09

iticm przestrzennym poszczególnych komponentów polimeru, znajduje zastosowanie w określaniu struktury II-rzędowej DNA (patrz wprowadzenie do rozdz. 10). Naruszenie struktury II- i Ill-rzędoncj ruitywaej cząsteczki DNA nosi nazwę dnu utrać ji.

C/aiteiaki polimikleolydów cechują uf jedną / dwóch /definiowanych postaci struktury ll-rzędowcj, tj. ciukturą uporządkowaną (podwójny hełilnl bądź nieuporządkowaną (klebek) Natywna cząsteczka DNA </ roztworu: mu strukturę hcliksową, stabilizowaną wewnątr/c/ąslccz-kowyini wiązaniami wodotowymi nu/ siluni van der Vna1sa pomiędzy ugrupowaniami hydrofobowymi. W wyniku działania czynników d.-nntuojących <np Ogrzewanie, ultradźwięki, promieniowanie) przybiera strukturę nieuporządkowanego kl:bkd

W zależności od sity oddziaływania czynnika denaturującego może zachodzić pełna lub częściowa ulrata właściwości charakterystycznych dla podwójnego heliksu. a w ostatecznym wyniku mogą powstać dwie nici pośinukleotydowe. Przejście lielikyldebek /achud/i w wąskim przedziale zmian tempcratuiy czy wartości pil ma charakter lawinowy |rys. IIX5X

Rys. 1C5. Ki/ywa fazowego przejścia heliks/ •'iSęfcek dla preparatu DNA

Stopniowe ogrzewanie roztworu heliksowych cząsteczek polinuktootydów prowadzi do szybkich nn .in takich właściwości roztworu jak gęstość optyczna, akręcalność optyczna, lepkość i współczynnik wdytrcrtacji Zachodzi to w pewnym określonym dla danego polinukloolydu przedziale temperatur. ?w ększenie absorbancii roztworu DNA w nadfiolecie w trakcie procesu denaturucji nos: nazwę: efekt hlperdiromowj (AA). Wielkość efektu hipcrchromowcgo jest proporcjonalna do ilości nukleotydów znajdujących są? w hclikiowych fragmentach cząsteczki

Jeżeli przyjąć, że absorhuncja roztworu DNA w temperaturze początkowej odpowiada cząsteczce

0    Ktuktune U rzędowej w pełni zachowanej, a w końcowym etapie procesu topnieniu — cząsteczce z citłowicie naruszoną strukturą U rzędową, to można wyliczyć zawartość hclikiowych ((łl i meliclik-fciwych |l Q\ fragmentów w dowolnym punkcie przejścia fazowego:

QmD-D,.:D-D_a

gdzie Q zawartość heliksowych fragmentów w cząsteczce DNA. D abaorbancja roztwoni celkowvde zdenaiurnwunego DNA. D, absorhuncja roztworu DNA w określonej temperaturze, D₀ tbwrhancja roztworu DNA w icmpcraiur/e początkowej pomiaru.

Temperaturę, w której ilości heliksowych i nichcliksowych fragmentów są sobie równe, a efekt bipcKbromowy <A£ł równa się połowic wartości maksymalnej, nazywa się temperaturą topnieniu

1    oznacza się symbolem T, (melting temperaturę). Dla danego polinuklcotydu o strukturze podwójnego Musu. » określonych warunkach środowiska <pH. siła jonowa) wartość T„ jest stała i charakteryzuje r.afctlność heliksowei itruktury. Wartość T, heliksowych polinuklcotydów ulega zwiększeniu wraz ze wzrostem siły jonowej roztworu, oo jest związane z utrudnieniem wzajemnego oddziaływania naładowanych grup fosforowych,

399