Lista 3 - 

 Poznawanie białek (c.d.) 

 - 1 z 2- 

 

Biochemia I – ćwiczenia

  

LISTA 3

 

 

 

do wykładu dr. hab. inż. P. Dobryszyckiego

 

Poznawanie białek (c.d.) 

  

1.  Które z poniższych stwierdzeń na temat metody degradacji Edmana są prawdziwe? 

 

a.  Fenyloizotiocyjanian reaguje z wolną końcową grupą aminową. 
b.  W  środowisku  lekko  kwaśnym,  zmodyfikowany  peptyd  rozpada  się  na  cykliczną  pochodną 

końcowego aminokwasu i skrócony peptyd (minus pierwszy aminokwas). 

c.  Gdy  pochodna  PTH  aminokwasu  oddzieli  się  od  oryginalnego  peptydu,  może  rozpocząć  się 

kolejny cykl sekwencyjnej degradacji. 

d.  Jeżeli białko ma zablokowany koniec aminowy  (np. występuje N-formylometionina), nie może 

reagować z fenyloizotiocyjanianem. 
 

2.  Które  z  poniższych  są  wykorzystywane  do  identyfikacji  końcowej  reszty  aminowej 

w białku?  
 

a.  bromocyjan                                                      d. chlorek dabsylu 
b.  fluorodinitrobenzen                                          e. fenyloizotiocyjanian 
c.  kwas nadmrówkowy 

 

3.  Jakie 

postępowanie  zastosowałabyś/zastosowałbyś  wobec  poniższego  fragmentu 

hemoglobiny,  żeby  określić  końcową  resztę  aminową  oraz  otrzymać  dwa  zestawy 
peptydów,  które  nachodzą  na  siebie  tak,  aby  możliwym  było  ustalenie  kompletnej 
sekwencji aminokwasowej? Podaj sekwencje uzyskanych peptydów. 
 

Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys-Thr-Asn-Val-Lys-Ala-Ala-Trp-Gly-Lys-Val-
Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr-Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu 

   

4.  Które  z  poniższych  technik  są  wykorzystywane  do  ustalenia  pozycji  mostków 

dwusiarczkowych w białku?  
 

a.  Białko jest najpierw redukowane i karboksymetylowane. 
b.  Białko jest rozcinane przez kwaśną hydrolizę. 
c.  Białko jest specyficznie rozcinane w warunkach nieuszkadzających wiązań dwusiarczkowych. 
d.  Peptydy są rozdzielane przez elektroforezę w żelu poliakrylamidowym z SDS. 
e.  Peptydy  są  rozdzielane  przez  dwuwymiarowa  elektroforezę,  w  trakcie  której  (pomiędzy 

elektroforezami) zostają poddane działaniu kwasu nadmrówkowego.  
 

5.  Połącz hasła z lewej kolumny z właściwym opisem/opisami z prawej kolumny. 

 

a. antygeny                            

(1) immunoglobuliny 

b. determinanty antygenowe  

(2) obce białka, polisacharydy lub kwasy nukleinowe 

c. przeciwciała poliklonalne 

(3) przeciwciała produkowane przez komórki hybrydoma 

d. przeciwciała monoklonalne  (4) grupy rozpoznawana przez przeciwciała  
 

(5) przeciwciała 
(6) przeciwciała homogenne 
(7) przeciwciała  produkowane  przez  wstrzyknięcie  zwierzęciu 

obcej substancji            

(8) epitopy 

  

 

Lista 3 - 

 Poznawanie białek (c.d.) 

 - 2 z 2- 

 

6.  Metodami  stosowanymi  do  lokalizowania  specyficznych  białek  w  nienaruszonej  komórce 

są: 
 

a.  Western blotting                                         d.  mikroskopia immunoelektronowa 
b.  test enzymatyczny w fazie stałej                e.  mikroskopia fluorescencyjna 
c.  test immunoenzymatyczny – ELISA 

 

7.  Wyjaśnij  dlaczego  testy  immunologiczne  są  szczególnie  użyteczne  dla  wykrywania 

i oznaczania małych ilości substancji w złożonej mieszaninie. 

 

 

8.  Poniższe odczynniki są często stosowane w chemii: 
a.  CNBr  
b.  mocznik 
c.  β-merkaptoetanol 
d.  trypsyna 
e.  dicykloheksylokarbodiimid 
f.  chlorek dabsylu 
g.  6 N HCl 
h.  fluoreskamina 
i.  fenyloizotiocyjanian 
j.  chymotrypsyna 
k.  rozcieńczony F

3

CCOOH 

 

Które z tych reagentów są odpowiednie do poniższych zadań? 

 

1.  określenie sekwencji aminokwasowej małego peptydu 
2.  identyfikacja reszty na końcu aminowym peptydu (którego masz mniej niż 10

-7

 grama) 

3.  odwracalna denaturacja białka pozbawionego mostków dwusiarczkowych 
4.  hydroliza wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt aromatycznych 
5.  trawienie wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt metionylowych 
6.  hydroliza wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt lizylowych i arginylowych 
7.  odwracalna  denaturacja  białka  zawierającego  mostki  dwusiarczkowe  (potrzebne  są  dwa 

reagenty) 

8.  aktywacja grup karboksylowych podczas syntezy peptydów  
9.  określenie składu aminokwasowego małego peptydu  
10.  usunięcie grupy ochronnej t-Boc w trakcie syntezy peptydu 

 

9.  Peptyd  złożony  z  12  aminokwasów  nie  reaguje  z  chlorkiem  dabsylu  ani 

z fenyloizotiocyjanianem.  Trawienie  bromocyjanem  daje  peptyd  z  resztą  laktonu 
homoseryny na końcu karboksylowym, która łatwo ulega hydrolizie, dając peptyd, którego 
sekwencja ustalona procedurą Edmana jest następująca:  
 

E-H-F-W-D-D-G-G-A-V-L 

 

Z  drugiej  strony,  trawienie  proteazą  ze  Staphylococcus  (zapoznaj  się  z  tabelą  4.3 
w podręczniku)  daje  odpowiednik  asparaginianu  i  dwa  peptydy.  Użycie  procedury 
Edmana daje następujące sekwencje tych peptydów:  

 

G-G-A-V-L-M-E and H-F-W-D 

 

Dlaczego 

nietrawiony 

peptyd 

nie 

reaguje 

z 

chlorkiem 

dabsylu 

ani 

z fenyloizotiocyjanianem?