Urodził się w 1550 roku w mazowieckim Rostkowie. Jego ojciec, Jan Kostka, był kasztelanem zakroczymskim. Stanisław miał pięcioro rodzeństwa. Rodzice trzymali ich krótko. Staś był bardzo wrażliwym chłopcem, wyczulonym na zło i grzech. Jak pisze Piotr Skarga
w ,,Żywota świętych”, „od dzieciństwa podrastając, wziętej ze chrztu świętego niewinności dochowywał strzegąc się grzechu każdego''. Kiedy ukończył 14 lat, wysłano go ze starszym bratem Pawłem i wychowawcą Janem Bilińskim na naukę do jezuickiej szkoły we Wiedniu. Początkowo miał kłopoty z nauką, ale już pod koniec trzeciego roku należał do najlepszych uczniów. Wolny czas poświęcał na modlitwę, posty
i umartwiania. Bywało, że się biczował. Nie podobało się to jego wychowawcy i Pawłowi, który był wściekły, że brat nie chce uczestniczyć, tak jak on, w studenckich hulankach. Zdarzało się, że w złości bił Stanisława. Szydzili też z niego koledzy. Chłopiec jednak odpowiadał spokojnie: ,,Do wyższych rzeczy jestem stworzony i dla nich winienem żyć”. Wyczerpujące praktyki religijne, a także nieprzychylność otoczenia nadwerężyły jednak zdrowie Stanisława. W grudniu 1565 roku poważnie zaniemógł. Właściciel stancji, gdzie mieszkali, luteranin, nie wpuścił jednak katolickiego księdza z komunią do chorego. Jeśli wierzyć późniejszym relacjom Stanisława, na pomoc przyszła mu św. Barbara, patronka dobrej śmierci, niosąc mu komunię świętą. Potem ukazała mu się Matka Boża, która poleciła, by wstąpił do Towarzystwa Jezusowego. Stanisław wyzdrowiał. Jan Kostka, który miał wobec syna inne plany, sprzeciwił się wstąpieniu do jezuitów. Ponieważ brak rodzicielskiej zgody zamykał drogę do zakonu, postanowił Stanisław uciec - pieszo - do Augsburga w Bawarii, z nadzieją, iż niemiecki prowincjał jezuitów okaże mu więcej przychylności. Za uciekinierem ruszył pościg. Stanisław opisał tę emocjonującą podróż w liście do przyjaciela. „niedaleko od Wiednia dogonili mnie dwaj moi słudzy, których rozeznałem i przed którymi schowałem się do pobliskiego lasu. (…) Kiedy koło południa pokrzepiłem znużone ciało u przezroczystego źródła, usłyszałem naraz głos kopyt końskich. (…) Był to mój brat, Paweł. (…) Stanąłem dla nabrania sił
i pierwszy, zbliżając się do jeźdźca, proszę jako pielgrzym o jałmużnę. Zaczął dopytywać się o swojego brata. (…) Zwrócił uwagę, że był podobny do mnie. Odpowiedziałem, żę nad ranem tędy przechodził. Na to on, nie tracąc chwili, spiął ostrogami konia i rzuciwszy mi pieniądze popędził w dalszą drogę. Czy to był cud? Paweł nie rozpoznał brata, gdyż ten zdążył zamienić swoje ubranie z napotkanym na drodze żebrakiem.
Po wielu tygodniach marszu Stanisław dotarł do celu. Tak się jednak złożyło, że niedługo przed jego przyjazdem dwaj jezuici z Polski przeszli na protestantyzm i nie chciano w klasztorze widzieć więcej Polaków. Przyjęło go w końcu na pomocnika do kuchni. Jego pracowitość i pobożność sprawiła, że po kilku tygodniach wysłano go do nowicjatu do Rzymu. Wraz z innym nowicjuszami zamieszkał przy kościele św. Andrzeja na Kwirynale. I tu jednak nie dano mu było zaznać spokoju. Dostał z pogróżkami od ojca, który postanowił sprowadzić go do Polski. Stanisław odpisał, że ojciec powinien być Bogu wdzięczny, iż powołał syna na swoją służbę. W pierwszych miesiącach 1568 roku Stanisław złożył pierwsze śluby zakonne. Był szczęśliwy.
Tego samego roku latem niemiecki prowincjał św. Piotr Kanizjusz głosił konferencje do nowicjuszy. Zachęcał ich, by każdy miesiąc traktowali, jakby miał być ostatnim w ich życiu. Stanisław nabrał pewności, że wkrótce umrze. Nikt mu nie wierzył. A jednak 10 sierpnia poczuł się źle. Był to atak malarii. Stanisław modlił się, by mógł odejść
w uroczystość Wniebowzięcia Matki Bożej. W wigilię święta jego stan gwałtownie się pogorszył. Gdy podano mu do ręki różaniec, jego twarz rozświetlił blask: „Widzę Najświętszą Maryję Pannę z orszakiem świętym, którzy po mnie przychodzą”. Umarł kilka minut o północy na pogrzeb przybył jego brat, Paweł. Cześć, jaką otaczano zmarłego, wstrząsnęła nim. Nawrócił się i po powrocie do Polski ufundował
w Przasnyszu kościół i klasztor.
Przekonanie o świętości Stanisława było powszechne. Nikogo nie dziwiło, gdy w 1600 roku po otwarciu trumny z jego ciałem ujrzano je nie poddane rozkładowi. W 1726 roku został kanonizowany przez papieża Benedykta XIII (1724-1730). Był pierwszym jezuitą wyniesionym na ołtarze. Stanisław Kostka cieszył się wielkim nabożeństwem w Polsce.
W 1674 roku papież Klemens X (1670-1676) ogłosił go jednym
z głównych patronów Korony Polskiej i Księstwa Litewskiego.
„Święty Stanisław Kostka, który jest nam wszystkim drogim patronem. (…) Jego krótka droga życiowa z Rostkowa na Mazowszu, przez Wiedeń do Rzymu była jak gdyby wielkim biegiem na przełaj do tego celu życia każdego chrześcijanina, jakim jest świętość”.
Jan Paweł II