Brak jest dokładnych danych mówiących o początkach osadnictwa żydowskiego w tym mieście, wiadomo jednak, iż Żydzi bywali w Nidzicy co najmniej w latach 60-tych XVIII w., nie tylko handlując na jarmarkach. W 1768 r. nidzicki radca wojenny von Lindenowsky wstawiał się u króla pruskiego Fryderyka II o nadanie przywileju protekcyjnego dwóm Żydom – Berrckowi Samulowitzowi i Isaacowi Lewinowi, handlującym tekstyliami. Chcieli się oni osiedlić w Szczytnie i tam prowadzić „kram publiczny” z wyrobami z lnu, jedwabiu, bawełny i wełny. Pierwszy Żyd posiadający przywilej ochronny przybył do Nidzicy w drugiej połowie XVIII w. W 1794 r. w Nidzicy był już dobrze zadomowiony Chamsach Baruch, który od wdowy Załuskiej odkupił plac. Miał się na nim kiedyś znajdować „zameczek wójtowski”. Wybudował tutaj pierwszą synagogę oraz mykwę. W 1804 r. cztery pozostałe po zameczku „przybudówki” zostały wydzierżawione Baruchowi na założenie żydowskiego przytułku. Jednakże po spustoszeniu miasta przez Francuzów w 1807 r., budynki rozebrano. Najprawdopodobniej Chamsach Baruch, który był niewątpliwym liderem pierwszych Żydów w Nidzicy, przyczynił się także do założenia starszego kirkutu.

Liczniejsza diaspora zaczęła powstawać u schyłku epoki wojen napoleońskich, a władze od 1810 r. uważnie obserwowały początki osadnictwa. Te do najłatwiejszych nie należały, bowiem w 1812 r. w mieście było zaledwie 10 rodzin żydowskich (w 1819 r. – 24 osoby). W 1830 r. w otwarto nowy dom modlitwy. Diaspora rozrosła się najbardziej w latach 70-tych XIX w., gdyż w Nidzicy mieszkało wówczas ponad 240 osób wyznania mojżeszowego, co stanowiło blisko 6 % populacji. Na tej fali prosperity w 1884 r. przy ul. Młyńskiej (Mühlenstrasse) wzniesiono nową synagogę, założono również nowy cmentarz wyznaniowy. Tutejsi starozakonni trudnili się przede wszystkim handlem, wielu z nich posiadało swoje sklepy i domy towarowe w reprezentacyjnych częściach miasta, m.in. w Rynku: Benno Munter i Schmull . Niezależnie od tego w drugiej połowie XIX w. podczas trwającego osiem dni przed Bożym Narodzeniem targu w Nidzicy, na straganach, wśród zabawek można było kupić pajace przedstawiające polskich Żydów w czarnych kaftanach^].

Najsłynniejszym nidziczaninem pochodzenia żydowskiego był Baruch Hirsch Strausberg (1823–1884), znany powszechniej jako Bethel Henry Strousberg. Był wielkim wizjonerem epoki nieskrępowanego rozwoju kolei i innych branż przemysłowych, który jednak przeliczył się rozbudowując swoje „imperium”. Dla ułatwienia prowadzenia interesów w różnych krajach Europy porzucił wiarę przodków przechodząc na protestantyzm.

Nidziccy Żydzi stosunkowo szybko germanizowali się i od chrześcijańskich sąsiadów różnili się z czasem już tylko wyznaniem. W czasie I wojny światowej w szeregach armii cesarskiej zginął urodzony w Nidzicy Kurt Simonsohn. Rywalizacja ekonomiczna prowadziła jednakże do napięć, zwłaszcza w okresach przesileń i kryzysów. Jednym z nich stały się czasy po zakończeniu przegranej przez Niemcy wojny, łączące się z hiperinflacją, wzrostem bezrobocia etc. W 1923 r. w Nidzicy doszło do zamieszek, podczas których zostały splądrowane żydowskie sklepy . Nieco paradoksalnie napadając na żydowskie, kapitalistyczne firmy, ich właścicieli oskarżano o sprzyjanie komunistom!

Z biegiem lat emocje nie stygły i wybuchły ponownie, gdy w 1933 r. do władzy doszli faszyści. Wtedy właśnie lokalni działacze SS w Nidzicy wydali ulotkę wzywającą Mazurów co całkowitego bojkotu firm żydowskich. Można było w niej przeczytać m.in.: „Wzywamy was, abyście nigdy więcej nie kupowali u Żydów i w filiach żydowskich firm, abyście nigdy więcej nie korzystali z usług żydowskich lekarzy, i abyście nigdy więcej nie zasięgali porad żydowskich adwokatów. Rzeczywiście doszło do bojkotu, tak że już na przełomie 1933 r. i 1934 r. większość Żydów musiała zrezygnować z prowadzenia sklepów i przedsiębiorstw. Wzrosło także tempo emigracji. Kulminacją represji stała się Noc Kryształowa, z 9 na 10 listopada 1938 r. Splądrowano i podpalono wówczas synagogę, napadano na żydowskich współobywateli. Tej nocy śmierć ponieśli trzynastoletni Dagobert David (Julius?) Naftali oraz Minna Zack. Jej mąż, Aron oraz synowie Helmut i Kurt, zostali poranieni nożami . W maju 1939 r. w mieście mieszkało jeszcze 23 Żydów, inni decydowali się na wyjazdy przede wszystkim do Berlina oraz na emigrację, m.in. do Belgii (Hutta Erb, z domu Schleim), Francji (Cecile Lehmann i Siegfried Schleim) czy Holandii (Berta Bier, z domu Lewin i Marta Ehrenfreund, z domu Rosenstein).
Symbolicznym wydarzeniem kończącym dzieje Żydów w Nidzicy, choć jeszcze najprawdopodobniej po wybuchu wojny mieszkała tutaj m.in. rodzina Okonskich, było przebudowanie wypalonego gmachu synagogi na lokalne Muzeum Pogranicza (Grenzlandmuseum)

Wśród ofiar Holokaustu znajdują się nazwiska 89 osób związanych z miastem poprzez urodzenie czy też zamieszkanie. Zazwyczaj były one wywożone z Berlina i innych dużych miast III Rzeszy do gett w Theresienstadt, Litzmannstadt (Łodzi), Mińsku, Rydze (także
Ryga-Jungfernhof), Kownie, Warszawie, Belżycach, Piaskach. Ci, którzy przeżyli osadzenie w miejscach odosobnienia, ginęli w obozach w Auschwitz, Treblince, Kulmhof (Chełmnie), Sobiborze, Sachsenhausen i na Majdanku. Zagładę przeżyli członkowie i krewni rodzin: Abrahamsohn, Bach, Bernstein, Bukofzer, Grossmann, Karter, Lazarus, Lichtman, Littmann, Lityg, Okonski, Ruschin, Schleim, Seelig, Spieldoch, Spuldik, Zack. Mieszkają w Izraelu, USA, Wielkiej Brytanii, Australii, Szwecji, Boliwii, Argentynie^[.

U schyłku II wojny światowej, 20 stycznia 1945 r. pod Nidzicą zginął czerwonoarmista Wiktor Kogan, ur. w 1926 r. we wsi Tomakowka na Ukrainie.

Swoistym epilogiem tragicznych wydarzeń Nocy Kryształowej w Nidzicy były powojenne procesy sądowe. Jeszcze w 1938 r. sąd partyjny NSDAP uniewinnił SA-manów odpowiedzialnych za zabójstwa, lecz w Niemieckiej Republice Federalnej sprawa stanęła na wokandzie ponownie w 1962 r. Sąd krajowy w Padebornie, w obecności krewnych ofiar, którzy przyjechali z Boliwii i Argentyny, skazał morderców na kilkuletnie wyroki więzienia. W 1992 r., po zjednoczeniu Niemiec, 83-letniego Fritza R. – powojennego mieszkańca Niemieckiej Republiki Demokratycznej, skazano na dwa lata więzienia w zawieszeniu za pomocnictwo w zabójstwie Minny Zack.