Księga pierwsza: (korespondencja od 4 maja do 10 września 1771 roku)
Początek listu Wertera do przyjaciela: "Jakże rad jestem, że wyjechałem! Najdroższy przyjacielu, czymże jest serce ludzkie!" - bohater wspomina swój tajemniczy romans, kiedy kochając jedną z sióstr, rozbudził namiętność w drugiej ("Biedna Eleonora! (...) Czyż to moja wina, że kiedy przekorne wdzięki jej siostry sprawiały mi miłą rozrywkę, w biednym sercu zrodziła się namiętność!"). Bohater, uwikłany w dziwny romans, postanawia wyjechać na wieś, aby pozwolić odpocząć swej duszy. Uważa bowiem, że jedynym ratunkiem w tej sytuacji może być dla niego tylko samotność i kontemplacja przyrody. Werter wyjeżdża więc na wieś, gdzie odnajduje nowy, świeży i czysty świat, "Gdy urocza dolina panuje wkoło mnie, gdy wysokie słońce spoczywa na powierzchni nieprzenikliwego mroku mego lasu i tylko pojedyncze promienie wkradają się do wnętrza świątnicy...". Werter próbuje żyć beztroskim życiem wsi, zachwyca się tajemniczymi ogrodami i studnią, z której wodę czerpią dziewczęta ("najniewinniejsze to zajęcie i najkonieczniejsze"). Jednocześnie czyta Homera i znajduje wśród otaczających go ludzi wiele cech charakterystycznych dla bohaterów Iliady. Udaje mu się także zawrzeć pierwsze znajomości ("Poczyniłem różne znajomości, towarzystwa nie znalazłem jeszcze żadnego. Nie wiem, co mam w sobie pociągającego dla tych ludzi, tylu mnie z nich lubi"). Werter poznaje młodego studenta ("wyszedł właśnie z akademii") oraz książęcego komisarza, wdowca, mającego dziewięcioro dzieci. Obie te znajomości traktuje jednak tylko przelotnie, nie przywiązując do nich głębszego znaczenia czuje się jednak związany z tym prostym ludem, ponieważ "jakkolwiek jest ograniczony, posiada jednak zawsze w sercu słodkie uczucie wolności i tego, że może porzucić to więzienie, gdy zechce".
Bohater opisuje w dalszym ciągu swej korespondencji miejsce, które wybrał sobie jako "zakątek, który mnie pociągnął". Tu mieszka, tu, w domu na wzgórku, pijąc piwo, wino lub kawę, czytuje Homera i rozmyśla, podziwiając okolicę i kontemplując krajobraz.
Pewnego razu uderzyła go pewna scena. Mały, najwyżej czteroletni chłopiec, przyciskał do piersi półtoraroczne niemowlę, siedzące między jego nogami. Obraz ten tak wzruszył Wertera, że postanowił utrwalić tę scenę i narysował "porządny, bardzo interesujący rysunek, nie dodając nic od siebie". Wkrótce udaje mu się poznać matkę dziecka, która jest córką miejscowego nauczyciela, samotną, ponieważ jej mąż wyjechał do Szwajcarii, by odebrać spadek po jednym ze swoich krewnych. Spotkanie z tą kobietą i jej dziećmi na długo zapadło Werterowi w pamięć. Od tej pory był częstym gościem w tamtym domu, dzieci przyzwyczaiły się do niego i polubiły go. Werter wspomina też o pewnym parobku zakochanym w swej pracodawczyni, starszej od niego wdowie. Parobek ten staje się dla Wertera symbolem miłości czystej, niemalże platonicznej.
W kolejnym liście Werter informuje przyjaciela, że oto poznał "jedno z najmilszych stworzeń". Chodzi oczywiście o spotkanie z Lottą: odwiedzając znajomego komisarza S., trafił na bal. W drodze na tenże bal kareta, którą wynajął Werter, miała zabrać jeszcze jedną osobę z leśniczówki. Okazała się nią Lotta. Gdy Werter wszedł po Lottę do domu, spotkał sześcioro dzieci ("od jedenastu do dwu lat") i uwijającą się wokół nich piękną dziewczynę "średniego wzrostu, o pięknej figurze, odzianą w prostą białą suknię z różowymi kokardami u ramion i piersi. Trzymała czarny chleb i krajała swym małym stojącym wokół, każdemu po kawałku wedle proporcji jego wieku i apetytu, i podawała każdemu uprzejmie...". Widok ten wzruszył bohatera tak bardzo, że przez cały wieczór nie mógł już myśleć o nikim innym. Już w czasie podróży karetą na bal Werter rozmawiał z Lottą o książkach; rozmowa ta bardzo poruszyła młodzieńca, który w Lotcie zaczął odkrywać pokrewną duszę. Również sposób, w jaki Lotta tańczyła, zachwycił Wertera, który tańczył z nią kilkakrotnie, znajdując w tym prawdziwą rozkosz. W czasie jednego z tańców dowiedział się, że Lotta jest "tak jakby zaręczona" z "dzielnym człowiekiem" imieniem Albert. Wiadomość ta zmieszała Wertera do tego stopnia, że pomylił kroki i pogubił się w tańcu. W pewnym momencie bohater "nie wytrzymuje", pochyla się i całuje dłoń Lotty "wśród najrozkoszniejszych łez".
Wracano z balu już o wschodzie słońca. Gdy dojeżdżano do leśniczówki, Werter poprosił Lottę o ponowne spotkanie jeszcze tego samego dnia. Dziewczyna zgadza się, co wprawia młodzieńca w niesłychanie radosny nastrój: "Odtąd niech słońce, księżyc i gwiazdy gospodarują spokojnie, ja nie znam dnia ni nocy i cały świat zatraca się wkoło mnie".
Od tej pory Werter codziennie bywa w domu komisarza S. Przeprowadza się nawet do Waldheim, skąd ma "jeno pół godziny do Lotty". Sporo czasu bohater spędza na zabawach z rodzeństwem Lotty, ludzie w okolicy zaczynają nawet plotkować, że psuje dzieci zupełnie. Młodzi chadzają na długie spacery, rozmawiają ze sobą, odwiedzają razem chorych. Ludzie uwielbiają wprost Lottę, nawet sam jej widok pomaga im, sprawia, że zapominają o swoich dolegliwościach i problemach. W czasie jednej z takich wypraw Werter z Lottą odwiedzają plebanię w St... . Proboszcz opowiada, dość nudnie, historię starych dębów. W pewnym momencie pojawia się panna proboszczówna, Fryderyka, wraz ze swoim narzeczonym, panem Schmidtem. Pan Schmidt okazał się gburem, nie odzywał się do nikogo i ustawicznie manifestował swój zły humor. Wzburzyło to Wertera, który pisze do przyjaciela w liście: "...nic nie jest mi tak przykre, jak kiedy młodzi ludzie dręczą się nawzajem (...), psują sobie tych kilka dobrych dni kwaśnymi minami i dopiero za późno rozumieją niepowetowane swe marnotrawstwo". W dyskusji o uczuciach i emocjach ludzkich, która wywiązała się w czasie kolacji, Werter silnie się wzrusza, łzy stają mu w oczach, musi zasłonić chustką oczy i opuścić towarzystwo. Lotta zwraca mu później z troską uwagę, że zbyt emocjonalnie podchodzi do życia i że kiedyś może go to zgubić.
Werter jest coraz bardziej zaangażowany uczuciowo w związek z Lottą, która traktuje go jak przyjaciela. Tymczasem dla młodzieńca ważne jest każde jej spojrzenie, każdy jej gest.
Lotta opiekuje się umierającą przyjaciółką, panią M. Jej mąż "jest skąpym hultajskim psem, który swą żonę w jej życiu dobrze nadręczył i naograniczał". Na łożu śmierci pani M. wyznaje mężowi, że musiała podkradać pieniądze z dochodów, gdyż inaczej nie potrafiłaby utrzymać domu.
Werter wyczuwa, że Lotta odwzajemnia jego uczucie, że też go kocha. Sam przeżywa ciągłe zmiany nastrojów, od miłosnej euforii do uczucia przygnębienia i smutku. Cierpienie staje się dla niego stałym elementem w życiu, rozpaczliwa miłość powoduje, że Werter, który czuje się artystą, zaczyna malować portret ukochanej. W liście z 30 lipca Werter informuje przyjaciela, że oto przybył narzeczony Lotty: "Albert przybył (...). Dzielny, kochany chłop, którego musi się lubić. Szczęśliwym trafem nie byłem przy przywitaniu! Serce byłoby mi pękło". Dla Wertera zaczyna się teraz prawdziwy koszmar: nie może już tak często przebywać z ukochaną, zazdrości Albertowi, cierpi niewysłowione męki. Aby odpocząć od miłosnych tortur, Werter decyduje się na wyjazd w góry. Odwiedza Alberta i widząc na ścianie pistolety, prosi narzeczonego Lotty o pożyczenie mu ich. W pewnym momencie przykłada sobie pistolet do skroni, co wywołuje protest Alberta i staje się początkiem dyskusji o samobójstwie. Albert uważa pozbawienie się życia za głupotę, nie widzi żadnego uzasadnienia dla tego typu postępowania, z kolei Werter twierdzi, że czasami popełnienie samobójstwa może być jedynym wyjściem z beznadziejnej sytuacji.
Po powrocie z gór Werter nie przestaje odwiedzać Lotty. Wizyty u ukochanej stają się dla niego źródłem wielu cierpień. Miłość do dziewczyny powoduje już nie rozkosz, ale ból i męczarnie: "Nie widzę nic, nad wiecznie połykającego, wiecznie przeżuwającego potwora". Obsesyjnie myśli o Lotcie. Pojawiają się również coraz częstsze rozmyślania o samobójstwie. Wreszcie Werter decyduje się na przyjęcie propozycji ministra, który zaproponował mu kiedyś miejsce przy poselstwie, gdyż w tej sytuacji wyjazd na placówkę dyplomatyczną mógłby stanowić lekarstwo. Żegnając się z Lottą przyrzeka jej wśród łez, że wróci, że znowu się spotkają. Lotta opowiada mu o śmierci matki, po czym odchodzi wraz z Albertem.
Księga druga: (korespondencja od 20 października 1771 do 6 grudnia 1772 roku)
Werter informuje przyjaciela, że oto przybyli wraz z postem na placówkę. Poseł jednak okazał się człowiekiem niemiłym i nudnym, praca z nim sprawia Werterowi wiele przykrości: "Jest to najpunktualniejszy błazen, jaki istnieć może. Powolny i nudny, jak stara ciotka. Człowiek, który nie jest nigdy z siebie zadowolony i którego przeto nikt nie zadowoli". Na szczęście Werter zawiera nowe znajomości, poznaje między innymi hrabiego C. (Którego bardzo szanuje) oraz pannę von B., z którą podczas spotkań długo dyskutuje o metafizyce. Panna von B., która mieszka z ciotką, przypomina Werterowi Lottę, ale znajomość z nią nie przeradza się w poważniejszy związek.
Z listu z 20 lutego dowiadujemy się, że Werter właśnie otrzymał wiadomość o ślubie Lotty z Albertem. Życzy nowożeńcom wszystkiego najlepszego: "Bóg was pobłogosławi, moi drodzy, niech wam da wszystkie dobre dni, które mnie odbiera". W czasie obiadu u hrabiego C. Werter przeżywa ogromne upokorzenie, które sprawia, że jego pobyt na placówce dyplomatycznej zostanie przerwany. Werter w delikatny, ale stanowczy sposób zostaje wyproszony z przyjęcia, gdyż jest z pochodzenia mieszczaninem, nie ma więc dla niego miejsca wśród arystokracji. Wydarzenie to sprawia również przykrość pannie von B., która mówi Werterowi o swoim współczuciu i sympatii dla niego.
Werter decyduje się złożyć dymisję i wrócić do rodzinnego miasta. Mieszka u znajomego księcia - generała, w zamku myśliwskim. Myśli nawet o wzięciu udziału w wojnie, jednak książę w czasie przechadzki odradza mu ten pomysł. Czas dłuży się mu u gościnnego przyjaciela, postanawia więc wrócić do Waldheim, aby być bliżej Lotty, za którą tęskni coraz bardziej.
Waldheim bardzo zmieniło się od czasu, kiedy Werter przybył tu po raz pierwszy. Spotyka kobietę, u której bywał. Jej mąż powrócił ze Szwajcarii z niczym, umarło też jej młodsze dziecko, które kiedyś tak wzruszyło Wertera. Parobek, który kochał się we wdowie, u której służył, został wyrzucony z pracy za zbytnią poufałość. Okazało się również, że po śmierci pastora gaduły, żona nowego proboszcza poleciła ludziom wyciąć dęby. Wszystkie te wydarzenia potęgują jedynie melancholię Wertera, 2 który porzuca lekturę Homera i zaczyna czytać Pieśni Osjana, urzeczony ich tajemniczą, gotycką atmosferą. Miłość do Lotty wypala Wertera, niszczy go. Młodzieniec sięga po alkohol, próbując w winie znaleźć zapomnienie i ukojenie. Coraz bardziej oddala się od rzeczywistości, żyje niczym we śnie, czytając Pieśni Osjana, spacerując samotnie po okolicy, rozmyślając o miłości i śmierci, analizując kolejne spotkania z Lottą: "Ona czuje, co cierpię. Dziś.spojrzenie jej przeszyło do głębi me serce. Zastałem ją samą. Nie rzekłem nic, a ona spojrzała na mnie...".
Pewnego dnia spotyka na jednym ze spacerów młodzieńca, który oszalał z miłości do Lotty. Młodzieniec ten był dawniej pisarzem w domu jej ojca. Mimo iż był koniec listopada, obłąkany szukał kwiatków dla swojej ukochanej. Werter czuje, że również i on popada w obłęd. Nie może przestać myśleć o Lotcie. Szaleje z rozpaczy, gdy nie może z nią być. Spotkania między nimi są dla obojga torturą. Lotta w końcu prosi go, by odszedł. Werter jest coraz smutniejszy, przybity, zniechęcony, traci równowagę ducha, w końcu opanowuje go pragnienie śmierci: "Lotta! Lotta! - I koniec ze mną! Zmysły me plączą się. Już od tygodnia jestem bez przytomności. Oczy moje są pełne łez. Nie żądam niczego, nie pragnę niczego. Lepiej dla mnie, bym odszedł".
Wydawca do czytelnika: (ta część książki obejmuje relację narratora trzecioosobowego, który usiłuje odtworzyć przebieg ostatnich dni życia Wertera oraz fragmenty korespondencji z 12, 14 i 20 grudnia 1772 roku)
Werter spotyka się z Lottą, która prosi go o to, by wyjechał i leczył się z melancholii. Gdy Wertęr odwiedza Lottę, Albert wychodzi z pokoju żony, nie chcąc uczestniczyć w spotkaniach. Pewnego dnia prosi Lottę o radykalne ograniczenie spotkań z Werterem.
W czasie ostatniego spotkania Werter czyta Lotcie fragmenty Pieśni Osjana, które sam przełożył. W pewnym momencie nie wytrzymuje, rzuca się na nią, porywa w ramiona i zaczyna całować. Wzburzona dziewczyna krzyczy: "To po raz ostatni Werterze! Już mnie pan nie zobaczy". Werter odchodzi, jest już zdecydowany popełnić samobójstwo - mówi na pożegnanie: "Żegnaj, Lotto! żegnaj na wieki!".
Po powrocie do domu kończy list do Lotty, w którym przeprasza ukochaną za swoje zachowanie, żegna się z nią na zawsze i rozlicza ze swoim życiem. Posyła służącego po pistolety do Alberta, spłaca wszystkie swoje długi i punktualnie o dwunastej w nocy strzela do siebie. Nie umiera od razu, kona w męczarniach następnego dnia w południe. Zostaje pochowany w miejscu, które sam sobie wybrał: między dwiema lipami w rogu starego cmentarza. Na pogrzebie nie było żadnego duchownego. nie pojawił się również Albert ani Lotta, która rozchorowała się bardzo ciężko.