Modelowanie struktury
geometrycznej cząsteczki

•

Przygotowanie struktury wstępnej

•

Wybór metedy obliczania energii
potencjalnej cząsteczki

•

Optymalizacja struktury (wybór
algorytmu optymalizacyjnego)

•

Atom by atom

•

Z użyciem grup funkcyjnych

•

Baz danych reszt aminokwasowych
oraz nukleodtydów

•

Krystalograficznych baz struktur

•

Metody mechaniki molekularnej

•

Semiempiryczne metody
kwantowe

•

Metody ab initio

•

Metody DFT

•

Błądzenia przypadkowego

•

Metody gradientowe

•

Metody skoniugowanych
gradientów

•

Metody oparte o analizę macierzy
stałych siłowych