Tom pierwszy
Wenus z Milo
Jest upalne, wiosenne popołudnie. Tomasz Judym, od kilku miesięcy studiujący medycynę w Paryżu, spaceruje po mieście. Udaję się do Luwru, aby odpocząć od zgiełku ulicy i siada przed posągiem Wenus z Milo, podziwiając rzeźbę. W pewnej chwili dostrzega starszą damę w towarzystwie trzech młodych panien. Zaskoczony, przysłuchuje się ich rozmowie w języku ojczystym. Grzecznie proponuje paniom, że zaprowadzi je do sali z posągiem „Amor i Psyche”, który chcą obejrzeć. W ten sposób poznaje panią Niewadzką, jej wnuczki Natalię i Wandę oraz guwernantkę dziewcząt, Joannę Podborską. Judym jest wyraźnie ucieszony faktem, że na obczyźnie spotkał rodaczki, a jego uwagę zwraca panna Natalia. Następnego dnia spotyka się z nowymi znajomymi, by towarzyszyć im podczas zwiedzania Wersalu. Po wspólnej wycieczce dowiaduje się, że panie opuszczają Paryż.

Smutek
Jest początek października. Tomasz udaje się na spacer w Aleje Ujazdowskie. Obserwując jesienny pejzaż, uświadamia sobie, że jego marzenia o walce z krzywdą społeczną pozostają wyłącznie marzeniami. Rozgoryczony patrzy na powozy, wiozące ludzi. W jednym dostrzega znajome z Paryża: Natalię, Wandę i Joasię. Podborska uśmiecha się do niego.
Praktyka
Judym, niezrażony odrzuceniem go przez środowisko lekarzy, otwiera prywatną

praktykę. Rano pracuje w szpitalu, a wieczorem oczekuje na pacjentów w swym gabinecie. Przez pierwsze tygodnie nikt nie zgłasza się do niego. To pogarsza sytuację finansową lekarza. Dodatkowo musi pomagać rodzinie brata. W marcu spotyka doktora Chmielnickiego, który zachęca go do objęcia posady u doktora Węglichowskiego, dyrektora zakładu leczniczego w Cisach. Zrezygnowany Tomasz godzi się na spotkanie z Węglichowskim. Następnego dnia przyjmuje u siebie dyrektora. W trakcie rozmowy dowiaduje się, że Cisy należą do pani Niewadzkiej. Judym ostatecznie postanawia wyjechać z Warszawy i wspomina Joasię Podborską.

Swawolny Dyzio
Pod koniec kwietnia Judym opuszcza Warszawę. Przedział w pociągu dzieli z chudą damą i jej dziesięcioletnim synkiem, Dyziem. Dziecko jest nadzwyczaj pomysłowe i złośliwe. Z uporem dokucza współtowarzyszom podróży. Po południu Tomasz z uczuciem ulgi wysiada na stacji i kieruje się w stronę

dorożki, która czeka na niego. Okazuje się, że Dyzio i jego matka jadą z nim do Cisów. Malec znów zaczyna dręczyć lekarza, nie zwracając uwagi na rozpaczliwe upomnienia matki. Rozgniewany Judym wymierza chłopcu kilka klapsów i postanawia dalszą drogę odbyć pieszo. W pobliskiej wsi wynajmuje wóz, lecz pijany chłop wywraca pojazd do rowu. Po perypetiach doktor dociera do zakładu leczniczego. Jest przekonany, że odnalazł miejsce, gdzie będzie mógł spłacić swój dług wobec społeczeństwa i pracować dla ludzi.

Cisy
Następnego dnia po przyjeździe do Cisów, Tomasz zwiedza miejscowość i składa pierwsze wizyty. Poznaje historię ośrodka, założonego przez męża pani Niewadzkiej. Zaczyna korespondować z jednym ze współwłaścicieli zakładu, Leszczykowskim.

Kwiat tuberozy
Po jakimś czasie

, spędzonym przede wszystkim na poznawaniu Cisów, doktor Judym postanawia zwiedzić podlegający mu szpital. Przy kościele spotyka panny Orszeńskie i Joannę Podborską. Proboszcz zaprasza go i dziewczęta na śniadanie. Wizytę na plebanii składa również młody kuracjusz, Karbowski. Judym dostrzega uczucie, jakie łączy Natalię i Karbowskiego. Czuje żal i zazdrość na myśl, że piękna dziewczyna nigdy nie zwróci na niego uwagi.

Przyjdź
Z okna swojego mieszkania Tomasz Judym obserwuje budzącą się do życia po zimie przyrodę. Marzy o miłości.

Zwierzenia
Na kartach pamiętnika Joanna Podborska zapisuje swoje przemyślenia, uczucia, nastroje, opinie o innych ludziach i poglądy na różne sprawy czasów, w których żyje. Wspomina także dom rodzinny, naukę w Kielcach i pracę guwernantki w Warszawie.

Tom drugi
Poczciwe prowincjonalne idee
Judym rozpoczyna pracę w Cisach, która całkowicie go pochłania. Jest oszołomiony życiem w ośrodku. Otoczony kobietami, zmienia się w modnie odzianego i towarzyskiego franta. Szybko zyskuje powszechną sympatię i zaufanie. Na jednym z balów wykorzystuje fakt, że Karbowski opuścił zakład i okazuje swoje zainteresowanie Natalii. Dziewczyna nie odpowiada jednak na jego adorację. Jesienią lekarz zaczyna zajmować się urządzaniem szpitala. We wrześniu zaczynają chorować na malarię dzieci z folwarcznych czworaków. Wkrótce szpital jest przepełniony chorymi. Pewnego dnia pani Niewadzka wzywa Tomasza do siebie. Prosi, aby pomógł w zorganizowaniu małego szpitaliku w starej piekarni przy pałacu dla Podborskiej, by tam mogła zajmować się „brudasami”. Lekarz, słysząc te słowa, czuje niesmak.
Starcy
Każdego dnia w domu dyrektora Węglichowskiego spotykają się znajomi: Listwa, Chobrzański, Worszewicz, proboszcz, Judym oraz kilku kuracjuszy. Tomasz nie może porozumieć się z cisowskimi starcami. Pragnie wprowadzać kolejne ulepszenia i zmiany w ośrodku. W lutym do Cisów przyjeżdża komisja rewizyjna. Judym postanawia przedstawić swoją propozycję osuszenia stawów, lecz Węglichowski nie zgadza się na to. Podczas kolacji Krzywosąd oskarża młodzieńca o wykorzystywanie pieniędzy Leszczykowskiego. Zawstydzony Judym milknie. Po wyjeździe komisji czuje, że Węglichowski i administrator odnoszą się do niego z niechęcią. W pierwszych dniach marca Tomasz patrzy na brudną wodę w stawie. Podchodzą do niego dyrektor i Chobrzański. Judym nadal twierdzi, że osuszenie stawów jest konieczne dla zdrowia kuracjuszy i chłopów we wsi.
Ta łza, co z oczu twoich spływa…
Dzięki oszczędnościom, odłożonym przez Tomasza, Wiktor może wyjechać za granicę. W lutym rodzina Wiktora odprowadza mężczyznę na dworzec. Judym z żalem patrzy na rodzinne miasto i płacze.

O świcie
Wczesnym rankiem, w kwietniu, Tomasz Judym idzie z wizytami do chorych z pobliskich wsi. Po drodze spotyka Joannę Podborską, wracającą powozem z Woli Zameckiej. Nauczycielka informuje go, że Natalia Orszeńska bez zgody babki wyjechała z Karbowskim i poślubiła ukochanego. Następnie młodzi opuścili kraj. Joasia obwinia się, że nie potraktowała poważnie uczuć podopiecznej. Jest przekonana, że Judym był zakochany w dziewczynie i wiadomość o jej ślubie sprawiła mu przykrość. Młodzieniec zaprzecza z uśmiechem. Kiedy Podborska odjeżdża, lekarz uświadamia sobie, że to właśnie.

Gdzie oczy poniosą
Wieczorem Judym otrzymuje od dyrektora zakładu wypowiedzenie pracy. Odczuwa głęboki żal, że musi opuścić Cisy i początkowo chce załagodzić konflikt. Przychodzi Joasia, której wyjaśnia, że wyjeżdża, ponieważ nie mógł inaczej postąpić. Następnego dnia opuszcza miejsce, które w ciągu ostatniego roku było jego domem. Na jakiejś stacji, gdzie czeka na przesiadkę, dostrzega dawnego znajomego z Paryża, inżyniera Korzeckiego. Mężczyzna wymusza na Tomaszu rozmowę i proponuje, by pojechał z nim do Zagłębia. Zrezygnowany doktor zgadza się. Po południu docierają na miejsce, a następnie jadą do kopalni. Doktor, pozostawiony samotnie w pokoju, usiłuje napisać list do narzeczonej. Nagle pojawia się Korzecki i lekarz niszczy list. Inżynier informuje go, że mógłby objąć posadę lekarza przy kopalni. Po kolacji zwierza się Judymowi ze swoich lęków.
Glikauf!
Następnego dnia Tomasz zwiedza miasto. Jest nieszczęśliwy i zagubiony. Udaje się na spotkanie z Korzeckim, który oprowadza go po kopalni. Judym obserwuje pracę górników. Mijający ich ludzie pozdrawiają się słowem „Glikauf!”. W pewnej chwili słyszy głos poganiacza, który mówi do konia, aby ciągnął wózek. Inżynier wyjaśnia mu, że kiedy zwierzę nie reaguje poganiacz okłada je batem. Doktor mówi, że takie rzeczy powinny być zabronione, a Korzecki dodaje, że nie ma już siły zabraniać.
Pielgrzym
W kilka dni później Korzecki i Judym składają wizytę inżynierowi Kalinowiczowi. Tomasz przysłuchuje się rozmowie przyjaciela z synem gospodarza domu, lecz w niej nie bierze udziału. Wciąż rozmyśla o Joasi, czeka na wiadomość od ukochanej. Za oknem szaleje burza. Korzecki przywołuje słowa wiersza Słowackiego o pielgrzymie, który nigdy nie miał swojego domu. Po kolacji zjawia się tajemniczy posłaniec z przesyłką dla Korzeckiego. Podczas drogi powrotnej inżynier ponownie recytuje wiersz Słowackiego.
Asperges me…
U Korzeckiego zjawia się syn sąsiadów, ubogich szlachciców, z prośbą, aby Judym odwiedził chorą matkę. Tomasz jedzie do Daszkowskich. Kobieta jest umierająca, lecz pragnie żyć, ponieważ ma dzieci. Lekarz patrzy na modlącą się kobietę i nagle ciszę rozdziera krzyk pawia. W drodze powrotnej ponownie słyszy krzyk ptaka.
Dajmonion
Tomasz rozpoczyna pracę jako lekarz fabryczny. Pewnego dnia, w sierpniu, otrzymuje list od Korzeckiego z cytatem z „Apologii Sokratesa”. Postanawia odwiedzić znajomego. Przed mieszkaniem inżyniera dostrzega tłum ludzi. Wchodzi do środka i widzi przyjaciela, leżącego na sofie z roztrzaskaną głową. Nagle do pokoju wchodzi jakiś młodzieniec. Judym przygląda się w milczeniu, jak nieznajomy siada przy samobójcy i szepcze jakieś słowa.

Rozdarta sosna
Do Sosnowca przyjeżdża Joasia. Razem z Niewadzką i Wandą wybiera się do Drezna na spotkanie z Karbowskimi. Tomasz wychodzi po nią na stację. Między narzeczonymi panuje dziwna atmosfera. Judym prowadzi Podborską do kopalni, a następnie pokazuje jej domy swoich pacjentów, stojące na obrzeżach miasta. Joasia opowiada o swoich marzeniach. Pragnie, aby wspólnie otworzyli szpitalik i stworzyli prawdziwy dom. Tomasz wysłuchuje jej w milczeniu. Potem wyjaśnia, że nie może jej poślubić, ponieważ musi spłacić dług wobec społeczeństwa i nie może myśleć o własnym szczęściu. Dziewczyna odpowiada, że go nie zatrzyma. Życzy mu szczęścia i samotnie idzie w stronę dworca kolejowego. Judym zostaje sam. Nienawidzi kopalni. Idąc przed siebie, dostrzega rozdartą sosnę. Upada na ziemię i wsłuchuje się w odgłos wybuchów dynamitu w kopalni i gwizd odjeżdżającego pociągu. Wydaje mu się, że słyszy jakiś płacz.