Drugi okres działalności Komisji Edukacji Narodowej.

            Komisja zdawała sobie sprawę, iż pomimo zmian jakie nastąpiły w jej strukturach, potrzebna jest także zmiana w systemie nauczania. Niestety brak było nowej kadry nauczycielskiej, kierowników i wizytatorów. Z pomocą Komisji przyszedł młody ksiądz, wychowanek akademii krakowskiej, który przez pewien czas przebywał za granicą. Gdzie miał okazję zapoznać się z innymi modelami wychowania. Był to HUGO KOŁŁĄTAJ. Przekonał on komisję o konieczności przyjęcia oferty akademii krakowskiej i stworzeniu wspólnie z nią nowego ośrodka, który stworzy podstawy do gruntownej reformy całego szkolnictwa. Na początek przejął on od akademii gimnazjum Nowodworskie i uczynił z niego wzorową szkołę średnią. Kształcącą przyszłą kadrę profesorską. Udało mu się także znacznie zwiększyć dochody tej szkoły i zapewnić dla niej poparcie komisji.[Naraził się tym biskupowi krakowskiemu co w konsekwencji skutkowało dużymi trudnościami, także w życiu osobistym.] Reformy swoje wzorował na działaniu uniwersytetów niemieckich, które na te czasy były najlepszymi uczelniami. Wprowadził do szkół język polski. Powołał młodych profesorów (przeważnie świeckich) i podniósł pensje nauczycielskie. W krakowskiej szkole powstały, nowe laboratoria, obserwatorium astronomiczne, ogród botaniczny. Zaczęto używać metody rozumowej zamiast pamięciowej. Dla młodych zorganizowano stypendia zagraniczne. Powstało w ten sposób w Krakowie Seminarium do kształcenia nauczycieli, pod kierownictwem Popławskiego. Komisja doceniła reformy Kołłątaja i nakazała reformę według tego samego schematu w akademii wileńskiej. Podjął się tego zadania Marcin Poczobut.
            Zmiany te pozwoliły Komisji rozszerzyć reformę na wszystkie rodzaje szkół i stworzenie nowego modelu szkolnictwa. Odpowiednio też przystosowano organizacje władz uniwersyteckich do spełniania zwierzchniczej roli nad szkołami. Pojawiła się także myśl zebrania wszystkich przepisów i zasad dotyczących szkoły i nauczania. W ten sposób powstały pod redakcją GRZEGORZA PIRAMOWICZA
"Ustawy Komisji Edukacji Narodowej dla Stanu Akademickiego i na szkoły w krajach Rzeczypospolitej przepisane".