eKolokwium z Biologii molekularnej NR 2 - ZIMA 2013-2014

Question 1 Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących inicjacji i elongacji transkrypcji u Prokaryota są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Podjednostka σ oddysocjowuje od holoenzymu pod koniec elongacji transkryptu.

b. Po oddysocjowaniu od holoenzymu zmieniona strukturalnie podjednostka σ nie może ponownie uczestniczyć w inicjacji transkrypcji.

c. Rdzeń polimerazy RNA silnie wiąże się z matrycą DNA bez względu na jej sekwencję.

d. Podjednostka σ nadaje rdzeniowi enzymu zdolność inicjacji transkrypcji w miejscach promotorowych.

e. Przejście od kompleksu promotorowego zamkniętego do kompleksu promotorowego otwartego jest kluczowym punktem inicjacji transkrypcji.

f. Odpowiedzią E.coli na podwyższoną temperaturę jest synteza białka σ54.

Question 2 Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących splicingu prekursorowego rRNA orzęska Tetrahymena są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Miejsce splicingowe 5’ jest ustawione w odpowiedniej pozycji dzięki parowaniu się zasad rejonu bogatego w pirymidyny, występującego w eksonie poprzedzającym intron, i sekwencji przewodnika bogatej w puryny, która występuje w intronie.

b. Pre-rRNA zawiera specjalną „kieszeń” wiążącą kofaktor.

c. Do splicingu tego pre-rRNA wymagany jest kofaktor - albo nukleotyd adeninowy: ATP, ADP lub AMP, albo adenina.

d. Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5’ i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 3’ eksonu.

e. Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5’ i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 3’ intronu.

f. Do splicingu tego pre-rRNA wymagany jest kofaktor - albo nukleotyd guaninowy: GTP, GDP lub GMP, albo guanina.

Question 3 Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących bakteriofaga lambda są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Bakteriofag zostaje uwolniony z chromosomu bakteryjnego w wyniku oddziaływania represora λ z kompleksem ssDNA-lexA powstałym po uszkodzeniu DNA.

b. Rolą białek N i Q jest blokada transkrypcji genów kodujących białka główki i ogonka.

c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

d. Podczas fazy litycznej bakteriofagowy DNA występuje w postaci profaga.

e. Bakteriofagowe białko Cro wiąże się do miejsca operatorowego OR1 zapobiegając w ten sposób transkrypcji genu cI.

f. W bakterii lizogenicznej z genomu bakteriofaga ekspresji podlega tylko represor λ.

Question 4 Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących funkcjonalnych cząsteczek tRNA są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Zawierają sekwencję ACC na końcu 5’.

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. Wyróżniają się spośród innych cząsteczek RNA tym, że podczas ich syntezy polimeraza RNA wprowadza także nietypowe nukleotydy, takie jak rybotymidyna, czy pseudourydyna.

d. Cząsteczki tRNA są zwykle krótsze niż 50 nukleotydów, z czego około połowa występuje w sparowanych regionach helikalnych.

e. Pętla antykodonu to wewnętrznie sparowany region helikalny, który nie może zawierać innych nukleotydów poza A, U, C, G lub I.

f. Koniec 5’ wszystkich tRNA jest fosforylowany.

Question 5 Punkty: 2 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących inhibitorów transkrypcji są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

b. Ryfampicyna specyficznie hamuje elongację łańcucha RNA poprzez interkalację pomiędzy pary zasad hybrydy RNA-DNA.

c. Aktynomycyna D blokuje kanał w centrum aktywnym polimerazy RNA i hamuje inicjację syntezy RNA na etapie tworzenia się pierwszych wiązań fosfodiestrowych.

d. α-amanityna jest oktapeptydem zawierającym kilka modyfikowanych aminokwasów.

e. Polimeraza RNA II jest wrażliwa jedynie na duże stężenia α-amanityny.

f. Aktynomycyna D wykazuje zdolność blokowania wzrostu szybko dzielących się komórek, dlatego wykorzystuje się ją w leczeniu niektórych nowotworów.

Question 6 Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących poliadenylacji pierwotnego transkryptu są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Donorem reszt A jest 5’-trifosforan deoksyryboadenozyny.

b. Ogon poli(A) jest produktem reakcji katalizowanej przez polimerazę RNA II.

c. Inhibitorem reakcji poliadenylacji jest kordycepina.

d. Większość eukariotycznych mRNA ma na końcu 3’ ogon zbudowany z 5'-monofosforanów deoksyryboadenozyny.

e. mRNA pozbawiony ogona poli(A) może nie ulegać wydajnej translacji.

f. Długość życia mRNA zależy od szybkości syntezy ogona poli(A).

Question 7 Punkty: 4 W laboratorium otrzymano szczep E. coli diploidalny pod względem operonu laktozowego. Fenotyp tego szczepu jest następujący: i – p + o + z – y + a + /i+p – o + z + y + a + .

Które z poniższych stwierdzeń na temat działania operonu laktozowego w przypadku tego szczepu są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Szczep ten wykazuje taki sam poziom ekspresji genów struktury co haploidalny szczep dziki.

b. Szczep ten nie jest wrażliwy na obecność laktozy w podłożu.

c. Szczep ten wykazuje konstytutywną ekspresję genów struktury.

d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

e. Szczep ten nie jest wrażliwy na obecność IPTG w podłożu.

f. Szczep ten powoduje powstanie barwnego produktu w obecności X-Gal oraz IPTG w podłożu.

Question 8 Punkty: 3 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących elongacji translacji u Prokaryota są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Oddysocjowanie niewłaściwego aminoacylo-tRNA od rybosomu możliwe jest tak długo, jak odpowiedni czynnik elongacyjny, który dostarczył ten aminoacylo-tRNA do rybosomu, pozostaje związany z GTP.

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. W obecności kompleksu EF-G/GDP, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem A rybosomu.

d. Czynnik EF-Tu wiąże się z każdym aminoacylo-tRNA oprócz fMet-tRNAi.

e. Atak nukleofilowy grupy aminowej peptydylo-tRNA na atom węgla wiązania acyloestrowego aminoacylo-tRNA powoduje utworzenie kolejnego wiązania peptydowego.

f. Czynnik EF-Ts pełni podczas translacji analogiczną rolę jak zaktywowany receptor błonowy o siedmiu helisach w przekazywaniu sygnału przez klasyczne białka G.

Question 9 Punkty: 2 Które z poniższych sformułowań stanowi według Pani/Pana treść zasady tolerancji Cricka? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Jeśli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się inozyna, to może ona parować z adeniną, uracylem lub cytozyną w trzeciej pozycji kodonu. Podobnie, możliwe jest parowanie guaniny z uracylem w podanych powyżej pozycjach kodonu i antykodonu. Pary A-U oraz G-C mogą występować niezależnie od pozycji zasady kodonu i antykodonu.

b. W helikalnych regionach cząsteczek RNA tworzenie par zasad I-A, I-C, I-U oraz G-U jest równie prawdopodobne, co powstawanie par A-U i G-C.

c. Dany antykodon może być rozpoznawany przez więcej niż trzy kodony.

d. Dany kodon może być rozpoznawany przez więcej niż trzy antykodony.

e. Konformacyjna giętkość ramienia akceptorowego cząsteczki tRNA pozwala na swobodne przemieszczanie fragmentu aminoacylowego i peptydylowego aminoacylo-tRNA i peptydylo-tRNA, odpowiednio, w obrębie dużej podjednostki rybosomu bez przesuwania tych cząsteczek względem małej podjednostki rybosomu.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Question 10 Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących operonu tryptofanowego są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Transkrypcja operonu trp jest regulowana między innymi przez miejsce kontrolowanej terminacji transkrypcji, wchodzące w skład odcinka liderowego.

b. Liderowy mRNA koduje krótki peptyd pełniący funkcję regulatorową jako czynnik działający w układzie „trans”. c. Tryptofan pełni rolę korepresora, wpływając w ten sposób hamująco na własną syntezę.

d. Transkrypt operonu tryptofanowego koduje enzymy uczestniczące w rozkładzie tryptofanu.

e. W przypadku niedoboru tryptofanylo-tRNA, rybosom zatrzymuje się ("utyka") na kodonach kodujących tryptofan.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Question 11 Punkty: 3 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących aktywności korekcyjnej syntetaz aminoacylo-tRNA są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Inkubacja Ser-tRNAThr z syntetazą treonylo-tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo-tRNA.

b. Aminoacylo-tRNA może podlegać edycji przez syntetazę bez oddysocjowywania substratu od enzymu.

c. Syntetaza tyrozylo-tRNA wykazuje aktywność korekcyjną, która prowadzi do hydrolizy fenyloalanylo-tRNATyr. d. Hydroliza błędnego aminoacylo-tRNA zachodzi w tym samym centrum aktywnym co jego synteza.

e. Typowy i akceptowalny poziom błędów syntetaz aminoacylo-tRNA wynosi 1 błąd na 103 włączanych aminokwasów.

f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Question 12 Punkty: 4 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących operonu arabinozowego są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Związanie białka regulatorowego na elemencie regulatorowym araO1 aktywuje ekspresję genu araC.

b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

c. Arabinoza powoduje oddysocjowanie białka regulatorowego od elementu regulatorowego araO2.

d. Operon ten podlega hamowaniu przez kompleks CAP-cAMP. e. Arabinoza jest inhibitorem ekspresji genów araBAD.

f. Głównym białkiem regulatorowym tego operonu jest dimeryczne białko AraC (białko C).

Question 13 Punkty: 4 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących operonu laktozowego są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

b. IPTG jest substratem dla jednego z enzymów kodowanych przez ten operon.

c. Wszystkie geny struktury podlegają wspólnej ekspresji w postaci trzech monocistronowych transkryptów.

d. W skład tego operonu wchodzą między innymi trzy geny struktury – gen β-galaktozydazy, permeazy galaktozydowej i acetylotransferazy tiogalaktozydowej.

e. Bezpośrednim induktorem operonu laktozowego jest 1,6-allolaktoza.

f. Kluczową rolę w regulacji tego operonu odgrywa białko represorowe, którego aktywność jest bezpośrednio pod kontrolą laktozy.

Question 14 Punkty: 2 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących promotorów eukariotycznych są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Charakterystycznym elementem promotora eukariotycznego jest kaseta TATA, która występuje dalej od miejsca startu transkrypcji niż podobny element u Prokaryota.

b. Sekwencje CAAT i GC działają tylko w przypadku, kiedy znajdują się na nici antysensownej.

c. Promotory genów konstytutywnych z reguły mają w swoich promotorach kasety CAAT.

d. Kasety TATA, CAAT, GC oraz inne elementy cis w promotorach eukariotycznych nie są rozpoznawane bezpośrednio przez polimerazę RNA II, ale przez dodatkowe czynniki transkrypcyjne.

e. Sekwencje promotorów eukariotycznych rozpoznawane przez polimerazę RNA II, w przeciwieństwie do sekwencji promotorów prokariotycznych, wykazują symetrię, której środkiem jest miejsce startu transkrypcji danego genu.

f. Polimerazy RNA II i III rozpoznają identyczne sekwencje promotorowe.

Question 15 Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących inhibitorów translacji są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Fragment B toksyny błonicy prowadzi modyfikację reszty dyftamidu w czynniku EF2, co blokuje jego zdolność do przeprowadzenia translokacji podczas syntezy polipeptydu.

b. Erytromycyna wiąże się z podjednostką 50S i blokuje translokację u Prokaryota.

c. Rycyna blokuje działanie rybosomu poprzez modyfikację rRNA na etapie elongacji.

d. Fragment A toksyny błonicy prowadzi modyfikację reszty dyftamidu w czynniku EF-Tu, co blokuje jego zdolność do przyłączenia aa-tRNA.

e. Streptomycyna hamuje terminację translacji.

f. Chloramfenikol jest antybiotykiem działającym wyłącznie na komórki eukariotyczne.

Question 16 Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących danego fragmentu dwuniciowego DNA, obejmującego region kodujący start translacji pewnego białka prokariotycznego, są prawdziwe?

...TGCCACATAGCGA...

...ACGGTGTATCGCT... Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. W bąblu transkrypcyjnym nić górna tworzy z nowopowstającym transkryptem przejściową hybrydę RNA-DNA. b. Powstający transkrypt ma sekwencję: pppAUGUGGCA…

c. Nić górna jest nicią matrycową.

d. W bąblu transkrypcyjnym nić dolna tworzy z nowopowstającym transkryptem przejściową hybrydę RNA-DNA. e. Nić dolna jest nicią antysensowną.

f. Powstający transkrypt ma sekwencję: …TCGCTATGTGGCA…

Question 17 Punkty: 3 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących splicingu poniższego fragmentu pre-mRNA, katalizowanego przez spliceosomy, są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Grupa 2’-OH reszty adenylowej intronu A atakuje atom fosforu w wiązaniu fosfodiestrowym w miejscu splicingowym 3’.

b. Grupa 2’-OH z wolnego adenylanu atakuje miejsce splicingowe 5’ pomiędzy eksonem 1 i końcem 5’ intronu A. c. Koniec 5’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2.

d. Koniec 3’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2.

e. Podczas procesu splicingu omawianego typu zachodzą dwie reakcje transestryfikacji.

f. Podczas splicingu ekson 1 z eksonem 2 tworzą strukturę w kształcie lassa.

Question 18 Punkty: 2 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących wyboru miejsca startu translacji w przypadku organizmów prokariotycznych są prawdziwe? Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

a. Mutacja w regionie bogatym w pirymidyny poprzedzającym kodon START zamieniająca je na szereg puryn prowadzi najprawdopodobniej do spadku wydajności translacyjnej danego genu.

b. Prawie zawsze wybierany jest pierwszy kodon AUG lub GUG od końca 3’ cząsteczki mRNA.

c. Wybór miejsca startu translacji zależy od oddziaływania regionu 3’-UTR transkryptu z rybosomem.

d. Delecja odcinka kodującego sekwencję Shine-Dalgarno prowadzi do spadku wydajności translacyjnej danego genu.

e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

f. Transkrypt może zawierać więcej niż jedno miejsce startu translacji.