Wybaczcie nie pamiętam jak to było slowo w slowo.. i nie mam już sily bawic się w porawianie błędów:( Dobranoc

1. Kinaza polinukleotydowa: żywcem chyba z zeszlego roku:
Który ze zwiazków może byz użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?
a) dATP znakowany P32 w pozycji g
b) ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a
d) [g-P32] -ATP
e) [a-P32]-dATP

2. Ile klonów przeżyje? Jak wyzej
Dwie próbki E.coli poddano transformacji plazmidem zawierajacym gen AmpR (opornośc na ampicylinę). Do pierwszej próbko dodano niewielka ilośc pozywki i po 2 min wylano na podłoze z ampicyliną .do drugiej również dodano niewielka ilosc pozywki i wylano na podłoze po inkubacji przez 30 min w 37'C. Który wynik jest najbardziej prawdopodobny?
a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
b) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonów
c) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonów
d) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
e) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów

3. Elektroforeza
a) ds Dna porusza się tym szybciej im jest krótsze
b) liniowe ds. DNA porusza się szybciej niż odpowiadające mu koliste sdDNA
c) można rozdzielic w celu preparacji DNAo długości 1007 i 1008 pz
d)
e)

4. Charakterystyka wektora (http://www.geneservice.co.uk/products/cdna/datasheets/Dros_cDNA/clones.jsp)
a) wektor może być użyty do transkrypcji in vitro przy pomocy polimeraz fagowych
b) zawiera geny markerowe
c) jest kosmidem
d)
e)

5. Eksperyment restrykcyjny:
14µl DNA + 2 wody + 2 r-ru rur enzymem + 2 buforu. Wiedząc ze enzym preferuje 50 mM NaCl można przypuszczac ze w buforze jest
a) 50 mM NaCl
b) 500 mM
i inne jaies pierdoly

6. Neurospor haploid ma lucyferazę. Krzyzujemy go ze szczepem dzikim bez lucyferazy. Askospory zbadano PCR pod katem obecności lucyferazy. Można przypuszczac ze gen znajdziemy w
0%
25%
50%
75%
100 %
askospor

7. M9
a) tylko organiczne
b) tylko nieorganiczne
c) umożliwia hodowle w ściśle zdefiniowanych warunkach
d)
E)

8. FISH
gen wystepuje w pojedynczej kopii. W profazie przeprowadzono FISH w cel jego znalezienia. Zaobserwowano:
a) 4 pary sygnałow
b) 2 blisko siebie położone sygnaly
c) 2 pary sygnalów
d) 2..
e) 4…

9. trawienie' konce 5' wystające' nukleaza s1' terminalna transferaza + DTP' jaki będzie charakter końców?
Ja dalam ze 3' wystające

10. ramiona wektora zastępczego z faga lambda maja 30kb. Ile możę mieć insert?
20kb
22kb
…
…
…

11. chcemy chcemy plazmidu gen odporności na chloramfenikol. Wektor ma marker amp®. Czego uzyjemy do selekcji klonu z genem odpornic\sci na chloramfenikol
amp + erytromycyna
amp + chloramfenikol
neomycyna +…
…
…



12. chyba ze 4 restryktazy.
a- A i B to izokaudamery
b- produkty trawienia przez A i B mogą być ligowa\ne przez ligazę T4
c- A i C to izoschizomery
d- produkt ligacji z punktu b może być efektywnie trawiony przez A i B
e- …

13. student : nie wiem czy czegos nie zamieszam
wektor miał amp® i msc w lacZ' tak ze możliwa była ekspresja aktywnego lacZ'.
Wklonowano do MSC w ramce odczytu cDNA genu X i w celu przeprowadzenia metagenezy kasetowej enzymem jakimstam wycieto ze srodka 35-nukleotydowy fragment
Oddielono to elektroforetycznie
Fosfataza defosforylowano konce
Syntetyczny oligonukleotyd prosto z syntezy (czyt nieufosforylowany) dodano i zlitowano
Transformacja i selekcja
a- klonow bylo zaskakujaco malo - 1-2% w stosunku do kontroli w ktorej ligacji ulegla sam niedefosforylowany wektor
b- klony - rekombinanty byly niebieskie
c- nie byly niebieskie
d- ...
e- ...

14. Anemia sierpowta
dziecko z 25% prawdopodobienstwem będzie mialo anemie badanie u rodziców musialo wykazac:
fragment 1.3 u jednego i 1,1 oraz 0,2 u drugiego
1,3 1,1 i 0,2 u obojga
1,1 u jednego i 0,2 u drugiego
1,1 i 0,2 u obojga
…

15. mapowanie 3' konca
Które czynosci wykonujemy
-Uzywany rekombinowanego enzymu o aktywności enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy dna na rna
- denaturacja i elektroforeza dna
- ciecie czegos tam nukleaza S1
-..
-..

16 ukladanie klonow po kolei STS

17. chrmosome walking. Które czynności wybierzesz (niektóre) i w jakiej kolejności je ułożysz żeby otrzyn\mac klony reprezentujące odcinek dna o długości 200kb. Na 1 koncu ma być gen A do którego już masz klon i możesz z niego zrobic sonde, na drugim koncu ma być gen odp za nowotwor piersi
izolacja ludzkiego dna
izolacja dna E.coli
sporządzenie biblioteki w fagu lambda
całkowite trawienie dna ecorI
częściowe trawienie dna bamhI w celu otrzymania klonow~ 20kb
sporządzenie sondy z A przeszukanie biblioteki i subklonowanie w celu otrzymania innej sondy
znow przeszukanie
powtarzamy 2 ostatnie etapy az otrzymamy odpowiednia ilość klonow
…
…
…
…
…

18 knockout genu. Chcemy zrobic nokaut w myszy. Komorki macierzyste którym (no wlasnie. Dla mnie to brzmiało tak jakby mialo znaczyc: ) mamy zamiar znokautowac gen:
maja gen tk
maja 1 allel dziki i jeden zmutowany
SA odporne na neomycyne
…
…

do pytania z pozywka m9
- zawiera ampicyline
- zawiera same substnacje organiczne
- zawiera same substancje nieorganiczne

bylo pytanie dotyczace ph 12,35
mielismy dna plazmidowe ktore wlaczalismy do ekstraktu komorkowego

- ds dna ulegnie denaturacji do jednej nici;
- w tym ph koliste dna nie ulegaja dysocjacji
- po zakwaszeniu do ph 7.0 dna plazmidowy asocjuje z dna bakteryjnym;
- po zkwaszeniu do ph 7.0 dna chromosomalny bakteryjny asocjuje z DNA plazmidowym

kolejne pytanie dotyczylo metody dideoksy sangera ;byla podana sekwencja nici matrycowej i pytali jaka bedzie do niej komplementarna;

przy wektorze zastepczym wartosci wynosily
8kb
22kb
20kb
40kb
a jego ramiona lacznie mialy 30 kb - do wektore dodano fragmenty - stworzono biblioteke i pytana jakiej dlugosci beda inserty

tam z pozywkami chodzilo o to ze najpierw nukleaza tniemy gen kodujacy za odpornosc na ampicyline potem ligujemy go z fragmentami odpowiedizalnymi za kodowaniem odpornosci na erytromycyne i cos tam jeszcze-pytali co musi byc w podlozu zeby wychodowac bakterie ktore beda produkowac zwiazek przeksztalcajacy jedna z tych substancji w nietoksyczna;

do knock outu
posiada oba allele typu dzikiego

do elektorforezy
dna posiada ladunek dodatni
dna wedruje do katody ujemnej
superhelikalne porusza sie wolniej niz niciowe

pytano tez jakie czynnosci maja miejsce tylko przy mapowaniu konca3'

z 50 mM
mamy 14 ul dna dodajemy 2ul enzymu 2 ul buforu(nacl) i 2 ul czegos jeszcze - jezeli stezenie calego r-ru chyba wynosi 50mM to ile wynosi stezenie wyjsciowe nacl

przy rysunku z wektorem
- jest kosmiedem
- zawiera gen markerowy
- mozna stosowac polimerazy faga
- mozna go uzyc do tworzenia biblioteki
Edytowano przez konwalia dnia 20/06/06
Edytowano przez konwalia dnia 20/06/06

przy ukladaniu klonow
A - mial sekwencje 1,2,3
B- 1,3
C - 3,5
D - 2,4

Skład pożywki minimalnej M9 dla E. coli



skład na 1000 ml pożywki

Na2HPO4 x 12 H2O 15,2 g

KH2PO4 3 g

NaCl 0,5 g

NH4Cl 1 g

po wyjałowieniu pożywki trzeba dodać jeszcze jałowe roztwory:

1M MgSO4 x 7 H2O 1 ml

0,1M CaCl2 1 ml

20% r-r glukozy 10 ml

po zmieszaniu wszyskich składników pH pożywki wynosi około 7,0

Odnośnie pytania z pH 12,35:

- caly ds dna z komorki ulegnie denaturacji do pojedynczych nici;
- w tym ph koliste dna nie ulegaja dysocjacji
- po zakwaszeniu do ph 7.0 zdenaturowany dna plazmidowy mozna latwo oddzielic od chromosomu bakteryjnego
-po zkwaszeniu do ph 7.0 zdenaturowany dna chromosomalny mozna latwo oddzielic od plazmidowego

---