punktacja lab2


Bioinformatyka laboratorium  punktacja zadań:
Zad 1: Bazy (5p)
" Km i kcat 1p
" funkcja 1p
" KEGG  ścieżka 1p
" poprzedni i następny 1p
" PDB 1p
Zad 2: BLAST (6p)
" pierwsze wyszukiwanie 1p
" kryteria doboru sekw do pssm 2p
" wyszukiwanie psi-blast 1p
" analiza i interpretacja 2p
Zad 3: Analiza filogenetyczna (10p)
" dopasowanie 1p
" info ze Swiss-PRot 1p
" edycja 1p
" n-j 1p
" bootstrap i drzewo koncesusowe 1p
" ml 1p
" interpretacja i analiza wynikow 4p, w tym:
ć% porownanie ml i nj 1p
ć% interpretacja drzew koncensusowych 2p
ć% ocena wiarygodności analizy, wymienienie słabych punktów 1p
Zad 4: Przewidywanie struktury (wersja dla Swiss-Model) (6p)
" uzyskanie modelu Swiss-Prot 2p (w tym wyszukiwanie i selekcja wzorców)
" wizualne porównanie struktur (obrazek) 1p
" Analiza wyników 3p
(RMSD 1p, omówienie słabych punktów wg QMEAN Score components, Anolea, Gromos i
porównania wizualnego 2p)
Zad 4: Przewidywanie struktury (wersja dla programu Modeller) (8p)
" Dobór struktur(y) wzorcowej(-ych) 1p
" Dopasowanie sekwencji 1p
" Prawidłowe uruchomienie modelowania 1p
" Obliczenie (i znalezienie) RMSD Cą
1p
" Wizualne porównanie struktur (obrazek) 1p
" Analiza wyników 3p (wybór najlepszego modelu, ocena
jakości, wypisanie i interpretacja lokalnych problemów  odchyleń od  restraints )
Punkty Ocena
do 12 2
13-15 3
16-18 3,5
19-21 4
22-24 4,5
25-27 5,0
min. 4.5 plus zad. dodatkowe 5,5


Wyszukiwarka