55285

Ich mechanizm katalizy wymaga triady aminokwasowej w centrum aktywnym enzymów. Restza serynowa działań jako główny nukleofil do ataku nukleofilowego na wiązania peptydowe.

Proteaz musi rozpoznać i związać region łańcucha polipeptydowego, w którym znajduje się... Większość enzymó wiąże kilka reszt amiokwasowych w swoim centrum aktywnym

łańcuch boczny pasuje do miejsca w enzymie

Triada katalityczna przekształca ser 195... Po utworzenieu kompleksu ES węgiel karbonylowy w hydrolizoanym wiązaniu peptydowym na PI jest atakowany przez Ser w wyniku czego tworzy się pośrednik (czworościan ) z centrum oksynianowym co przypomina stan przejściwowy reakcji.

W staduum deacetylacji reszta his działa jak ouniwersalny katalizator kwasowy i usuwa proton z H20

Wiązania wodorowe w c aktywnym proteaz

w chymotrypsynie wiązanie wodorowe tworzy się między oksyanionem a azotem ser 195 (nukleofilm centrum aktywnego) i z gly 193

w karboksypeptydazie wiązania wodorowe tworzą się z azotem tyr i z gly

badania krystalograficzne subtylizyny wskazują że słąbe wiązania wodorowe istnieje piędzy asn 155 i substratem w kompleksie ES i ze to wiązanie jest znacznie wzmocione w stanie przejściowym. Jest to przykład zmian k on formacyjnych w centrum aktwymym

trzy klasy proteaz serynowych cymotryps subtylizyny karboksypeptydazy II

Struktury drugo i trzeciorzędowe różnią się znacznie ale maja konserwatywną triadę

We wszystkcih tych enzymach wiaznie substratu ułatwiają wiązanie wodorowe z beta kartkami między restztami w centrum aktywnym enzymu i resztami PI i P4 substratu Różnice w specyficzności substratowej można wyjaśnić na podstawie budowy centrum aktwyengo proteaz np.

kieszeń ma różną głębokość na różne enzymy

stbtalizyny wykazują szeroką specyficzność z prefemają dużych hydrofobowych grup inne aa wypełniające kieszeń SI dodatkowo na specyficzność (zależy też od sąsiednich aminokwasów)

trypsyna jeśli na dnie asparagninian łańcuch boczne zadasowe preferowane w elastynie

jak struktura centrum aktywnego

wiąże substrat w stosowneej dla katalizy orientacji

prowadzi do stabilozacji stanu przejściowego w żelu zwiększenia szybkości reakcj ogólne typpy interakcji poznae na przykąłdzie preoteaz serynowych odnoszą się też na inne