biol mol kol 1

L BIOLOGIA MOLEKULARNA KOLOKWIUM NR 1 v

ZIELONO poprawne

ZIELONE I POGRUBIONE - NA PEWNO POPRAWNE

CZERWONE -ZLE KOMENTARZ CZARNY

NIEBIESKI - NIEWIADOMO

sorki za burdel z gory ale moze ktos bedize wiedziec bo nigdzie tego nie ma :

Jeśli dwa geny wykazują ponad 90% identyczności sekwencji nukleotydowej to najprawdopodobniej powstały na drodze ewolucji dywergentnej czy konwergentnej?

ktoras jest dobrze , tylko ktora?

ja bym dała że dywergentnej czyli od wspolnego przodka to musi byc zgodnosc

na bank dywergentna mam w zeszycie że 90% a konwergentna tylko 20% podobna

6.Ligazy DNA:

a) katalizują tworzenie wiązań fosfatydylowych (fosfodiestrowych) w miejscach zerwania łańcucha DNA -

b) Wymagają końców DNA z wolną grupą OH 3’ oraz ufosforylowaną grupą hydroksylową 5’ to jest dobrze??? c Pomóżcie, bo się w tym gubię :(
jak jest podłoże z jakimś antybiotykiem to (bez wektora i insertu) giną komórki które mają oporność na ten antybiotyk czy które tej oporności nie mają? jeżeli jest podłoże z antybiotykiem to giną na nim komórki, które są wrażliwe na ten antybiotyk czyli takie, które nie mają oporności.

POSTARAJMY SIE TERAZ TEŻ SKOPIOWAĆ PYTANIA, BĘDZIE NA EWENTUALNĄ POPRAWĘ W PRZTSZŁYM SEMESTRZE...więcej optymizmu!! :)

1. które z poniższych stwierdzen dotyczących zasad występujących w DNA sa z godne z modelem Watsona-Cricka?

a – związek zasady purynowej z deoksyryboza jest nukleotydem – NIE, bo nukleozydem

b – zmienna czescia DNA jest sekwencja pieciu rodzajow zasad – NIE, bo 4

c – kolejność zasad w czasteczkach DNA stanowi inf. genetyczna

d – zasady purynowe i pirymidynowe znajduja się wewnątrz helisy i ich plaszyczyzny sa w ÌprÌzyÌblÌiżÌeniu prostopadle do jej osi

e – G paruje z C poprzez 3 wiaz. wodorowe

f – w dsDNA zasada purynowa zawsze tworzy pare z zasada purynowa, a pirymidynowa z pirymidynowa – NIE, bo puryna tworzy z pirymidyna i odwrotnie

2. które z poniższych stwierdzen dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego m-cami restr. Pst, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, sa prawdziwe? Zwroc uwage, ze wektor pBR322 zawiera geny (kolor niebieski i czerwony) nadające bakteriom oporność na 2 antybiotyki – ampicyline (Amp^R) i tetracykline (Tet^R):

a – wlaczenie insertu do wektora w miejsce Pst nie ma sensu, ponieważ przerywa ciągłość genu Amp^R niezbednego do przezycia komorek na podlozu z ampicylina – zalezy, czy chodzi nam o dobro bakterii, czy o eksperyment pokusiłabym sie o zaznaczenie tej odpowiedzi według sztrejera “instercja w miejsca HindIII ,SalI, BamIII inaktywuje gen opornosci na tetracykline” nie ma nic napisane o wstawianiu insertu na PstI moze nei bez powodu. Też wydaje mi się że to jest poprawne ;) bo skoro wstawiamy inserty w pozycje inaktywujace opornosc na tetracykline to jak wstawimy w pstI to nastapi inaktywacja opornosci na ampiycyline, na niemieckiej wiki jest cos takiego napisane...mi tezsie wydaje ze jest poprawne NA 100% TO JEST ŹLE, SPRAWDZONE U ORŁOWSKIEGO NA KONSULTACJACH

b – żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

c – na podlozu z ampicylina zgina tylko te komorki, które pobraly wektor zawierajacy insert oraz te, które nie ulegly transformacji - te, które nie ulegly transformacji = nie pobrały wektora, wiec nie maja oporności na antybiotyki

d – aby z pomoca genow markerowych Amp i Tet wyselekcjonowac komorki, które zawieraja wektor z wlaczonym insertem konieczne jest wykonanie repliki … z podloza zawierającego tetracykline na podloze zawierające oba antybiotyki – konieczne? Można tez od razu na 1 plytke z ampicylina co z tym???? mi się wydaję, że jest konieczne, ponieważ najpierw na podłożu z tetracykliną eliminujemy komórki, które w ogóle nie pobrały tego wektora, a na podłożu z oboma antybiotykami zginą tylko te, które pobrały wektor z insertem.Przecież mają wektor z włączonym insertem-czyli nie są odporne na ampicyline, tak? to jak je damy na podłoże w którym jest, to one zginą...to wtedy ich nie wyselekcjonujemy...??? wyselekcjonować można je np. metodą płytek odciskowych (wtedy na podłożu z ampicyliną zginą prawda, ale taki sam układ będzie na drugiej płytce i będzie wiadomo, które są te co pobrały insert) ze Stryera: Komróki zawierające wektor z insertem SĄ oporne na ampicylinę a wrażliwe na tetracyklinę tak, ale w książce jest odwrotny przykład, tam jest insert w miejscu genu oporności na tetracyklinę. A nie można od razu dać na płytke z tetracykliną? TO JEST DOBRZE W 100% SPRAWDZONE U ORŁOWSKIEGO

e – na podlozu zawierającym oba antybiotyki zgina tylko te komorki, które pobraly wektor zawierajacy insert – NIE, bo zgina tez te, które w ogole nie pobraly wektora

f – na podlozu z tetracyklina zgina wszystkie komorki, które pobraly wektor – NIE, zgina te, które w ogole nie pobraly wektora. A nie te które własnie pobrały wektor, bo on świadczy o oporności? Niechaj ktoś to wytłumaczy :( nie może zabić komórek to, na co są odporne - wektor ten jest “na zasadzie tarczy” albo kamizelki kuloodpornej - ochrania je przed danym antybiotykiem by na nie nie działał - a więc by nie ginęły. dzięki! :) spoko ;p

3. które z ponizszych stwierdzen dotyczących retrowirusow sa prawdziwe?

a – odwrotna transkryptaza syntezuje DNA i jako matryce wykorzystuje wirusowe dsDNA – NIE, matryca jest RNA

b – w pewnej fazie infekcji komorki przez retrowirusa powstaje etap, w którym tworzona jest hybryda RNA-DNA

c – retrowirusy wykorzystuja odwrotna transkryptaze wystepujaca w komorkach eukariotycznych do zmiany metabolizmu zainfekowanej kom,orki – NIE, odwrotna transkryptaza jest wprowadzana do komorki eukariotycznej wraz z wirusem

d – odwrotna transkryptaza retrowirusow wykazuje aktywność polimerazy DNA zaleznej od DNA – NIE, aktywność polimerazy DNA zaleznej od RNA mają też aktywność DNA od DNA, RNA od RNA czyli to jest raczej dobrze?

e - odwrotna transkryptaza retrowirusow wykazuje aktywność replikazy RNA – NIE, ma akt. polimerazy DNA zaleznej od RNA (enzym replikaza RNA to polimeraza RNA zależna od RNA)

f – w przepływie inf. genetycznej u retrowirusow istnieje etap, w którym tworzone jest dwuniciowa helisa DNA, która zostaje wlaczone w strukture chromosomu gospodarza – jakby było wbudowane, to byloby zle? Wbudowane=na stale czym sie rozni slowo wbudowana od właczona WTF jak widać się różni ;P

4. które z poniższych stwierdzen dotyczących liczb opisujących właściwości konformacyjne i topologiczne DNA sa prawdziwe?

a – Wr to liczba skrętów DNA – NIE, to liczba zwojow

b – liczba oplecen mowi ile razy jedna nic oplata prawoskrętnie os DNA – NIE, mowi nam ile razy jedna nic DNA oplata prawoskrętnie druga nic DNA. Określa ile razy nić DNA owija się prawoskrętnie wokół osi helisy, sprowadzonej do prostej leżącej na płaszczyźnie to powinno bys dobrze Staryer: Lk okresla ile razy nic DNA owija sie prawoskretnie wokol osi helisy! czyli dobrze bo DNA to helisa tak?????? No własnie źle. wokół osi helisy sprowadzonej do prostej leżącej na płaszczyźnie a nie osi DNA lol

c – Tw to liczba oplecen DNA – NIE, to liczba skrętów

d – liczba oplecen jest topologiczna właściwością DNA

e – liczba Wr mowi ile razy os helisy DNA oplata prawoskrętnie sama siebie jak dla mnie to nie do konca jest prawda poniewaz nie musi oplatac prawoskretnie; wr<0- prawoskretnie, wr>0- lewoskretnie, i jest cos takiego jak Z-DNA i ono jest lewoskretne…?? tez uwazam, ze to jest zla odpowiedz! Wr jest miarą zwinięcia osi dwuniciowej helisyi moze bys prawoskretnie i lewoskretnie :) Tak ta odpowiedź jest zła na pewno. To jest na 100% dobrze, bo spisałam to zdanie z prezentacji u Bielskiej i mówiła, że w stryerze to jest źle opisane i żeby sugerować się tym co ona nam wyświetliła. Dała czas na spisywanie tego ^^

f - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

5. które z poniższych stwierdzen dotyczących trzech enzymow A, B oraz C, których aktywności przedstawiono schematycznie na rysunku, sa prawdziwe?

A – akt. polimerazy, B – akt. odwrotnej transkryptazy, C – akt. kinazy

a - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

b – istnieje co najmniej 1 grupa enzymow, które wykazuja zarówno aktywnosc A, jak i akt. B

c – enzym B wykazuje aktywność polimerazy RNA zaleznej od DNA – NIE, akt. polimerazy DNA zal. od RNA

d – kinaza polinukleotydowa wykorzystywana jest do przeprowadzana reakcji C ??

e – niektóre enzymy wykazujące aktywnosc A sa stosowane w metodzie PCR

f - niektóre enzymy wykazujące aktynowsc B sa stosowane w metodzie Sangera - nie, polimeraza DNA tutaj sobie działa

6. które z poniższych stwierdzen nt. plazmidow uzywanych do transformacji komorek E.coli sa prawdziwe?

a – plazmidy maja zdolność autonomicznej replikacji w komorce gospodarza dzieki sekwencji zazn. na rys. jako ORI – w sumie gdyby nie było ori, nie byloby replikacji w ogole

b – plazmidy pelnia funkcje wektorow dla czasteczek DNA

c – plazmidy nie mogą być mniejsze niż ok. 100kpz, ponieważ tylko b. duze czast. DNA sa zdolne do wnikania do komorki bakteryjnej – NIE, nie mogą być zbyt duze

d – plazmidy sa czasteczkami kolistymi, które poddaje się linearyzacji w obrebie sekwencji oznaczonych na rys. jako MCS w celu wlaczenia innego DNA – NIE, w MCS się klonuje

e - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

f – ORI jest to element genetyczny unikalny dla każdego wektora (tzw. origin…) pozwalajacy odróżnić od siebie komorki, które ulegly transformacji roznymi wektorami – NIE, ORI to miejsce startu replikacji

7. które z ponizszych stwierdzen dotyczących elektroforezy fragmentow restrykcyjnych sa prawdziwe?

a – elektroforeza w pulsującym polu elektrycznym (PFGE) nadaje się szczególnie do rozdzialu b. krotkich czast. DNA – NIE, do długich

b – zele agarozowe bardziej nadaja się do rozdzialu b. dlugich fragmentow restr. niż zele poliakryloamidowe

c – elektroforeza zelowa może być wykorzystywane także do rozdzialu czasteczek o długości milionow pz, w tym chromosomow “może być wykorzystywana do rozdzielenia większych fragmentów o długości nawet 20kpz” str 136. 20kpz=20 000pz, to nie daje nam milionów pz! Gdyby tu było elektroforeza w pulsacyjnym polu elektrycznym byłoby ok tez tak myslalam jak ty ale doczytalam ze PFGE jest elektroforeza zelowa przeciez. czyli zle? czyli dobrze ale jest napisane w ksiazce:...mozna rozdzielac cale chromosomy zawierajace miliony nukleotydow….’’ ?Chromosom ma 150-50 milionów par zasad wiec i tak sie zgadza, no ale ma byc elektroforeza w zelu pulsującym a chyba nie kazda elektroforeza zelowa jest tez pulsacyjna!!!!!??? a GDZIE TU JEST NAPISANE ZE każda elektroforeza żelowa jest pełno pytań z totalnie debilnymi odpwiedziami lepiej wziac sie za nie niz rozgrzebywac 100000 razy jeden podpunkt w zadaniu

d – wysoka zdolność rozdzielcza zeli poliakryloamidowych pozwala rozdzielic fragmenty restr., których długość rozni się tylko jednym nukleotydem na kilkaset wchodzących w ich sklad

e - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

f – ruchliwość elektroforetyczna fragmentu DNA jest do pewnych granic wprost proporcjonalna do logarytmu długości tego fragmentu wyrazonej liczba pz – NIE, jest odwrotnie proporcjonalna do logarytmu długości czasteczki

8. eksperymentator wyizolowal DNA genomowe oraz mRNA z mozgu, nerki oraz miesni szkieletowych szczura wędrownego. Nastepnie przygotowal odpowiednie biblioteki genomowe oraz biblioteki cDNA z każdego z tych narządów w tym samym plazmidzie. Które z poniższych stwierdzen nt. uzyskanych bibliotek sa prawdziwe?

a – to, jakie rozne sekwencje DNA zawarte sa w każdej z uzyskanych bibliotek zalezy np. od wieku, trybu zycia, diety oraz temperatury chowu zwierzecia komórki produkują różne białka w zależności od potrzeb i dzięki temu biblioteki są zróżnicowane to nie powinno być właśnie dobrze?

b - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

c – szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolnie wybrane bialko szczurze jest identyczne w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA źle

d - – szansa odnalezienia klonu sekwencji kodującej bialko występujące tylko w mozgu jest wyzsza w bibliotece cDNA mozgu niż w bibliotece genomowej z tego organu z powodu znacznie mniejszej liczby roznych klonow zawartych w tej pierwszej ???? to było źle bo ja to zaznaczylam na swoim tescie i bylo na czerowno potwierdzam, u mnie też było na czerwono nie ogarniam już co prowadzący mieli na myśli :/ tu chyba róznica jest w większa/mniejsza szansa i tym razem chyba ok

e – kazda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierac wieksza liczbe roznych klonow DNA niż kazda z bibliotek genomowych genomowa powinna zawierać większą liczbę

f - kazda z uzyskanych bibliotek genomowych powinna zawierac bardzo zblizona liczbe roznych klonow DNA nie, genomowa większą ilość

9. które z ponizszych stwierdzen dotyczących telomerow i telomerazy sa prawdziwe?

a – telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy (polimeraza DNA zależna od RNA)

b – po usunieciu startera nic opozniona ma niekompletny koniec 5’ i kazda nastepna runda transkrypcji skraca chromosom

c – telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń szescionukleotydowej sekwencji

d – telomeraza jest polimeraza DNA zalezna od RNA i wykorzystuje jako matryce zewnętrzne odcinki RNA chromosomow dlaczego to nie? sądzę, że dlatego że działa na tym chromosomie na którym jest telomer a nie na jakimś innym..

e – sekwencje telomerow bogate sa w nukleotydy zawierające guanine –>np( TTAGGG) telomeraza ma w sobie matrycę bogatą w Cytozyne ! DLACZEGO DAL KTOS ZE ZLE???? NIEROB TAK WIECEJ s. 807 stryer

f – telomeraza rozwiazuje problem replikacji końców liniowych chromosomow dzieki swej nietypowej aktywności polimerazowej w kierunku 3’ -> 5’ – rozwiazuje problem, ale czy dzieki tej aktywności? stryer 807, “replikacja koncow liniowych czasteczek DNA stanowi dla komorki problem, do ktorego rozwiazania potrzebny jest specjalny enzym. Wielką trudnością jest całkowite powielenie DNA na koncach chromosomów, ponieważ polimerazy DNA syntetyzuja lancuch polinukleotydowy jedynie w kierunku 5’->3’.” czyli aktywność NIEPOLIMERAZOWA, czyli ŹLE.

10. które z ponizszych stwierdzen dotyczących enzymow restrykcyjnych sa prawdziwe?

a – sluza komorce do rekombinacji wlasnego DNA zwiększając w ten sposób zmienność vgenetyczna komorki, nie bo tną obce DNA, własne zabezpieczone sa metylacja

b – sa bardzo rozpowszechnione zarówno w komorkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych

c – mogą służyć komorce do degradowania wirusowego DNA – jeśli chodzi o komorki bakteryjne

d – większość z nich wiaze się z sekwencjami palindromowymi na DNA no i właśnie tu mi nie pasuje słowo “większość” bo w książce jest napisane że wszystkie tak wywnioskowałam wikipedia mowi ze wieszosc tzn sa innewiazace sie inaczej czyli chyba dobrze, przecież zawsze znajdzie sie jakiś wyjątek ;p

e – przecinając czasteczki DNA enzymy te zawsze tworza konce kohezyjne (lepkie), dzieki czemu mogą być stosowane w technikach rekombinacji DNA – NIE, nie zawsze lepkie, mogą tez tworzyć tępe konce

f – mogą być uzyte do stworzenia charakterystycznego wzoru nazywanego „odciskiem dloni” (tzw. handprint) czasteczki DNA – NIE, chodzi o odcisk palca fingerprint

11. które z ponizszych stwierdzen nt. przepływu informacji genetycznej sa prawdziwe?

a – bialka rybosomalne powstaja w wyniku translacji rRNA, NIE, jeszcze białka

b - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

c – najbardziej oszczędnym energetycznie sposobem regulacji ekspresji inf. genetycznej jest regulacja transkrypcji genow co z tym?DOBRA ODP

d – szczególnie wysoka wierność transkrypcji osiagana jest dzieki polimerazom RNA, ponieważ posiadaja one aktywność egzonukleazowa 5’ -> 3’ – NIE, bo polimerazy RNA nie maja aktywności egzonukleazowych MAJĄ AKTYWNOŚĆ EGZONUKLEAZOWĄ ALE 3’-5’

e – synteza nici RNA na matrycy RNA retrowirusowego jest przykładem procesu odwrotnej transkrypcji – NIE, bo synteza DNA na matrycy RNA to odwrotna transkrypcja

f – odwrot na replikaza RNA prowadzi synteze RNA na matrycy RNA – odwrotna transkryptaza (rwwertaza) prowadzi synteze DNA na matrycy RNA, replikaza prowadzi synteze RNA na matrycy RNA

12. które z ponizszych stwierdzen dotyczących schematu widelek replikacyjnych e E.coli na rysunku jest prawdziwe?

a - poszczególne numery oznaczaja: 1 – nic wiodaca, 2 – bialko wiążące ssDNA, 3 – helikaza, 4 – prymosom, 5 – polimeraza DNA I, 6 – ligaza DNA, 7 – fragment Okazaki, 8 – holoenzym polimerazy DNA III, 9 – nic opoznionag

b - poszczególne numery oznaczaja: 1 - nic opozniona, 2 – helikaza, 3 - bialko wiążące ssDNA, 4 – prymosom, 5 – ligaza DNA, 6 – holoenzym polimerazy DNA I, 7 - nic opozniona, 8 – polimeraza DNA III, 9 – fragment Okazaki

c - poszczególne numery oznaczaja: 1 – nic opozniona, 2 – bialko wiążące ssDNA, 3 –prymosom, 4 – helikaza, 5 – polimeraza DNA I, 6 – ligaza DNA, 7 – fragment Okazaki, 8 – holoenzym polimerazy DNA III, 9 – nic opozniona

d - poszczególne numery oznaczaja: 1 – nic opozniona, 2 – bialko wiążące ssDNA, 3 – helikaza, 4 – prymosom, 5 – polimeraza DNA I, 6 – ligaza DNA, 7 – fragment Okazaki, 8 – polimeraza DNA I, 9 – nic wiodaca

e – poszczególne numery oznaczaja: 1 – nic wiodaca, 2 – bialko wiążące ssDNA, 3 – helikaza, 4 – prymosom, 5 – ligaza DNA I, 6 – holoenzym polimerazy DNA I, 7 – nic opozniona, 8 – polimeraza DNA III, 9 – fragment Okazaki

f - poszczególne numery oznaczaja: 1 – nic wiodaca, 2 – bialko wiążące ssDNA, 3 – helikaza, 4 – prymosom, 5 – holoenzym polimerazy DNA III, 6 – ligaza DNA, 7 – fragment Okazaki, 8 – polimeraza DNA I, 9 – nic opozniona

13. eksperymentator przeprowadzil sekwencjonowanie jednoniciowej czasteczki DNA metoda Sangera i otrzymal wynik w postaci autoradiogramu przedstawionego poniżej. W każdym z 4 sladow rozdziałowi poddano mieszanine reakcyjna zawierajaca odpowiedni analog ddNTP. Strzalka przedstawia kierunek elektroforezy. Która z podanych sekwencji odpowiada matrycowej nici DNA poddanej sekwencjonowaniu?

Od dołu: CGCGAGTT, matrycowa do niej: 3’ GCGCTCAA 5’, matryca zapisana 5’ -> 3’: AACTCGCG

a – CGCGAGTT

b – żadna z podanych sekwencji nie odpowiada szukanej nici DNA

c – TTGAGCGC

d – AACCCTGG

e – GCGCTCAA

f – AACTCGCG

14. wybierz prawdziwe dokończenie następującego zdania. Polimeraza DNA I rozni się od polimerazy RNA z E.coli tym, ze:

a – nie wymaga startera – NIE, bo wymaga startera

b – katalizuje tworzenie wiazan fosfodiestrowych tylko wtedy, gdy zasada przylaczanego nukleotydu jest komplementarna do zasady w lancuchu stanowiącym matryce – dotyczy obu, więc to nie różnica

c – umozliwia synteze lancucha DNA poprzez atak nukleofilowy grupy hydroksylowej 3’ rosnącego lancucha na atom fosforu w pozycji α odpowiedniego dNTP Znalazłam ze “umożliwia tą synteze przez atak nukleofilowy gr hydroksylowej na grupe fosforanowa alfa trifosforanu nukleozydu ktory bd właczony do nici” wiec wsumie niby sie zgadza ale ten atom fosforu mi cos nei pasuje

d – wydluza rosnący lancuch w kierunku 5’ -> 3’ – dotyczy obu (kierunek wiązania 3’ -> 5’, łańcuch narasta 5’ -> 3’)

e – zamiast UTP wymaga dTTP

f – wykorzystuje jako matryce cząsteczkę DNA zamiast RNA – polimeraza RNA tez może mieć DNA za matryce

Punkty: 2

Które ze stwierdzeń na temat związków, których wzory przedstawiono na rysunku, są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź. Jakie związki były tutaj narysowane, pamięta ktoś?były właśnie zasady nie pamiętam kolejności ale dobrze kojarzyć wzory

a. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawdziwe.

b. Związek 3 występuje zarówno w DNA, jak i w RNA.

c. Związek 1 to adenina.

d. Wzory 1, 3 i 4 przedstawiają pirymidyny, a wzory 2, 5 i 6 – puryny.

e. Związek 6 to tymina.

f. W DNA związek 2 może powstać spontanicznie ze związku 5. Czy jakaś zasada azotowa może powstać spotkanicznie z innej?! może chodzi tu o to że C może deaminować do U, chyba tak i T może powstawać w wyniku metylacji C z tym,że nie spontaniczie

Częściowo poprawny

Ocena dla tego zadania: 1/2.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mutacji genów są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Hipoksantyna tworzy parę z tyminą. “ adenina w wyniku deaminacji przekształca się w hipokasantyne….. hipoksantyna tworzy chętniej wiązania z wodorowe z C niż z T “ str.809

b. Guanina ulega deaminacji oksydacyjnej do ksantyny. (str. 768 czerwony)

c. Zamiana zasady purynowej na purynę jest przykładem tranzycji. Tranwersja:pur=>pir

d. Metylacja cytozyny w pozycji C-5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji. metylacja cytozyny c-5 zapobiega działaniu enzymów restrykcyjnych...

e. Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe pomiędzy dwiema niciami DNA.switlo wplywa raczej na rozerwanie, a nie na powstawanie ⇐=====s810 L.S. powstają dimery np tyminowe połączone wiazaniem kowalencyjnym indukowane światłem UV nie jednak to jest źle bo powinno być na 1 nici DNA!!! W JEDNYM łańcuchu, czyli źle

f. Transwersja jest jednym z rodzajów delecji. tu bedzie tranzycji?? jest jednym z rodzajow substytucji!
tranzycja i transwersja sa przykladami substytucji

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/2.

Punkty: 2

Które z poniższych zdań dotyczących kodu genetycznego są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Sekwencja zasad jest odczytywana kolejno, poczynając od określonego miejsca startowego.

b. W standardowym kodzie genetycznym istnieje 61 kodonów dla 20 aminokwasów, a jeden kodon złożony jest z 3 nukleotydów. źle, ponieważ istnieją 64 kodony (,, w istocie 61 spośród 64 trypletów określa poszczególne aminokwasy” to może zmylić, ale istnieje 64 trzy pozostałe kodony są sygnałami terminacji syntezy łańcuchów polipeptydowych ) tak ale 3 kodony stop nie kodują żadnego aminokwasu więc według mnie prawda

c. Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów. źle, ponieważ kod genetyczny jest prawie uniwersalny

d. Mutacja w sekwencji końca 5' cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas. (prawdą jest, że dany kodon STOP w mRNA może być rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas np. mitochondria człowieka odczytują UGA jako kodon tryptofanowy, a nie jako sygnał STOP) a co do pierwszej części zdania nic nie widziałam na ten temat co Wy na to? a to nie jest tak że koniec 5’ jest fosforylowany i on nie odpowaida za rozpoznawanie kodonów?

e. W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane

degeneracją kodu genetycznego. ( kod genetyczny jest zdegenerowany to chyba na jedno wychodzi)degeneracja oznacza ze jeden AMINOKWAS moze być kodowany przez jeden 2 lub 3 lub wiecej kodonów a to co tu jest opisane swiadczy tylko o tym ze nie jest uniwersalny

f. Znakami przestankowymi w kodzie genetycznym są zwykle cytozyny metylowane przy C-5. kod genetyczny nie ma znaków przestankowych!!!!!

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/2.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kwasów nukleinowych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. W RNA, obok standardowych wiązań fosfodiestrowych 3’-5’, występują przejściowo również wiązania 2’-5’ fosfodiestrowe. źle? nic nie ma na temat wiązań 2’-5’ fosfodiestrowych ? a w RNA? w RNA sa! skad taka informacja w ksiazce nie ma i w necie nie widze? jest o tym napisane w 4 lub 5 rozdziale :)

b. Ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 3’. nie zawiera, ma 2’oh dlatego A jest poprawne to też powinno być poprawne moim zdaniem, bo nie zawiera 3’OH, czyli się zgadza.. ryboza ma 3’OH ludzie ...ryboza ma same OH przecież! to zadanie to oczywisty fałsz, zobacz wzór http://www.chemia.dami.pl/wyzsza/rozdzial_XIII/grafika7/nukleotyd7.gif jakby ktoś dalej miał wątpliwości...

c. Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA. tworzy hybryde DNA-RNA helise tez tworzy? tak, helise A-DNA dokladnie.

d. Temperatura topnienia DNA zależy od długości cząsteczki tego DNA w sposób odwrotnie proporcjonalny. zalezy ale proporcjonalnie!!!!

e. Deoksyryboza zawiera grupę hydroksylową 3’.

f. Podczas rozplatania dwuniciowej helisy DNA pod wpływem wzrostu temperatury następuje

wzrost absorbancji DNA przy długości fali 260 nm, co nazywamy efektem hipochromowym. -hiperchromowy?? tak. przejście z ssDNA do dsDNA, spadek absorbancji = hipochromowy. Przejście z dsDNA do ssDNA, wzrost absorbancji= hiperchromowy

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/2.

19 Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących schematu widełek replikacyjnych u E. coli na rysunku jest prawdziwe?

Wybierz odpowiedź

a. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić wiodąca. ŹLEk

b. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona.

c. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.

d. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-helikaza, 3-białko wiążące jednoniciowy DNA, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.

e. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-prymasom, 4-helikaza, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona.

f. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-holoenzym polimerazy DNA III, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić opóźniona.

Poprawnie

Ocena dla tego zadania: 2/2.

Punkty: 4

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Eksperyment ten wymaga zastosowania ligazy DNA tylko na etapie „C”.

b. Eksperyment ten wymaga egzonukleazy do usunięcia końców DNA z substratu w reakcji „A”.

c. Na etapie „C” eksperyment ten wymaga zastosowania między innymi kinazy polinukleotydowej.

d. Na etapie „A” eksperyment ten wymaga zastosowania metody PCR. ?

e. Eksperyment ten wymaga zastosowania endonukleazy PstI na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/4.

CZY KTOŚ PAMIĘTA JAKAS DOBRA ODPOWIEDZ???

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zasad występujących w DNA są zgodne z modelem Watsona-Cricka?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Kolejność ułożenia pierścieni deoksyryboz względem grup fosforanowych w cząsteczkach DNA stanowi informację genetyczną. źle ( informacje genetyczną stanowi kolejnosc zasad)

b. W dwuniciowym DNA zasada purynowa zawsze tworzy parę z zasadą pirymidynową a pirymidynowa z purynową.

c. Związek zasady purynowej z deoksyrybozą jest nukleozydem.

d. Zmienną częścią DNA jest sekwencja czterech rodzajów zasad.

e. Zasady purynowe i pirymidynowe znajdują się wewnątrz helisy i ich płaszczyzny są w przybliżeniu równoległe do jej osi. źle Strayer ,,płaszczyzny zasad są niemal prostopadłe do osi helisy” !!
f. Adenina paruje z guaniną poprzez 3 wiązania wodorowe.

źle! adenina paruje z tyminą ( 2 wiazania), a guanina z cytozyną (3 wiazania) :)

Częściowo poprawny

Ocena dla tego zadania: 2/3.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zjawiska homologii genów kodujących białka są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Dowolne dwa geny występujące u tego samego gatunku nazywamy homologami. dwa geny od wspólnego przodka by było dobrze a to nie jest dobrze bo sa to paralogi, a paralogi to homologii? nie, bo DOWOLNE 2 geny nie muszą być paralogami

b. Dwa homologiczne względem siebie geny występujące u tego samego gatunku są najprawdopodobniej swoimi ortologami. ortologi to homologi w odrębnych gatunkach Paralogami prawda

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Jeśli dwa geny są względem siebie ortologami to oba pochodzą od wspólnego przodka genowego.

ortologi i paralogi są homologami czyli pochodzą od wspólnego przodka, hm? jesli sa paralogami to wspolny przodek , jesli ortologami wspolna funkcja kazda wikipedia Ci to powie

strayer, strona 165 mówi co innego (zielony) no to jaka jest roznica miedzy paralogiem a ortologiem ?? napewno to jest zle bo tu ma byc paralog

wg strayera: ‘paralogi są homologami występującymi w obrębie jednego gatunku, często różnią się szczegółami w swoich funkcjach biochemicznych. Ortologi są homologami występującymi w różnych gatunkach i spełniają podobne lub identyczne funkce biochemiczne’

a wyżej jest napisane: ‘mówimy że dwie cząsteczki są homologiczne jeśli pochodzą od jednego przodka’

kolejny cytat: cząsteczki homologiczne, inaczej homologi, możemy podzielić na dwie klasy.’ - następnie są opisane paralogi i ortologi.

no wiec własnie!! napisalas potwierdzenie ze to jest zle. sa homologiczne ale orologii wystepuja w roznych gatunkach!!! a pisze ze pochodza od wspolnego przodka

Nie ogarniam tego już….jest zle patrz punkt b i komentarz tez, masz racje zwracam

Że są w różnych gatunkach wcale nie świadczy że nie mogą pochodzić od jednego przodka

e. Jeśli dwa geny wykazują ponad 90% identyczności sekwencji nukleotydowej to najprawdopodobniej powstały na drodze ewolucji konwergentnej. dywergentnej?

f. Jeśli dwa geny są względem siebie paralogami to są swoimi homologami.

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/2.

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących naprawy DNA są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Za usuwanie dimerów tymin w komórkach E. coli jest odpowiedzialne białko uvrABC będące fotoligazą. zle

b. Błędnie sparowane nukleotydy u E. coli rozpoznaje białko MutS.

c. Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA może podlegać naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy. źle pojawia sie cytydyna (uracyl ÌpoÌjÌaÌwÌiÌaÌ Ìsie spontanicznie w wyniku deaminacji hydrolitycznej cytozyny)

d. Ostatnim etapem naprawy DNA jest połączenie odpowiednich końców DNA przez ligazę DNA.

e. Puste miejsca powstałe w wyniku wycięcia uszkodzonego DNA wypełnia w komórkach E. coli polimeraza DNA III. polimeraza I

f. Koniec 5’-OH uszkodzonej nici jest starterem syntezy brakującego fragmentu DNA. znalazłam 3’

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/3.

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących trzech enzymów, A, B oraz C, których aktywności przedstawiono schematycznie na rysunku, są prawdziwe?

A – akt. polimerazy, B – akt. odwrotnej transkryptazy, C – akt. kinazy

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Enzymy wykazujące aktywność „B” są stosowane do znakowania DNA radioaktywnym izotopem fosforu. wykazujące aktywność A

b. Enzym „A” wykazuje aktywność polimerazy RNA zależnej od DNA. polimerazy DNA zależnej od DNA. A nie czasem RNA zależnej od RNA? DNA zależnej od RNA!

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie Sangera.

e. Istnieje co najmniej jedna grupa enzymów, które wykazują zarówno aktywność „A”, jak i aktywność „C”. A i B chyba...

f. Fosfataza wykazuje aktywność enzymatyczną przedstawioną na schemacie „B”. zle? Źle, bo musiałaby być defosforylacja

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/4. czy u wszystkich były takie same rysunki??

Punkty: 4

Eksperymentator przeprowadził sekwencjonowanie jednoniciowej cząsteczki DNA metodą Sangera i otrzymał wynik w postaci autoradiogramu przedstawionego poniżej. W każdym z czterech śladów rozdziałowi poddano mieszaninę reakcyjną zawierającą odpowiedni analog ddNTP. Strzałka przedstawia kierunek elektroforezy. Która z podanych sekwencji odpowiada matrycowej nici DNA poddanej sekwencjonowaniu?

Wybierz odpowiedź

a. Żadna z podanych sekwencji nie odpowiada szukanej nici DNA. (AACTCGCG)

b. AAGTGCGC

c. TTGAGCGC

d. CGCGTGAA

e. TTCACGCG

f. GCGCACTT

Poprawnie

Ocena dla tego zadania: 4/4.

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego miejscami restrykcyjnymi PstI, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, są prawdziwe? Zwróć uwagę, że wektor pBR322 zawiera geny (kolor niebieski i czerwony) nadające bakteriom oporność na dwa antybiotyki – ampicylinę (AmpR) oraz tetracyklinę (TetR).

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Na podłożu z tetracykliną zginą wszystkie komórki, które pobrały wektor. które nie przyjeły wektora

b. Na podłożu zawierającym oba antybiotyki zginą tylko te komórki, które pobrały wektor zawierający insert oraz te, które nie uległy transformacji. ( nie pobraly wektora)

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Gdyby insert ograniczony był miejscami EcoRI, to do poprawnego wykonania eksperymentu należałoby przeciąć wektor enzymem EcoRI, zamiast PstI. Przecięcie fragmentu w tym miejscu nie wpływa na geny opornosci na antybiotyki, a co znaczy poprawne wykonanie eksperymentu???

e. Na podłożu z ampicyliną zginą tylko te komórki, które pobrały pusty wektor (bez insertu). ?????????? “komórki które przyjeły wektor bez insertu sa oporne na oba antybiotyki” i te co nie pobraly wcale wyzej w zadaniu uzasadnienie

f. Włączenie insertu do wektora w miejsce PstI nie ma sensu, ponieważ przerywa ciągłość genu AmpR, niezbędnego do przeżycia komórek na podłożu z ampicyliną. a co z tym???/

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/4.

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów restrykcyjnych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Mogą służyć do degradowania bakteriofagowego DNA. ,,nie degradują komórkowego DNA gospodarza, ponieważ miejsca rozpoznawane przez własne enzymy restrykcyjne są zmetylowane” To chyba powinno być ok? od kiedy bakteriofag jest gospodarzem?

Enzymy restrykcyjne naturalnie występują u bakterii i sinic, stanowiąc element tzw. systemu "restrykcji-modyfikacji". System ten chroni komórkę przed wnikaniem obcego DNA (np. DNA bakteriofagów). wiec chyba dobrze! a co sadzicie o tym?? haha kocham te pytania! JA MYSLE ZE DOBRZE

b. Są charakterystyczne dla GMO i nie występują w komórkach żywych. to chyba też źle! występują u prokariotów tak, źle

c. Mogą być użyte do stworzenia charakterystycznego wzoru nazywanego „odciskiem stopy” (tzw. footprint) cząsteczki DNA. źle! powinno być odcisk palca fingerprint

d. Większość z nich wiąże się z sekwencjami palindromowymi na DNA. większość czy wszystkie?

e. Niektóre enzymy przecinają jednoniciowe, a inne dwuniciowe cząsteczki DNA. kto to zaznaczyl i moze potwierdzic bo znalazłam w internecie “notatki ze studiow” brak specyficznosci dla jednoniciowego DNA wiec to byłaby błędna odp ? Ja znalazłam w Stryerze że enzymy restrykcyjne rozcinają obie nici DNA!str 144 w czerwonym, poza tym jest mnóstwo obrazków ilustujacych miejsce cięcia i są tam dwie nici . wlasciwie to znalazlam ze nie ma specyficznosci dla 1 niciowego a wytlumaczenie otrzymalam ze odp jest poprawna bo rozcina 2 nici mi się wydaje że tylko dwuniciowe DNA...bo przecież musi być PODWÓJNA symetria

f. Służą do degradowania własnego DNA uszkodzonego w wyniku działania czynnika mutagennego. o tym nie mam pojęcia????!!!!! dalabym raczej, ze zle, bo pisze, ze nie degraduja komorkwego DNA gospodarza

Częściowo poprawny

Ocena dla tego zadania: 1.5/3. SA 2 ODPOWIEDZI POPRAWNE OBSTAWIALABYM A I D

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń na temat metody PCR są prawdziwe?

a. Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji zarówno jednoniciowych, jak i dwuniciowych matryc DNA. tylko dwuniciowe

b. Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest holoenzym polimerazy DNA III z E. coli. źle termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus, nazywana polimerazą Taq

c. Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem. nie wiem macie coś na ten temat? stryer str. 148 rozdział 5 jeśli przeczytacie na czym polega mutageneza sterowana przez oligonukleotydy to proces jej przeprowadzenia bardzo przypomina reakcje PCR, moim zdaniem to jest poprawna odpowiedź

d. Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów. nie

e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

f. Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające).

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/3.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących elektroforezy fragmentów restrykcyjnych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Elektroforeza żelowa może być wykorzystana także do rozdziału cząsteczek o długości milionów par zasad, w tym - chromosomów. zle pulsacyjna pulsacyjna to rodzaj żelowej...ALE NIE KAZDA ZELOWA TO PULSACYJNA, ale jest TAKŻE wiec się zgadza

b. Ruchliwość elektroforetyczna fragmentu DNA jest do pewnych granic odwrotnie proporcjonalna do logarytmu długości tego fragmentu, wyrażonej liczbą par zasad.

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Żele agarozowe lepiej nadają się do rozdziału krótszych fragmentów restrykcyjnych niż żele poliakryloamidowe. (długich)

e. Elektroforeza w pulsującym polu elektrycznym (PFGE, ang. pulsed-field gel electrophoresis) nadaje się szczególnie do rozdziału bardzo krótkich cząsteczek DNA.

f. Wysoka zdolność rozdzielcza żeli poliakryloamidowych pozwala rozdzielać fragmenty restrykcyjne, których długość różni się tylko jednym nukleotydem na kilkaset wchodzących w ich skład.

Częściowo poprawny

Ocena dla tego zadania: 0.67/2.

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących telomerów i telomerazy są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy.

b. Telomeraza rozwiązuje problem replikacji końców liniowych chromosomów dzięki swej nietypowej aktywności polimerazowej w kierunku 3’→5’. NIEWIEM źle! aktywność odwr transkr

c. Telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń sześcionukleotydowej sekwencji.

d. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA i wykorzystuje jako matrycę zewnętrzne odcinki RNA chromosomów. nie, środkowe

e. Po usunięciu startera nić opóźniona ma niekompletny koniec 3’ i każda następna runda transkrypcji skraca chromosom. (niekompletny koniec 5’)

f. Telomeraza jest enzymem deoksyrybonukleoproteinowym, w którego skład wchodzi cząsteczka ssDNA. bo Telomeraza – enzym rybonukleoproteinowy

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/3.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących liczb opisujących właściwości konformacyjne i topologiczne DNA są prawdziwe?

a. Liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić oplata lewoskrętnie drugą nić DNA. ZLE (mowi ile razy jedna nic oplata prawoskretnie druga nic DNA)

b. Liczba Wr mówi, ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie oś helisy DNA. ZLE (liczba Wr mowi ile razy oś helisy DNA oplata prawoskrętnie sama siebie) ⇐=to też źle ponieważ może oplatać lewoskrętnie

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Liczba zwojów jest topologiczną właściwością DNA.

e. Lk to liczba skrętów DNA.

f. Lk to liczba opleceń DNA.

Niepoprawny

Ocena dla tego zadania: 0/2.

Punkty: 3

Które z następujących stwierdzeń dotyczących bibliotek DNA są prawdziwe ?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Każda z uzyskanych bibliotek cDNA pochodzących z różnych organów danego organizmu powinna zawierać pewną liczbę klonów DNA odpowiadających tym samym genom. ??

b. Biblioteka genomowa zawiera fragmenty DNA powstałe na matrycy mRNA. Strayer: (w warunkach in vitro można syntetyzować DNA komplementarny do tych mRNA i po ich sklonowaniu uzyskać wysoce specyficzną sonde)

c. Biblioteka cDNA jest zdecydowanie większa od biblioteki genomowej danego organizmu. chyba na odwrót, genomowa jest wieksza od cDNA...

d. Hybrydyzacja DNA oraz przesiew (screen) immunologiczny są metodami służącymi do przeszukiwania bibliotek cDNA. to chyba też będzie dobrze ?? przesiew spoko ale o hybrydzie nie znalazłam o hybrydyzacji tez jest str 146 prawie na samym dole :) czyli dobrze? hybrydyzacja tyczy sie bibliotek genomowych!

e. Biblioteka cDNA zawiera fragmenty DNA powstałe po trawieniu genomowego DNA odpowiednim zestawem endonukleaz restrykcyjnych. ( biblioteka genomowa!)

f. Biblioteka genomowa zawiera zarówno kodujące, jak i niekodujące sekwencje kompletnego genomu danego organizmu. cDNA!!! dlaczego w cDNA w sztrejerze nei widziałam na stronie uniwersytetu jagiellońskiego jest wyraznie napisane ze to prawda dlatego pytam???na innych stronach tez!:) http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/articles/Pytel04 to jest dobrze! A z poniższej : Ocena dla tego zadania wynika że jest więcej niż jedna prawidłowa

Częściowo poprawny

Ocena dla tego zadania: 1/3.

b - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

c – szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolnie wybrane bialko szczurze jest identyczne w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA źle

e – kazda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierac wieksza liczbe roznych klonow DNA niż kazda z bibliotek genomowych genomowa powinna zawierać większą liczbę

f - kazda z uzyskanych bibliotek genomowych powinna zawierac bardzo zblizona liczbe roznych klonow DNA nie, genomowa większą ilość

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących liczb opisujących właściwości konformacyjne i topologiczne DNA są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Liczba Wr mówi, ile razy oś helisy DNA oplata prawoskrętnie samą siebie. zle nie musi byc prawoskretnie

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. Liczba opleceń jest topologiczną właściwością DNA.

d. Liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić oplata prawoskrętnie oś DNA. (druga nić DNA)

e. Wr to liczba skrętów DNA. (zwojów)

f. Tw to liczba opleceń DNA. (skrętów)

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących naprawy DNA są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Ostatnim etapem naprawy DNA jest połączenie odpowiednich końców DNA przez ligazę DNA.

b. Za usuwanie dimerów tymin w komórkach E. coli jest odpowiedzialne białko uvrABC. wsumei nie wiem to jest proces ten enzym uvrABC rozcina a fragment jest usówany przez ekscynukleaze wiec chyba zle

c. Polimerazy DNA są zdolne do przeprowadzania naprawy uszkodzonego DNA dzięki swojej aktywności 3’→5’ egzonukleazowej.

d. Koniec 5’-OH uszkodzonej nici jest starterem syntezy brakującego fragmentu DNA.

e. Błędnie sparowane nukleotydy u E. coli rozpoznaje białko MutH.

f. Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA może podlegać naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mutacji genów są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby par zasad do danej cząsteczki DNA.

b. Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe pomiędzy dwiema niciami DNA.

c. Transwersja jest jednym z rodzajów delecji. substytucji

d. Metylacja cytozyny w pozycji C-5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji. zle chyba+

e. Wprowadzenie do DNA 5-bromouracylu zwiększa częstość pojawiania się tranzycji. ????

f. Zamiana zasady purynowej na pirymidynową jest przykładem tranzycji. jest przykładem transwersji

Punkty: 3

Eksperymentator wyizolował DNA genomowe oraz mRNA z mózgu, nerki oraz mięśni szkieletowych szczura wędrownego. Następnie przygotował odpowiednie biblioteki genomowe oraz biblioteki cDNA z każdego z tych narządów w tym samym plazmidzie. Które z poniższych stwierdzeń na temat uzyskanych bibliotek są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Każda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierać pewną liczbę klonów DNA odpowiadających tym samym genom.

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. Szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolne wybrane białko szczurze jest identyczna w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA.

d. To, jakie różne sekwencje DNA zawarte są w każdej z uzyskanych bibliotek cDNA, zależy np. od wieku, trybu życia, diety oraz temperatury chowu zwierzęcia.

e. Biblioteka genomowa przygotowana z DNA mózgu nie nadaje się do poszukiwania sekwencji genu kodującego białko występujące tylko w mięśniach szkieletowych.

f. Szansa odnalezienia klonu sekwencji kodującej białko występujące tylko w nerce jest wyższa w bibliotece cDNA nerki niż w bibliotece genomowej z tego organu, z powodu znacznie mniejszej liczby różnych klonów zawartych w tej pierwszej. czyli w nerce tak ale tylko w mózgu już nie? patrz zadanie 8 No właśnie, może to ktoś wytłumaczyć? Mi się wydaje że nie znaczenia, mózg i nerka to organy a cDNA zawiera tkankowe sekwencje, więc trzeba tylko patrzeć na stwierdzenia wyższa/niższa czyli będzie to dobra odpowiedź dla mózgu i nerki? Tak myślę.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kwasów nukleinowych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. W DNA, obok standardowych wiązań fosfodiestrowych 3’-5’, występują przejściowo również wiązania 2’-5’ fosfodiestrowe. źle? w RNA

b. Ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’. ryboza zawiera grupę 2’ hydroksylową To zawiera 2’OH czy 3’OH? zawiera obie

c. Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA.

d. Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’.

e. Temperatura topnienia danej cząsteczki DNA wzrasta wraz z jej wydłużaniem o kolejne pary zasad. A wcześniej było że temp topnienia nie zależy od długości..to jak w końcu? zależy ale proporcjonalnie, bo było, że odwrotnie i wtedy jest źle

f. Pod wpływem wzrostu temperatury dwuniciowa helisa DNA ulega nieodwracalnemu topnieniu. ulega odwracalnemu topnieniu!

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zjawiska homologii genów kodujących białka są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Żadne dwa geny występujące u tego samego gatunku nie mogą być swoimi homologami. MOGĄ

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. Jeśli dwa geny są względem siebie ortologami, to znaczy, że jeden z nich powstał w wyniku duplikacji drugiego. to znaczy że są z odrębnych gatunków

d. Jeśli dwa geny wykazują ponad 90% identyczności sekwencji nukleotydowej to najprawdopodobniej powstały na drodze ewolucji dywergentnej.

e. Dwa homologiczne względem siebie geny występujące u osobników różnych gatunków mogą być albo swoimi ortologami, albo paralogami. tylko ortologami ‘Zwykle rozpatruje się paralogi w jednym organizmie, lecz niekoniecznie: na przykład, hemoglobina u człowieka i mioglobina u szympansa są paralogami, a nie ortologami, a to dlatego, że w tym przypadku duplikacja genu nastąpiła przed specjacją.’

f. Jeśli dwa geny są względem siebie paralogami to na pewno nie są swoimi homologami. Paralogi są homologami

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących telomerów i telomerazy są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Telomeraza rozwiązuje problem replikacji końców liniowych chromosomów dzięki swej nietypowej aktywności polimerazowej w kierunku 3’→5’. NIEWIEM mi się wydaję że to jest ok? bo ma aktywność odwrotnej transkryptazy czyli polimerazy DNa zaleznej od RNA

b. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA i wykorzystuje jako matrycę zewnętrzne odcinki RNA chromosomów. nie bo wewnetrzne

c. Po usunięciu startera nić opóźniona ma niekompletny koniec 3’ i każda następna runda transkrypcji skraca chromosom. niekompletny koniec 5

d. Telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń sześcionukleotydowej sekwencji.

e. Telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy.

f. Telomeraza jest enzymem deoksyrybonukleoproteinowym, w którego skład wchodzi cząsteczka ssDNA. bo Telomeraza – enzym rybonukleoproteinowy

Punkty: 4

Wybierz odpowiedź

a. TTGAGCGC

b. AACTCGCG

c. Żadna z podanych sekwencji nie odpowiada szukanej nici DNA.

d. CGCGAGTT

e. GCGCTCAA

f. AACCCTGG

Punkty: 2

Które ze stwierdzeń na temat związków, których wzory przedstawiono na rysunku, są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Związek 1 to adenina.

b. W DNA związek 2 może powstać spontanicznie ze związku 5.

c. Związek 3 występuje zarówno w DNA, jak i w RNA.

d. Wzory 1, 3 i 4 przedstawiają pirymidyny, a wzory 2, 5 i 6 – puryny.

e. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawdziwe.

f. Związek 6 to tymina.

Punkty: 2

Które z poniższych zdań dotyczących kodu genetycznego są prawdziwe?

a. Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas. ????? wydaje mi się, że nie
b. W standardowym kodzie genetycznym istnieje 61 kodonów dla 20 aminokwasów, a jeden kodon złożony jest z 3 nukleotydów. 64 kodony TO JEST DOBRZE!! W SUMIE jest 64 kodony, 61 dla aminokwasów a 3 są kodonami STOP. to będzie źle przecież jest 64 kodonów, a 3 z nich to STOP ale u niektórych Prokariotów te STOP mogą kodować aminokwas, więc trzymałabym się 64 kodonów

c. Znakami przestankowymi w kodzie genetycznym są zwykle cytozyny metylowane przy C-5. nie ma znaków przestankowych!

d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

e. Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów. kod genetyczny jest prawie uniwersalny

f. W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane degeneracją kodu genetycznego.

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących trzech enzymów, A, B oraz C, których aktywności przedstawiono schematycznie na rysunku, są prawdziwe?

A – akt. polimerazy, B – akt. odwrotnej transkryptazy, C – akt. kinazy

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie Sangera. to chyba tez jest dobrze gdzies bylo ze wlasnie B w sangera .polimeraza wbuduje do niego dideoksynukleotyd<= z wikipedii

b. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie PCR.

c. Enzym „B” wykazuje aktywność polimerazy RNA zależnej od DNA. (DNA zaleznej od RNA)

d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

e. Kinaza polinukleotydowa wykorzystywana jest do przeprowadzania reakcji „C”.

f. Istnieje co najmniej jedna grupa enzymów, które wykazują zarówno aktywność „A”, jak i aktywność „B”.

czy u wszystkich były takie same rysunki??tak, rysunki były te same

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów restrykcyjnych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Mogą być użyte do stworzenia charakterystycznego wzoru nazywanego „odciskiem dłoni” (tzw. handprint) cząsteczki DNA.

b. Większość z nich wiąże się z sekwencjami palindromowymi na DNA.

c. Są bardzo rozpowszechnione zarówno w komórkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych.

d. Służą komórce do rekombinacji własnego DNA zwiększając w ten sposób zmienność genetyczną komórki.

e. Przecinając cząsteczki DNA enzymy te zawsze tworzą końce kohezyjne (lepkie), dzięki czemu mogą być stosowane w technikach rekombinacji DNA. nie zawsze

f. Mogą służyć komórce do degradowania wirusowego DNA.

Punkty: 4

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Na podłożu zawierającym oba antybiotyki zginą tylko te komórki, które pobrały wektor zawierający insert oraz te, które nie uległy transformacji.

b. Na podłożu z tetracykliną zginą wszystkie komórki, które pobrały wektor.

c. Gdyby insert ograniczony był miejscami EcoRI, to do poprawnego wykonania eksperymentu należałoby przeciąć wektor enzymem EcoRI, zamiast PstI.

d. Na podłożu z ampicyliną zginą tylko te komórki, które pobrały pusty wektor (bez insertu).

e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

f. Włączenie insertu do wektora w miejsce PstI nie ma sensu, ponieważ przerywa ciągłość genu AmpR, niezbędnego do przeżycia komórek na podłożu z ampicyliną.

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zasad występujących w DNA są zgodne z modelem Watsona-Cricka?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Dwa helikalne łańcuchy oplatają wspólną oś i biegną w tym samym kierunku. są antyrównoległe! w przeciwnych kierunkach :)

b. Adenina paruje z tyminą poprzez 2 wiązania wodorowe.

c. Kolejność ułożenia pierścieni deoksyryboz względem grup fosforanowych w cząsteczkach DNA stanowi informację genetyczną. ŻLE - kolejność zasad w czasteczkach DNA stanowi informacje genetyczna

d. Zmienną częścią DNA jest sekwencja pięciu rodzajów zasad. czterech rodzajów zasad

e. W dwuniciowym DNA zasada purynowa zawsze tworzy parę z zasadą pirymidynową a pirymidynowa z purynową.

f. Nukleozyd to nukleotyd połączony wiązaniem estrowym z jedną lub większą liczbą grup fosforanowych. nukleozyd= zsada+cukier nukleotyd=nukleozyd+gr. fosforanowa

Punkty: 4

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Eksperyment ten wymaga zastosowania polimerazy DNA zależnej od DNA tylko na etapie „C”.

b. Eksperyment ten wymaga zastosowania metody PCR na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”.

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Eksperyment ten wymaga zastosowania kinazy polinukleotydowej zarówno na etapie „A”, jak i „B”.

e. Eksperyment ten wymaga zastosowania enzymu PstI na etapach „A” oraz „B”.

f. Eksperyment ten wymaga zastosowania fosfatazy na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących elektroforezy fragmentów restrykcyjnych są prawdziwe?

a. Elektroforeza w pulsującym polu elektrycznym (PFGE, ang. pulsed-field gel electrophoresis) nadaje się szczególnie do rozdziału bardzo krótkich cząsteczek DNA. (długich)

b. Wysoka zdolność rozdzielcza żeli poliakryloamidowych pozwala rozdzielać fragmenty restrykcyjne, których długość różni się tylko jednym nukleotydem na kilkaset wchodzących w ich skład.

c. Ruchliwość elektroforetyczna fragmentu DNA jest do pewnych granic wprost proporcjonalna do logarytmu długości tego fragmentu, wyrażonej liczbą par zasad. (ZLE odwortnie proporocjonalna

d. Elektroforeza żelowa może być wykorzystana także do rozdziału cząsteczek o długości milionów par zasad, w tym - chromosomów.

e. Żele agarozowe lepiej nadają się do rozdziału bardzo długich fragmentów restrykcyjnych niż żele poliakryloamidowe.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń na temat metody PCR są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest tzw. fragment Klenowa z E. coli.

b. Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów.

c. Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające).

d. Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji zarówno jednoniciowych, jak i dwuniciowych matryc DNA.

e. Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących schematu widełek replikacyjnych u E. coli na rysunku jest prawdziwe?

Wybierz odpowiedź

a. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-holoenzym polimerazy DNA III, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić opóźniona.

c. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-helikaza, 3-białko wiążące jednoniciowy DNA, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.

d. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-prymasom, 4-helikaza, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona.

e. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.

f. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić wiodąca.

Mam takie pytanie, bo nadziałam sie na nie przy analizie odpowiedzi… Czy metodę PCR możemy stosować także wobec RNA? Niektóre wirusy identyfikuje sie za pomocą metody PCR np. HCV, a on posiada materiał genetyczny w postaci RNA… Z tego chyba wynika, że można… a to nie działa tak, że wykrywamy dna retrowirusow, ktore wybudowały swoje dna do dna gospodarza? jeżeli można by było powielać RNA to jakiej tu użyć polimerazy?”stosując specyficzne startery można wykryć wirusy”(stryer) więc ta odp. jest dobra- wikipedia mówi: PCR z odwrotną transkryptazą (RT-PCR, z ang. reverse transcriptase PCR) – PCR, w którym pierwszy etap jest przeprowadzony przez odwrotną transkryptazę, a jako matrycę służy cząsteczka mRNA. Na 100proc można stosować PCR dla RNA!!!

MAM TROCHĘ NOWYCH ZADAŃ:

1 eksperymentator wyizolowal DNA genomowe oraz mRNA z mozgu, nerki oraz miesni szkieletowych szczura wędrownego. Nastepnie przygotowal odpowiednie biblioteki genomowe oraz biblioteki cDNA z każdego z tych narządów w tym samym plazmidzie. Które z poniższych stwierdzen nt. uzyskanych bibliotek sa prawdziwe?

a – to, jakie rozne sekwencje DNA zawarte sa w każdej z uzyskanych bibliotek zalezy np. od wieku, trybu zycia, diety oraz temperatury chowu zwierzecia to może być prawda, poniewaz genomowe DNA zawiera introny, natomiast cDNA ma informacje jakie białka są w danej tkance, w danym momencie ekspresjonowane (tutaj jest odzwierciedlenie mRNA, czyli info po splicingu). Dr G-M mówiła, że biblioteka genomowa zawsze jest taka sama, a cDNA świadczy o chorobach, etapie rozwoju.

b - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe NIE WIEM

c – szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolnie wybrane bialko szczurze jest identyczne w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA

d - – szansa odnalezienia klonu sekwencji kodującej bialko występujące tylko w mozgu jest wyzsza w bibliotece cDNA mozgu niż w bibliotece genomowej tego organu z powodu znacznie mniejszej liczby roznych klonow zawartych w tej pierwszej -> to jest chyba prawidłowe, mi też się tak wydaje (patrz komentarz przy a) to jest źle, zaznaczyłam to na kole i było źle

e – kazda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierac wieksza liczbe roznych klonow DNA niż kazda z bibliotek genomowych

f - kazda z uzyskanych bibliotek genomowych powinna zawierac bardzo zblizona liczbe roznych klonow DNA a skad to wiadomo? źle

2 które z ponizszych stwierdzen dotyczących telomerow i telomerazy sa prawdziwe?

a – telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy (polimeraza DNA zależna od RNA)

b – po usunieciura nic opozniona ma niekompletny koniec 5’ i kazda nastepna runda transkrypcji skraca chromoso startem-moim zdaniem to jest zła odpowiedź,ogólnie to jest prawda, ale telomery radzą sobie z tym problemem.(na końcach 3OH) telomery są na końcach chromosomów- struktury przypominają pętle i dzieki temu chronią końce przed skracaniem , ,,runda replikacyjna-nie transkrypcyjna’’

c – telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń szescionukleotydowej sekwencji

d – telomeraza jest polimeraza DNA zalezna od RNA i wykorzystuje jako matryce zewnętrzne odcinki RNA chromosomow

e – sekwencje telomerow bogate sa w nukleotydy zawierające guanine –> telomeraza ma w sobie matrycę bogatą w C -> czyli skoro matryca ma dużo C to telomer ma dużo G.wedlug ksiazki telomeraza posiada czasteczke RNA ktora sluzy jako matryca w procesie elongacji nici bogatej w G; rys 28.34 ma duzo C nawet w tekście to jest, 807, trzeci akapit od końca ok racja dokładną sekwencja to AGGGTT

3. Które z ponizszych stwierdzen nt. przepływu informacji genetycznej sa prawdziwe?

a – bialka rybosomalne powstaja w wyniku translacji rRNA

b - żadne z podanych stwierdzen nie jest prawdziwe

c – najbardziej oszczędnym energetycznie sposobem regulacji ekspresji inf. genetycznej jest regulacja transkrypcji genow. to nie będzie dobrze????

ktoś umnie to zadanie??? :( mi się wydaję, że jedyną poprawną odpowiedzią tutaj będize c)

4. które z ponizszych stwierdzen dotyczących enzymow restrykcyjnych sa prawdziwe?

a – sluza komorce do rekombinacji wlasnego DNA zwiększając w ten sposób zmienność genetyczna komorki

b – sa bardzo rozpowszechnione zarówno w komorkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych

c – mogą służyć komorce do degradowania wirusowego DNA – jeśli chodzi o komorki bakteryjne To chyba ok?

d – większość z nich wiaze się z sekwencjami palindromowymi na DNA to chyba też? TAK

1.Mamy jednoniciowe z 200 nukleotydami o składzie [%], bufor z Mg, polimerazę DNA, [γ-32P]dATP i pozostałe dNTP. Dysponujemy komplementarnym starterem do 20 reszty matrycy od konca 3. Jaka ilość w nowo zsyntetyzowanej nici DNA będzie mieć znakowany fosfor ?

Odp. 20/200= 1% przy gamma znakowanym DNA w ogóle nie jest znakowane, bo przecież wchodzi tylko alfa do łańcucha , odwrotnie, jak jest alfa zankowany to nie wchodzi do łańcucha , bo zostaje w AMP.na pewno ? na pewno, miałam to w poniedziałek na zajęciach

na pewno no raczej na pewno NIE. jak polimeraza dobudowuje nukleotydy do nici to przyłącza się fosfor alfa, a gamma i beta uwalniane są w postaci PPi i wtedy zachodzi ich hydroliza przez pirofosfataze, co powoduje, że jest to reakcja nieodwracalna

2. Jak aktywność posiada odwrotna transkryptaza retrowirusów ?

Odp. Polimeraza DNA zależna od RNA i polimeraza DNA zależna od DNA. Hybryd DNA-RNA, hydroliza RNA aktywności RNA-zowej

Mam problem z tym zadaniem. Nie jest tak, że odwrotna transkryptaza ma aktywnośc 1) polimerazy DNA zależnej od RNA, 2) polimerazy DNA zależnej od DNA (przecież syntetyzuje nic komplementarną do utworzonego DNA), 3) a jeszcze wczesnej usuwa RNA -czyli ma aktywność RNA-zową. Czemu więc gdzies w pytaniu poniżej (jest identyczny problem) zaznaczamy tylko 1 opcje, skoro ta odwrotna transkryptaza ma tak szerokie funkcje? Wydaje mi się, że Orłowski też mówił, ze ona może być w sumie okreslona za pomocą 3 nazw, ale nie pamiętam dokładnie. Ktoś potwierdzi? Przecież do organizmu zainfekowanego musi sie dostać ostateczny produkt tego enzymu -dwunicowe DNA.

Mam napisane w notatkach: odwrotna transkryptaza=polimeraza DNA zależna od RNA=rybonukleaza (aktywność RNazowa)=polimeraza DNA zależna od DNA . Po kolei najpierw syntetyzowana nić DNA na matrycy RNA (polimeraza DNA zależna od RNA), potem usuwane RNA (rybonukleaza), potem syntetyzowane DNA na matrycy DNA (polimeraza DNA zależna od DNA). Nazwa zwyczajowa odwrotna transkryptaza. Dzięki :D Zaczęłam w to wątpić, bo nikt nie poprawiał tego błędu gdzieś tam niżej :D

Proszę bardzo :)

3.Bakterie hodowano ze źródłem azotu 15N nastepnie przeniesiono do środowiska z 14N , a po jednym pokoleniu znowu do 15N. Jakiego DNA można się spodziewac?

Odp. I 100%ciezkie, II 100% srednie, III 50% srednie, a 50% ciezkie ? na pewno ? TAK MI SIE WYDAJE mi też na pewno dobrze :) ok! tak bo to mechanizm replikacji semikonserwatywnej i bylo na ćwiczeniach mi wychodzi 75/25 w 2 pokoleniu? Ale to jest bezsprzecznie poprawne, jest schemat w Stryerze. W 2 pokoleniu macie 2 nici DNA każd a zawiera dwa różne łancuchy DNA (w stryerze czerwone i niebieskie). Stosunek czerwonych (utworzonych z N14) do niebieskich (z N15, albo odwrotnie) jest równy pół na pół. połowa tego i połowa drugiego czyli fifty fifty.

8. Organizmy z Marsa. Posiadaja tylko 14 aminokwasow kodowanych podobnie jak ziemskie kodon XXXX, gdzie X = A,T. TTTT = stop, TTTA= nie znany kodon

Szukamy nieznanego kodonu.

Odp. Jeśli to kodon stop, to jest to kod uniwersalny NIE

Kod ten może być zdegenerowany jeśli nieznany kodon koduje aminokwas z tabelki Chyba TAK

Antykodon komplementarny do ‘stop’ to : TAAA NIE

Gdy nie znamy kodonu to możemy powiedziec czy jest zdegenerowany czy nie NIE

13. Biochemiczna Kasia chciala zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC, GCA, GCG. Fragment DNA to :

5- CGG CCG GAA TGC GTC GTC CCG -3 kodujaca

3- GCC GGC CTT ACG CAG CAG GGC -5 matrycowa

Odp. wybrac starter hybrydyzujący z matryca zamieniając kodon Cys na Ala

34. Wprowadzenie genu w srodek wektora, który zawieraz odporność na antybiotyk to:

a)- prowadzi do przeniesienia odporności lekow

b) + jest nazywane inaktywacja inercyjna

c) + powoduje czułość komorki na antybiotyk

d) + może być uzywany do identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA

e) – jest metoda niszczenia patogenicznych bakterii

35. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)

a) – może być pakowany w fag nie bo genom faga ma dlugosc 48kpz

b) + może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy

c) + musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie- ODP. PRAWIDŁOWA ZGODNIE Z KSIĄŻKĄ! w ksiazce jest ale nie napisane ze MUSI liczą t4 może skłonić tepe końce, przecież jej też mogli użyć I fag t 4 to nie eukariot I

d) + może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu

e) – mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym przez hybrydyzacje i autoradiografie Lubert mówi co innego - w przypadku tak długich fragmentów DNA używamy PFG, a nie poliakrylamid

40. Ligaza DNA (to też zadanie z listy ;) )

a) + katalizuje tworzenie się wiazania 3OH i 5P

b) + wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zalezne od zrodła enzymu, dostarcza energii do tworzenia wiązań fosfodiestrowych

c) + mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan

d) + katalizuje reakcje przez mechanizm który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiazania fosfobezwodnikowego z AMP

e) + wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji

41. Topoizimeraza ( zadanie 11 z listy 3)

a) + zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow

b) + przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych Ej ludzie… Nie ma czegoś takiego jak relaksacja wiązań fosfodiestrowych :) też tak uważam ;p strona 794 Lubert :) Moim zdaniem prawda, moim też ;) jest blad w tresci tej odpowiedzi, wg listy powinno byc, ze przerywa i ponownie laczy, dlatego jest to dobra odpowiedz. Dokładnie, jakiś placek to pisał :D Normalnie to będzie poprawna odpowiedz xD

c) – wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy zrelaksowane wymaga ATP *ale tylko topoizomeraza II, bo I nie wymaga ATP* dodam, że energia jest magazynowania w superskreceniach

d) + tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA

e) + mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego DNA z formy rozluźnionej

59. Naprawa DNA uszkodzonego światłem ultrafioletowym ( w tym pytaniu chyba chodzi o uszeregowanie, a nie o podanie dobrych odpowiedzi…?)

1. +uvrABC enzym rozpoznaje uszkodzenia w helisie DNA wywolane dimerem tymidynowym

2. enzym fosforeaktywny absorbuje światło i odcina dimer tymidynowy w celu odtworzenie dwoch sasiednich reszt tyminy fotoliaza dna jest enzymem absorbujacym swiatlo, dlatego jest to dobra odpowiedz, -tak, tylko, że on rozcina dimer na dwie zasady pirymidynowe, ale nie odcina ich

3. uvrABC enzym (egzonulkeaza) hydrolizuje wiazanie fosfodiestrowe to chyba była ekscynukleaza

4. +polimeraza DNA I wypelnia przerwy wytworzone przez usuniecie oligonukleotydu utrzymującego dimer tymidynowy

5. ligaza DNA skleja nowosyntetyzowana nić do nieuszkodzonej DNA, aby utworzyc nieuszkodzoną molekulę.

61. Miejsca promotorowe E.coli -> czy to nie jest zadanie na drugie koło? nie :D

a) + mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji

b) + dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje

c) + okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA a nie jest obustronna? Mi też się wydawało, ze jest obustronna… Orłowski tak nam to obrazował na zajęciach...

d) – maja identyczne i określone sekwencje

e) – sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja powoduje utrate aktywności)

f) + te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane przez 17 par zasad sa bardzo wydajne - ze względu na tą odpowiedź wydaje mi się, że to jest do II kolokwium, bo dopiero o tym jest w rozdziale o transkrypcji, gdzie tłumaczą tą rzecz w kontekście bąbla transkrypcyjnego...

3. Kwasy nukleinowe:

a) Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA

b) temperatura topnienia DNA zależy od długości cząsteczki DNA w sposób odwrotnie proporcjonalny (chyba wprost) a moze ktos napisać gdzie o tym jest w Stryerze bo ja nie mogę znaleść? CHYBA ZNALEŹĆ wydaje mi sie,ze to wprost z definicji, bo Tm to temp , w której cząst traci połowę helikalnej struktury, czyli im większa cząst tym dluzej musi to trwac i musi byc wyzsza temperatura. może ktoś potwierdzić? to jest na 100% dobrze (w sensie że wprost, a nie odwrotnie :D) Polecam instrukcje do ćw K z biochemii… Tam wszyściutko jest wyjaśnione i wynika z tego ze b) jest nieprawidłowe. ;) Nam nawet ostatnio na zajęciach Greb-Markiewicz mówiła, że wprost, także b złe.

c) ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 3’ zawiera przy 2’ ale odpowiedz jest ze NIE zawiera przy 3’ wiec powinno byc dobrze. Ryboza ma przecież przy 2’ i 3’ grupę hydroksylową jesli nie ma wiązana fosfodiestrowego.Nie wiem dokładnie ocb w pytaniu, ale jesli chodzi o rybozę w kwasie nukleinowym (RNA) to będzie wg mnie poprawne, bo wówczas przy 3’ nie będzie OH, a O, które utworzy sobie wiązanie z reszta kwasu fosforowego ;)

d) Podczas rozplatania dwuniciowej helisy DNA pod wpływem wzrostu temperatury następuje spadek absorbancji przy długości fali 260 nm (wzrost) rys. 4.17a str. 115 w zielonym Strayerze

e) Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’

f) W DNA obok standardowych wiązań fosfodiestrowych3-5’ występują także przejściowo 2’-5’. fosfodiestrowe A to nie jest poprawne? :D Gdzieś mi się przewinęło o tych 2’-5’ i wydaje mi się, że na zajęciach orłowski o tym wspominał… Potwierdzi ktoś? :D TO będzie dobrze 2’-5’ tworzy się przy splicingu w premRNA, powyższe zdanie nie jest prawdziwe. jak to nie jest? w końcu jest! ZLE JEST W rna JEST 2-5

.Mutacja genów

a) Metylacja cytozyny w pozycji C5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji z powodu zachodzącej spontanicznie jej deaminacji a niby skąd to wiecie?

b) Insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby zasad do danej cząsteczki DNA

c) Transwersja jest jednym z rodzajów delecji substytucji (pury na piry)

d) Za usuwanie dimerów pirymidynowych w komórkach jest odpowiedzialne białko FGIR będące fotoligazą Jak już to fotoliazą. Nie wiem czy białko poprawne, ale raczej nie (tu chyba chodzi o MutS i MutL) [białka MutS, MutL i nukleaza MutH naprawiają błędnie sparowane nukleotydy, a tu chodzi o ich usuwanie - rys.28.44 str 813 i ostatni akapit str 812]

e) Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA podlega naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy Nie, bzdura. Pojawienie się uracylu jest spowodowane deaminacją cytozyny. Jeśli dodatkowo zajdzie metylacja uracylu mamy do czynienia z tyminą. Naprawa uracylu polega na jego wycięciu i wstawieniu komplementarnej zasady, a ze zmutowaną tyminą w Dna mamy problem - ta mutacja czesto wywołuje np. raka, ponieważ nic nie wykrywa tej mutacji ;(

f)Puste miejsca powstałe w wyniku wycięcia uszkodzonego DNA wypełnia polimeraza DNA III polimeraza DNA I, polimeraza DNA III bierze udział przy elongacji nici wiodącej i tworzeniu fragmentów Okazaki.

5. Spośród poniższych składników wybierz te, które są wymagane dla aktywności polimerazy DNA DNA zależnej do przeprowadzenia reakcji syntezy nowego łańcucha (DNA) :

a) Jednoniciowa lub dwuniciowa matryca DNA

b) jony Mg 2+

c) odcinek starterowy posiadający wolną grupę hydroksylową 5’ - 3`OH

d) wszystkie 4 aktywowane prekursory ATP, CTP, GTP,TTP dATP, dCTP itd.

e)NAD+, który dostarcza energii do syntezy

f) wszystkie 4 aktywowane prekursory 5’-trifosforany deoksyrybonukleozydów

6.Ligazy DNA:

a) katalizują tworzenie wiązań fosfatydylowych (fosfodiestrowych) w miejscach zerwania łańcucha DNA -

b) Wymagają końców DNA z wolną grupą OH 3’ oraz ufosforylowaną grupą hydroksylową 5’

c) źródłem energii dla danej ligazy może być ATP jak i NAD+ (ATP u archeonów i eucariotów; NAD+ u bakterii)

d) mogą łączyć końce jednoniciowego DNA w formę kolistą ligaza skleja jedynie cząsteczki dwuniciowe

e) Ligaza T4 bierze udział w przyłączeniu białka regulatorowego do sekwencji promotorowej ligazy T4 odpowiadają za sklejanie ‘tępych’ końców

f) jednym z etapów reakcji jest przeniesienie (reszty) y AMP na ufosforylowany koniec 5’ DNA z utworzeniem wiązania bezwodnikowego W reakcji ligacji ani ATP ani NAD + nie działają jako donory grupy fosforanowej, są to tylko źródła energii. Grupa 5’ musi byc ufosforylowana już wczesniej, ten fosforan przy niej nie pochodzi ani od ATP ani od NAD + ;)

7.Topologia DNA:

a) Liczba opleceń (Lk) naturalnie występując cząsteczek DNA, jest cechą dotyczącą wyłącznie DNA kolistego - nie tylko, dotyczy również naturalnie występujących cząsteczek DNA ;)

b) Liczba opleceń mówi ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie drugą nić DNA i dlatego jest zawsze dodatnią helisą typu B

c) Prokariotyczne topoizomerazy typu II katalizują (ogólnie topoizomerazy typu II wiążą i hydrolizują ATP, a uwolnioną energię wykorzystują do przenoszenia jednego fragmentu DNA nad innym fragmentem, który został czasowo przecięty). wprowadzaja do DNA ujemne skrety superhelikalne

d) Liczba zwojów (Wr) jest cehcą topologiczną cz - liczba oplecen jest cecha topologiczna Tylko?? reszta też jest pod tym tytułem . w materiałach dodatkowych do listy 3 jest napisane przy Lk-cecha topologiczna DNA TYLKO Lk JEST CECHĄ TOPOLOGICZNA

e) Do zmiany konformacji cz DNA wystarczy……… którejkolwiek z nici podczas gdy do zmiany Do zmiany konformacji cz DNA wystarczy JEJ ROZPLECENIE I PONOWNE ZAPLECENIE DO NOWEJ POSTACI BEZ PRZEMIANY KTÓREJKOLWIEK Z NICI, podczas gdy do zmiany jej topologii KONIECZNE JEST ROZCIĘCIE PRZYNAJMNIEJ JEDNEJ NICI.

f) DNA chromosomów człowieka jest superskręcone ….. dzięki toroidalnemu nawinięciu DNA na szkielet Tylko uwaga! Tam musi być napisane superskręcone negatywnie, ujemnie. Jak będzie dodatnio to odp f jest bzdurą ;) Odpowiedz do f znajdziedzie w materiałach na e-portalu do listy 3 ;)

1. Wskaż prawidłowe odp.

a) związek nr3 to guanina

b) nr 2 to tymina

c) nr 1,3 i 4 sa purynami

d) nr4 przeważnie występuje w RNA

2. Wskaż zdania dotyczące dwuniciowej DNA , które są prawdziwe

a)połączenie puryny z rybozą i pirymidyny z deoksyryboza nosi nazwe nukleozydu - to chyba jest prawda? Mi też się wydaje ze to poprawne. To i to jest nukleozydem, a że jest więcej mozliwości to inna sprawa ;) podchwytliwe , bo zdanie prawdziwe ale to nie jedyna mozliwosc.Nukleozyd to ogólna nazwa jednostki składającej się z cukru+ zasady azotowej, dlatego ja bym obstawiała, że to poprawna odpowiedź! ale pytaja o prawdziwe zdanie dla DNA a w DNA rybozy nie ma. słuszna uwaga;) O racja! +200 do spostrzegawczości dla Pana/Pani

b)guanina paruje z cytozyną poprzez 3 wiązania wodorowe

c)zasady w superhelisie znajdują się wewnątrz helisy prostopadle do osi helisy Nie są one prostopadłe, nawet model W-C nie zakładał całkowitej prostopadłości (tam jest 1 stopien odchylenia od ułozenia prostopadłego), a był to ten najwcześniejszy model (swoją drogą prawidłowy dla B-DNA);)

d)komplementarne pary tworzą się między pirymidyna a pirymidyna , puryna a puryną pirymidyna i puryna

e)jest jednokierunkowa jest antyrównoległa

f)deoksyryboza ma przy 3’ wolna grupę OH Czemu? Rozumiem przy 3’ koncu, ale deoksyryboza w nici DNA ma przy 3’OH wiazanie fosfodiestrowe… ale tu nie jest napisane że w DNA, więc pewnie chodzi o wolną deoksyrybozę No raczej nie, bo pytanie jest o dwuniciowe DNA (czytajcie o co pytają! xD)… Więc to zła odp

3.w metodzie dideoksy Sangera otrzymano następujące widmo. Wskaż, który

dinukleotyd był nicią matrycowa

5’-TAGCTG-3’

3’-ATCGAC-5’

4.Mammy oligonukleotyd, który ma tępe końce. Jakich odczynników musimy dodać ,

aby powstał peptyd CO KURWA? jaki peptyd? o końcach lepkich:

a)Pi

b)ligaza z faga T-4

c)endonukleaza EcoRI

d)ATP

e)kinaza polinukleotydowa - why? raczej nie, tak to jest poprawne- ufosforylowanie linkera

transkrypcja z białka na mRNA Jest to pytanie podobne do pyt. nr. 9 z listy 2

5.Przepływ informacji genetycznej:

a)odwrotna

6.Różnice w budowie polimerazy DNA i RNA. Zdania prawdziwe

a)obie wymagają odcinka starterowego tylko polimeraza DNA na pewno? str 797 - polimerazy DNA wymagają startera z wolną grupą 3’-OH sparowanego z matrycą + str 799 “prymaza, podobnie jak inne polimerazy RNA może rozpocząć syntezę bez żadnego startera… polimerazy RNA nie potrzebują startera!

b)p.RNA poodbnie jak p.DNA ma właściwości nukleazy tylko p. DNA ma - tutaj jest nieścisłość bo w rozdziale 4 pisało, że “nie wykryto” tej właściwości u p RNA a już w 28 stwierdzili, że jednak ją w jakimśtam stopniu posiada, wiec ja bym to zaznaczył, gdyby nie to, że pytają o róznice… - zawsze po kole można pójsć do prowadzącego i mu wytłmaczyć

d)polimeraza RNA podobnie jak i DNA katalizuje reakcję poprzez atak Pi raczaj przez hydrozlize PPi, polimerazy DNA katalizują reakcję przez atak nukleofilowy 3OH

e) żadna nieprawidłowa xD

7.Które zdania są prawdziwe o DNA

a)jeżeli na jednej nici A+G wynosi 30% , to możliwe jest by na drugiej T stanowiło

20% (może byc 20%A i 10% G i wtedy bedzie 20 T)

b)hiperchronizm jets to efekt podczas topnienia DNA , który powoduje obniżenie

absorbancji przy promieniu 260 nm hipochromizm- asocjacja warstwowa zasad powoduje, że dsDNA absorbuje mniej światła. A hiperchromizm to z kolei efekt który powoduje zwiekszenie absorbancji roztworu DNA w nadfiolecie w czasie procesu denaturacji. i dotyczy ssDNA

c)ze wzrostem ilości nukleotydów temp topnienia wzrasta temp topnienia wzrasta gdy jest więcej par G-C, im dłuższa nić DNA tym wyższa temp. topnienia - liczy się ze wzoru T = 2(A+T) + 4(G+C) dlatego bardziej zależy od par G-C, ale zależy też od długości DNA, więc jest ok

d)zawsze jest dwuniciowa nie zawsze

e)paruje 5 zasad 4 zasady

8. Które z poniższych zdań są cechami kodu genetycznego?

a) jest całkowicie zdegenerowany jest, ale nie całkowicie

b) 61 trojek koduje aminokwasy

c) jest zdegradowany , to znaczy ze 1 aminokwas może być kodowany przez więcej niż 1 kodon- źle! jest zdegenerowany a nie zdegradowany:D

d) każdy aminokwas może być kodowany przez więcej niż jeden kodon, przy czym skład pierwszej i drugiej zasady dla danego aminokwasu jest taki sam nie zawsze skład 1 i 2 zasady jest taki sam

9. gen

a) w genie prokariota wystepuje współliniowa zależność pomiędzy genem i kodowanym przez niego białkiem. U eukariota tego nie ma , bo eukariota ma introny a praokariota nie ma Ja bym to w sumie zaznaczył bo przecież to prawda :) No a nie jest to tak, że ta współiniowa zależność wystepuje i tu i tu? (u Eukaryota) : Przecież białko nie zawiera intronów, a eksony połacząne są zgodnie z kolejnością w genie kodującym to białko. Gdziesz czytałam, że tak sie defniuje współliniowośc… Wtedy by wychodziło, że a jest niepoprawne. Masz rację- str. 128” geny niecięgłe, podobnie jak geny ciągłe, są współliniowe ze swoimi polipeptydowymi produktami”, więc u procariota tak jest, więc jak dla mnie to poprawna odp.

b) eukariota mają introny , a większość prokariota nie ma - prokarot nie ma kompleksów przeprowadzający splicing, co oznacza że ich geny są ciągle. no wiec wlasnie a dlaczego poprawna odpowiedz ma wyraz "wiekszosc"? s.128 “U prokariotów geny nieciągłe występują niezmiernie rzadko”

c) introny kodują łączniki pomiędzy białkami introny nic nie kodują

d) splicing autokatalityczny jest jedną z metod do otrzymania białka o innych właściwościach - chyba chodzi o ALTERNATYWNY a nie autokatalityczny - wtedy to prawda Tak widziałam w innym zestawie pytan ze chodziło tU o alternatywny a nie autakatalityczny wiec to PRAWDA.+

e) egzony mogą kodować całe domeny białek - a to nie jest tak, że po przetasowaniu?, bo same w sobie eksony hodują tylko fragmenty białka, niech ktoś rozwiąże moja wątpliwość...domena = fragment białka (zobacz str. 128-129 w zielonym Stryerze)

13. Czym się różni polimeraza RNA od polimerazy DNA

a) Wymaga dUTP zamiast dTTP nie ma czegoś takiego jak dUTP, tylko UTP

b) jako matryce wykorzystuje RNA zamiast DNA dwuniciowy DNA

c) jako startera wymaga RNA zamiast DNA nie wymaga startera

d) nie ma właściwości nukleazowej

e) wymaga jonu 2-wartościowego (to jest na pewno dobrze? przecież zarówno polimeraza DNA jak i polimeraza RNA wymaga jonu dwuwartościowego) mi się wydaje, że źle (czyt. zgadam się z przedmówcą) będzie źle. wymaga jonu, z listy 1. zad 14 OBIE WYMAGAJĄ!

f) syntezę RNA ułatwia nukleofilowy atak na gr 2’OH gr 3’OH na at. fosforu

Zaznacz niepoprawne odpowiedzi:

c) produkty PCR są wykrywane przy pomocy Western Bloting - produktem PCR jest amplifikowana sekwencja DNA więc raczej wykrywanie przy pomocy Southern blotting? Western dotyczy białek wykrywanych przeciwcialami tak, dlatego ta odpowiedź jest zaznaczona-niepoprawne odp!

f) można wykrywać sladowe ilości białek i cukrów dlaczego?! -> nie wykrywa cukrów, a mamy zaznaczyć nieprawidłowe odpowiedzi

g) w reakcji PCR DNA jest wydłużane w sposób geometryczny - to też jakaś bzdura raczej; no wyzej jest ze “dopiero chyba po 3 albo 4 cyklu” czyż nie?\ NIE WYDŁUŻONY, A POWIELANY W SPOSÓB GEOMETRYCZNY PO 3 CYKLU, sekwencja wyjsciowa jest powieana ARTMETYCZNIE

20. PCR

a) składją się na niego 3 etapy : denaturacja w 90 st C, hybrydyzacja w 72 st C, elongacja , dla ktorej temp jest zależna od długości starteru a dlaczego to nie? mówił nam Orłowski żebyśmy nie przywiązywali się do liczb, bo przecież temperatury zależą od różnych czynników, a kolejność jest poprawna. Może ktoś rozwiać moje wątpliwości? W swoich notatkach znalazłam, że to temp hybrydyzacji jest zależna od długości startera, natomiast temperatura elongacji jest zależna od polimerazy, dlatego może być to nieprawidłowa odpowiedź. zgadzam się z poprzednikiem/poprzedniczką; może i dokładna temp hybrydyzacji nie jest taka ważna, ale i tak we wszystkich źródłach waha się między 45 - 60 st C

b) wykorzystywana do wykrywania białaczki ( ??? str 142)

c) do wykrywania śladowych ilości wirusów i bakterii (??? str 142)

d) wymaga polimerazy DNA

e) można czytać WTF?

f) DNA jest syntezowany w sposób geometryczny - dopiero chyba po 3 albo 4 cyklu...

21.Która z odpowiedzi dotyczącej łańcuchowej polimeryzacji jest NIEprawdziwa:

a) W PCR : 3 etapy : denaturacja w 90 st C, hybrydyzacja w 72 st C,

elongacja , dla ktorej temp jest zależna od długości starteru

b) potrzebne są : 2 odcinki startera, trifosforany 4 nukleozydów, polimeraza RNA potrzebne sa 4 deoksyrybonukleozydy i polimeraza DNA

h) służy do wykrywania rzadkich rodzajów białek

1. Jakie wiązanie występuje między nukleozydami?

a. Glikozydowe przeciez to jest wiązanie W nukleozydzie NO WLASNIE A PYTANIE JEST O WIAZANIA MIEDZY NUKLEOZYDAMI glikozydowe jest w bialkach w białkach jest peptydowe stawiam na glikozydowe Stryer s109 ja też bym tak stawiała, bo między nukleozydami nie ma żadnego wiązania… jak dla mnie błąd w pytaniu

b. Beta-laktamowe

c. Kowalencyjne bzdura jakaś, między nukleozydami nie ma żadnych wiązań, bo nie mają reszta fosforanowych, (są więc tak jakby zawieszone i do niczego nie przydatne, dopiero kinaza polinukleotydowa jak ufosforyluje 5'OH, wtedy może tworzyć jakieś wiązania) no chyba że zasady paruja że sobą to wtedy tylko wodorowe.

d. Fosfodiestrowe jak dla mnie to ta odpowiedź też jest poprawna (nukleotydami owszem) Aco to jest nukleotyd? Nukleozyd połączony z drugim nukleozydem to jest źle… nukleozyd nie ma fosforanu, jak wieć mozna miec wiazanie FOSFOdiestrowe?

e. Jakieś inne

f. Jeszcze niniejsze

2. Na podstawie sekwencji z żelu z elektroforezy napisać sekwencję nici matrycowej:

Czytamy od dołu i robimy sekwencje kompementrną-sekwencja szukana

Albo czytamy od góry i od razu mamy sekwencję nici macierzystej (matrycy)

3. Mutacje:

a. Przekształcenie puryny w purynę to tranzycja (natomiast puryny w pirymidynę bądź odwrotnie - transwersja)

b.Wprowadzenie grupy metylowej w c5 cytozyny (chyba) zawsze zaowocuje mutacją

5. 3 różne enzymy, które trzeba było rozpoznać na podstawie katalizowanej reakcji, tzn był mechanizm narysowany. Pamiętam, że 1 enzym to była polimeraza DNA zależna od DNA, 2 to polimeraza Dna zależna od RNA, a trzeciego nie pamiętam

6. Co jest potrzebne w Sangerze

1)pary starterów 2) 4 dNTPS 3) polimeraza DNA -> i jeszcze 2,3-dideoksyanalog

8. Cechy podwójnej helisy

9.Jedno pytanie z topologii, Mianowicie, która liczba jest która. Było szereg odp, które były błędne, była, że liczba opleceń jest cechą topologiczną DNA i to było dobre, i coś jeszcze miało być dobre, ale nie wiem co. Generalnie były różne kombinacje definicji tych liczb

10. i 11. Pytanie o fragmenty restrykcyjne, tzn w jakim żelu jaka długość, na pewno coś było o elektroforezie pulsacyjnej (nawet ogólnie o e.r. były chyba nawet 2 pytania) - elektroforeza PFGE (w polu pulsacyjnym) wykonujemy dla dużych cząsteczek, np chromosomów w żelu agarozowym ( ma większe pory), natomiast wszystkie mniejsze fragmenty rozdzielane są przy zwykłej elktroforezie w zelu poliakryloamidowym... xD

“żele poliakryloamidowe są używane do rozdzielania fragmentów o długości do 1000 par zasad” można rozdzielać fragmenty różniące się nawet 1 zasada

11. Pytanie co to jest linker, tzn była podana definicja i na jej podstawie trzeba było wywnioskować, że chodzi o linker DNA

14. Czego do szczęścia potrzebuje polimeraza DNA zależna od DNA. No tutaj odpowiedzi były trywialne.

-5`trifosforanow deoksyrybonukleotydow dATP, dGTP, dTTp, dCTP

-jonow magnezu

-matrycy

-krotki starter z grupa 3`-hydroksylowa

15. Pytanie o kod genetyczny, czyli czy jest uniwersalny, degeneracja, ile trójek to ile aminokwasów, że mitochondria mają inny kod niż inne komórki

16. Southern, western, northern, tu tez odpowiedzi były trywialne, czyli różne wersje DNA, białka, RNA

17. Pytanie o homologii, i paralogii i ortologii. Czyli jedna odp jaką pamiętam to to, że jeśli A jest ortologiem B, to A i B są homologami.

18. Pytanie z rysunkiem, mianowicie narysowane były 2 struktury jednoniciowego DNA. Ta po lewej to była spinka a ta druga to takie homo niewiadomo. I trzeba było dobrać odp, tzn były częściowe sekwencje podane. Prawidłowa była mniej więcej tak : 5’ACCGGA…..TCCGGT3’. no czyli jak się zamknie to to w spinkę, to zasady będą komplementarne do siebie. Drugą odp, którą zaznaczyłem to to, że jedna z tych struktur nie istnieje. No. Zaznaczyłem te 2 odp i miałem znowu niecałą liczbę pkt

1. Polimeraza DNA1, DNA2, RNA1, RNA2,RNA3, PRYMAZA i trzeba było odp na pytania:

czy wymaga startera, gdzie się znajduje, czy syntetyzuje starter, czy syntetyzuje rRNA, tRNA lub mRNA, czy replikuje DNA, czy naprawia DNA, czy syntetyzuje nic 3’→5’, czy jest hamowana przez amanitynę, ale był tez jakis inny związek na t…. ze niby tez hamująco wpływa ale nazwy nie znalam)

2. Eksperyment E.coli + lac w operonie Trp miedzy genem E a odcinkiem liderowym wstawiono sekwencje regulatorowa z operonu lac. Jednocześnie cześć 3 i 4 w odcinku liderowym przestała z sobą oddziaływać. Co się stanie przy obecności/nieobecności Trp i IPTG

3. kompleks cAMP i CAP ( było które reszty chroni)

4. histony : rdzeń co tworzy, czy są to białka zasadowe, czy maja introny i ogon poliA, czy leża blisko siebie i czy są w wielu kopiach)

6. Obróbka przedtranslacyjna u Eukariota

7. Splicing i jego grupy ( kiedy tworzy się produkt przejściowy w kształcie –lassa, kiedy jest wiazanie 2’5’ fosfodiestrowe) i było ze w gr I kofaktorem jest G również w postaci GMP, GDP

8. Jaka mutacja żeby białko nie przeszło przez ER

9. Operon tryptofanowi (produkcja 5 enzymow pozwalających na przekształcenie choryzmianu w trp)

10. Naprawa DNA uszkodzonego światłem : kolejno uporządkować etapy

11. Fag lambda (powinowactwo represora do OR1 i OR3)

Odwrotna transkryptaza

a) [-] polimeraza DNA zależna od DNA - Czy to nie jest prawda? Druga nić jest już dosyntetyzowana na podstawie matrycy z nici DNA, która została zrobiona na podstawie matrycy RNA :p

b) [x] polimeraza DNA zależna od RNA

c) [-] replikaza RNA-polimeraza RNA zależna od RNA

d) wirusowa czy komórki gospodarza – wirusowa(to jest enzym wprowadzany do komórki gospodarza przez wirus razem z jego materiałem genetycznym)

e)[x] powstaje hybryda DNA – RNA

f) odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

g) [-] 2-niciowy RNA wbudowuje się do genomu

h) [?] organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm,

Sekwencja transkryptu ; 5’ AAUUGUAA 3’(NIEDOKOŃCA TA SAMA ALE NIE O TO CHODZI)

2 ODP DOBRE;

RNA 5’ AAUUGUAA 3’

DNA_{MATRYCOWA (ANTYSENSOWNA)} 3’ TTAACAT T 5’ -à 5’TTACAATT 3’

DNA_{KODUJACA (SENSOWNA)} 5’ AATTGTAA 3’

7) Enzymy restrykcyjne

Pocięto jakiś liniowy odcinek DNA enzymem EcoRV, obraz po elektroforezie uwidoczniono na żelu. Co możesz powiedzieć na podstawie rysunku poniżej, żel wybarwiono bromkiem etydyny, zwróć uwagę na słabo rozdzielone elementy o długościach 433 i 415 pz.

W żelu znajduje się bromek etydyny skąd to wiadomo?- chyba przez te słabo rozdzielone elementy 433 i 415
[x] Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych miejsc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym – tak, bo to był liniowy DNA i powstalo 6 kawałków czyli 5 miejsc restrykcyjnych
[-] Długość cząsteczki DNA wynosi 2220
[x] Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 210pz
[-] Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 2220pz
[-] Żadna z powyższych nie jest prawdziwa
Metoda ta może być stosowania do produktów ekspresji metody Sangera - nie, bo w metodzie dideoksy-sangera nie stosuje się elektroforezy tylko robi się autoradiogram a elektroforezę stosuje się do metody Southern; elektroforezę też można stosować z Sangerem. Jest to opisane w Sztrejerze. Ale nie pamiętam, czy zaznaczyłem, czy nie. Coś mi nie grało.

8) Co jest wymagane do przeprowadzenie reakcji Sangera ale chodziło o to że jest obecny zawsze w jednym z odczynników?

a) 2’,5’-didetoksy analog jednego z 4 dNTP-źleeeee 2,3-dideoksy analog jednego z 4 dNTP –to by było ok

b) [x] polimeraza DNA

c) άP32-ATP (bo dodajemy ddNTP do środka łańcuch DNA a nie na początek więc nie może być gamma)czy γP32-ATP

d) [x] matryca

e) [x] jeden z 4 dNTP - To jest źle, potrzeba wszystkich 4 :( Zgaaadzam się! ;) jest źle :D

9) Chcesz syntezować nić DNA co jest do tego NIEZBEDNE??????

a) [x] POLIMERAZA DNA

b) AKTYWNOSĆ EGZONUKLEAZOWA 3---5’- to nie jest niezbędne. Powstanie co prawda nic z błedami ale nie jest to konieczne

c) MAGNEZ- ja to zaznaczyłam (sądzę, że to wynik braku precyzji tego, kto układał pytania a poza tym założyłam, że skoro cała reakcja przebiega albo w roztworze albo w środowisku fizjologicznym – In vivo- więc ten magnez i tak będzie w postaci jonów) no właśnie. Ja nie zaznaczyłem (ale też uważam, że nie jest to precyzyjne). Musi być obecny jon dwuwartościowego metalu, najlepiej Mg albo Mn, czyli można magnez czymś zastąpić, czyli nie jest niezbędny... ale jak ma być..Ja bym tego nie zaznaczyła. Nie po to orłowski tyle sie produkował na zajciach i podkreślał słowo JON, żeby to było zupełnie bez sensu na kole :D. (JON MAGNEZOWY OK)

d) MATRYCA komplementarna do startera—JAKAS BZDURKA jeśli się zastanowić... skoro starter jest komplementarny do matrycy, to matryca też jest komplementarna do startera... :) jednak ja nie zaznaczyłem

e) [x] matryca 1 lub 2 niciowa- to jest dobrze, gdzieś tak było w Stryerze “Matrycą może być DNA jedno- lub dwuniciowy”

f) [x] wszystkie 4 dNTP

g) [-] wszystkie 4 NTP

h) [x] starter z 3’-OH

14) Pytanie dotyczące usuwanie deaminowanej Cytozny do uracylu w DNA

a) enzymy usuwające tą mutacje – proces naprawy –glikozydaza uracylowa, potem endonukleaza AP, polimeraza DNA I i ligaza na końcu

b) [x] czy da to mutację CG – AT w niciach potomnych chyba tak. Deaminacja cytozyny prowadzi do powstania uracylu, a ten łączy się z adeniną, czyli ostatecznie powstanie para A=T

c)[?] coś z tyminą , że jest obecna w RNA, mimo że koszt energetyczny syntezy jest wiekszy niż w uracylu , występującym w RNA

d)[-] mutacje w DNA są widoczne we wszystkich następnych pokoleniach

e)[-] jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję (nieprawda bo mRNA nie ma tak dużego naczenia na ekspresję)

f) [?] jest to spontaniczna modyfikacja prowadzi do powstania nowych kodonów chyba tak

16) Pytanie o kod genetyczny

a)[-] jest zdegenerowany bo w różnych organizmach różne kodony kodują inny aminokwas - to było źle(tzn jest zdegenerowany ale z innego powodu)

b) ogólnie cechy kodu genetycznego

c)[x] jest uniwersalny jego uniwersalnosc jest prawie absolutna''-dobra odp w stryerze jest nam na powtórce mowiła babka, ze nie jest uniwersalny ostatecznie, zgadzam się - NIE JEST UNIEWERSALNY, naciskała na to, więc raczej tego nie zaznaczać

d)[-] ma 64 kodony kodujące 20 aminokwasów- chyba 61 i 3 kodony stop

e)[x] nie ma znaków przecinkowych

f) 3 kodony kodujące 1 aminokwas to synonimy tak, ale potem była dalsza część pytania: „np. CAC i CGC to synonimy metioniny”. Metionina jest kodowana tylko przez jeden kodon, więc to chyba niepoprawna odpowiedź

20)TOPOIZOMERAZY

a)[-] top. 1 rozcina 2 nici top. 2 jedną – źle na odwrót

b)[?] zmieniają liczbę opleceń – to jest dobrze

c)[-] wymagają ATP – nie tylko Gyraza (topoizomeraza 2) wymaga

d) [x] przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

e) [x] 3’-P łaczy się z OH Tyr

f)[-] 5’ P laczy się z ε Lys

6.Różnice w budowie polimerazy DNA i RNA. Zdania prawdziwe

a)obie wymagają odcinka starterowego

b)p.RNA poodbnie jak p.DNA ma właśściwości nukleazy

d)polimeraza RNA podobnie jak i DNA katalizuje reakcję poprzez atak Pi

8. Które z poniższych zdań są cechami kodu genetycznego?

jest całkowicie zdegradowny
61 trojek koduje aminokwasy
jest zdegradowany , to znaczy z,e 1 aminokwas może być kodowany przez więcej niż 1 kodon- zdegenerowany!
każdy aminokwas może być kodowany przez więcej niż jeden kodon, przy czym skład pierwszej i drugiej zasady dla danego aminokwasu jest taki sam

13. mamy hybryd 19 ° , prawoskretna, waski i gleboki rowek to: Odp. hybryd DNA-RNA, ssRNA,(a tu nie powinno być ds-RNA? przeciez to chodziło o dwuniciowe Rna, jest w stryerze napisane tak…) A-DNA

14. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu W-C

a) dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi

b) tworzy pary A-C i G-T

c) helisa ma pelny obrot o 34 st. Bo kazda para obraca się o 36 st. Względem sąsiedniej pary zasady i oddaloneo 3,4 A-to jest ok jak dla mnie- zad z listy 1 też tak uważam :)

d) puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy a nie fosfocukrowy? na zewnatrz tez mi sie tak wydaje. jak bylby fosfocukrowy to ok

e) sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest rowne, tak jak ilość G i C

f) można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici

15. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)

a) może być pakowany w fag

b) może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy

c) musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie - to na pewno dobrze?

d) może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu

e) mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym - żel poliakryloamidowy rozdziela cząsteczki do długości 1 kb (1000 par zasad)elektroforeza w pulsacyjnym polu elektrycznym do rozdzielania całych chromosomów

16. Topoizomeraza

a) zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow

b) przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych to w koncu nie, bo nie ma relaksacji wiazan fosfodiestrowych

c) wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy zrelaksowane

d) tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA

e) mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego DNA z formy rozluźnionej

17. Miejsca promotorowe E.coli

a) mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji prawda?

b) dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje

c) okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA niepoprawne źle!!

d) maja identyczne i określone sekwencje

e) sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja powoduje utrate aktywności)

f) te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane przez 17 par zasad sa bardzo wydajne

19.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.

Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie

(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb

B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI?????

C) izolacja ludzkiego genomowego DNA

D) izolacja genomowego DNA z E.coli

E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A

F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania

odpowiedniej ilości klonow

G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda

H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu

w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda

I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej

sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu

hybrydyzowanego z sond

1. Oligonukleotydy

-służą jako sondy...

- w reakcji PCR używane?

- w met. dideosy Sangera

- do mutagenezy ukierunkowanej

- jeszcze coś : P

2. Topoizomerazy:

-wymagaja ATP

- coś z topoizomerazami typu II

3. czym sie różni polimeraza DNA od RNA:

- wymaga dTTp zamaiast UTP

- wymaga startera

- matryce wymaga

- od 5' do 3' kierunek

4. Coś o przepływie ing. genetycznej

5. O helisach typu A, B i Z

6. Rysunek wektor z plazmidem ( i napisać co tam jest potrzebne...ale nie pamiętam odp. )

7. O kwasach nukleinowych:

- zawieraja ujemnie mostki fosfodiestrowe (ujemnie naładowane to chyba bedzie ok)

- mostki fosfodiestrowe między cukrem a zasada

- jednoniciowy łańcuch RNA tworzy str. spinki

8. jak można uwidocznić rozcięte enzymy restrykcyjne:

- bromek etydyny

- metoda Southern NIEPRAWIDŁOWA!

- odcisk palca i stopy :)

- coś z podłożem mokrym

- metoda dideoksy

(2 odp były poprawne etydyna i jeszcze coś ) które poprawne?

9. Rysunek z łączeniem sekwencji porozcinanych przez enz. restrykcyjne ( napisać które jak są rozcinane u bakteriofaga T4, chyba bakterii i ssaka )

10. Pytanie o telomerazy

11. zadanie z azotem N15 i N14 chodziło o stosunek gęstości w lekkim i cięzkim azocie)

Które na temat aminoacylo-tRNA są poprawne?

wiazanie estrowe w aminoacylotRNA tworzone jest miedzy grupa karboksylowa aminokwasu a gr fosforanowa tRNA (gr.hydroksylowa tRNA)
dla każdego aminokwasu istnieje inny enzym katalizujący tworzenie odpowiedniego
rodzaj aminokwasu przylaczanego do tRNA zalezy od rodzaju syntetazy……….. jest substratem
niektóre syntetay aminoacylo-tRNA posiadają aktywność korekcyjna……….. niewłaściwym tRNA
wszystkie syntetazy aminoacylotRNA rozpoznaja właściwy tRNa rozpoznając
aminokwas polaczony z tRNA odgrywa istotna role w rozpoznaniu

które są wspólne dla ligazy bakteriofaga i zwierzat

źródłem energii jest ATP
mogą laczyc wyłącznie czasteczki posiadające”lepkie konce
biora udzial w replikacji DNA , naprawie uszkodzonego DNA , laczeniu jednoniciowego DNA w forme kolista
biora udzial w naprawie uszkodzonego DNA
źródłem energii jest NAD+
podczas ligacji powstaje kompleks enzym-adenylan, adenylan-DNA
enzym katalizuje tworzenie wiazania estrowego miedzy gr.3’-fosforanowa a gr.5’-OH
do utworzenia wiazania fosfodiestrowego ligaza zużywa 2 wysokoenergetyczne wiazania
do utworzenia wiazania fosfodiestrowego ligaza zużywa 1 wysokoenergetyczne wiazanie
enzym katalizuje tworzenie wiazania estrowego (fosfodiestrowego) miedzy gr.5’-fosforanowa a gr.3’-OH -czyli chyba zle
źródłem energii jest NADP+

4. Które z poniższych sekwencji mogą występować w Z DNA

a. GAGAGAGAGA

b.CGTACGTACG

c.TAGAGGTAGA

d.GAATTTAAAG

e.GCGCGCGCGC

f.TTGGAATTAA

Te pytania są i z kół i egzaminu, ale nie pamiętam dokładnie które z czego, ale to chyba nie ma znaczenia. nie wiem czy większość się nie pokrywa z tymi wyżej wymienionymi.

Oczywiście było pytanie w którym było narysowane 6 zasad i trzeba było rozróżnić, które sa purynami, a które pirymidynami (pamiętaj pirymidyny mają dłuższą nazwę więc są mniejsze, a puryny, krótszą nazwę więc są podwójne).
Było pytanie o retrowirusy, głównie o odwrotnej transkryptazie (skąd pochodzi). Zwróć też uwagę na replikaze RNA (str. 92)
Było pytanie o różne rodzaje RNA, którego jest najwięcej, co koduje poszczególne klasy RNA
Była narysowana podwójna nić DNA i transkrypt mRNA jaki powstaje na jej podstawie i trzeba było określić, która nić jest matrycowa a która kodująca (górna czy dolna)
Było pytanie o geny eukariotyczne, czy są głównie ciągłe, czy nieciągłe, czy zawierają introny, czy są współliniowe ze swoimi produktami białkowymi, czy eksony kodują rejony białek odrębne strukturalnie i funkcjonalne, czy nowe białka powstaja w wyniku rearanżacji eksonów.
Było pytanie jak można wywoływać fragmenty DNA po elektroforezie i to jest oczywiście reakcja z bromkiem etydyny
Było pytanie jak można znakować DNA, jedno lub dwuniciowy (to nie ma znaczenia) i tutaj musisz pamiętać o kinazie polinukleotydowej, która przenosi fosforan z ATP znakowanego tylko na fosforze gamma, nie beta ani alfa i ta kinaza znakuje koniec 5`, oraz o polimerazie DNA, która wymaga znakowanych dNTP na fosforze alfa i ona znakuje koniec 3`. W tym zadaniu była taka pułapka, bo polimeraza ma też inną nazwę nukleotydylotranfseraza DNA i taka nazwa była podana z zadaniu, a prawie nikt nie wiedział o tej drugiej nazwie i nie zaznaczał tej odpowiedzi, więc zwróć na to uwagę.
Było pytanie o metodę dodeoksy Sangera. I tutaj pamietaj, że najpierw odczytujesz od dołu, potem robisz do tego odczytanego fragmentu nić komplementarną, a potem to odwracasz i masz wtedy sekwencjonowaną nić od końca 5`do 3`

Np.   5`ATTCGAAGC 3` (to jest to co odczytałaś)

       3`TAAGCTTCG 5` (komplementarna do niej)

      5`GCTTCGAAT 3`   (to jest odpowiedź na pytanie)

9. Było pytanie o PCR, tzn. były podane różne temperatury i trzeba było wybrać kiedy eksperyment się powiedzie. Pamiętaj, że najpierw jest bardzo wysoka temperatura (ok. 90), potem obniżasz do ok. 50, a potem znów ogrzewasz do ok. 70. Te wartości nie muszą być identyczne ale zawsze jest wysoka, niska, wysoka, nigdy na odwrót.

10. Było pytanie w którym powierzono studentom przeprowadzenie eksperymentu, w którym mieli doprowadzić do ekspresji genu insuliny u E.coli i każdy wykonał różne czynności, ale poprawne były te w których najpierw na matrycy mRNA po splicingu (bez intronów) zsyntetyzowano cDNA dzięki działaniu odwrotnej transkryptazy, następnie to cDNA wprowadzono do wektora (plazmid) i tak zrekombinowany plazmid przeniesiono do bakterii, która zaczęła syntetyzować insulinę. Pamiętaj o dobrej kolejności i że tam nie bierze udziału żadna polimeraza.

11. Z rozdziału 6 zwróć uwagę na wektory, bo jeszcze nie było z tego żadnego pytania na kolach, ani egzaminie więc w końcu coś mogą z tego dać.

12. Była opisana krótka charakterystyka jakiegoś rodzaju DNA i trzeba było dojść do tego jaki to jest rodzaj i gdzie wystepuje.

13. Było pytanie o ligazę, tzn. było chyba 10 zdań i trzeba było wybrać, które pasują do opisu ligazy zwierzęcej. Między innymi, skąd czerpie energię (ATP), w jakich procesach uczestniczy, czy łączy fragmenty dwu czy jednoniciowe (zawsze dwu), czy przeprowadza reakcje jednoetapową (nie, wieloetapową), czy produktem pośrednik jest kompleks enzym- adenylan (tak), ile wiązań wysokoenergetycznych zużywa (2).

14. Działalność polimerazy DNA III, która oprócz zdolności polimerazowych jest także egzonukleazą 3`-5`. Pamiętaj że nie występuje ona w jądrze bo jest to enzym prokariotyczny, a u Prokariota nie ma jądra.

15. jakie są kolejne etapy w replikacji DNA, tak bardzo ogólnie i pamiętaj o działaniu gyrazy oraz o prymazie, która syntetyzuje primer, którym jest krótki fragmeny RNA. (zwróc głównie uwagę na tabelkę na stronie 861.

17. Kolejne etapy przy wycinaniu dimerów pirymidynowych, tzn. też tylko enzymy i co robią.

18. Był opisany eksperyment, w którym przeprowadzano terminację transkrypcji i dodano tam wszystko co potrzeba oprócz białka rho oraz do drugiej probówki zamiast guaniny był inny związek, który tworzy tylko dwa wiazania z cytozyną (czyli oddziałuje słabiej), a zamiast uracylu był 5-bromouracyl, który silniej oddziałuje z adeniną. Czyli mieliśmy dwie probówki w jednej wszystko było normalnie, ale bez białka rho, a w drugiej nie było białka rho oraz zmienione zasady. Trzeba było dojść w której probówce terminacja zajdzie łatwiej i czy w ogóle zajdzie z uwagi na nieobecność białka rho. Więc terminacja zajdzie bo białko rho nie jest niezbędne. I teraz jak wiesz sygnał terminacji to jest spinka do włosów (dużo par G-C) i teraz jeśli wiemy, że parowanie się G z C jest osłabione w drugim przypadku to tam struktura spinki do włosów będzie mniej stabilna i co za tym idzie będą słabsze sygnały terminacji. Oddziaływanie A-U nie ma tu znaczenia. Więc widzimy, że sygnał terminacji będzie silniejszy w pierwszej probówce i tam zajdzie ona szybciej.

o splicingu były te same zadania co na kole tzn. co się stanie jak przesuniemy miejsce rozałęziające o 9 reszt w stronę 5`. Wtedy nic się nie stanie a produkt białkowy będzie taki sam jsk przed zmianą. Zmieni się jedynie kształt lassa.

trzeba było opisać co zachodzi przy splicingu autokatalitycznym:

-          atak grupy 2`-OH z rozgałęzienia na miejsce splicingowe 5`,

-          atak grupy 3`-OH eksonu pierwszego na koniec 5`-P eksonu drugiego

-          powstanie połączonych eksonów oraz intronu w formie lassa

Był opisany eksperyment w którym były trzy probówki

I-                   bufor

II-                 bufor + GTP

III-              bufor + GTP + coś jeszcze

i wiemy że splicing na pewno zaszedł. Co możemy powiedzieć o rodzaju splicingu. Więc na pewno jest to splicing autokatalityczny, bo w pierwszej probówce nie mieliśmy nic a mimo to znaszedł. Prawdopodobnie jest to II rodzaj splicingu autokatalitycznego bo w pierwszym przypadku nie dodalismy kofaktora (GTP) a mimo to zaszedł, co świadczy, że wzięło w nim udział mniejsce rozgałęzienia, ale co do tego nie mam pewności!

Było pytanie o tRNA, bardzo podobne do tego na liście, tzn. czy zawiera kodon czy antykodon, czy aktywacja aminokwasu zachodzi poprzez przyłączenie do tRNA, czy na końcu 3` jest sekwencja ACC (nie, jest CCA), czy ma ponad 150 mukleotydów (nie, około 90), czy antykodon i aminokwas są na przeciwnych końcach tRNA (nie, na przeciwległych), czy przy tworzeniu aminoacylo-tRNA, powstaje produkt pośredni aminoacylo-AMP, czy jest to w ogóle reakcja jedno- czy wieloetapowa i ile wiązań wysokoenergetycznych jest zużywanych, musisz wiedzieć że sytnetaza rozpoznaje zarówno pętlę antykodonową jak i ramię akceptorowe (str.941).
Być może że będzie coś o zasadzie tolerancji bo ona nam na to szczególnie zwracała uwagę, a o tym nie było jeszcze pytania. Tam ważna jest tylko tabelka ze str. 943.
Budowa rybosomów (na kole było u Eukariota, a na egzaminie nie było o tym pytania).
Jak przebiega translacja u Prokariota- tworzenie formylometionylo-tRNA (najpierw metionylo-tRNA, który dopiero potem ulega formylacji), początek transjacji (AUG, a przed nią sekwencja bogata w puryny- Shine- Dalgarno), kierunek translacji (5`-3`, białko od N do C końca), mRNA prokariotyczny jest zawsze policistronowy
Było pytanie o czynniki elongacyjne (EF-Tu i Ts, który przyłącza GTP i aminokwas), w którym miejscu znajduje się inicjatorowy tRNA (P), a nowy aminoacylo- tRNA przyłancza się do A
Przebieg translacji u Eukariota, jak wygląda początek i jaki jest inicjatorowy tRNA, czy jest regulowana przez specyficzną kinazę (tak)
Pytanie o beta- galaktozydazie, jaką reakcję przeprowadza, jest produktem jakiego genu (z), czy jest regulowana przez IPTG, którego sama nie synyetyzuje
Pytanie o białko CAP, w którym miejscu się przyłącza, czy jest aktywatorem czy represorem transkrypcji (aktywatorem) i na jakie operony działa (kataboliczne- laktozowy i arabinozowy)
Pytanie o białko C, czy łączy się specyficznie z DNA tylko kiedy jest związany z arabinozą (nie), czy przyłanczając się do araO2 i araI powoduje wypętlenie i blokadę syntezy genów BAD (tak), czy przyłanczając się do araO1 blokuje własną syntezę (autoregulacja).
Było też pytanie o faga lambda, ale nie pamiętam już jak ono dokładnie brzmiało, chyba czy białko cro przyłancza się do Or1 (nie bo do Or3), a czy represor ma największe powinowactwo do Or3 (nie bo do Or1)- autoregulacja. Pamiętaj ten schemat na str. 1019, że zniszczenie struktury DNA powoduje związanie z nią białek recA, które powodują degradacje represora, a jak nie ma represora to jest synteza białka cro i białka N i fag przechodzi w fazę lityczną. Represor powoduje więc pozostanie w fazie lizogenicznej.
Operon tryptofanowy, czy występuje odcinek liderowy, w obrębie którego jest atenuator, czyli miejsce kontrolowanej transkrybcji (tak), co jeśli jest dużo trp, a co jeśli jest go mało,
Był opisany eksperyment, w którym do operonu tryptofanowego wsadzono sekwencję regulatorową operonu lac, która była wrażliwa na IPTG (tzn. związanie IPTG powodowało blokadę transkrypcji), a operator tryptofanowy nie wiązał tryptofanu, czyli nie był wrażliwy na stężenie Trp. Kiedy zachodziła synteza enzymów rozkładających trp. Więc tylko wtedy kiedy nie było IPTG, bo ten operon jest wrażliwy tylko na stężenie IPTG.
Było pytanie o histony, czy są zasadowe czy kwaśne i dlaczego, ile ich wchodzi w skład nukleosomu, które stanowią rdzeń, ile zasad jest nawiniętych na rdzeń, czy ich geny są wielokrotnie, tandemowo powtórzone, czymają introny i czy ich koniec 3` ulega poliadenylacji
Pytanie o geny u Eukariota- czy są sekwencje wielokrotnie powtórzone, czy jest wiele widełek replikacyjnych, i coś jeszcze ale już nie pamiętam !
Telomeraza- działanie, ma własną matrycę, ma właściwości odwrotnej transkryptazy, dołancza reszty do końca 3`nici matrycowej, na której będzie syntetyzowana nić opóźniona, o tym pamiętaj. Ona nie przyłancza do nici opóźnionej ale do matrycy.
Pytanie o fragmenty DNA rozluźnione, że są to pufy, że tam następuje aktywna transkrypcja, że są wrażliwe na działanie Dnazy i że są mniej zmetylowane niż fragmenty ścislej upakowane.
Pytanie o czynniki regulacji transkrypcji u Eukariota, na pewno było o tym czy muszą wnikać do komórki (tak), jadra (nie) i nie pamiętam co jeszcze.
Pytanie o modyfikacje posttranskrypcyjne lub przedtranslacyjne: alternatywny splicing i były jeszcze jakieś inne ale nie pamiętan, więc tu się musisz zastanowić kiedy te zjawiska mają miejsce

Wyszukiwarka