Tabela 1. Zakres rozdziału w żelach agarozowych

Stężenie żelu agarozowego (%)	Optymalny zakres rozdziału liniowego DNA (kpz)
0.3 0.6 0.7 0.9 1.2 1.5 2.0	60-5.0 20-1.0 10-0.8 7-0.5 6-0.4 4-0.2 3-0.1
Micropor OMEGA (1.8-5%)	1.2-0.01
Micropor DELTA (3-5%)	0.5-0.01

Przygotowanie żelu:

1. Ustalamy stężenie żelu agarozowego (w zależności od wymogów można użyć poliakrymidu) w jakim ma być przeprowadzona elektroforeza, najczęściej 1%.

2. Odważamy np. 0,7 g agarozy, wsypujemy do pojemnika i dopełniamy do 70 ml buforu 1x TBE (raz stężonego). (Ewentualnie, gdy żel ma być np. 0,7% bierzemy 0,7g agarozy i zalewamy ją 100mL buforu TBE).

0,7 g ---- 100mL

X(g) ------ np. 250mL X=1,75g

1. Wkładamy pojemnik do mikrofalówki na 1minutę po to by rozpuścić agarozę. Po minionym czasie wyjmujemy zlewkę z rozpuszczonym żelem, by lekko zamieszać i wkładamy na kolejne 30-60 sekund do podgrzania.

2. Następnie stawiamy pojemnik na stole na ok. 5 – 10 minut aby się ostudziła do ok. 60˚C.

3. Dodajemy 5 μl bromku etydyny w odpowiednim stężeniu, np. 10 mg/ml, który wchodzi między zasady kwasu nukleinowego (interkaluje) i pozwala na późniejszym etapie po światłem UV zlokalizować fragmenty DNA lub RNA. Mieszamy dodany odczynnik zasłaniająć najlepiej wylot zlewki. Bromek etydyny ze względu na opisane właściwości ma toksyczne, rakotwórcze właściwości – powoduje szkodliwe w skutkach  mutacje. Dlatego czynność dodawania bromku robi się przy założonych rękawicach i minimalizując parowanie roztworu.

4. Wlewamy żel do sanek (wcześniej wkładamy przekładki, które decydują o rozmiarze żelu. Szerszą końcówką zużytego tipsa usuwamy powstałe bąbelki, które mogą zakłócić wynikowy obraz.

5. Wkładamy grzebień, który uformuje w żelu dołki (studzienki) w które nałożone zostaną próbki.

6. Czekamy aż żel stężeje – około 20 – 30 minut. Następnie wkładamy żel z sankami do naczynia od elektroforezy.

7. Jeśli trzeba dolewamy raz stężonego buforu TBE, tak by żel był pokryty 2-5 mm warstwą cieczy (to tzw. running Buffet – bufor w którym dojdzie do rozwinięcia próbek na żelu).

8. Dodajemy do pierwszego dołka marker, około 2 μl . Służy nam do określenia długości rozwijanego produktu.

9. Załadowujemy próbki z właściwym, badanym materiałem – DNA, RNA, np. po PCR. Zwykle wstrzykuje się około 10 μl.

10. Zamykamy aparat do elektroforezy. Podłączamy  ją do prądu I ustawiamy np. na 5V/cm. Elektroforeza trwa w zależności od ustawionego napięcia, ilości nakładanej próbki i stężenia żelu, zwykle około 30 – 45 min.

11. Co jakiś czas sprawdzamy, czy próbki migrują w żelu oraz na stan rozwinięcia markera.

12. Po minionym czasie wyłączamy aparat z prądu.

13. Przenosimy żel do ciemni, gdzie obserwujemy w świetle UV (uwaga na oczy!) próbki z żelem zawierającym bromek etydyny.