1. odwrotna transkryptaza to polimeraza, która:
a.syntetyzuje cząsteczkę DNA na matrycy RNA
b. syntetyzuje cząsteczkę RNA na matrycy RNA
c. syntetyzuje cząsteczkę DNA na matrycy DNA
d. syntetyzuje cząsteczkę RNA na matrycy DNA
2. agrobacterium tumefaciens jest:
a. bakterią glebową żyjącą w symbiozie z komórkami roślinnymi
b. bakterią glebową, która powoduje wytworzenie korzeni w miejscu…
c. bakterią glebową z rodziny Rizobium wiążącą wolny azot z powietrza
d. bakterią glebową gram (-) powodującą chorobę roślin zwaną guzowatością
e. żadna z wymienionych odpowiedzi
3. który fragment plazmidu Ti jest przenoszony do genomu rośliny?
Zraniona roślina wydziela substancje pobudzające Agrobacterium tumefaciens. Z plazmidu Ti
wycinany jest jednoniciowy fragment DNA (zwany T – DNA). T – DNA otaczany jest
specjalnymi białkami chroniącymi go podczas transportu. W błonie komórkowej bakterii
wytwarzany jest specjalny kanał kontaktujący się z komórką roślinną. Kanałem tym
opakowany białkami T – DNA przenoszony jest do komórki roślinnej. Dzięki temu, że
chroniące T – DNA białka zawierają w swej strukturze zakodowany adres, pod który należy
je dostarczyć, T – DNA w komórce roślinnej kierowany jest do jądra. Tam włącza się do
materiału genetycznego komórki i uruchamia produkcję opin oraz hormonów roślinnych
4. z jakich etapów składa się reakcja PCR?
- denaturacja początkowa 94°C
-denaturacja 30-60s 54oC
- przyłączenie starterów (annealing)30-60s 72C
- wydłużenie starterów (zależy od dł produktu amplifikacji) 72C
-ostatnie wydłużenie 5-10min 72C
5. alkaliczna fosfataza:
a. dołącza grupę fosforanową do końca 5’ dwuniciowej cząsteczki DNA
b. usuwa grupę hydroksylową z końca 3’ cząsteczki DNA
c. usuwa grupę fosforanową z końca 5’ dwuniciowej cząsteczki DNA
d. dołącza grupę hydroksylową z końca 3’ dwuniciowej cząsteczki DNA
6. od czego zależy kompetentność komórek bakteryjnych?
7. na czym polega identyfikacja zrekombinowanych plazmidów?
Dzieli się na:
a.podwójna odporność na antybiotyki
Plazmid z dwoma opornościami na antybiotyk → klonowanie w obrębie jednego z genów
odporności → transformacja bakterii + wysiew na pożywkę selekcyjną z ampicyliną →
robienie repliki na pożywkę z tetracykliną → klonowanie bakteryjne, które wyrosły zawierają
nierekombinowany plazmid
Do analizy bierze się komórki bakteryjne, które rosły na pożywce z ampicyliną a nie
rosły na pożywce z tetracykliną.
b.alfa – komplementacja
Beta-galaktozydaza
1.plazmid (N-koniec genu lacZ kodujący 148 AA)
2.bakterie (C-koniec genu lacZ)
-osobno są nieaktywne
-plazmid zostanie wprowadzony do bakterii to aktywny enzym rozkłada substrat X-Gal:
niebieskie kolonie
-zrekombinowany plazmid zostanie wprowadzony do bakterii (nieaktywny gen lacZ) to
kolonie białe
8. jakie są różnice w konstruowaniu biblioteki genowej i cDNA?
Biblioteka genomowa – jest reprezentacją całego DNA danego organizmu. Fragmentacji
poddaje się genomowe DNA, które następnie łączy się z cząsteczkami określonego wektora.
Każda cząsteczka wektora zawiera jeden wbudowany fragment DNA.
Biblioteka cDNA – zawiera fragmenty cDNA powstałe na matrycy mRNA w wyniku
odwrotnej transkrypcji. Jest to reprezentacja tylko aktywnych genów występujących w
tkance, z której został wyizolowany mRNA.
Przygotowanie biblioteki obejmuje następujące etapy:
-izolacja genomowego DNA
-trawienie DNA enzymem restrykcyjnym
-klonowanie fragmentów DNA do wektora
-transformacja bakterii
Biblioteka cDNA:
-izolacja mRNA
-synteza cDNA
-klonowanie do wektora
-transformacja do bakterii
9. co to jest ramka odczytu (ORF)?
Otwarta raka odczytu (ORF) – seria kodonów zaczynająca się kodonem inicjacyjnym
(Zwykle ATG) a kończąca kodonem terminacyjnym (TAA,TAG,TGA).
Każda sekwencja DNA ma sześć ramek odczytu, trzy w jednym kierunku i trzy w kierunku
przeciwnym
Dwuniciowa cząsteczka DNA ma sześć ramek odczytu Obie Nici czyta w kierunku 5’-3’.
Każda nić ma trzy ramki odczytu – zależnie od tego który nukleotyd zostanie wybrany jako
początek
10. opisz eksperyment dowodzący że nośnikiem informacji dziedzicznej jest DNA?
Doświadczenie Hersheya i Chasa’e (1952)
-do komórki bakterii wnika jedynie DNA i ono jest nośnikiem infekcji.
- bakteriofagi hodowane na dwóch różnych pożywkach, jedna pożywka – z radioaktywną
siarką, druga z radioaktywnym fosforem.
- infekcja komórek bakteryjnych bakteriofagami z tych dwóch różnych pożywek
- kapsyd odłącza się od kom. bakteryjnej, zostaje na zewnątrz, następnie próbowano oddzielić
komórki bakteryjne od otoczek białkowych poprzez wirowanie
- w doświadczeniu z radioaktywną siarką w pellecie (osad na dnie probówki) nie było
radioaktywności, natomiast w supernatancie była – siarka była wbudowana do kapsydu,
podczas infekcji siarka pozostawała na zewnątrz komórki
- fosfor radioaktywny był w osadzie komórek na dnie probówki (pellet), natomiast w
supernatancie go nie było – fosfor był wbudowany do kwasu nukleinowego, fosfor wchodził
do wnętrza komórek
11. wiązanie fosfodiestrowe powstaje między:
a. grupą 3’ hydroksylową jednej rybozy i 5’ fosforanową następnej
b. grupą 5’ hydroksylową jednej rybozy i 3’ fosforanową następnej
c. grupą 3’ fosforanową jednej rybozy i 5’ hydroksylową następnej
d. grupą 3’ hydroksylową jednej rybozy i 5’ fosforanową następnej
12. denaturacja DNA polega na:
a. powrocie zrekombinowanej cząsteczki DNA do stanu naturalnego poprzez szybkie…
b. zerwaniu metodami chemicznymi bądź fizycznymi oddziaływań niekonwencjonalnych, w
tym wodorowych między komplementarnymi parami zasad
c. rozkładzie kwasów nukleinowych na podstawowe składniki
d. żadna z odp
13.opisz krótko jak jest upakowane DNA w jądrze komórkowym?
Cząsteczka DNA musi jest mocno zwinięta i upakowana w jądrze komórkowym. W
utrzymaniu zwartej struktury DNA uczestniczą specjalne białka – histony. Oktamer
histonowy jest to białkowy rdzeń na który nawinięta jest helisa DNA u Eukaryota.
Zbudowany jest z histonów H2A, H2B, H3 oraz H4. Ma on postać spłaszczonego cylindra.
Oktamer histonowy tworzą tetramer histonów argininowych (dwa histony H3 i dwa H4) oraz
dwa dimery histonów lizynowych (H2A i H2B). Nawinięcie DNA na oktamer histonowy
powoduje jego około sześciokrotne skrócenie – ma to istotne znaczenie przy pakowaniu
długiej cząsteczki DNA na stosunkowo małym obszarze jądra komórkowego
14. genomika strukturalna zajmuje się:
a. ustaleniem struktury i ekspresji genu
b. badaniem położenia genu w cząsteczce DNA
c. zidentyfikowaniem funkcji i położeniem danego genu
d. wszystkie wymienione odp
15. z jakich elementów składa się operon?
Operon składa się z:
-Zespół genów strukturalnych
-Operatora – miejsce do którego przyłącza się represor
-Promotora - przyłącza się polimeraz DNA
-Regulatora – koduje represor
W momencie kiedy jest laktoza łączy się ona z represorem i zmienia jego konfigurację
przestrzenną i nie jest ono w stanie połączyć się.
16. cechą charakterystyczną plazmidów jest:
a. dziedziczenie jest niezależne od genomu bakteryjnego a replikacja zależy
b. dziedziczenie i replikacja niezależnie od genomu bakteryjnego
c. dziedziczenie jest zależne od genomu bakteryjnego a replikacja niezależna
d. dziedziczenie i replikacja zależne od genomu bakteryjnego
17. jaką rolę pełnią helikazy w procesie replikacji?
rozdziela starą podwójną nić DNA umożliwiając przyłączenie się polimerazy DNA do nici
pojedynczych
18. Wymień i krótko scharakteryzuj dwie modyfikacje roślin które przyczyniają się do
obniżenia stosowanej ilości pestycydów przez rolnika?
- odporność na herbicydy – chemiczne środki ochrony roślin (soja, rzepak)
- odporność na szkodniki – modyfikacja Bt (np. kukurydza, bawełna)
- odporność na choroby wirusowe, grzybowe, bakteryjne
- odporność na niekorzystne warunki środowiska (zasolenie gleby, mróz, susza, metale
ciężkie)
- poprawa lub nadanie nowych cech jakościowych (pomidor Flar Savr, Golden Rice,
szczepionki w warzywach)
19. na czym polega modyfikacja genetycza flaw save? Czym charakteryzował się ten
pomidor?
Modyfikacja genetyczna pomidora Flavr Savr polegała na zmniejszeniu w nim aktywność
genu, który odpowiada za proces dojrzewania i mięknięcia pomidora. Tak zmodyfikowany
pomidor lepiej znosił transport i dłużej zachowywał świeżość.
Pomidor Flar Savr
- pierwsze GMO wprowadzone do obrotu
- dopuszczony do sprzedaży tylko w USA w 1994r
Do genomu tego pomidora został wprowadzony odwrócony gen poligalakturonazy (PG) -
enzymu rozkładającego ścianę komórkową. RNA powstałe po transkrypcji odwróconego
genu łączyło się komplementarnie z mRNA prawidłowego genu PG, co uniemożliwiało
przyłączenie się rybosomu, i w konsekwencji syntezy enzymu. Ta metoda jest typu: antysensu
(inhibicja antysensowna).
20. Która polimeraza DNA u bakterii uczestniczy w usuwaniu błędów?
polimeraza III DNA ??
21. Wymień odczynniki, których stężenie podczas reakcji PCR zmniejsza się w miarę
trwania reakcji
Jony Mg2+, dNTP, startery ????
22. Opisz w punktach zjawiska zachodzące na nici opóźnionej podczas replikacji.
Nić opóźniona – nić DNA syntetyzowana jest w kierunku przeciwnym do widełek
replikacyjnych (5’→3’), w postaci tzw. Fragmentów Okazaki.
Synteza nici opóźnionej jest przeciwna do przesuwania się widełek replikacyjnych. Powstaje
ona w postaci krótkich fragmentów – Okazaki. Syntezę fragmentów Okazaki inicjuje
starterowy RNA. Synteza przebiega w kierunku końca 5’ poprzednio utworzonego fragmentu.
W procesie tym uczestniczą polimerazy DNA. Gdy tworzący się fragment Okazaki zbliża się
do fragmentu zsyntezowanego przed nim jedna z polimerazy DNA degraduje poprzedni
starterowy RNA umożliwiając innej polimerazie wypełnienie przerwy między dwoma
odcinkami nici DNA. Ostatecznie oba fragmenty zostają spojone przez ligazę DNA. Nić
opóźniona tworzy pętlę umożliwiając dołączenie nowych jednostek nukleotydowych do
końców 3’.
-Zrywanie wiązań wodorowych przez helikazy.
-Degradacja starterowego RNA przez jedną z polimeraz DNA
-Inna polimeraza DNA wypełnia przerwy między dwoma odcinkami nici DNA (synteza
brakującego fragmentu)
-Oba fragmenty spojone przez ligazę DNA, powstanie wiązania fosfodiestrowego
23. Neoschizomery to:
a.Enzymy restrykcyjne, rozpoznające tą samą sekwencję DNA ale trawią ją w różnych
miejscach
b.Enzymy, który rozpoznaje tą samą sekwencję, ale tna ją w różnych miejscach
c.Neoschizomery to specyficzny podtyp izoschizomerów
d.Wszystkie odpowiedzi są prawidłowe
24. Do aktywności endonukleaz restrykcyjnych:
a.Niezbędne są jony magnezu
b.Niezbędny jest magnez
c.Niezbędne są jony chlorkowe
d.Odpowiedz A i B
25. wymień substraty dla enzymu restrykcyjnego. Do której klasy enzymów należą ER?
26. Bakterie z plazmidem niosącym czynny gen odporności na kanamycynę
a.Może tworzyć kolonie na podłożu niezawierającym antybiotyków
b.Nie tworzy kolonii na podłożu niezawierającym kanomycynę
c.Tworzy kolonie wyłącznie na podłożu zawierającym kanamycynę
d.Niemożne tworzyć kolonii na podłożu zawierającym antybiotyki
27. opisz w punktach schemat klonowania w wektorze plazmidowym
1.trawienie (restryktaza)
DNA trawi się ER.
-ligacja z wektorem
-transformacja komórek bakterii
-selekcja i identyfikacja zrekombinowanych wektorów
DNA poddaje się trawieniu enzymem restrykcyjnym (niekoniecznie). Tym samym enzymem
restrykcyjnym lub enzymem zostawiającym identyczne lepkie końce przecina się wektor
(ważne żeby końce wektora pasowały do końców inseratu).
2.ligacja
przeprowadza się ligację wektora z fragmentami donorowego DNA. Usunięcie grupy
fosforanowej na końcach 5’ liniowego plazmidu aby zapobiec cyrkularyzacji wektora. Enzym
fosfataza.
3.transformacja bakterii i selekcja
transformacja, czyli wprowadzenie DNA do komórek bakterii.
Transformacja jest procesem wprowadzenia DNA do komórki.
Komórki bakteryjne muszą być kompetentne.
Bakterie naturalnie kompetentne np. bacillus subtillis.
Większość bakterii musi osiągnąć stan kompetencji. Są poddawane działaniu czynników
chemicznych lub fizycznych np. escherichia coli.
4.selekcja pojedynczego klonu
28. horyzontalny transfer genów u bakterii to
a.Transdukcja, transfekcja, koniugacja
b.Koniugacja, replikacja, transformacja
c.Transformacja, transdukcja, koniugacja
d.Wszystkie wymienione odpowiedzi
29. konstrukcja genowa używana do transformacji roślin powinna zawierać m.in.
a.Sekwencję ori, promotor, gen selekcyjny
b.Promotor, polilinkier, terminator
c.Promotor, gen struktury, geny selekcyjne
d.Promotor, lewą i prawą sekwencję graniczna, gen struktury, terminator
e.Wszystkie wymienione
30. co to znaczy że komórki roślinne przeznaczone do transformacji powinny być
totipotentne?
Tzn że powinny być zdolne do regeneracji całych organizmów