Mikołaj Kopernik urodził się 19 lutego 1473 roku w Toruniu, przy ul. Św. Anny (obecnie ul. Kopernika), w rodzinie kupca Mikołaja i Barbary^[6] pochodzącej z rodziny Watzenrode .

Po śmierci ojca Mikołajem zaopiekował się brat matki Łukasz Watzenrode, wybrany w 1489 roku na biskupa warmińskiego.

Mikołaj Kopernik ukończył w 1491 roku naukę w szkole parafialnej przy kościele św. Jana w Toruniu. W tej szkole nauczył się łaciny, podstaw matematyki i astronomii. Na przełomie 1491/1492 rozpoczął studia na Akademii Krakowskiej, wpisując się do metryki jako Nicolaus Nicolai de Thuronia. Czasy jego krakowskich studiów przypadły na okres świetności tzw. krakowskiej szkoły astronomiczno-matematycznej. Był m.in. uczniem astronoma Wojciecha z Brudzewa. Studia ukończył bez uzyskania tytułu magister artium w 1495. W tym też roku został kanonikiem warmińskim, funkcji tej jednak jeszcze wtedy nie objął wobec oporu kapituły warmińskiej.

Dzięki staraniom wuja Łukasza w 1496 roku rozpoczął studia prawnicze w Bolonii, wpisując się w styczniu 1497 do albumu nacji niemieckiej bolońskiego Uniwersytetu Jurystów .W Bolonii został bliskim współpracownikiem astronoma Dominika Marii Novary. Pod jego wpływem, ugruntowanym lekturą świeżo wydanego dzieła Epitome in Almagestum Ptolomei Georga von Peurbacha i Regiomontanusa (Wenecja 1496), rozpoczął badanie sprzeczności w teorii ruchu Księżyca, opisanej przez Klaudiusza Ptolemeusza, wynikających z założeń teorii geocentrycznej. 9 marca 1497 przeprowadził w Bolonii obserwację Aldebarana, najjaśniejszej gwiazdy w gwiazdozbiorze Byka, która to obserwacja potwierdziła tylko jego wątpliwości.

20 października 1497 objął przez pełnomocników kanonię warmińską. W roku 1500 odbył wraz z bratem Andrzejem Kopernikiem praktykę prawniczą w kancelarii papieskiej w Rzymie. Tam obserwował w nocy z 5 na 6 listopada zaćmienie Księżyca. W Wiecznym Mieście dał serię prywatnych wykładów, podważających współczesne mu założenia matematyczne astronomii. W 1501 na krótko powrócił na Warmię, po czym uzyskał zgodę kapituły warmińskiej na rozpoczęcie kolejnych studiów medycznych w Padwie, kontynuując studia prawnicze. Wraz z bratem Andrzejem wkrótce udał się do Włoch.

10 stycznia 1503 do sprawowanych przez siebie funkcji kościelnych przydał jeszcze scholasterię wrocławską św. Krzyża. 31 maja 1503 roku w Ferrarze został doktorem prawa kanonicznego. W Padwie skończył studia medyczne i uzyskał prawo do wykonywania praktyki lekarskiej.

Z nominacji kapituły warmińskiej został w 1507 roku osobistym sekretarzem i lekarzem swojego wuja biskupa warmińskiego Łukasza Watzenrode. Odtąd rezydował i mieszkał na zamku w Lidzbarku Warmińskim. Brał udział prawie we wszystkich czynnościach dyplomatycznych i administracyjnych biskupa. Uczestniczył m.in. w zjazdach stanów Prus Królewskich. W 1507 był obecny na koronacji Zygmunta I Starego w katedrze wawelskiej. W 1509 uczestniczył w sejmie krakowskim.

W roku 1510 przeniósł się do Fromborka i sporządził mapę Warmii^[8]. Pierwszym utworem poetyckim Kopernika był zamieszczony w epitalamium Jana Dantyszka grecki epigramat z 1512, napisany z okazji ślubu Zygmunta Starego z Barbarą Zápolyą.

W kwietniu 1512 uczestniczył w wyborze nowego biskupa warmińskiego Fabiana Luzjańskiego. Wraz z kapitułą warmińską podpisał 7 grudnia 1512 tzw. układ w Piotrkowie, który gwarantował kapitule prawo wyboru biskupa. Złożył następnie przysięgę wierności królowi Polski Zygmuntowi I. Na apel Soboru Laterańskiego w 1513 roku opracował i wysyłał do Rzymu własny projekt reformy kalendarza. Wówczas też otrzymał od kapituły warmińskiej dom we Fromborku, gdzie w 1514 kupił na własność za 175 grzywien srebra basztę północno-zachodnią w obrębie wewnętrznych murów warowni fromborskiej. Było to miejsce dogodne do obserwacji astronomicznych, a na jej zapleczu zbudował płytę obserwacyjną (pavimentum) i sporządził wzorowane na starożytnych instrumenty astronomiczne (kwadrant, triquetrum i sferę armilarną). We Fromborku przeprowadził około 30 zarejestrowanych obserwacji astronomicznych. Obserwował m.in. Marsa i Saturna, przeprowadził serię czterech obserwacji Słońca. Odkrył wówczas zmienność mimośrodu Ziemi i ruch apogeum słonecznego względem gwiazd stałych.

W 1516 został wybrany przez kapitułę warmińską administratorem dóbr wspólnych kapitulnych, z siedzibą w Olsztynie. Stąd w latach 1516–1521 zarządzał folwarkami kapituły w komornictwach olsztyńskim i melzackim. W latach 1516–1519 przeprowadził zakrojoną na szeroką skalę akcję kolonizacji opuszczonych łanów we wsiach, będących w posiadaniu kapituły. Świadectwem tego są sporządzone przez niego regesty Locationes mansorum desertorum. W czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519–1521, wobec opuszczenia Warmii przez większość członków kapituły, na barkach Kopernika spoczęło zadanie obrony zamków warmińskich. Wzmocnił wówczas m.in. fortyfikacje zamku olsztyńskiego, tak, że nadciągające w 1521 wojska krzyżackie zrezygnowały z jego oblężenia.

W styczniu 1520 został wydelegowany przez kapitułę do negocjacji z wielkim mistrzem zakonu krzyżackiego Albrechtem Hohenzollernem w sprawie zwrotu zagarniętego przez Krzyżaków Braniewa. W dowód uznania kapituła przyznała Kopernikowi tytuł komisarza Warmii. Do zadań tego urzędu należała odbudowa gospodarcza zniszczonego w czasie wojny dominium warmińskiego. 25 lipca 1521 na Sejmie Stanów Pruskich w Grudziądzu Kopernik wystąpił z napisaną przez siebie mową (Skarga kapituły na mistrza Albrechta i jego zakon z powodu krzywd wyrządzonych w roku 1521 podczas zawieszenia broni).

W 1517 powstała nieoficjalnie pierwsza wersja traktatu monetarnego zidentyfikowana jako napisana przez Mikołaja Kopernika^[9]. W 1519 napisał on drugą wersję traktatu monetarnego, różnie nazywaną, w zależności od tłumaczenia i przekładu, między innymi Traktatem o monetach. Na zjeździe stanów Prus Królewskich w Grudziądzu (rozpoczętym 17 marca 1522 roku)^[10], wygłosił publicznie traktat o monetach (21 marca)^[11]. Kopernik w zwięzły sposób sformułował pięć podstawowych postulatów, współcześnie nazywanych monetarnymi, które zostały wyjaśnione poprzez przykłady, porównania i paralele historyczne. Kopernik opowiadał się między innymi za ścisłą kontrolą liczby mennic działających na obszarze Prus. Myśl ekonomiczna, w dziedzinie określanej obecnie jako polityka pieniężna, została później jeszcze bardziej rozwinięta. W 1528 Kopernik ukończył dzieło tłumaczone jako Sposób bicia monety.

W 1537 został zatwierdzony przez króla jako jeden z czterech kandydatów na biskupa warmińskiego.

W latach 1538-39 biskup Jan Dantyszek posądził Mikołaja Kopernika o konkubinat, nakazując mu zwolnić gospodynię, Annę Schilling i przygotowując proces kanoniczny^[13]

W Bazylei w 1541 roku wyszło drukiem drugie wydanie Narratio prima, a Mikołaj Kopernik dokonał ostatniej w swym życiu obserwacji astronomicznej (zaćmienia Słońca).

W 1629 Jan Brożek odnalazł i opublikował łaciński poemat Mikołaja Kopernika Septem sidera.

Zmarł we Fromborku 24 maja 1543 roku na skutek wylewu.