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=== Jmol ===
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Jmol es un visor de moléculas y un editor; es de código abierto y está
escrito en Java.

Toda la información está disponible en http://www.jmol.org/

Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a
[e-mail] (en inglés)

Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben
enviarse a [e-mail] (en inglés)


Lista de archivos incluidos:
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- LEAME.txt
Este archivo.

- README.txt
La versión en inglés de este archivo.

- COPYRIGHT.txt
Información sobre los derechos de copia.

- LICENSE.txt
Los términos de uso y distribución de Jmol (licencia GNU LGPL).

- Jmol.jar
El archivo ejecutable de la aplicación Jmol (un programa escrito en
Java). Funciona como cualquier otro programa: se abre en su
propia ventana, se puede redimensionar o minimizar, se puede arrastrar
y soltar archivos sobre él, tiene una barra superior de menÅ›, puede
abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse desde la línea de comandos
(particularmente, usando los archivos por lotes que se describen a
continuación) pero, si Java está correctamente configurado en tu
sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo.

- jmol
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol)

- jmol.bat
Archivo por lotes para iniciar la aplicación en Windows.

- jmol.mac
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol)

- jmol.sh
Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicación Jmol en
sistemas de tipo Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o
Cygwin para Windows.

- JmolApplet.jar
La miniaplicación ("applet"), es decir, una versión del programa
que sólo funciona cuando está incrustada en una página web.
Se trata en este caso de un archivo "todo en uno" o "monolítico"
que se mantiene principalmente por compatibilidad con páginas
antiguas que lo invoquen explícitamente. El método recomendado
actualmente es el uso de la versión subdividida (JmolApplet0.jar etc.,
descrita más abajo). En particular, Jmol.js utiliza la versión subdividida.
Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener
sencillo tu sitio web, o si sólo quieres actualizar un archivo jar
cuando lleguen versiones nuevas de Jmol. Sin embargo, este Jmol se
cargará algo más lentamente que las versiones subdivididas, puesto
que es preciso que se descargue al equipo del usuario el programa
completo, con todos sus componentes, antes de que se pueda mostrar
una estructura.
Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js:
a) ponlo en la misma carpeta que contiene la página HTML que lo
requiere y no uses jmolInitialize()
o bien
b) identifícalo explícitamente en jmolInitialize(), por ejemplo:
jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar")

- JmolAppletSigned.jar
Una versión equivalente de la miniaplicación, pero en este caso
es una miniaplicación "firmada" o "confiable" (terminología de seguridad
en el lenguaje Java). Esto significa que para ejecutarse debe previamente
ser autorizada por el usuario visitante de la página web y, de ser así,
habrá menos restricciones de seguridad para el acceso a archivos. Por
ejemplo, podrá acceder a archivos en cualquier parte del ordenador del
usuario y en cualquier otro servidor web.
Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso prguntándoles si quieren
"aceptar el certificado" o si "confían" en la miniaplicación; sin embargo,
esta prestación de seguridad no siempre está activada. Si decides usar
JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta.
Aparte de la lectura de archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad
de las miniaplicaciones firmadas, como acceder al portapapeles del sistema
o grabar archivos. Usa la miniaplicación firmada sólo si sabes lo que estás
haciendo y has tenido en cuenta las cuestiones de seguridad.
Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js:
jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar")

- Jmol.js
Esta es la bilioteca de funciones, escrita en el lenguaje JavaScript,
que ayuda en la preparación de páginas web que usen la miniaplicación
Jmol sin necesidad de conocer y escribir código detallado específico
para la miniaplicación.
Esta biblioteca usa por defecto la versión subdividida de la
miniaplicación (firmada o no).
Está documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/

- JmolApplet0.jar y
JmolApplet0(diversosSufijos).jar
La miniaplicación se divide en varios trozos de acuerdo con su
funcionalidad, de modo que si una página no precisa determinado
componente, éste no se descargará desde el servidor. Aun así, se
recomienda que pongas todos los archivos JmolApplet0*.jar en el
servidor, incluso si tus páginas no usan sus prestaciones, pues
tanto el menÅ› emergente como la consola permiten a los usuarios
acceder a funciones de Jmol que tÅ› no hayas previsto.
El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo
śnico JmolApplet.jar.
Esta versión subdividida es la que se usa de forma predeterminada
si utilizas Jmol.js. Para ello, basta usar la forma más simple de
jmolInitialize(), indicando sólo la carpeta que contiene el conjunto
de archivos jar:
jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar")
por ejemplo,
jmolInitialize(".")
(si los archivos jar están en la misma carpeta que la página web)
jmolInitialize("../jmol")
(si los archivos jar están en una carpeta paralela, llamada 'jmol')

- JmolAppletSigned0.jar y
JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar
La versión firmada de la miniaplicación subdividida. Esta versión
permite que el usuario acceda a archivos en cualquier parte de su
ordenador y en cualquier servidor web.
Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso pidiéndoles que acepten
el certificado para **cada uno** de los archivos jar que se pueden cargar
(actualmente, 16). Por esta razón, es probable que esta versión no
sea de uso habitual.
El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo
śnico JmolAppletSigned.jar.
Para llamar a esta versión desde Jmol.js:
a) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true)
o bien
b) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar")

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Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observarás que el paquete
de distribución de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicación
(firmada or no, subdividida o no).
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