Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję syntezy dipeptydu zbudowanego z aminokwasów charakterystycznych dla sekwencji sygnałowych białek sekrecyjnych.
trójpeptyd zbudowany kolejno z dwóch aminokwasów charakterystycznych dla kolagenu i aminokwasu aromatycznego.
trójpeptyd zbudowany kolejno z aminokwasu odpowiedzialnego za wiązanie tlenu do hemu w cząsteczce hemoglobiny, aminokwasu tworzącego wiązania dwusiarczkowe i fenyloalaniny, nazwij powstały trójpeptyd.
dipeptyd zbudowany z dwóch różnych aminokwasów tworzących -zgięcie.
wiązanie glikozydowe powstające pomiędzy aminokwasem a resztą cukrową, wytwarzane w ER.
dipeptyd zbudowany z aminokwasów tworzących wiązanie a) N-glikozydowe oraz b) O-glikozydowe w glikoproteinach.
aminokwas powstający wskutek działania witaminy K, podaj jego nazwę.
zmodyfikowany aminokwas zawierający w swojej strukturze atom selenu, podaj jego nazwę.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję procesu biosyntezy kolagenu, w której dochodzi do hydroksylacji proliny, podaj nazwę enzymu i zaznacz udział koenzymów.
katalizowaną przez białko należące do klasy 2-globulin, zwierające miedź, podaj nazwę białka.
Wymień:
trzy przykłady rybonukleoprotein i podaj ich funkcje.
po jednym przykładzie białek należących do 1, 2 i -globulin.
po jednym przykładzie nukleoproteiny, chromoproteiny i metaloproteiny.
po jednym przykładzie białka lub peptydu pełniącego funkcję: strukturalną, magazynującą, hormonalną.
jakie białko występuje w surowicy krwi w największej ilości i jaka jest jego zawartość w mg/ml w 15 ml krwi zdrowego człowieka.
trzy rodzaje wewnątrzkomórkowych modyfikacji posttranslacyjnych białka w procesie biosyntezy kolagenu.
wewnątrzkomórkowe modyfikacje posttranslacyjne w procesie biosyntezy kolagenu.
ważne klinicznie glikoproteiny surowicy krwi.
Przedstaw graficznie:
wpływ BPG na wiązanie tlenu przez Hb i Mb.
na wykresie zależność pomiędzy stężeniem parcjalnym tlenu i wysyceniem hemoglobiny przez tlen przy prawidłowym i obniżonym pH krwi.
na wykresie wysycenie Hb tlenem, w zależności od ciśnienia parcjalnego tlenu, w różnych stężeniach CO2.
zależność wysycenia tlenem cząsteczki a) HbF i b) HbA w erytrocytach od pO2, zaznacz wartości P50 dla obu hemoglobin.
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający udział hemoglobiny w transporcie gazów oddechowych.
Oblicz:
ile albuminy znajduje się w 200l surowicy krwi zdrowego człowieka.
Czwartek 8:00 R2/2004-12-02
Napisz wzorami strukturalnymi reakcję :
1. katalizowaną przez dowolny kompleks wieloenzymatyczny (zaznacz symbolami ewentualny udział koenzymów). Podaj nazwę tego kompleksu.
Napisz używając symboli lub nazw biochemicznych reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
2. katalizowaną przez enzym, którego Km wyznaczano doświadczalnie na ćwiczeniach. Podaj nazwę enzymu i klasę do której ten enzym należy.
3. katalizowaną przez enzym, którego aktywność jest regulowana poprzez odwracalne wiązanie enzymu z błonami.
Przedstaw graficznie:
4. (na jednym wykresie) zależność szybkości reakcji od stężenia substratu dla reakcji zachodzącej a) w temperaturze 25 oC i b) w temperaturze 35oC, katalizowanej przez sercową dehydrogenazę mleczanową.
5. zależność odwrotności szybkości reakcji od odwrotności stężenia substratu dla enzymu którego indeks kooperatywności wynosi 81.
6. (na jednym wykresie) wykres zależności szybkości reakcji od stężenia substratu dla reakcji, katalizowanej przez enzym allosteryczny typu K, zachodzącej a) w nieobecności i b) w obecności efektora dodatniego.
Narysuj schemat :
7. przedstawiający mechanizm reakcji wedle którego przebiega reakcja katalizowana kinazę kreatyny.
Przedstaw obliczenie:
Stała równowagi pewnej reakcji enzymatycznej wynosi 0,8. Jaka będzie wartość tej stałej gdy podwoimy stężenie enzymu?
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję katalizowaną przez enzym klasy I.
trójpeptyd uczestniczący w transporcie aminokwasów ze światła jelita do enterocytów.
reakcję katalizowaną przez enzym klasy IV.
reakcję katalizowaną przez dowolny kompleks wieloenzymowy, podaj nazwy uczestniczących koenzymów.
reakcję katalizowaną przez enzym nabłonka jelitowego biorący udział w końcowym etapie trawienia skrobi.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
1. katalizowaną przez enzym będący markerem zawału mięśnia sercowego.
2. enzymatyczną przebiegającą według mechanizmu sekwencyjnego uporządkowanego.
3. enzymatyczną zachodzącą z udziałem koenzymu będącego pochodną witaminy B12.
4. reakcję hamowaną przez metotreksat.
5. kinazy dehydrogenazy pirogronianowej.
Wymień:
1. trzy leki, których działanie polega na hamowaniu aktywności enzymów, podaj jakie enzymy hamują.
2. enzymy będące markerami ciężkiego uszkodzenia wątroby.
3. trzy enzymy aktywowane przez nieodwracalną modyfikację proteolityczną.
4. mechanizmy przebiegu reakcji enzymatycznych, podaj po jednym przykładzie enzymu.
5. po jednym inhibitorze: cyklooksygenazy, konwertazy, fosfodiesterazy cGMP.
6. trzy możliwe sposoby regulacji aktywności enzymu polegające na zmianie ilości jego cząsteczek.
7. podstawowe mechanizmy regulujące w szybki sposób aktywność enzymów.
8. trzy enzymy ściany jelita trawiące cukry.
Przedstaw graficznie:
1. wykres zależności v / [s] dla enzymów wykazujących wartość współczynnika Hilla 1< i 1>.
2. wykres zależności v / [s] przedstawiający regulację aktywności karboksylazy acetyloCoA w obecności i nieobecności cytrynianu.
3. na wykresie Lineweavera-Burke'a jak zmieni się Km i Vmax enzymu po dodaniu do mieszaniny reakcyjnej substancji, która wiąże się z wolnym enzymem lub kompleksem enzym-substrat i zapobiega utworzeniu produktu.
4. zależność 1/v od 1/[s] dla enzymu allosterycznego typu V: a) w nieobecności efektorów; b) w obecności aktywatora; c) w obecności inhibitora.
5. profil zmian stężenia aktywności aminotransferazy asparaginianowej w osoczu krwi chorego w czasie pięciu dni od wystąpienia zawału mięśnia sercowego.
6. na wykresie zależność v od [s] dla reakcji katalizowanej przez dehydrogenazę bursztynianową inkubowaną z malonianem oraz inkubowaną z jonami rtęci.
7. wykres zależności v od [s] dla reakcji katalizowanej przez enzym wykazujący kooperatywność dodatnią w nieobecności efektorów oraz w obecności efektora ujemnego i efektora dodatniego.
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
1. wyjaśniający działanie streptokinazy jako leku, zaznacz skutki działania zbyt dużej dawki.
2. reakcji enzymatycznej typu ping-pong.
3. ilustrujący transport glukozy ze światła jelita do wnętrza enterocyta.
4. ilustrujący działanie kolipazy.
5. ilustrujący działanie γ-glutamylotranspeptydazy w transporcie aminokwasów do komórek.
Oblicz:
ile nanomoli sacharozy uległo rozłożeniu przez 1 ml roztworu sacharazy w ciągu 3 minut, jeśli stężenie aktywności enzymatycznej tego roztworu wynosiło 9 jednostek enzymatycznych na 1 l, oraz przyjmując, że reakcja przebiegała według kinetyki zerowego rzędu.
DNA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
nukleotyd będący częścią DNA, zawierający zasadę azotową komplementarną do adeniny.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów, pomiędzy którymi tworzą się w cząsteczce DNA trzy wiązania wodorowe.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów: a) najczęściej ulegającego w DNA metylacji i b) ulegającego uszkodzeniu po wpływem UV.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią DNA, zawierających zasady purynowe.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią DNA, zawierających zasady pirymidynowe.
zasadę azotową, która powstaje na skutek spontanicznej deaminacji 5-metylocytozyny.
reakcję katalizowaną przez glikozydazę uracylową DNA.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
katalizowaną przez odwrotną transkryptazę.
katalizowaną przez białko FEN w procesie wycinania startera podczas replikacji DNA jądrowego
katalizowaną przez polimerazę DNA.
katalizowaną przez ligazę DNA.
katalizowaną przez mitochondrialną polimerazę DNA.
(przyłączenia jednego nukleotydu) katalizowaną przez polimerazę DNAδ (delta).
katalizowaną przez primazę.
katalizowaną przez 3' 5' egzonukleazę DNA.
Wymień:
nazwy systemów naprawiających DNA i podaj po jednym przykładzie uszkodzenia przez nie naprawianego.
etapy izolacji DNA z krwi szczura, napisz dlaczego izolację przeprowadza się w obecności EDTA.
składniki nukleosomu.
trzy białka biorące udział w replikacji, które rozkładają ATP.
białkowe składniki kompleksu przeprowadzającego inicjację replikacji na nici wiodącej u eukariontów.
kolejne enzymy uczestniczące w biosyntezie nici DNA z fragmentów Okazaki.
trzy główne rodzaje uszkodzeń DNA w wyniku działania reaktywnych form tlenu.
trzy przyczyny częstszego uszkodzenia mitochondrialnego DNA w porównaniu z jądrowym.
trzy transferazy uczestniczące w procesie replikacji DNA.
trzy hydrolazy uczestniczące w procesie replikacji DNA.
polimerazy DNA uczestniczące w procesie replikacji DNA jądrowego.
enzymy uczestniczące w systemie wycinania zasad w DNA zawierającym uracyl.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający na widełkach replikacyjnych wszystkie etapy procesu syntezy DNA zachodzącej w komórkach eukariotycznych z uwzględnieniem białek i enzymów uczestniczących w tym procesie.
przedstawiający etapy techniki laboratoryjnej umożliwiającej identyfikację specyficznych sekwencji DNA przy ich jednoczesnym namnożeniu.
RNA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
nukleotyd znajdujący się na końcu 3' dojrzałego transkryptu klasy II.
kwas 5'-adenylowy, podaj symbol biochemiczny tego związku.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią RNA, zawierających zasady pirymidynowe.
trinukleotyd będący produktem transkrypcji na matrycy DNA o następującej sekwencji - ACT.
nukleotyd znajdujący się na końcu 5' dojrzałego transkryptu klasy II.
reakcję edytowania RNA prowadzącą do pojawienia się w dojrzałym transkrypcie inozyny.
reakcję edytowania RNA prowadzącą do pojawienia się w dojrzałym ApoB48 dodatkowego kodonu stop.
trinukleotyd znajdujący się na końcu 3' dojrzałej cząsteczki tRNA.
dinukleotyd tworzący „czapeczkę” na końcu 5' dojrzałego mRNA.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów wchodzących w skład sekwencji DNA determinującej start procesu transkrypcji.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję procesu transkrypcji hamowaną przez -amanitynę.
dostarczającą energii niezbędnej w procesie syntezy łańcucha RNA na matrycy DNA.
katalizowaną przez nukleotydylotransferazę tRNA (niezależną od matrycy).
Wymień:
rodzaje RNA występujące w mitochondriach.
modyfikacje jakim może ulec mRNA w komórkach eukariotycznych.
trzy nietypowe nukleozydy występujące w kwasach rybonukleinowych.
enzymy uczestniczące w tworzeniu „czapeczki” w pre-mRNA.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
ilustrujący przebieg modyfikacji transkryptów klasy II.
TRANSLACJA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
dwunukleotyd zbudowany z nukleotydów pirymidynowych wchodzących w skład antykodonu dla kodonu startowego translacji.
trinukleotyd będący antykodonem do kodonu AGC.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
katalizowaną przez peptydylotransferazę.
aktywacji aminokwasu inicjującego translację w mitochondriach.
katalizowaną przez peptydazę sygnałową.
Wymień:
białka uczestniczące w kotranslacyjnym transporcie białek do ER.
trzy białka biorące udział w translacji, które hydrolizują GTP.
trzy antybiotyki będące inhibitorami translacji i podaj, które etapy hamują.
trzy cechy kodu genetycznego.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający wpływ puromycyny na przebieg translacji.
przedstawiający terminację translacji.
kotranslacyjnego transportu białek do ER.
inicjacji translacji.
regulację inicjacji biosyntezy globiny przez hem.
translacyjny cykl elongacyjny.
regulację inicjacji translacji przez czynniki wzrostowe.
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję katalizowaną przez 5'-nukleotydazę z AMP jako substratem.
reakcję powstawania orotodylo-5'-fosforanu.
reakcję katalizowaną przez enzym, którego specyficznym inhibitorem jest F-dUMP.
reakcję redukcji dowolnego rybonukleotydu do odpowiedniej 2'-deoksypochodnej.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
katalizowaną przez syntetazę adenylobursztynianową.
katalizowaną przez kinazę adenozyny.
katalizowaną przez enzym, którego niedobór wywołuje zespół Lesh-Nyhana.
przemiany IMP w GMP, podaj nazwę enzymu i zaznacz koenzymy.
katalizowaną przez enzym, którego brak jest przyczyną niedoboru odporności.
hamowaną przez metotreksat.
katalizowaną przez enzym, którego specyficznym inhibitorem jest fluorodeoksyurydylan, podaj nazwę enzymu.
Wymień:
trzy enzymy, dla których substratem jest fosforybozylopirofosforan.
enzymy cyklu nukleotydów purynowych.
końcowe produkty przemian puryn i pirymidyn.
trzy związki pełniące rolę drugiego posłańca i zawierające w składzie zasadę purynową
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający działanie allopurinolu.
ilustrujący pochodzenie atomów azotu i węgla w pierścieniu purynowym.
ilustrujący pochodzenie atomów azotu i węgla w pierścieniu pirymidynowym.
biosyntezy dUTP, dCTP i dTTP z UMP.
cyklu nukleotydów purynowych.
w formie ciągów reakcji, katabolizmu AMP do kwasu moczowego dwiema alternatywnymi drogami;
Oblicz:
ile mikromoli PRPP zużyje się w procesie biosyntezy 0,1 milimola NAD+ z amidu kwasu nikotynowego.
I KOŁO
1. Strukturalnie nukleotyd znajdujący się na końcu 3'mRNA?
2. Strukturalnie reakcję katalizowaną przez enzym klasy I?
3. Wykres s od t enzymu allosterycznego typu K w obecności i nieobecności efektora + i -?
4. Wykres 1/V od 1/A dla aktywatora bezwzglednie koniecznego?
TEST
1.Polimeraza RNA DNA zależna:
a) α
b)δ
c)telomeraza
2.Co potrzebuje polimeraza δ
a) primer
b)Mg
c)PCNA
3.Do izoenzymów należy…
4.Replikacja zachodzi
a)od 5'=>3' na nici opóźnionej
b) od 5'=>3' i od 3'=>5'
c) na wielu niciach jednoczesnie
5.Wspólne dla polimerazy RNA I, II, III są
a)UBP
b)SR1
6.Glikozy.. AP
a)w BER
7. Inhibicja niekompetycyjna
a) maleje stężenie ES
b) V maleje K const
8. enzym wystepujący w osoczu i mający znacznie kliniczne
a)Alat
b)CPK
c)trypsyna
d)amylaza
e)pepsyna
9.choroby - leki
a) inhibitor MAO
b) aparaginaza
c) inhibitory co obniżaja krzepliwość
10. Do translacji potrzeba
a)rybosom 60
b) 40
c)czynniki elongacyjne
11. do rRNA jądrowego należa
a)28S
b)5S
c)18,5S
12.Co jest w jądrze
a)α
b)β
c)γ
13. Nić kodująca jest
a)komplementarna do antyrównoległej
b) mRNA
14. biosynteza w transkrypcji zachodzi
a) 5'=>3'
b) 3'=>5'
15. Co robi PCNA
a) obejmuje pojedyncza nić DNA
b) prowadzi polimerazę δ
16. Telomeraza jest
a) rybonukleoprotenina
b)białko proste
c) niezbędna do biosyntezy w jądrze
I koło - Aleksandrowicz gr. 6
Napisz wzorami strukturalnymi:
Dipeptyd (powstały w wyniku hydrolizy glikoproteiny) zbudowany z alaniny i aminokwasu, do którego jest przyłączony wiązaniem N - glikozydowym odpowiedni monosacharyd .(to pytanie było pierwszego dnia w czerwcu)
deoksyadenozynę
Napisz używając symboli lub nazw biochemicznych:
reakcję katalizowaną przez nukleotydylotransferazę tRNA .(to pytanie było drugiego dnia w czerwcu).
reakcję tworzenia pierwszego wiązania fosfodiestrowego w procesiem transkrypcji katalizowanej przez polimerazę RNA II
Przedstaw graficznie na jednym wykresie:
Zależność wysycenia tlenem cząsteczki :a)Hb F i b)Hb A w erytrocytach od pO2.
Zaznacz wartości P50 dla obu Hb. .(to pytanie było drugiego dnia w czerwcu)
Narysuj schemat (bez wzorów)
Ilustrujący regulację translacji przez hem w komórkach erytropoetycznych. .(to pytanie było pierwszego dnia w czerwcu)
Przedstawiający proces naprawy DNA zawierającego 8 - oksogwaninę w swojej cząsteczce. Podaj pełne nazwy odpowiednich enzymów.
Oblicz
Ile miligramów albuminy znajduje się w 300 mikrolitrach surowicy krwi zdrowego dorosłego człowieka?
Podaj zakres normy stężenia albuminy w surowicy krwi
1) Wzorami strukturalnymi: dwupeptyd zbudowany z fenyloalaniny i aminokwasu, który w łańcuchu bocznym zawiera siarkę.
2) Napisz schemat reakcji syntetyzowanej przez polimerazę delta.
3) Wykres 1/V od 1/S dla enzymu o kooperacji=80 i stałej Hilla=1
4) Scemat reakcji przeprowadzanej przez kinazę kreatynową.
5) Podać wzór strukturalny nukleozydu wchodzącego w skład nukleotydu występującego na końcu 3' dojrzałego mRNA.
6) Napisać wzorami strukturalnymi reakcję katalizowaną przez enzym II klasy.
7) Narysować wykres [s] od t dla reakcji zerowego rzędu katalizowanej przez enzym allosteryczny bez i w obecności aktywatora.
8) Narysować wykres wysycenia tlenem od pO2 dla HbA i HbF + podać wartości P50 dla obu.
9) Narysować wzór dipeptydu zbudowanego z cysteiny i proliny.
10) Napisać reakcję katalizowaną przez enzym klasy 6, którego aktywność regulowana jest przez depolimeryzację/polimeryzację.
11) Wykres V od T dla enzymu typu K bez i z aktywatorem + napisać przykład takiego enzymu i aktywatora dla niego.
12) Schemat naprawy DNA w którym wystepuje uracyl (model "krótkiej łatki") + nazwy wszystkich enzymów biorących udział.
13) Wzór strukturalny dipeptydu zbudowanego z tryptofanu i dowolnego aminokwasu zawierającego w łańcuchu bocznym grupę -OH.
14) Słownie reakcję katalizowaną przez enzym klasy II z glukozą jako substratem.
15) Wykres V od S dla enzymu allosterycznego typu V z i bez efektora dodatniego. Podać przykład takiego enzymu i efektora.
16) Schemat powstawania Apo48 i Apo100 ( redagowanie).