Zajęcia dokształcające z języka angielskiego w chemii nr. 12

Zajęcia będą dotyczyły przyswojenia terminów z języka angielskiego w obszarze chemii strukturalnej tzn. symetrii

molekuł, geometrii i siły oddziaływań, stereochemii oraz wykorzystania krystalografii oraz metod obliczeniowych do

ustalania struktur związków chemicznych, szczególnie tych o skomplikowanej strukturze.

Proponowane teksty do tłumaczenia:

„The hydrogen bonds in solid state” T. Steiner, Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 48-76.

„Polyether antibiotic CP44,161” Acta Cryst. 2001, C57, 95-96 (P. Allen et al.)

“Conformational analysis of gossypol and its derivatives by molecular mechanics”J. Mol. Struct.

TEOCHEM, 2005, 730, 51-58 (Beisel et al.)

“Synthesis and Crystallographic Analysis of 5-Se-Thymidine DNAs” Organic Letters 2009,

11, 2503-2506 (A.A.E. Hassan et al.)

Tłumaczenie wybranych fragmentów tekstu publikacji „The hydrogen bonds in solid state” T. Steiner, Angew.

Chem. Int. Ed. 2002, 41, 48-76.

GLOSSARY:

hydrogen bond

– wiązanie wodorowe

intermolecular interaction –

oddziaływanie międzycząsteczkowe

molecular conformation

– konformacja cząsteczki

molecular aggregation

– agregacja cząsteczkowa

phenomenon

– zjawisko

condensed phase

– faza skondensowana

dissociation energy

– energia dysocjacji

order of magnitude

– rząd wielkości

electrostatic, covalent and dispersion contributions

– wkłady elektrostatyczny, kowalencyjny i dyspersyjny

transition region

– zakres przejścia

van dre Waals interactions

– oddziaływania van der Waalsa

ionic interaction

– oddziaływanie jonowe

cation-π interaction

– oddziaływanie kation - chmura elektronów pi

proton transfer reactions

– reakcje z przeniesieniem protonu

impotrance

– ważność

biological chemistry

– chemia biologiczna

mineralogy

– mineraologia

materials science

– nauki o materiałach

supramolecular chemistry

– chemia supramolecularna

biochemistry

– biochemia

molecular medicine

– medycyna molekularna

pharmacy

– farmacja

inorganic chemistry

–chemia nieorganiczna

organic chemistry

– chemia organiczna

hydrogen-bond research

– badania wiązań wodorowych

outdated

- przestarzały

difference

– różnica

electronegativity

– elektroujemność

polar

– polarny

partial atomic charges

– łądunki cząstkowe atomów

to orient

– zorientować

local dipoles

– lokalne dipole

negative partial charges

– ujemne ładunki cząstkowe

electron lone pairs

– wolne pary elektronowe

filled orbital

– wypełniony orbital

water dimer

– dimery wody

geometrical parameters

– parametry geometryczne

distance

– odległość

angle

– kąt

shortened

– skrócony

overlap of electron orbitals

– nakładanie się orbitali elektronowych

van der Waals radii

– promienie van der Waalsa

three center four electron bond

– wiązanie trójcentrowe czteroelektronowe

charge transfer

– przeniesienie ładunku

electrostatic interaction

– oddziaływanie elektrostatyczne

bond length

– długość wiązania

structural chemistry

– chemia strukturalna

resemble

– przypominać

covalent bond

– wiązanie kowalencyjne

reverse polarity

– odwrotna polarność

metal hydrides

– wodorki metali

parallel hydrogen bond

- równoległe wiązania wodorowe

molecular recognition

– rozpoznanie molekularne

crystalline architecture

- krystaliczna architektura

crystal engineering

– inżynieria kryształów

net charge

– ładunek formalny

crystalline compounds

– związki w postaci krystalicznej

involved

– zaangażowany

electron-deficient center

– centrum z deficytem elektronów

acid/base properties

– właściwości kwasowo/zasadowe

crystal structure

– struktura krystalograficzna

symmetric hydrogen bonds

– symetryczne wiązania wodorowe

proton donor

– donor protonu

proton acceptor

– akceptor protonu

linear angle

– liniowy kąt

red-shift

– przesunięcie (pasma) w kierunku niższych częstości

bond critical point

– krytyczny punkt wiązania

discrepancy

– rozbieżność

bifurcated hydrogen bond

– wiązanie wodorowe rozwidlone

hydrogen bridge

– mostek wodorowy

attractive force

– siła przyciągania

repulsive force

– siła odpychania

attractive interaction = bonding interaction

hydrogen bond potential

– potencjał wiązania wodorowego

constituent interactions

– składowe oddziaływania

repulsion

– odpychanie

antibonding orbital

– orbital antywiążący

computational chemistry

– chemia obliczeniowa (teoretyczna)

high level of theory

– wysoki poziom teorii

logarithmic scale

– skala logarytmiczna

bond energy

– energia wiązania

computed

– policzony

optimal geometry

– optymalna geometria

network

- sieć

Tłumaczenie publikacji z Acta Crystallographica Section C, P Allen et al. Acta Cryst. 2001, C57, 95-96

GLOSSARY:

crystal structure

– struktura krystalograficzna

antibiotic

– antybiotyk

monohydrate

– monohydrat

adopt

- przyjmować

cyclic conformation

– cykliczna konformacja

centrally located water molecule

– centralnie umiejscowiona cząsteczka wody

stability of conformation

– stabilność konformacji

hydrogen-bonding interactions

– oddziaływania typu wiązań wodorowych

ionophore

– jonofor

biological membranes

– biologiczne membrany

backbone of the molecule

– szkielet cząsteczki

lipophylic

– lipofilowy

isolated

– izolowany

moiety

– część cząsteczki o specyficznych właściwościach chemicznych

bis-spiroacetal ring system

– układ dwóch pierścieni spiroacetalowych

anticoccidial activity

– aktywność przeciwko kokcydiom

to estabilish the stereochemistry

– aby ustalić stereochemię

synthetic intermediates

– syntetyczne produkty pośrednie

unequivocally

– jednoznacznie

participate

– brać udział

oligomeric hydrogen bond network

– oligomeryczna sieć wiązań wodorowych

weak interaction

– słabe oddziaływanie

neighbouring molecule

– sąsiednia cząsteczka

recrystallized

- rekrystalizowany

crystal data

– dane krystalograficzne

cell parameters

– parametry komórki elementarnej

reflections

– refleksy

radiation

- promieniowanie

independent reflections

– niezależne refleksy

hydrogen-bonding geometry

– geometria wiązań wodorowych

symmetry code

– kod symetrii

diffractometer

– dyfraktometr

Tłumaczenie fragmentów pracy z J. Mol. Struct. TEOCHEM, 2005, 730, 51-58 (Beisel et al.)

GLOSSARY:

molecular simulations

– symulacje, modelowanie molekularne

default parameters

– parametry domyślne

directed outward

– skierowane na zewnątrz

center of the molecule

- środek cząsteczki

DFT /Density Functional Theory/ calculations

– obliczenia metodą opartą na teorii funkcjonału gęstości

crystal forms

– formy krystaliczne

minimal energy structures

– struktury o minimalnej energii

enantiomer

– enancjomer

axis

- oś

minimal-energy state

– stan o najniższej energii

forced

– wymuszony

invert

- odwracać

clash –

kolidować, nakładać się na siebie

substituent

- podstawnik

planarity

- planarność

strain

– naprężać, napinać

energy barier

– bariera energetyczna

out-of-plane

– poza płaszczyzną

angle

– kąt

the extent of puckering of each inner naphthalene ring

– rozmiar wykrzywienia każdego z pierścieni

naftalenowych

the average deviation of atoms

– średnie wychylenie atomów

dihedral angle

– kąt dwuścienny

torsional angles

– kąty torsyjne

symmetrical nature

– symetryczna natura

perpendicular to each other

– wzajemnie prostopadłe

best fit naphthalene planes

– najlepsze płaszczyzny pierścieni naftalenowych

rotate

– rotować

conformation

- konformacja

opposing forces

– przeciwstawne siły

conjugation

– sprzężenie

tautomer

– tautomer

distortion

– odkształcenie

quinoid ring

– chinoidowy pierścień

principal tautomer in solution

– główny tautomer w roztworze

Tłumaczenie publikacji z pracy „Organic Letters” 2009, 11, 2503-2506 (A.A.E. Hassan et al.)

Glossary:

backbone –

szkielet

atomic probe

– sonda atomowa

selenium

– selen

electrophilic addition

– addycja elektrofilowa

biophysical

– biofizyczne

structural investigations

– badania strukturalne

crystallographic analysis

– analiza krystalograficzna

phosphate group

– grupa fosforanowa

hydrogen-bond formation

– tworzenie wiązań wodorowych

hydrogen bond in proteins

– wiązania wodorowe w białkach

uracil

– uracyl

guest-host system

– układ gość-gospodarz

nonconventional reactions

– niekonwencjonalne reakcje

molecular recognition

– rozpoznanie molekularne

negatively charged

– ujemnie naładowany

excellent electron donor

– doskonały donor elektronów

phosphorylation

– fosforylacja

cellular regulation mechanism

– komórkowy mechanizm regulacji

DNA duplex

- dwuniciowe DNA

thymidyne

– tymidyna

rotational flexibility

– dowolność obrotu

proximity

– bliskość

electron density

– gęstość elektronowa

steric-hindrance

– zawada steryczna

major groove

– duża bruzda (w DNA)

chemical incorporation into DNA

– włączenie do struktury DNA na drodze reakcji chemicznej

oligonucleotides

– oligonukleotydy

pyrimidines

– pirymidyny

intermediate

– produkt pośredni

Lewis acid

– kwas Lewisa

deprotection

– odblokowanie

quantitative yield

– ilościowa wydajność

nucleobase

– zasada kwasu nukleinowego

coupling reaction

– reakcja sprzężenia

tritylation

– tritylowanie

HPLC /High Performance Liquid Chromatography/

- wysokosprawna chromatografia cieczowa

MALDI-TOF MS

/

M

atrix

A

ssisted

L

aser

D

esorption

I

onisation-

T

ime

O

f

F

light

M

ass

S

pectrometry/- spektrometria

masowa z jonizacją opartą na desorpcji laserowej z udziałem matrycy z analizatorem czasu przelotu

melting temperature

– temperatura topnienia

structure perturbation

– zaburzenie struktury

superimposition

– nałożenie

entropy

– entropia

single strand of DNA

– pojedyncza nić DNA

design

– projektować

new insight

– nowy wgląd