Sektor bootujący (Master Boot Record) zawiera informacje potrzebne do uruchomienia systemu
operacyjnego, jeżeli został zainstalowany na bieżącym dysku. Pierwszy sektor dysku twardego,
zawiera bootstrap - program utworzony np. przez FDISK-a podczas zakładania partycji - który we
współpracy z BIOS-em uruchamia system z aktywnej partycji. Sektor ten zawiera także opis podziału
dysku twardego na partycje, zawarty w tablicy partycji. Format MBR (bootstrap / partitiontable -
program ładujący / tablica partycji) jest jednoznacznie określony i wymagany przez wszystkie systemy
operacyjne.
Partycje są logicznie niezależnymi strukturami na dysku. Rożne partycje mogą obsługiwać rożne
systemy plików. Informacje o tym, w jaki sposób dysk twardy został podzielony na partycje, znajduje
się w strukturze  tablicy partycji (ang. Data Partition Table) DPT - umieszczonej na ukrytej stronie
dysku. Jest ona również częścią struktury MBR a. Adres fizyczny (CHS) MBR a wynosi 001 (pierwszy
sektor ścieżki zerowej strony ukrytej dysku twardego).
Rekord ładujący (Boot Sector, BS)
Pierwszy sektor każdej partycji. Zawiera program odpowiedzialny za załadowanie jądra
zainstalowanego na tej partycji systemu i przekazanie mu kontroli. Jego zadanie polega na
załadowaniu określonego systemu operacyjnego. Na różnych partycjach dysku twardego mogą być
zainstalowane różne systemy operacyjne. Wynika to z tego, że każda partycja może mieć swój własny
rekord ładujący. Adres fizyczny (CHS) rekordu ładującego pierwszej partycji wynosi 011.
Tablica rozmieszczenia plików (FAT - File Allocation Table)
Dla dysków twardych ilość bitów zarezerwowanych na zapis numerów klasterów może być 16 lub 32
bity. Pozycje w tablicy FAT o dł. 16 bitów pozwalają ponumerować
klasterów.
W tradycyjnym systemie plików FAT16 każdy sformatowany nośnik danych składa się z części
systemowej i części przeznaczonej na dane użytkownika. Ta pierwsza rozpoczyna się od bootsektora
dysku, po którym następują dwie kopie tablicy alokacji plików i lista z informacjami potrzebnymi do
wyszukania obiektów (plików i katalogów) w głównym katalogu dysku. Część przeznaczona na dane
przechowuje pliki użytkownika, ale też informacje o strukturze katalogów i plików. Trzeba bowiem
pamiętać, że katalogi wraz z opisem ich zawartości (podkatalogi i zbiory), atrybutami i adresami
pierwszego klastra z tablicy alokacji plików też zajmują miejsce na dysku.
W tablicy FAT, w miejscu identyfikowanym przez wskaz
nik, znajduje się adres kolejnego klastra, a
zarazem nowy wskaz
nik do FAT. Wartość 0xFFFF oznacza, że odczytano ostatni fragment pliku. W
nowym systemie FAT32 wprowadzono pewne istotne zmiany. Przede wszystkim zwiększono długość
numeru klastra z 16 do 28 bitów (cztery bity są zarezerwowane). Każdy zapis w tablicy alokacji plików
zajmuje nie dwa, lecz cztery bajty. FAT może mieć więcej wpisów. Sektor bootujący MBR
rozbudowano do dwóch sektorów fizycznych na dysku. W przeciwieństwie do FAT16 zawartość
katalogu głównego nie jest zapamiętywana w stałym miejscu części systemowej dysku, lecz jest
traktowana jak każdy inny katalog i może się znajdować w dowolnym miejscu części przeznaczonej na
dane. To rozwiązanie pozwoliło przełamać limit 512 zapisów w "roocie". Minimalna wielkość klastra
w FAT32 to 4 KB. Tablica alokacji plików zawiera listę wszystkich plików i folderów oraz adresy
kolejnych klastrów używanych przez dany obiekt.
Każdy DOS-owy system plików ma dwie tablice rozmieszczenia plików zawierające informacje o
położeniu i wielkości plików na danej partycji. Budowa taka została podyktowana względami
bezpieczeństwa - po utracie tablicy FAT zniszczeniu ulegają wszelkie dane.
Katalog główny
Ostatnią organizacyjną częścią partycji jest katalog główny dysku (root directory), zawierający nazwy
plików oraz informacje o ich wielkości i pierwszym zajmowanym klastrze. Po katalogu głównym dysku
znajduje się największa część partycji służąca do przechowywania danych. Wyszukiwanie plików na
dysku zaczyna się od katalogu głównego. Adresy do obiektów z tego katalogu są zawarte w części
systemowej nośnika i pozwalają przemieszczać się po opisach struktury katalogów oraz plików. Gdy
zostanie znaleziony zapis dotyczący interesującego nas pliku, nastąpi odczytanie adresu pierwszego
klastra zawierającego początkowy fragment tego zbioru. Adres ten jest jednocześnie wskaz
nikiem do
tablicy alokacji plików. Maksymalna ilość pozycji w katalogu głównym wynosi 512.
Obszar danych
Od początku obszaru danych mamy możliwość adresowania informacji na dysku trzema sposobami:
za pomocą adresu (sektora) fizycznego, numeru sektora logicznego i numeru klastera. W obszarze
danych zapisywane są pliki oraz podkatalogi. Ilość pozycji w podkatalogu jest ograniczona jedynie
pojemnością obszaru danych.
Bardzo podobnie wygląda organizacja partycji rozszerzonej. Tutaj jednak odpowiednik MBR, zwany
EMBR (Extended MBR), znajduje się przed każdą kolejną partycją. Każdy EMBR zawiera informacje
(adres) o jej początku i końcu.