GRAS Generally Recognized As Safe, szczep uznany za niepatogenny, bezpieczny dodatek do żywnoÅ›ci Farmakopea kodeks apteczny, zbiór podstawowych wymagaÅ„ dot. skÅ‚adu i jakoÅ›ci Å›rodków farmaceutycznych oraz metod badania surowców farmaceutycznych i leków 1. WymieÅ„ grupy bakterii poznane w trakcie ćwiczeÅ„. o Firmicutes G+: bakterie kwasu mlekowego LAB (Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus), bakterie przetrwalnikujÄ…ce: Bacillaceae (Bacillus) i klostridia (Clostridium) o Actinobacteria G+: tworzÄ… pseudogrzybniÄ™ dwóch typów: 1) grzybnia substratowa wrastajÄ…ca w podÅ‚oże, 2) grzybnia powietrzna nad ziemiÄ…, tworzÄ… siÄ™ konidiofory * Bifidobacterium (wyjÄ…tkowa bakteria mlekowa), * Streptomyces, * Corynebacterium glutamicum * Amycolatopsis rifamycinica (biosynteza ryfamycyn) o Proteobacteria G-: Escherichia coli (Gammapr.), bakterie octowe (Acetobacter) 2. Opisać gatunki mikroorganizmów stosowane na ćwiczeniach i krótko scharakteryzować, w jakich procesach biotechnologicznych uczestniczÄ…. Bacillus pumilus szczep wskaznikowy, badanie wytwarzania antybiotyków Lactobacillus delbrueckii bakteria kwasu mlekowego, homofermentacja: produkcja kwasu mlekowego, skÅ‚adnik szczepionek do jogurtów (subsp. bulgaricus) Aspergillus niger produkcja kwasu cytrynowego Saccharomyces cerevisiae fermentacja alkoholowa, piwowarstwo Streptomyces produkcja antybiotyków Saccharopolyspora erythrea erytromycyna Amycolatopsis rifamycinica biosynteza ryfamycyn 3. WymieÅ„ etapy opracowania procesu biotechnologicznego. 1. Screening selekcja szczepów ze Å›rodowiska, które mogÄ… być potencjalnie użyteczne, tzn. wysiewamy szczepy, porównujemy ich wzrost i wydajność 2. WstÄ™pne ustalenie warunków ich hodowli jak najlepszy wzrost na jak najtaÅ„szym podÅ‚ożu 3. Doskonalenie cech produkcyjnych ukierunkowana mutagenizacja lub fuzja protoplastów: * zmiany wymagaÅ„ pokarmowych -> pożądane prototrofy * ograniczenie wytwarzania produktów ubocznych -> ograniczenie strat energii * zwiÄ™kszenie opornoÅ›ci na substancje toksyczne (np. produkt w wysokim stężeniu może być dla producenta toksyczny) * zwiÄ™kszenie opornoÅ›ci na bakteriofagi 4. Optymalizacja warunków bioprocesu ustalenie najlepszych parametrów: * skÅ‚ad pożywki * natlenienie -> napowietrzanie, mieszanie * uwodnienie, ciÅ›nienie osmotyczne * temperatura, pH, potencjaÅ‚ redox 5. PowiÄ™kszenie skali przejÅ›cie ze skali laboratoryjnej do przemysÅ‚owej 6. Uruchomienie produkcji 4. Schemat procesu biotechnologicznego 1) etap przygotowawczy (sterylizacja aparatury) 2) namnożenie materiaÅ‚u posiewowego: wysianie liofilizatu zaszczepienie maÅ‚y fermentor duży fermentor przeniesienie do na skos, zebranie hodowli PETKA MATKA TANKU FERMEN- zarodników po 7 pÅ‚ynnej, inkubacja 48 h inkubacja 24 h TACYJNEGO dniach inkubacji inkubacja 24h 3) prowadzenie procesu biosyntezy (np. erytromycyna 200h w 34 stopniach) 4) wydzielenie i oczyszczenie produktu: oddzielenie biomasy, izolacja produktu (filtracja, ekstrakcja, zatężanie, krystalizacja& ), zagospodarowanie odpadów 5) otrzymanie formy handlowej produktu 5. Różnica pomiÄ™dzy rolÄ… laboratoryjnÄ… a przemysÅ‚owÄ… procesów biosyntezy. SzczepiÄ…c podÅ‚oże w maÅ‚ej objÄ™toÅ›ci upewniamy siÄ™, czy nasz szczep jest nadal aktywny lub czy jest to szczep rzeczywiÅ›cie zamówiony przez nas z kolekcji, w skali laboratoryjnej doskonalimy również szczepy i dobieramy dobre warunki hodowli. W skali przemysÅ‚owej (tanki fermentacyjne) nastÄ™puje uruchomienie produkcji. 6. 4 metody immobilizacji enzymów. KtórÄ… z nich wykorzystywaliÅ›my na ćwiczeniach? 1. Absorpcja na powierzchni noÅ›nika - adhezja do noÅ›nika lub wiÄ…zanie kowalencyjne 2. PuÅ‚apkowanie w matrycy immobilizacja enzymu wewnÄ…trz alginianowych kuleczek 3. Zamykanie wewnÄ…trz membran półprzepuszczalnych 4. Kopolimeryzacja sieciowanie przestrzenne 7. Metoda immobilizacji komórek superszczepów - zalety, przykÅ‚ad. Np. zamkniÄ™cie komórek w żelowych kuleczkach. W kuleczce tworzÄ… siÄ™ strefy, np. przy produkcji EtOH w Å›rodku kuleczki wyższe nagromadzenie EtOH, komórek nie obserwuje siÄ™, gromadzÄ… siÄ™ one przy powierzchni kuleczki, gdzie dyfuzja jest najwydajniejsza. 8. Metody przechowywania szczepu produkcyjnego. o przechowywanie na skosach o liofilizacja (wysuszenie w niskiej temperaturze pod obniżonym ciÅ›nieniem) o zamrożenie w ciekÅ‚ym azocie (temp. -80 stopni) 9. Jak wyizolować promieniowce z gleby. Pobrać glebÄ™ pozakorzeniowÄ…, oczyÅ›cić z zanieczyszczeÅ„ i Å›ciółki; 1g wytrzÄ…sać w 9ml RF przez 10 minut otrzymujemy rozcieÅ„czenie 10^-1; rozcieÅ„czenia 10^-2 i 10^-3 wysiewamy (0,1ml) na podÅ‚oże staÅ‚e z wyciÄ…gu glebowego (1 kg gleby zawiesić w wodzie, zwirować, przesÄ…czyć, wysterylizować, dodać agaru i antybiotyków przeciwgrzybicznych, pH obojÄ™tne), inkubacja przez 10 dni w 26-30 stopniach. 10. Przystosowanie szczepu do wykorzystania w hodowli na skale przemysÅ‚owÄ…. o Metody: modyfikacja genotypu: mutageneza indukowana in vivo, fuzja protoplastów komórek szczepów (także pomiÄ™dzy gatunkami albo nawet rodzajami). o zmiana wymagaÅ„ pokarmowych -> pożądane sÄ… prototrofy zdolne do wzrostu na tanich, Å‚atwo dostÄ™pnych podÅ‚ożach, o nadprodukcja pożądanego zwiÄ…zku -> zmiany w systemach regulacyjnych biosyntezy o szybki wzrost, duża wydajność biosyntezy przy ograniczonym wzroÅ›cie biomasy o stabilność genetyczna o szczep o dużych komórkach -> Å‚atwe rozdzielenie biomasy i pożywki pohodowlanej 11. Problemy, z jakimi stykajÄ… siÄ™ hodowle biotechnologiczne prowadzone na skale przemysÅ‚owÄ…. o unikniÄ™cie zakażenia bakteriofagami zachowanie aseptycznoÅ›ci hodowli o efektywne napowietrzanie i mieszanie o powstawanie piany -> koniecznie stosowanie Å›rodków przeciwpiennych (oleje i tÅ‚uszczem wyższe alkohole, Å›rodki silikonowe), które hamujÄ… powstawanie piany z mÄ…k zbóż i soi oraz hydrolizatów i ekstraktów 12. Narysuj wykres biosyntezy kwasu octowego, etanolu, kwasu mlekowego i ryfampicyny, uwzglÄ™dniajÄ…c stężenia zródÅ‚a wÄ™gla i azotu (zużycie) oraz liczebność (wzrost) biomasy. metabolity pierwotne: Etanol, kwas mlekowy, kwas cytrynowy; produkcja wraz ze wzrostem hodowli, równolegle TROFOFAZA metabolity wtórne: antybiotyki, np. Ryfampicyna; produkcja pod koniec fazy wzrostu, metabolit nie jest konieczny do wzrostu IDIOFAZA 13. Jakie sÄ… prekursory/induktory dla: erytromycyny, ryfamycyny, acylazy penicylinowej? Prekursor/induktor Produkt Drobnoustrój propanol, propionian erytromycyna Saccharopolyspora erythrea (dawniej Streptomyces erythreus) glicyna L-seryna Corynebacterium glicinophilum jon fenylooctanowy penicylina benzylowa Penicillum chrysogenum fenylooctan acylaza penicyliny G (PGA) fenoksyoctan acylaza penicyliny V (PVA) barbital ryfamycyna B Amycolatopsis rifamycinica 14. Podaj po 3 zastosowania w różnych gaÅ‚Ä™ziach przemysÅ‚u kwasów mlekowego i cytrynowe kwas mlekowy o przemysÅ‚ spożywczy: produkcja napojów mlecznych, jogurtów, serów o otrzymywanie dekstranu tworzywo sztuczne o otrzymywanie nizyny bakeriocyna, antybiotyk na bakterie G+ kwas cytrynowy o przemysÅ‚ spożywczy: walory organoleptyczne, dobry smak i Å‚adny zapach o przemysÅ‚ kosmetyczny i farmaceutyczny: skÅ‚adnik szamponów i kremów, dodatek do tabletek, preparat zapobiegajÄ…cy krzepniÄ™ciu krwi w stacjach krwiodawstwa, stosowany przy zatruciach oÅ‚owiem o przemysÅ‚ chemiczny: produkcja detergentów pralniczych, o przemysÅ‚ tekstylny: wyrób tkanin 15. Sole erytromycyny: stearynian erytromycyny, etylobursztynian erytromycyny sole nierozpuszczalne, podawane doustnie laktobionian erytromycyny, glukoheptonian erytromycyny sole rozpuszczalne, stosowane do iniekcji 16. Estry erytromycyny maskujÄ… gorzki smak, powstajÄ… w wyniku estryfikacji grup OH erytromycyny: Ermycin laurylosiarczan propionianu erytromycyny Davercin cykliczny wÄ™glan erytromycyny o poszerzonym zakresie dziaÅ‚ania stosowany przeciwko Helicobacter i Campylobacter; 17. Półsyntetyczne pochodne erytromycyny - wymienić, scharakteryzować, dlaczego sÄ… lepsze? Roksytromycyna, Klarytromycyna, Dirytromycyna o poszerzony zakres dziaÅ‚ania o dÅ‚uższy czas półtrwania o lepsze wÅ‚aÅ›ciwoÅ›ci farmakokinetyczne o pochodne stabilniejsze w żoÅ‚Ä…dku niż erytromycyna, lepiej siÄ™ wchÅ‚aniajÄ…, lepsza penetracja tkanek o mniejsza toksyczność o mniejsze dolegliwoÅ›ci ze strony przewodu pokarmowego (mdÅ‚oÅ›ci etc.) 18. WyjaÅ›nij, na czym polega specyfika mutanta Corynebacterium glutamicum nadprodukujÄ…cego lizynÄ™. Nie posiada dehydrogenazy homoserynowej, dziÄ™ki czemu nie wytwarza L-treoniny, która hamuje syntezÄ™ L-lizyny synteza L-lizyny może wiÄ™c przebiegać bez ograniczeÅ„. 19. WyjaÅ›nij role enzymów hydrolizujÄ…cych wiÄ…zania w antybiotykach beta-laktamowych w kontekÅ›cie fizjologii bakterii i przemysÅ‚u farmaceutycznego. o PrzemysÅ‚: acylaza penicylinowa jest stosowana do otrzymywania kwasu 6-AP (aminopenicylanowego), który jest produktem wyjÅ›ciowym do otrzymywania półsyntetycznych pochodnych penicyliny o Fizjologia: acylaza może być zaangażowana w degradacjÄ™ zwiÄ…zków fenylooctowych, beta-laktamaza rozkÅ‚ada antybiotyki beta-laktamowe 20. Metody fizykochemiczne badania jakoÅ›ci piwa. o Pomiar gÄ™stoÅ›ci brzeczki aerometrem ze skalÄ… Ballinga o Pomiar potencjalnej zawartoÅ›ci alkoholu aerometrem ze skalÄ… Ballinga o Spektrofotometryczny pomiar zawartoÅ›ci żelaza w piwie o Badanie stabilnoÅ›ci piany piana powinna utrzymywać siÄ™ 220 sekund (piana powstaje z polipeptydów z rozkÅ‚adu biaÅ‚ek jÄ™czmienia, stabilność jest powiÄ…zana z liczbÄ… Kolbacha) 21. Ustalić warunki hodowli i skÅ‚ad podÅ‚oża dla acylazy produkowanej przez E. coli i kwasu cytrynowego produkowanego przez A. niger w metodzie wgÅ‚Ä™bnej i powierzchniowej. Dla acylazy: E. coli produkuje acylazÄ™ benzylopenicylinowÄ…, czyli acylazÄ™ PGA. pH 7,5 8,5 temp. 20-30 podÅ‚oże na bazie peptydów i peptonów, dodatek jonu fenylooctanowego Produkcja kwasu cytrynowego: o intensywne napowietrzanie -> aktywacja jaÅ‚owej energetycznie alternatywnej oksydazy o wysoka kwasowość (pH 2-3) ogranicza udziaÅ‚ innych kwasów w produktach koÅ„cowych,. o dodatek żelazocyjanku potasu wytrÄ…ca niepożądane jony metali oraz dziaÅ‚a jako promotor wytwarzania kwasu i inhibitor wzrostu o niskie stężenie soli fosforowych i amonowych (zródÅ‚o azotu) limituje wzrost grzybni Hodowla powierzchniowa LSF Aspergillus niger: podÅ‚oże kompleksowe: melasa buraczana jest rozlewana do tac ze stali kwasoodpornej, po ochÅ‚odzeniu szczepiona konidiami pleÅ›ni zmieszanymi z wÄ™glem aktywnym (porowaty noÅ›nik) 1) intensywny rozwój grzybni 2) intensywne wytwarzanie kwasu cytrynowego Po zakoÅ„czeniu procesu (7-9 dni w 30 stopniach) podÅ‚oże można zlać spod grzybni, a grzybniÄ™ użyć raz jeszcze. Hodowla wgÅ‚Ä™bna SmF Aspergillus niger: hodowla w bioreaktorach, zródÅ‚o wÄ™gla: sacharoza, intensywne mieszanie powoduje rozwój grzybni w caÅ‚ej objÄ™toÅ›ci podÅ‚oża, proces trwa 5-7 dni w 30-32 stopniach. Zalety: krótszy czas trwania procesu, mniejsze zagrożenie zakażeniem, mniej Å›cieków, możliwe wydzielenie kwasu na drodze krystalizacji. 22. Co może wpÅ‚ynąć na obniżenie wydajnoÅ›ci A. niger w produkcji kwasu cytrynowego? ·ð obecność soli metali (żelaza, manganu, cynku) aktywujÄ… dehydrogenazy ·ð niedostateczne napowietrzanie podÅ‚oża ·ð za duże stężenie soli fosforowych i amonowych niedostatek N i P limituje wzrost grzybni ·ð za maÅ‚a kwasowość pożywki konieczne pH 2-3, w wyższym pH wzrasta udziaÅ‚ produktów ubocznych 23. Prowadzono dwie hodowle L. casei. W obu poczÄ…tkowe stężenie Scc wynosiÅ‚o 10% , pozostaÅ‚o 0,5 %. W I hodowli stężenie kwasu mlekowego strÄ…conego jonami wapnia wynosiÅ‚o 15 %, w II 3 %. Co na tej podstawie możesz powiedzieć o wydajnoÅ›ci i samym procesie fermentacji? W drugiej hodowli wydajność byÅ‚a niższa, niż w pierwszym choć zużyto tyle samo sacharozy, ilość wyprodukowanego kwasu mlekowego byÅ‚a różna. JeÅ›li zastosowany szczep byÅ‚ ten sam, to przyczyn różnic należy szukać w warunkach hodowli. Obniżenie wydajnoÅ›ci mogÅ‚o być spowodowane brakiem caÅ‚kowicie beztlenowych warunków. 24. WyjaÅ›nić pojÄ™cie fermentacji w kontekÅ›cie fizjologii bakterii i w kontekÅ›cie przemysÅ‚owym. Fermentacja (fizjologia bakterii) beztlenowy proces zdobywania energii w procesie utleniania zwiÄ…zków organicznych z wykorzystaniem endogennego akceptora elektronów; fermentacja zachodzi bez udziaÅ‚u Å‚aÅ„cucha transportu elektronów; jest to proces maÅ‚o wydajny, ilość uzyskiwanej energii jest dużo mniejsza od energii wytwarzanej w oddychaniu tlenowym i beztlenowym. Fermentacja (przemysÅ‚) proces biotechnologiczny zachodzÄ…cy z wykorzystaniem mikroorganizmów, także tlenowy, np. fermentacja octowa (wytwarzanie octu z etanolu) zachodzi w warunkach tlenowych. 25. WymieÅ„ metody identyfikacji oraz oceny aktywnoÅ›ci antybiotyków. Identyfikacja szczepu produkujÄ…cego antybiotyk Na pÅ‚ytkÄ™ z koloniami bakterii wylewamy agar półpÅ‚ynny z zarodnikami szczepu wskaznikowego Bacillus pumilus, aby powstaÅ‚a jednolita murawa jeÅ›li bakterie w kolonii produkujÄ… antybiotyk, powstanie strefa przejaÅ›nienia Bacillus w tym miejscu nie wyroÅ›nie. Metody rozcieÅ„czeniowe Przygotowujemy szereg rozcieÅ„czeÅ„ antybiotyku, nastÄ™pnie badamy wzrost szczepu przy coraz mniejszych stężeniach. NajwiÄ™ksze rozcieÅ„czenie antybiotyku, przy którym nie wystÄ…piÅ‚ wzrost, przyjmujemy za wartość MIC. MetodÄ™ rozcieÅ„czeniowÄ… można stosować w wersji probówkowej i pÅ‚ytkowej. Jej wadÄ… jest pracochÅ‚onność, niedokÅ‚adność i wymagana duża ilość szkÅ‚a. Metoda dyfuzyjna krążkowa Na pÅ‚ytkÄ™ z wysianym szczepem nanosimy bibuÅ‚owe krążki, na które nakraplamy pipetÄ… antybiotyk. ZwiÄ…zek dyfunduje do podÅ‚oża, tworzÄ…c strefy zahamowania wzrostu (przejaÅ›nienia), których Å›rednicÄ™ mierzymy w milimetrach. Konieczne oznaczenie wrażliwoÅ›ci szczepu wzorcowego. Metoda dyfuzyjna cylinderkowa Na pÅ‚ytkach z wylanym podÅ‚ożem ze szczepem wzorcowym stawia siÄ™ pÄ™setÄ… jaÅ‚owe cylinderki bez dna, wykonane z metalu, porcelany lub szkÅ‚a. Do cylinderków nakrapla siÄ™ roztwory antybiotyków. JeÅ›li do części nakroplimy roztwory wzorcowe o znanym stężeniu, a do innych próbki badane, porównujÄ…c Å›rednicÄ™ strefy zahamowania wzrostu bÄ™dziemy mogli obliczyć zawartość antybiotyku w próbce posÅ‚ugujÄ…c siÄ™ nomogramem. Metoda turbidymetryczna Wykorzystuje zjawisko rozproszenia Å›wiatÅ‚a widzialnego przez czÄ…stki i zależność miÄ™dzy stężeniem antybiotyku a strefÄ… zahamowania wzrostu. ZaletÄ… jest krótszy czas oznaczania brak koniecznoÅ›ci oczekiwania na dyfuzjÄ™ antybiotyku do podÅ‚oża. MIC (Minimal Inhhibitory Concentration) minimalne stężenie hamujÄ…ce (uniemożliwiajÄ…ce wzrost) antybiotyku, minimalne stężenie bakteriostatyczne MBC (Minimal Bactericidal Concentration) odpowiada najmniejszemu stężeniu antybiotyku dziaÅ‚ajÄ…cemu bakteriobójczo Moc antybiotyku mikrogramy czystej substancji antybiotycznej zawartej w 1 mg preparatu 26. Badanie leku, który nie musi być jaÅ‚owy. Badanie czystoÅ›ci mikrobiologicznej leku musi uwzglÄ™dnić: o badanie ogólnej liczby bakterii i grzybów o okreÅ›lenie obecnoÅ›ci bakterii chorobotwórczych i oportunistycznych (Clostridium, S. aureus, Ps. aeruginosa, rodzina Enterobacteriaceae i in.) W tym celu pobieramy próbki preparatu, wykonujemy rozcieÅ„czenia i wysiewamy 0,1 ml na pÅ‚ytki namnażajÄ…ce dla grzybów i bakterii, a nastÄ™pnie na podÅ‚oża wybiórcze (dla drobnoustrojów chorobotwórczych), 27. Jaki jest tok postÄ™powania w badaniu jaÅ‚owoÅ›ci preparatu erytromycyny? Badanie jaÅ‚owoÅ›ci stawia pewne wymagania: o używane materiaÅ‚y muszÄ… być jaÅ‚owe, o warunki testu muszÄ… być aseptyczne, o zapewnienie optymalnych warunków rozwoju dla szerokiego spektrum mikroorganizmów (tlenowe/beztlenowe, dÅ‚ugi czas na wzrost, bogate podÅ‚oża, różne temperatury, w tym 37 stopni dla patogenów) o inaktywacja lub usuniÄ™cie czynników bakterio- i grzybostatycznych. Metoda sÄ…czków membranowych - gdy badamy antybiotyk lub inny preparat bakteriobójczy lub bakteriostatyczny, konieczne jest usuniÄ™cie tego zwiÄ…zku, aby nie wpÅ‚ywaÅ‚ na wynik testu jaÅ‚owoÅ›ci. PróbkÄ™ preparatu przesÄ…czamy przez jaÅ‚owy sÄ…czek o wielkoÅ›ci porów 0,45 um, przepÅ‚ukujemy kilkakrotnie roztworem soli fizjologicznej. SÄ…czki przenosimy aseptycznie na różne pÅ‚ytki i inkubujemy w różnych warunkach, przykÅ‚adowo: o podÅ‚oże TSA dla bakterii (trypton, produkt trawienia kazeiny, agar), 5 dni w 30-35 stopni o podÅ‚oże Sabouraud dla grzybów (niższe pH, gentamycyna hamuje rozwój G-), inkubacja 5 dni w 20-25 stopni JeÅ›li po inkubacji nie stwierdza siÄ™ na żadnej z pÅ‚ytek obecnoÅ›ci mikroorganizmów, produkt uznajemy za jaÅ‚owy. 28. Podać przykÅ‚ad mikrobów stosowanych w fermentacji mlekowej i alkoholowej. Fermentacja mlekowa: o Homo: Lactobacillus delbrueckii, Pediococcus , Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, o Hetero: Leuconostoc mesenteroides Lactobacillus brevis Fermentacja alkoholowa: Saccharomyces cerevisiae, Zymomonas mobilis (pulque)