Zastosowanie	Używane enzymy	Cel
Przemysł piekarniczy	Grzybowe alfa-amylazy	Katalityczne przyspieszenie rozkładu skrobi z mąki na krótsze cukry. Te z kolei są wykorzystywane przez drożdże piekarnicze zawarte w cieście, wskutek czego produkowany jest dwutlenek węgla, spulchniający ciasto. Używane w produkcji pieczywa białego, bułek itp.
	Proteazy	Producenci ciastek używają ich do obniżenia poziomu białka w mące.
Jedzenie dla niemowląt	Trypsyna	Do wstępnego nadtrawiania jedzenuia.
Browarnictwo, gorzelnictwo i przemysł winiarski	Enzymy jęczmienne uwalniane są podczas przyrządzania zacieru przy produkcji piwa.	Rokładają one skrobię i białka, uwalniając cukry proste i aminokwasy, służące następnie drożdżom w fermentacji.
	Przemysłowo produkowane enzymy jęczmienne i drożdżowe	Używane jako substytuty naturalnych
	Amylazy, glukanazy, proteazy	Rozkładają polisacharydy i białka zawarte w słodzie czy zacierze.
	Betaglukozydaza	Poprawia proces filtrowania.
	Amyloglukozydaza	Produkacja trunków niskokalorycznych.
	Proteazy	Usuwają zmętnienia produktu.
	Dekarboksylaza kwasu α-acetomlekowego	Poprawia wydajność fermentacji usuwając nadmiar biacetylu
Soki owocowe	Celulazy, pektynazy	Klarują soki (rozklad celulozy i pektyn)
Mleczarstwo	Podpuszczka, izolowana z żołądków młodych przeżuwaczy (cielęta, owce).	Produkcja serów, używane do hydrolizy białek.
	Enzymy pochodzenia mikrobiologicznego	Zastępują te pochodzenia zwierzęcego.
	Lipazy	Stosowane w produkcji sera Roquefort by usprawnić ich dojrzewanie.
	Laktazy	Rozkład laktozy do glukozy i galaktozy.
Zmiękczanie mięsa	Papaina	Rozmiękczanie mięsa przy gotowaniu
Przemysł skrobiowy	Amylazy, amyloglukozydazy i glukoamylazy	Rozkład skrobi do glukozy i produkcja cukrów konwertowanych.
	Izomeraza glukozowa	Konwersja glukozy we fruktozę przy produkcji wysokofruktozowych syropów ze skrobi. Syropy te są używane do słodzenia i są słodsze niż sacharoza, a mniej kaloryczne.
Przemysł papierniczy	Amylaza, ksylanaza, celulaza i ligninaza	Amylazy rozkładają skrobię w celu zmniejszenia lepkości, wspomagają regulację gramatury papieru i jego pokrycia. Ksylanazy redukują potrzebę wybielania. Celulazy wygładzają włókna, wspomagają schnięcie oraz usuwanie pigmentów (przy przeróbce makulatury). Ligninazy degradują ligniny i wspomagają zmiękczanie papieru.
Przemysł biopaliwowy	Celulaza	Używana do rozkładu celulozy do cukrów, które mogą być wykorzystane w procesie fermentacji przy produkcji etanolu celulozowego.
	Ligninaza	Używana do rozkładu ligniny.
Biodetergenty	Proteazy, pierwotnie pozyskiwane z wydzielających je na zewnątrz komórek bakterii.	Używane w praniu wstępnym i namaczaniu, a także podczas prania zasadniczego, gdzie wspomagają usuwanie plam pochodzenia białkowego z ubrań.
	Amylaza	Do usuwania plam ze skrobi.
	Lipaza	Wspomagają usuwanie plam z tłuszczu
	Celulaza	Używana w biologicznych zmiękczaczach do tkanin
Płyny do mycia soczewek kontaktowych	Proteazy	Do odbiałczania szkieł i zapobiegania zakażeniom
Przemysł gumowy	Katalaza	Do wytwarzania tlenu z nadtlenków, by przetwarzać lateks w gumy spienione.
Przemysł fotograficzny	Proteazy	Rozkład żelatyny pokrywających filmy fotograficzne przy odzyskiwaniu z nich srebra.
Biologia molekularna, biochemia	M.in. enzymy restrykcyjne, ligazy DNA, polimerazy DNA i RNA, proteazy, DNazy, RNazy, enzymy szlaków metabolicznych i inne.	Używane m.in. w manipulacjach materiałem genetycznym, badaniach metabolizmu, proteomice, w diagnozowaniu klinicznym i kryminalnym, jako markery i indykatory, oraz wiele innych.