)aktywator transkrypcji
    b)działa na operon laktozowy i arabinozowy (kataboliczne)

  10. Promotor Pro
    a)kaseta Pribnowa
    b)rejon -35

INNE

  1. 5' AAUUGUAA 3' sekwencja transkyptu
    RNA 5' AAUUGUAA 3'
    DNA matrycowa (antysensowna) 3'TTAACATT 5'
    DNA kodująca (sensowna) 5'AATTGTAA3'

  2. jednoniciowe, 200 nukleotydów, starter 20 zasad, jaka ilość znakowane fosforem?
    a)20/200=1%

  3. Bakterie hodowano ze źródłem 15N, na 14N i znów do 15N
    a)50% średnie i 50% ciężkie

  4. Gdzie znajduje się urydyno-5-fosforan
    a)nie ma go ani w RNA ani DNA

  5. Mamy di nukleotyd d(AGCATA) jak go znakować?
    a)musimy mieć odpowiedni bufor, kinazę polimerazową, [γ-32P]dATP

  1. Zmiana kodonu co zrobić, podany fragment DNA
    a)wybrać starter hybrydyzujący z matrycą zmieniając kodon

  2. Replikaza RNA
    a)polimeraza RNA zależna od RNA

  3. Uwidocznienie fragmentów restrykcyjnych DNA , elektroforeza
    a)bromek etydyny
    b)jeśli suchy żel to jeszcze kinaza polinkleotydowa, [γ-32P]ATP

  4. Chemiczne syntetyzowane oligonukleotydy użyteczne do
    a)syntezy genów
    b)tworzenia łączników
    c)wprowadzania mutacji w klon DNA
    d)jako primer do sekwencjonowania DNA
    e)jako sonda do hybrydyzacji

  5. Wprowadzenie genu w środek wektora zawierającego odporność na antybiotyk to:
    a)jest nazywane inaktywacją inercyjną
    b)powoduje czułość kom na antybiotyk
    c)może być używany do identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA

  6. Bardzo długi odcinek DNA z genu Euk (>100kb)
    a)może być wydzielany z chromosomów sztucznych drożdży
    b)może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu

  7. białko wiążące pojedynczą nić SSB
    a)stabilizuje rozwinięty DNA

  8. gyraza DNA
    a)łagodne dodanie superskrętu
    b)hydroliza ATP zmniejsza liczbę opleceń DNA

  9. Mutacje
    a)5-bromouracyl lub 2-aminopuryna lub kwas azotowy - tranzycja
    b)hydroksyamina - jednokierunkowa tranzycja
    c)akrydyna - inercja lub delecja
    d) UV - blokada replikacji
    e)metyzacja cytozyny w pozycji 5 może skutkować zw poziomem mutacji z powodu zachodzącej spontanicznie jej deamiinacji
    f)insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby

  10. Nukleosomy Euk
    a)element wchodzący w skład chromosomów
    b)upakowane DNA
    c)histony otoczone DNA
    d)rdzeń 140pz
    e)rdzeń ma 4 rodzaje histonów (jest ich 8)
    f)ściśle upakowane

  11. Oczyszczone preparat w 3 probówka
    a) bufor, preRNA
    b)bufor, rybonukleotyd
    c)ekstrakt komórkowy
    wszędzie zajedzie Splicing

    a)bufor
    b)bufor + GTP
    c)jakieś bonusy
    zaszedł Splicing autokatalityczny (bo w pierwszej bez bonusów a zaszedł) prawdopodobnie II

  1. Odcinek liderowy mRNA
    a)transkrypcja operonu trp kontrolowana atenuatorem
    b)krótki transkrypt liderowy kończy sekwencja poliU
    c)reszty trp obecne obok siebie
    d)niedobór trp bo brak tryptofenylo-tRNA rybosom zatrzymuje na kodujących trp
    e)rybosom zatrzymuje tak ze transkrypcja poniżej atenuatora
    f)koduje krótki peptyd testowy z 2 resztami trp

  2. Mutanty
    a)mutant b wykazuje niższy poziom ekspresji genów struktury niż mutant A w obecności jak i nie trp

    i+ typ dziki
    ic konstytutywna mutacja
    is niewrażliwy na atak
    o+ sekwencja dzikiego typu
    oc mutacja konstytutywna
    z+ sekwencje dzika

    mutacja konstytutywna=nieregulowana, prowadzi do konstytutywnej aktywności
    1)ic o+ z+
    sekwencja nietypowa (nieregulowana) nie ma represora, bo substancja nieaktywna, niewrażliwa na laktozę=konstytutywna ekspresja zachodzi, typ dziki
    2)is o+ z+
    niewrażliwa na laktozę bo ona nie jest zwiazana, jest represja, nie zależy od IPTG, typ dziki brak syntezy genu
    3)i+ oc z+

    Do operonu trp sekwencja regulatorowa operonu lac wrażliwa na IPTG (związanie IPTG=blokada) a operator trp nie wziął trp, więx synteza enzymów rozkładających trp zachodziła kiedy nie było IPTG


  1. deaminacja cytozyny do uracylu
    a)zamiana G-C na A-T
    b)glikozydaza uranylowa naprawia mutacje (usuwa uracyl)
    c)bierze udział w reakcji uzupełnienia nici endonukleazą ap. Ligaza DNA i polimerazy DNA


  1. Podjednostka δ
    a)zdolność inercji transkrypcji w miejscach paromotorowych
    b)znajduje się w polimerazie d oparomotorowych rejonów RNA
    c)oddysocjowuje od enzymu

  2. Mutacje (jaka żeby białko nie przeszło przez ER)
    a)trzeba odciąć sekwencję sygnałową SRP

  3. SRP
    a)cząsteczka rozpoznająca sygnał

  4. Białka lizosomalne (jak wpływają na nie mutacje)
    a)

  5. Receptory hormonów steroidowych
    a)2 domeny (jedna wiąże DNA, druga ligand)
    b)domena wiążąca DNA ma 2 moduły cynkowe
    c)jak większość receptorów są monomerami
    d)domena wiążąca DNA może się wiązać dzięki HTH

  6. Zasada tolerancji
    a) antykodon może rozpaznawać więcej niż jeden kodon
    b)antykodon IGC może parować się z GCX (X=U,C,A)


  7. A=70s
    B=30s
    C=50s
    D=16s
    E=21 bial
    F=34 bial
    G=23s
    H=5s

  8. Funkcje F1, F2, F3 u Pro
    a)

  9. Enzymy restrykcyjne
    a)degradują DNA z obcej komórki (nie tną własnego, bo zmetylowane)
    b)tworzą odcisk palca cząsteczki DNA

  10. Lepkie końce (jak zrobić)
    a)polimeraza
    b)ATP
    c)ligaza DNA z faga T4
    d)kinaza polinukleotydowa (przenosi fosforan z ATP)
    e)enzym restrykcyjny
    f)ligaza z faga T4
    g)endonukleaza EcoRI

  11. Antybiotyki, insert
    a)komórka która przyjmie wektor z insertem umrze
    b)wektor bez insertu przeżyć na tetracyklinie
    c)jeśli będą 2 antybiotyki to przeżyją tylko te bez insertu lub bez wektora

  12. dsRNA
    a)G parowane z U (deaminacja)

  13. Ekspresja genu insuliny
    a)poprawne tylko te w których najpierw na matrycy mRNA po splicingu (bez intronów) zsyntetyzowano cDNA dzięki działaniu odwrotnej transkryptazy, potem cDNA do wektora (plazmid) i do bakterii, która zaczęła syntetyzować insulinę (NIE BIERZE UDZIAŁU POLIMERAZA)

  14. Pufy
    a)fragmenty DNA rozluźnione
    b)aktywna transkrypcja
    c)wrażliwe na działanie nadzy
    d)są mniej zmetylowane niż fragmenty ściślej upakowane

  15. IgG (wszystkie odp)
    a)pojawia się jako pierwszy
    b)są jedynymi z większych przeciwciał
    c)powstają z kom plazmatycznych pobudzanych przez limfocyty T
    d)mogą wywołać reakcję alergiczną
    e)Fc

  16. MHC (wszystkie odp)
    a)u ludzi są kodowane prze HLA, które są silnie polimorficzne
    b)do MHC I dołączają się pomocnicze limfocyty T

  17. Immunoprecypitacja (doświadczenie)
    a)dotyczy euchromatyny
    b)ukazane rejony są aktywne transkrypcyjnie

  18. Southern, nortern, western
    a)DNA, RNA, białka

  19. Wektory kolonowanie
    a)przyłączane są linkery DNA

  20. metody stosowane w inżynierii
    a)RLFP
    b)klonowanie DNA - dogodnymi wektorami do klonowania są bakteriofagi i plazmidy
    c)Yac i


Wyszukiwarka