Diagnostyka zakazen 03.10.2013
Systematyka mikrobiologiczna, bakteriologiczna jest podobna do systematyki zoologicznej i botanicznej, roznica polega na tym, ze taksonomia zoologiczna powstala w 1901r botaniczna w 1902r a mikrobiologiczna w 1923r fundamentalnym elementem taksonomi jest krolestwo, dalej gromada (typ) klasa, rzad, rodzina, gatunek i rodzaj. Fundamentalna sprawa dla kazdej systematyki jest okreslenie tego czym jest gatunek. Gatunek powstaje wtedy gdy roznice osobnicze ksztaltujace sie na przestrzeni ewolucji sa tak duze, ze osobniki ktore w swym fenotypie je reprezentuja nie sa w stanie zaplodnic sie i wydac potomstwa. Definicja ta jest najblizsza, choc definicji bylo wiele. Dzis systematyka mikrobiologiczna opiera sie o homologie genetyczna, i okresla sie od 80 do 300 cech. Jezeli wartosci hybrydyzacji DNA -DNA jest wieksza niz 70% a roznica w skladzie C iG poszczegolnych szczepow nie powinna byc wieksza niz 5mol% to wtedy mowi sie ze ten osobnik nalezy do okreslonego gatunku, jednakze ta cecha jako pojedyncza nie moze przesadzac o przynaleznosci do gatunku. Czeste sa propozycje aby w tej definicji wykorzystac gdy tylko uzyska sie wiecej danych. ANI i MLST .
Przywiazuje sie duza wage do coraz precyzyjniejszego, bomopartego na dobrze wystandatyzowanych metodachnopisach cech fenotypowych
Pojawila sie takze koncepcja trojczlonowej nazwy dla drobnoustrojow, obejmujacej obok rodzaju i gatunku - ekotyp, wskazujacy na nisze ekologiczna z ktorej oochodzi szczep.
Systematyka bakterii omawiana bedzie wg. Dr, davida h. Bergeya
I grupa - sekcje 1-17 ( bez sekcji 7 ) - bakterie chorobotworcze
II grupa - sekcje 18-25 -bakterie wodne
III grupa - sekcje 25/26-33 - bakterie glebowe
Sekcja 25 - archeobakterie - wodne + glebowe
Sekcja 7 - bakterie srodowiskowe
Sklad ludzkiego organizmu
10bln komorek ludzkich
100bln komorek bakteryjnych
Liczba gatunkow bakterii zamieszkujacych
Jelito 5000-35000 ( przewod pokarmowy -100bln bakterii )
Jama ustna 300-500
Skora 120
Gatunki bakteri chorobotwircze dla czlowieka -100
Odsetek ludzi skolonizowanych przez powrzechnie wystepujace patogeny
33% pratek gruzlicy
50% helicobacter pyroli
50% gronkowiec zlocisty
Mikrobiom czlowieka - sklad bakteryjny czlowieka
Zakazenia powodowane przez czynniki zakazne to zakazenia
objawowe
bezobjawowe
utajone
letalne