Akcja książki "W pustyni i w puszczy" rozgrywa się pod koniec XIX wieku w Północno-Wschodniej Afryce. Głównymi bohaterami są Polak - Staś Tarkowski oraz jego przyjaciółka - Angielka Nel Rawlison.

Obydwoje dzieci samotnie wychowuja ojcowie. Stasia inżynier Władysław Tarkowski, a Nel pan Rawlinson, który także jest inżynierem i nadzorują budowę Kanału Sueskiego.

Podczas nieobecności ojców dzieci zostały pod opieką pani Oliwier. Po Świętach Bożego Narodzenia dzieci zostają Uprowadzone przez Hamisa, który działał na polecenie Fatmy. Porwano Stasi i Nel ponieważ mieli oni zostać wymienieni za Fatmę i jej dzieci ,która była żoną Smaina, wobec której zastosowano areszt domowy . Dzieci zostają wywiezione do El garach. Z tamtąd karawaną ruszają przez pustynię . Rozpoczyna się szaleńcza jazda . Gdy ojcowie dowiadują się, że w umówionym miejscu nie ma ich dzieci orientują, że jest to porwanie .

Wyznaczona jest wysoka nagroda za ich odnalezienie , ale sami też wyruszają na poszukiwanie dzieci . W czasie porwania dzieciom towarzyszy pies o imieniu Saba , którego Nel dostała od ojca w prezencie . Podczas jazdy przez pustynię dzieci zostawiały po sobie ślady , zostały one wykryte przez Gebra , który wymierzył dzieciom karę . Następnego dnia karawana ruszyła w dalszą drogę,dokuczał im upał i zarządzono postój . Dzieci na swojej drodze napotykały to raz ulewny deszcz to zaś burzę piaskową . Ale mimo wszystko Staś myślał nad drogą ucieczki . Za co dzieci na każym kroku były karane chłostą i biciem .

Porwanie to było starannie zaplanowane gdyż na ich drodze w rozpadlinach skalnych Beduini znajdowali pożywienie . Hamis stawał w obronie dzieci mówiąc , że są własnością Smaina i nie może im spaść włos z głowy . Zmęczenie dzieci było tak duże , że w czasie podróży przez pustynię dzieci doznawały fatamorgany, wobec czego zadecydowano , że będą podróżować w nocy a odpoczywać w dzień . Zaczeło brakować żywności . Staś zaczął wątpić czy pomoc nadejdzie gdy dowiedział się o zdobyciu Chartumu i odwrocie Anglików. Wymyślał różne sposoby aby uciec.

W czasie podróży zaczął zmieniać się krajobraz pojawiła się zieleń i olbrzymie drzewa nabaku . Wkroczyli do kraju Mahdiego. Wśród mieszkańców przeważali teraz murzyni . Odpoczęli u Emira Tadhila i wyruszyli w dalszą drogę przeprawiając się przez rzekę. Dotarli do Omdurmanu, gdzie spotkali Greka , który dał im suszone daktyle i obiecał wspomnieć o nich Mahdiemu. Dzieci przerażone były tym co tam zobaczyły. Na bambusie wkopanym na środku rynku zatknięta była głowa generała Gordona . Staś zaczynał wątpić w pomoc Anglików . Jedyną ich nadzieją było spotkanie z Mahdim i zmiana wiary inaczej czeka ich śmierć.

Gdy stanęli przed Mahdim Staś nie pokłonił się jemu i nie przyjął jego wiary. Idrys rozchorował się przez co dzieci zaczęły głodować. Staś żebrząc o jedzenie spotkał misjonarza , który ofiarował mu jedzenie i chininę ? jedyne lekarstwo na szalejącą febrę. Wyruszono do Faszody. Podczas ciężkiej drogi Nel szybko traciła siły i wychudła. Otrzymała od szejka Hatima niewolnicę Meę . Pod wieczór podróżnicy natknęli się na lwa. Chamis dał strzelbę Stasiowi z której chłopiec zabił lwa a następnie znienawidzonych: Gebhra, Chamisa i Beduinów. Byli wolni. Ruszyli dalej. W nocy męczyły ich przeżycia poprzedniego dnia.

Następnego dnia Staś upolował antylopę dzięki czemu wszyscy najedli się do syta. Podczas polowania Saba pobiegł za postrzelonym bawołem. Gdy zapadła noc pies nie wracał. Po pewnym czasie Kali wrócił z psem. Kali opowiedział im o swoim życiu. Zbliżała się pora deszczowa. Ulewną noc musieli spędzić na drzewie. Rano wyruszyli w dalszą drogę. Podczas wędrówki napotkali uwięzionego w wąwozie słonia. Nie zastrzelili słonia lecz zaczęli go karmić. Staś znalazł ogromny pień drzewa baobabu w którym zamieszkali. Nową siedzibę Staś nazwał ?Kraków?. Pewnego dnia Nel poszła do wąwozu i zaczęła bawić się ze słoniem, który nie chciał się z nią rozstać.

Każdą chwilę spędzała u Kinga (tak nazwała słonia). Pewnego dnia Nel dostała ataku febry. Po tygodniu atak się powtórzył. Staś obawiał się śmierci Nel. Po długich wahaniach Staś zdecydował się pójść do obozu zauważonego przez Kalego. W obozie Staś zastał ciężko chorego Szwajcara pana Linde , który ofiarował Stasiowi herbatę , ryż , kawę i wino oraz lekarstwo dla Nel chininę dostał też naboje oraz konia .

Następnego dnia Staś znów odwiedził Lindego, który udzielił mu wielu ważnych wskazówek, oraz poprosił o to aby ochrzcił wodą umierających Murzynów. Linde był coraz słabszy zmarł trzy dni później, Staś i Kali pochowali go w jaskini. Nadszedł dzień wysadzenia skały i oswobodzenia Kinga. Udało się. Ruszyli na południe. Dotarli do wioski o której Linde opowiadał Stasiowi. Zabrali ze sobą małego czarnego przyjaciela Nasibu. W wiosce było źródło krystalicznej czystej wody, mnóstwo owoców, stada antylop i gromady słoni. Mały Nasibu znalazł kozę, co zapewniało Nel codzienną porcję mleka. Podczas podróży napotkali murzyńska wioskę w której Staś zdemaskował czarownika straszącego tubylców.

Wyruszyli dalej. Korzystając z dłuższego wypoczynku kleili latawce z prośbami o pomoc. Staś niepokoił się gdy dowiedział się o wojnie plemienia Kalego z plemieniem Samburu. Postanowił pomóc wojownikomWa-hima. Uderzył na Samburów nocą. W walce zginął ojciec Kalego i Kali musiał obiąć tron , lecz postanowił nie zabijać jeńców tylko zawrzeć przymierze z Samburu. Po przygotowaniu sporych zapasów karawana (do której należeli Murzyni Samburu i Wa-hima) ruszyła dalej. Po wyjściu na równinę dokuczał im upał i zaczęło brakować wody. Pewnego dnia czarownicy aby się zemścić uciekając wykradli i porozcinali worki z wodą. Karawana bez kropli wody ruszyła dalej.

Upał był niesamowity. Ludzie i zwierzęta padali z pragnienia. Kali i Mea byli umierający. W nocy Saba zaszczekał i pędem pobiegł. Staś zrozumiał , że nadchodzi pomoc i wystrzelił w powietrze czerwoną racę. Zobaczył dwóch oficerów angielskich ? kapitana Glena i doktora Clary. Kapitan Glen i doktor Clary byli na ekspedycji rządowej. Mieli osadę nad jeziorem gdzie zobaczyli latawce puszczane przez dzieci. Ruszyli więc im na pomoc. Dwaj przyjaciele nie mogli się nadziwić odwadze Stasia. Dzieci opowiedziały im całą historię. Wysłano depeszę do ich ojców o odnalezieni dzieci. Nadeszła wreszcie chwila w której dzieci wpadły w ramiona swoich ojców i cała historia zakończyła się szczęśliwie.