84747

DNA w komórce to najczęściej B-DNA. ale występowanie struktur typu A nie ogranicza się tylko do odwodnionego DNA. Dwuniciowe rejony RNA i niektóre hybrydowe cząsteczki RNA-DNA przyjmują formę, która strukturalnie przypomina helisę typu A.

Mały i duży rowek są pokryte grupami zdolnymi do tworzenia wiązań wodorowych

W helisie typu B są dwa zagłębienia, duży rowek i mały rowek. Powstają dlatego, ze wiązania glikozydowe komplementarnych nukleotydów nie leżą dokładnie naprzeciwko siebie. W B-DNA duży rowek jest szerszy i głębszy niz w DNA typu A. Każdy z rowków jest pokryty atomami, które mogą być donorami lub akceptorami podczas tworzenia wiązań wodorowych, co daje możliwości specyficznych oddziaływań z białkami.

duży rowek    duży rowek

Jak widać na załączonym obrazku, donory to te na niebiesko, a akceptory to te na czerwono. W MAŁYM ROWKU: Akceptorami wodoru mogą być atomy - N-3 adeniny lub guaniny, oraz atomy tlenu związane z atomem C-2 tyminy lub cytozyny, donorem może być grupa aminowa guaniny związana z 02 (na niebiesko). W DUŻYM ROWKU: akceptory: N-7 guaniny lub adeniny, atomy O przy C-4 tyminy i O przy C-6 guaniny. jako donory: grupy aminowe przyłączone do C-6 adeniny i C-4 cytozyny.

2