SEMINARIA - BIOCHEMIA ROK II

2013/2014

1. Enzymy.

dr. Lewandowska

zamknięte-wybierz odpowiednie przypasowanie koenzym-witamina, otwarte-co to jest stała michaelisa. zajęcia bardzo sympatyczne, my mieliśmy z panią, która prowadziła wykłady. trochę trzeba umieć ale głownie jest to dyskusja. można śmiało zadawać pytania.

jakie czynniki wpływają na szybkość reakcji enzymatycznej, opisz oraz co to jest cetrum aktywne enzymu.

1) CoA z jakimi grupami ma do czynienia, odp. acylowymi (zamknięte)

2) Czym są rybozymy (otwarte)

Uzupełnić jednostki w zdaniu o jednostce aktywnosci katalitycznej U, klasy enzymów (testowe, czy dobre przyporządkowanie).

1. Opis inhibitora (jego oddziaływanie na Km i vmax) i dopisać kompetycyjny/niekompetycyjny.

2. Definicja aktywności właściwej i czego jest ona miarą.

1. Opis inhibitora (jego oddziaływanie na Km i vmax) i dopisać kompetycyjny/niekompetycyjny.

2. Definicja aktywności właściwej i czego jest ona miarą.

Młoda Pani—ta co na laborkach wszystkim stawia 5:

wymien glowne cechy katalizy enzymatycznej 2) podaj klasy enzymow i schematy katalizowanych przez nie reakcji

1. Jakie grupy przenosi tetrahydrofolian (zamknięte)

2. Podaj schemat ogólny reakcji katalizowanej przez transferazy/syntetazy.

1. Czym jest inhibicja nieodrwacalna?

2. Rola enzymów allosterycznych.

1. Opisz rodzaje inhibicji.

2. Opisz, co to jest centrum aktywne enzymu.

1.Działanie enzymu na stałą K.

2.Stała Michaelisa definicja i o czym świadczy

1. Opisz czynniki wypływające na szybkość reakcji enzymatycznych.

2. Opisz czym sa izoenzymy

Pytania opisowe:

1) co to jest stała Michaelisa? przedstaw ją graficznie na wykresie.

2) co to jest inhibicja niekompetycyjna?

2. Węglowodany.

dr. Mrowicka

- podaj enzym, którego brak powoduje fruktozemie i zapisz katalizowaną przez niego reakcję (schemat);

- zapisz reakcje (schemat) katalizowaną przez fosfofruktokinazę w glikolizie i wypisz aktywatory oraz inhibitory tego enzymu;

- opisz co sie dzieje przy niedoborze transferazy urydylowej 2) narysuj schemat reakcji nieodwracalnej cyklu pentozofosforanowego ''wszystkie enzymy, produkty, substraty, pełne nazwy''

- testowe o inhibitory/aktywatory fruktokinazy, wpisać ile węgli mają grupy, które przenoszą transketolaza/transaldolaza

1) napisz i narysuj schematycznie produkty przemian pirogronianu i podaj enzymy uczestniczące w reakcjach (z tym 'rysowaniem' to nie wiem o co chodziło, bo wystarczyło nazwać związek).

2) opisz fruktonurię (powody, przebieg, itp).

1. Napisz schemat przemiany fruktozy w mięśniach i tkance tłuszczowej. ( i tutaj taka zabawa, że na wykładzie był schemat, który zachodzi w wątrobie, a w mięśniach jest inny

2. Wypisz 4 enzymy, które ulegają ragulacji w cyklu glukoneogenezy. Wypisz inhibitory i aktywatory enzymu, który działa w mitochondrium

1. Napisać reakcję, której enzymem jest kinaza pirogronianowa, wypisać aktywatory i inhibitory tego enzmu. 2. Znaczenie szlaku pentozofosforanowego.

Podać znaczenie szlaku pentozowego w anemii hemolitycznej.

2. Jaki enzym katalizuje reakcje pirogronianu w mitochondrium? (czy jakoś tak było sformułowane, chodziło o karboksylazę pirogronianową) W jakiej postaci pirogronian jest transportowany do cytoplazmy? nazwa enzymu+substraty+produkty

dr. Lewandowska

1. uzupełnij zdanie: wzrost stężenia 2,3- BPG ..... powinowactwo hemoglobiny do tlenu ( chodziło o to, że zmniejsza), 2. pytanie testowe o to jaki enzym powoduje uwalnianie glukozy z wątroby do krwi, odp. glukozo-6 fosfataza.

dzięki przemianie pirogronian w mleczan glikoliza zachodzi w warunkach. ... odp beztlenowych. oraz reakcja fosfoenolopirogronian w pirogronian jaki enzym

testowe wybrać reakcje które są nieodwracalne w glikolizie, było pięć reakcji wymienionych, i były odpowiedzi w guście 1 i 3 jest nieodwracalna, wszystkie sa itd... 2. Heksokinaza to enzym występujący w szlaku glikolizy, jaki enzym katalizuje tą reakcję w szlaku glukoneogenezy ... ( odp. glukozo-6-fosfataza ).

testowe oba pytania: 1.Dla reakcji katalizowanych przez jaki enzym glukozo-6-fosforan jest substratem? 2. schemat reakcji: pirogronian + NADH+ --- X ----> E + NAD+ .

3. Lipidy.

p. Sobczak

Działanie aspiryny
Co to jest kardiolipina (nie jest białkiem!)

główny enzym syntezy cholesterolu. 2. jakie znasz eikozanoidy. napisz roznice w budowie tromboksanu i prostaglandyn.

1.Jakie hormony regulują lipolizę? (Insulina, glukagon, adrenalina) 2.Funkcja karnityny (transport gr acylowych do mitochondrium z cytosolu; pośredni etap B-oksydacji)

brak jakiego enzymu występuje w chorobie Niemanna-Picka i jak wpływa insulina na lipolizę.

 jaki enzym zamienia acetylo CoA w malonylo CoA i drugie: co to jest i co robi glicerofofoetanoloamina.

Jaką reakcje katalizuje tiolaza? Co się dzieje z kwasami tłuszczowymi po rozpadzie gricerydu? (dostałam pkt za odowiedz: łączą się z albuminami osocza)

za co odpowiada acylotransferaza karnitynowa II i jaka jest różnica w budowie prostaglandyn i tromboksanów.

Jaką reakcje katalizuje ketotiolaza? Wymień 3 ciała ketonowe (k. acetooctowy, beta-hydroksymaślan [Dzięki Julka!] i aceton)

Rola fosfatydyloetanoloaminy; 2. Enzym, który umozliwia przejscie acetyloCoA w malonyloCoA 

 1.Wymień trzy glicerolipidy eterowe (plazmalogen cholinowy,etanoloaminowy, PAF) 2.Wymień miejsca w komórce, gdzie syntetyzowany jest cholesterol - cytozol, SER.

miejsce syntezy kwasów tłuszczowych w komórce i miejsce b oksydacji, wpływ wysokiego stężenia glukozy na b oksydacje

wyjaśnij co oznacza zapis 19:3 cis 9,13,15; 
2. wymień lipoproteiny osocza;

jakie stężenia cytrynianu sprzyjają beta oksydacji a jakie syntezie
2. W jakich komórkach i dokładnie gdzie zachodzi synteza kwasów tłuszczowych

Wymień eikozanoidy i przedstaw rożnicę w budowie tromboksanów i prostaglandyn.
2. Opisz przemiany glicerolu do fosfodihydroksyacetonu.

Jakie reakcje katalizuje lipooksygenaza
2. Co się dzieje z kwasami tłuszczowymi po rozpadzie glicerydu

wpływ glukozy na B oksydację
różnice między B oksydacją, a syntezą kwasów tłuszczowych (wypisałem 6-7 różnic, ale nie dostałem punktu więc pewnie chodziło o coś ekstra)

Wyjaśnij co oznacza zapis 20:4 cis 5, 8, 11, 14
2. W jaki sposób jest dziedziczony jest zespół Bartha

 podać enzymy uczestniczące w beta-oksydacji kwasów nienasyconych

za co odpowiada karnityna I

 podaj przykład półniezbędnego kwasu tłuszczowego (kwas arachidonowy), jakiego enzymu brakuje w chorobie Gauchera(glukocerebrozydaza)

Gdzie zachodzi poboczna synteza trójgliceroli
2. Opisać proces przemiany glicerolu w fosfodihydroksyaceton

Maciej Sałaga

jakie enzymy tworzą kompleks syntazy kwasów tłuszczowych.

enzymy w beta-oksydacji

Główne produkty/substraty(2. grupa) podczas biosyntezy cholesterolu (3 pierwsze reakcje).
Odpowiedź wg prowadzącego: substraty: acetylo-CoA, acetacetylo-CoA, HMG-CoA.

1. Niedobór lub brak jakiego enzymu powoduje chorobę Taya-Sachsa. 2. Jak wpływa stężenie c-AMP na syntezę kwasów tłuszczowych de novo. Były 2 grupy.

1.co jest donorem gr,metylowej w syntezie fosfatydyloacetylocholiny z fosfatydyloetanoloaminy ; 2.wymien 2 elementy z kompleksu syntaz kwasow tluszczowych

co jest donorem gr karboksylowej dla karboksylazy acetyloCoA ( biotyna); wpływ stężenia cytrynianu na B-oksydacje

1.opisz wplyw stezenia cytrynianu na synteze kw.tluszczowych 2.wymien 2pierwsze enzymy I etapu B-oksydacji w macierzy mitochondrium.

4. Bioenergetyka / cykl Krebsa / łańcuch oddechowy

Brzezińska (od biofizyki)

każda następna grupa miała te same pytania

1. opisać hipotezę teorii chemiosmotycznej/ cykl jałowy

2. z jakich eznymów i koenzymów składa się kompleks dehydrogenazy pirogronianowej/ a-KG.

Lewandowska

co robi dinitrofenol, jest związkiem rozprzęgającym i zwiększa przepuszczalność wewnętrznej błony mitochondrialnej dla protonów

wybrać odpowiednie produkty reakcji do podanych enzymów, np. dehydrogenaza pirogronianowa i acetylo-CoA plus były jeszcze 2 enzymy, wszystko dot. cylku Krebsa (była tabelka i trzeba wybrać dobre przyporządkowanie do 3 enzymów)

w każdej 2 pytania testowe A-E.
1. W którym ze związków występuje wysokoenergetyczne wiązanie tioestrowe? występuje w 1,3-bisfosfoglicerynianie  (druga grupa: acylofosforowe)
2. Wybrać odp substrat, enzym i produkt reakcji: bursztynian + X --E---> fumaran + Y

koenzymy kompleksu dehydrogenazy pirogronianowej (a,b,c...)
2) uszeregować w kolejności pojawiania się w cyklu Krebsa dehydrogenazy (a,b,c...)

-uszeregować związki wedługo powstawania w cyklu Krebsa
-enzymy kompleksu dehydrogenazy pirogronianowej. Zwróćcie uwagę na końcówki (dehydrogenaza dihydroliponianowa i dihydroliponoamidowa to to samo), bo było tak skonstruowane, że mogło wprowadzić w błąd

- co powodują związki rozprzęgające (wyrównanie stężenia protonów wodorowych po obu stronach wewnętrznej błony mitochondrialnej)
- przy jakim enzymie cyklu Krebsa zachodzi fosforylacja substratowa (syntetaza sukcynylo-CoA = tiokinaza bursztynianowa)

1. Wskazać związek, w którym występuje wysokoenergetyczne wiązanie acylofosforanowe. (1,3-bisfosfoglicerynian) 2. Wskazać reakcję nieodwracalną cyklu Krebsa (a-ketoglutaran -> bursztynylo-CoA)

5. Metabolizm aminokwasów

Lewandowska

1.co powstaje w reakcji pirogronian+glutaminian odp alfaketoglutaran+alanina 2.podane zdania na temat degradacji białek, polecenie-zaznacz fałszywe, odpowiedz-wszystkie są prawidłowe. oba pytania testowe

- aminokwasy nie podlegające transaminacji
-narysowany karbamoilofosforan (nie podpisany) i info o nim. Co jest falszywe co prawdziwe (np. Powstaje w mito, a nie cyto, ma wiazanie bezwodnokowe a nie acylofosforanowe itd.). Wzzystko test abcde

Co aktywuje syntazę N-acetyloglutaminianową? (arginina) 2. Reakcja amidacji glutaminianu: glutaminian+X+ATP->Glutamina+Y+ADP Co to jest X i Y?(X-NH4+, Y-Pi) Pytania testowe abcde.

ile atomów N jest przekazywanych zkarbamoilofosforanu na cytruline

1.Jakie aminokwasy biorą udział w transporcie amoniaku z tkanek do wątroby (alanina, glutamina).
2.Jakie aminokwasy ulegają deaminacji przez dehydratację, czy jakoś tak, no chodziło o deaminację nieoksydacyjną (seryna, treonina). (Chodziło o deaminację nieoksydacyjną, deaminację poprzedzoną dehydratacją- jakoś tak było w wykładzie (pewnie to to samo co eliminacyjna), czyli Ser, Thr i His. )?

1.Wybierz zdanie/a falszywe na temat enzymu katalizującego reakcję (chodziło o dehydrogenazę glutaminianową):
a. jest indukowany allosterycznie przez ATP, GTP, NADH
b.katalizuje reakcje oksydacyjnej deaminacji glutamiianu
c.katalizuje reakcje redukcyjnej aminacji alfa-ketoglutanu
d.jest enzymem mitochondrialnym

2. Wybierz zdania prawdziwe dotyczące Arg:
a. jest aminokwasem glukogennym
b.wchodzi w skład SAM
c.daje azot do syntezy mocznika
d.aktywuje syntezę N-acetyloglutaminianu
e. nie podlega transaminacji

Maciej Sałaga

- aminokwasy nie podlegające transaminacji
-narysowany karbamoilofosforan (nie podpisany) i info o nim. Co jest falszywe co prawdziwe (np. Powstaje w mito, a nie cyto, ma wiazanie bezwodnokowe a nie acylofosforanowe itd.). Wzzystko test abcie

I GRUPA: Prowadzący jw. 1. Pochodną którego aminokwasu jest melatonina. Jakich zwiazków prekursorem jest DOPA a) noradrenalina b) dopamina (chyba) c) obie poprawne.

II GRUPA: 1. podać dwa związki, będące prekursorami glicyny 2. co powstaje z 5-hydroksytryptofanu (serotonina) przystojny pan

1)Ile atomów N w cytrulinie pochodzi z karbamoilofosforanu? 2) Wymień aminokwasy od których pochodzą -NH2 w moczniku.
BONUS: robiliśmy test z wiedzy o AA.

Napisz sekwencje aminokwasów utlenionego glutationu
Która z podjednostek proteasomu 26S ma właściwości hydrolityczne (coś w tym stylu)

 1. podań 3 aminokwasy, których szkielety węglowe poprzez alfa-ketoglutaran wchodzą w cykl Krebsa.

2. jak nazywa się pierścień występujący w tyrozynie (czy jakoś tak

- tyrozyna jest prekursorem i tu były wymienione różne związki m.in. histamina, adrenalina, noradrenalina, tyroksyna i coś tam jeszcze trzeba było chyba podkreślić właściwe... a drugie z jakich aminokwasów się składa jakiś dziwny związek... / nie bardzo chyba pomogłam...)

 wymień 2 związki, z których pochodzą atomy azotu w moczniku asparaginian i karbamoilofosforan

aki aminokwas jest prekursorem melatoniny? tryptofan

6. Hormony i czynniki transkrypcyjne

Dr. Fichna:

Uszereguj według kolejności powstawania (zaczynając od prekursora): tyrozyna, dopamina, norepinefryna, epinefryna.
2. Działanie toksyny krztuśca i cholery na receptory związane z białkiem G.

Druga grupa:
1. (Testowe) Narządy, w których produkowane są hormony steroidowe (różne kombinacje w odpowiedziach).
2. Z proinsuliny powstaje ... w ... pod wpływem enzymów: ... (pouzupełniać luki)

-uszeregować w kolejności tyrozynę, norepinefrynę, dopaminę i epinefrynę
-jak toksyny chorób chyba krztuścia i cholery (albo coś z podobnymi nazwami, nie pamiętam w tej chwili, było na wykładach) wpływają na receptory GPCR

1) 3 w ostateczności zgodził się na 2 neuroprzekazniki lub hormony ktore hamują cyklaze adenylanowa. 
2) jaką reakcje przeprowadza fosfolipaza c.

Receptory, które aktywują fosfolipazę C (?).
2. Jak działa viagra. (sidenafil…..?)

Wymień hormony/neuroprzekaźniki, które hamują cyklazę adenylanową. 2. jaką reakcje katalizuje fosfolipaza C

Hormony homologiczne do hormonu wzrost
2. Receptory insulinowe jaki typ receptorow... co zawiera podjednostka B (beta).... i bialka irs (cos takiego) ulegaja ......

opisać ścieżkę przekazywaina sygnałów dla TGF-b; 
2) Imatinib co leczy, co hamuje, jak działa; 
3) jak kofeina wpływa na stężenie endogennego cAMP i dlaczego; 
4) receptory opioidowe należą do grupy receptorów .... Są zlokalizowane ... Endogenne ligandy dla receptorów opioidowych wykazują działanie ... (wymienić trzy)

Receptory dla hormonów tarczycy znajdują się ___________ (lokalizacja komórkowa) i w stanie nieaktywnym połączone są z _________ .
2. Gdzie się znajdują i jak są zbudowane NF-κB?
3.
4.

Z pytań testowych z prezentacji:
1. Jak powstaje chromosom Filadelfia?
odp: z translokacji i połączenia chromosomów 9 i 22.
2. Kinaza bcr-abl wykazuje stałą aktywność:
odp: co prowadzi do proliferacji komórek
3. Które hormony są najbardziej homologiczne do hormonu wzrostu
odp: gonadotropina kosmówkowa i prolaktyna

1.Receptor glukagonu należy do ......(typ receptoru) mieści się w ....(lokalizacja komówkowa) w przeciwieństwie do hormonu...... nie potrzebuje łączenia się z SRE, które znajduje się w ......... (No jakoś tak
2. Aldosteron bierze udział w a. glukoneogenezie b.rozpadzie tłuszczów c.rozpadzie białek d.rozpadzie cukrów e. żadne z powyższych

Druga grupa miała opisać mechanizm działania JAK/STAT i nie pamiętam ich drugiego pytania.

............(przekaźnik II rzędu) powstaje z rozkładu katalizowanego przez .............(enzym) i odpowiada za uwolnienie Ca2+ z rezerw wewnątrzkomórkowych, które są zlokalizowane w............. (1. IP3, 2. fosfolipaza C,3. retikulum endoplazmatyczne)

pierwsza grupa: - Które hormony nie działają na cyklaze adenylanową : a. insulina b. PTH c. glukagon d. aldosteron e. a i b - dobierz prawidłowe -> tabelka hormon - struktura - miejsce :druga tura: - Z proinsuliny powstaje insulina na skutek: a. wydłużania łańcucha b. skracania łańcucha c. tworzenia mostków disiarczkowych d. usuwania mostków disiarczkowych e. b i c -Morfina podobnie jak ...... (endogenny opioid) działa na receptory .... (rodzaj). Ten endogenny opioid posiada w przeciwieństwie do morfiny budowę ..... Jej skutkiem ubocznym jest ..... motoryki jelit.

7. Replikacja + transkrypcja

Dr. Lewandowska:

funkcja prymazy u bakterii, a drugie w jakim ramieniu tRNA znajduje się pseudourydyna 

- co robi spliceosom -> obróbka hnRNA
- charakterystyczne cechy dla replikacji u prokariotów

która polimeraza jest wrazliwa na alfa amanityne odp eukariotyczne rna 2
Ddopasowac lancuch rna do dna kodującego

1.Ktory enzym usuwa startery podczas replikacji u prokariota :Polimeraza DNA I,II,III; gyraza; prymaza
2.Wybierz prawidłowe:
-3' tRNA sekwencja CAA
-3'tRNA sekwencja ACC
-zmetylowany koniec 5' tRNA
- czapeczka na 3' chroni przed działaniem egzonukleaz 30
-tRNA nie posiada zmienionych nukleotydów

Brzeziańska

1.różnice między genomem prokariotycznym a eukariotycznym

2. wymień i krótko opisz sposoby naprawy DNA;

1.wymień białka histonowe i opisz ich funkcje w stabilizacji

2. rola starterow RNA

naprawie przez łączenie niehomologicznych końców!!!

8. Translacja

Dr. Lewandowska:

 obróbka potranslacyjna białek fałszywe zdanie (dotyczyło obróbki hnRNA, a nie białek)
Drugie - antykodon metionylo t-RNA rozpoczynającego translację - odp. 5' - CAU - 3'

Z czego wynika degradacja kodu genetycznego - jeden aminokwas ma kilka kodonów, 2. Komponenty uczestniczące w procesie incjacji u procaryota - mała i duża podjednosta rybosomu, IF1, IF2, IF3, GTP związane z IF2, aminoacylo -tRNA.

 Oddzialywania kodon-antykodon - falszywe - odp z inozyna i ze RNA sa rownolegle
Prawdziwe na temat aminoacylacji tRNA - 2x ATP, produkt posredni aminoacyloadenyl..., syntetaza klasy 1 i 2 (wszystkie były dobrze,również z pozyskiwaniem energii z hydrolizy PPi i coś tam jeszcze było, ale nie pamiętam )

Brzeziańska

Abcd. 1 co to izoakceptorowe RNA 2. Pytanie o bledne zdanie co do translacji - pytanie o elongacje a w jednym byla terminacja

9. Nukleotydy

Dr. Lewandowska:

(zamknięte) Z jakiego związku pochodzą at. 4,5 i 7 puryn w szlaku de novo - glicyna
2.(otwarte) Jaki enzym katalizuje reakcję przeniesienia grupy aminowej z glutaminy do PRPP z odłączeniem pirofosforanu - amido(!!!)transferaza glutamylo-PRPP

1.Jaki enzym przekształca orotydylan w urydylan? Dekarboksylaza OMP 2.Jaki enzym hamuje 5' aza2'deoksycytydyna- METYLOTRANSFERAZĘ

1. Jaki enzym odpowiedzialny jest za przemianę rybozo-5-fosforanu w 5'-fosforybozylo-1-pirofosforan? (syntaza PRPP / pirofosfokinaza rybofosforanowa) - OTWARTE

2. Który związek jest lekiem przeciwnowotworowym specyficznym dla fazy S? (5-fluorouracyl)

1. katabolizm pirymidyn - co2, nh3, B-alanina, B-aminoizomaslan,

2. mala specyficznosc kinaz di fosforanowych

1.Co jest prawdziwe o 6-merkaptopurynie (blokuje replikacje DNA, dzialanie immunosupresyjne, stosowana w leczeniu bialaczek) 2. Z czego pochodzi atom azotu w pirymidynach - asparaginian i glicyna.

1. zamknięte ATP jest aktywatorem którego enzymu (syntetazy GMP) 2. - otwarte reakcję przemiany 5- fosforybozylo-1-glicynamidu do 5-fosforybozylo-1-formyloglicynamidu katalizuje jaki enzym? ( formylotransferaza).

10. Rodniki

1.Co koduje gen WRN-egzonukleazy i helikazy 2. Było o rodniki, moźe ktoś, kto konkretnie pamięta poda

1. Zdania prawdziwe o sirtuinach (pierwszy raz odkryto je w grzybach & przeprowadzają deacetylację zależną od NAD+)

2. Które substancje są antyoksydantami - odpowiedzi były w grupach po 3, a i tak było pozornie jednokrotnego wyboru. Tylko jedna grupa była prawdziwa: (katalaza, peroksydaza glutationowa, dysmutaza ponadtlenkowa)

1. wybrać dotyczące telomerów (wszystkie kombinacje możliwe):

a. zabezpieczają przed skracaniem łańcucha

b. występują w nich sekwencje powtórzone

c. ich replikacje przeprowadza odwrotna transkryptaza

2. z 4 podanych wybrać reakcję Fentona

1.prawidlowe o progerynie- zmienia ksztalt i funkcjw jadra, 2.reakcje bialek z rodnikami (wybrac te o samych RSH-bo byly jeszcze opcje z LH)

1. rozpoznać reakcję Hanera-Weissa (uwaga, w produktach powstawał anion wodorotlenowy, rodnik wodorotlenowy i tlen (bez wody))

2. Prawdziwe stwierdzenia o laminach:

1) laminę B koduje gen LMNA (źle)

2)laminopatie to grupa heterogennych schorzeń (dobrze)

3)w wyniku tranzycji powstaje białko - farnezyna (czy jakoś tak) - źle

4) przykładem laminopatii jest Hutchginson-Gilford progeria symptome....coś jeszcze pisało, ale było dobrze (podobne do tego zadania z kolokwium)

---