Gdy we wrześniu 1939 roku stało się jasne, że wojna z Niemcami jest dla Polski przegrana, jeszcze podczas walk zaczęto myśleć o utworzeniu państwa podziemnego. Pierwsze plany w tym zakresie przedstawił gen. Michał Tokarzewski-Karaszewicz. Efektem była koncepcja sił politycznych i wojskowych w podziemiu gotowa już w momencie kapitulacji Warszawy. Koncepcja ta była przedyskutowana ze wszystkimi siłami politycznymi II Rzeczpospolitej, także opozycyjnymi do przedwojennego rządu. Położenie kraju skłoniło wszystkie partie do zaakceptowania powstania organizacji, która łączyłaby w sobie uprawnienia zarówno polityczne, jak i wojskowe. Tak też narodziła się 27 września 1939 roku Służba Zwycięstwu Polski. Na jej czele stanął sam Tokarzewski-Karaszewicz. Komisarzem cywilnym stojącym na czele Rady Głównej Obrony Narodowej, która mała podejmować decyzje polityczne, został Mieczysław Niedziałkowski. Początki działalności organizacji trudno uznać za udane. Pierwsza akcja zbrojna - zamach na Hitlera 5 października 1939 roku nie udał się. Ponadto SZP nie została zaakceptowana przez rząd polski na uchodźstwie.

Premier polskiego rządu, gen. Władysław Sikorski z ostrożnością podchodził do projektów organizacji, która miała sprawować funkcje zarówno wojskowe, jak i polityczne. Poza tym SZP była zdominowana przez oficerów sanacyjnych, wobec których premier przed wojną był w opozycji. Dlatego też w miejsce SZP powołano 4 grudnia 1939 roku podporządkowany rządowi na uchodźstwie Związek Walki Zbrojnej. Dowódcą Związku został gen. Kazimierz Sosnkowski, przewodniczący Komitetu Ministrów do spraw Kraju przy rządzie Sikorskiego. Na terenach okupowanej Polski władzę wojskową mieli sprawować podporządkowani mu gen. Stefan Grot-Rowecki na terenach zajętych przez Niemców i gen. Tokarzewski-Karaszewicz - na terenie ZSRR. Organizacja miała zajmować się wyłącznie sprawami wojskowymi. Kwestie polityczne miały roztrząsać inne, tworzone równolegle organizacje. Co także różniło ZWZ od SZP, to powstrzymanie się od natychmiastowych akcji przeciwko Niemcom. Sikorski wolał przeznaczyć stosunkowo długi okres czasu na budowanie organizacji i szkolenie jej członków, niż ryzykować, że zostanie ona szybko rozbita.

Początkowo więc Związek Walki Zbrojnej nie podejmował żadnych działań przeciwko okupantom. Budował zaś i wzmacniał struktury państwa podziemnego. Szkolono podchorążych i oficerów. W ramach Szarych Szeregów powołano do życia Organizację Małego Sabotażu "Wawer" dowodzoną przez Aleksandra Kamińskiego. Miała się ona zająć akcjami ośmieszającymi okupanta. Organizowanie operacji czysto militarnych leżało w rękach powstałego w kwietniu 1940 roku Związku Odwetu. Związek Walki Zbrojnej odpowiedzialny był za wymiar sprawiedliwości i karanie kolaborantów. Dla społeczeństwa polskiego przygotowano instrukcję jak ma się zachowywać w stosunku do okupantów. Pierwsze, wyjątkowe działania zbrojne przypadają na okres walk Francji z Niemcami (czerwiec 1940), kiedy to oddziały Związku miały sabotować działania Niemców w celu osłabienia ich na froncie zachodnim. Podobny cel miały akcje przeprowadzane na rozkaz Sikorskiego z lutego 1941 roku, kiedy istniała realna możliwość podjęcia przez Niemców inwazji na Wyspy Brytyjskie. Akcje te były jak na razie względnie nieliczne.

Po ataku Niemców na ZSRR (czerwiec 1941 r.) zmieniły się relacje władz polskich z władzami radzieckimi. Na mocy układu Sikorski - Majski na terenie Związku Radzieckiego zaczęto tworzyć oddziały wojska polskiego pod dowództwem gen. Władysława Andersa. Nastawienie Rosjan było od samego początku dosyć negatywne. Między innymi już podczas formowania jednostek zmieniono miejsce, w którym miano je organizować. Na początku 1942 roku wszystkie dotychczasowe siły oraz chętni do wstąpienia do oddziałów zmuszeni byli do przeprowadzki w warunkach rosyjskiej zimy na teren dzisiejszego Uzbekistanu (Jangi-Jul blisko Samarkandy). Tam Polaków trapiły choroby tropikalne, szerzyła się epidemia tyfusu, który pochłonął ponad 10 tys. ofiar. Niedostateczna była ilość żywności, by wyżywić nie tylko samych żołnierzy tworzącej się armii, ale także członków ich rodzin i innych obywateli polskich, którzy znaleźli się w Uzbekistanie. Rosjanie nie ułatwiali Polakom życia - utrudniali nabór do armii jak tylko mogli, nie zezwalali na wstąpienie w jej szeregi osób, które nie miały obywatelstwa polskiego. Radziecka bezpieka (NKWD) zakładała podsłuchy w polskich obozach i starała się kontrolować wszystko co się tam dzieje. Sama sytuacja polityczna Polaków tam zgromadzonych była dosyć szczególna jak na Związek Radziecki - nie podlegali oni władzom radzieckim (a więc także NKWD), mogli swobodnie poruszać się po całym kraju.

Jednym z głównych powodów ewakuacji polskiej armii z ZSRR na Bliski Wschód były coraz większe trudności z wyżywieniem rozrastających się oddziałów. W lutym 1942 roku jej stan liczebny wynosił 75 tys. żołnierzy. A do tego dochodziła jeszcze wielka liczba cywilów będących faktycznie na utrzymaniu wojska. Nic więc dziwnego, że gdy Rosjanie zapowiedzieli zmniejszenie ilości dostarczanej żywności o niemal 2/3, to jedyną drogą do uniknięcia śmierci głodowej była ewakuacja. Sytuacji na lepsze o wiele nie zmieniło wystaranie się przez Andersa o podniesienie ilości dostarczanych racji żywnościowych do 44 tys. Propozycja ewakuacji wyszła od premiera rządu brytyjskiego Winstona Churchilla. Tą kwestię poruszono przy okazji podpisywania układu między Wielką Brytanią a ZSRR o współpracy w walce z Niemcami (26 maja 1942 r.). Polskie oddziały miały być przeniesione na Bliski Wschód, gdzie miały wzmocnić oddziały brytyjskie walczące w północnej Afryce. Co ciekawe, przeciwko ewakuacji był premier Sikorski. Z politycznego punktu widzenia ewakuacja rzeczywiście była niekorzystna. Pozostawanie rosnącej szybko armii polskiej na terytorium ZSRR wpływało bowiem na "siłę przetargową" Polaków w stosunkach z Rosjanami. Premier nie mógł jednak lekceważyć ciężkiego położenia wojsk Andersa, poza tym nacisk na niego wywierał Churchill.

Ostatecznie osiągnięto porozumienie, na mocy którego teren Związku Radzieckiego miała opuścić armia licząca 72 tys. wojskowych oraz 43 tys. ludności cywilnej. Ewakuacja została rozpoczęta w sierpniu 1942 roku i w założeniu Rosjan miała być przeprowadzona w ciągu dwóch tygodni. Polacy trafili najpierw do baz w Aschabadzie i Krasnowodzku, a następnie znaleźli się na terenie Iranu. Cała ewakuacja była nieustannie utrudniana przez władze radzieckie. Szczególnie obywatele polscy, ale innej narodowości (Żydzi, Ukraińcy) byli siłą zmuszani do pozostania na terenie Związku Radzieckiego. Jeżeli weźmie się pod uwagę liczbę Polaków przebywających na obszarze ZSRR w momencie ewakuacji - nawet 1,5 mln, to widoczne się stanie jakiemu tylko niewielkiemu ułamkowi pozwolono na opuszczenie tego kraju. Pozostali obywatele polscy będą mieli możliwość wstąpienia do armii tworzonej już przez oficerów, którzy nie zgodzili się na ewakuację wraz z armią Andersa i byli przy tym zależni od Stalina (przykładowo ppłk Berling).

W tym samym okresie tworzono także polskie jednostki na Wyspach Brytyjskich, szczególnie jednostki lotnictwa. Stworzona tam Samodzielna Brygada Karpacka zasłużyła się w bitwie o Tobruk w sierpniu 1941 roku. Po walkach w tym rejonie znalazła się na terenie Palestyny, gdzie przemianowano ją na Dywizję Strzelców Karpackich. Jej szeregi zasiliły w kwietniu 1942 roku jednostki napływające ze Związku Radzieckiego. Od września 1942 roku na terenie Iraku formowano pod dowództwem gen. Andersa oddziały, które wkrótce miały utworzyć II Korpus Polski (I Korpus powstał na terenie Wielkiej Brytanii).

Na terenach ziem polskich w tamtym okresie obok Związku Walki Zbrojnej działało wiele organizacji wojskowych, tworzonych przez różne przedwojenne siły polityczne. W założeniu twórców ZWZ z biegiem czasu organizacje takie miały łączyć się ze Związkiem. Dotychczas jednak ten proces w oczach Naczelnego Dowództwa w Londynie przebiegał stanowczo za wolno. Przyspieszyć go miało przemianowanie ZWZ na Armię Krajową 14 lutego 1942 roku. Jej dowódcą został gen. Stefan Grot - Rowecki. Miał pod swoim dowództwem armię liczącą 200 tys. żołnierzy. Te siły zgrupowane były w trzech wydzielonych okręgach: zachodnim, białostockim i lwowskim. Same okręgi dzieliły się na obwody, a obwody na placówki. Ten podział miał odpowiadać podziałowi administracyjnemu kraju na województwa, powiaty i gminy. AK miała prowadzić głównie akcje dywersyjne i przygotowywać się do otwartego powstania przeciwko okupantowi w przyszłości. Jednak jak na razie trzeźwo oceniano możliwości sukcesu tego kroku, więc skupiano się na szkoleniu nowych oddziałów i oczekiwano na rozwój wypadków na frontach wojny.

Utworzenie Armii Krajowej dało efekty w postaci włączenia w jej szeregi takich organizacji, jak: Socjalistyczna Organizacja Bojowa, Polska Organizacja Zbrojna, Obóz Polski Walczącej, Związek Czynu Zbrojnego, Tajna Armia Polska i Tajna Organizacja Wojskowa. Poza strukturami AK znalazły się oddziały Chłopskiej Straży Stronnictwa Ludowego (późniejsze, od 1942 r. Bataliony Chłopskie), ale współpracowały one blisko z Armią Krajową. Członkowie organizacji militarnej przedwojennego Stronnictwa Narodowego - Narodowej Organizacji Wojskowej nie poparli w całości projektu włączenia ich do AK. Prawie połowa działaczy tej organizacji opuściła ją by stać się członkami AK. Pozostała część utworzyła Narodowe Siły Zbrojne, w skład których mieli wchodzić także członkowie radykalnych prawicowych grup takich, jak Związek Jaszczurczy i Grupa Szańca. NSZ była organizacją radykalną i jej działania były nie tylko nie popierane, ale wręcz krytykowane przez Delegaturę i AK (m.in. przez delegata rządu na kraj Jana Piekałkiewicza). Przedstawiciele NSZ nie pozostawali im dłużni. Włączenie oddziałów NSZ do Armii Krajowej miało nastąpić dopiero 7 marca 1944 r., a i wtedy duża część działaczy NSZ pozostała poza AK. Spośród innych radykalnych organizacji nie popierających AK można jeszcze wymienić Konfederację Narodu, zrzeszającą ludzi ze środowiska przedwojennej "Falangi" Bolesława Piaseckiego, a działającą na ziemiach wschodnich. Zwierzchnictwa dowództwa AK i rządu londyńskiego nie uznawały także organizacje skupiające w swoich szeregach działaczy sanacyjnych, takie, jak Konwent Organizacji Wojskowych czy Obóz Polski Walczącej. Ten ostatni związek został utworzony przez Naczelnego Dowódcę podczas kampanii wrześniowej - marszałka Edwarda Rydza - Śmigłego, który wrócił do kraju w październiku 1941 roku (zmarł w sierpniu 1942 r.)

Dużym osiągnięciem polskiego podziemia było utworzenie sprawnie działającego systemu kształcenia kadry dowódczej i podchorążych. Zorganizowano szkoły dla podchorążych rezerw piechoty i szkoły oficerskie, opracowano dla nich 4- lub 5-miesięczne kursy nauczania. Prowadzono kursy specjalistyczne dotyczące zwalczania czołgów, prowadzenia dywersji. Członkowie Szarych Szeregów zorganizowali także harcerską szkołę podchorążych "Agrykola". Szkoły takie i kursy w 1943 roku miały ponad 3 tys. słuchaczy. Utrzymywano stały kontakt z Naczelnym Dowództwem w Londynie - rozwijano sieć tajnych radiostacji, szkolono kurierów. Armia Krajowa zatroszczyła się także o uzbrojenie. Jego część pochodziła jeszcze z zapasów armii z kampanii wrześniowej, poukrywanych we wrześniu 1939 r. Broń także zdobywano na Niemcach oraz dzięki nielicznym zrzutom z alianckich samolotów. Zajmowano się także produkcją broni - głównie materiałów wybuchowych, bomb, granatów, ale także przykładowo miotaczy ognia czy karabinów maszynowych typu Stegn czy błyskawica.

Ważnym zadaniem dla władz podziemnych było informowanie rodaków o wydarzeniach wojennych, posunięciach okupanta, stanowisku polskiego rządu w Londynie. Zadanie to było realizowane przez Biuro Informacji i Propagandy, którego szefem został płk Jan Rzepecki. Biuro prowadziło akcje propagandowe wymierzone w nazistów i komunistów, uprawiało także swojego rodzaju "antypropagandę" wojenną wśród Niemców.

Dotychczas akcje podziemnej Armii Krajowej były dosyć ograniczone. Działania o ograniczonej skali prowadził Związek Odwetu. Dużym sukcesem wywiadu AK było zlokalizowanie fabryki prowadzącej produkcję pocisków V-1. Dzięki jego informacjom Alianci mogli zbombardować zakłady wytwarzające te rakiety w Peenemunde (marzec 1943 r.). Do podjęcia działań na szerszą skalę z samego początku nie skłoniły Armii Krajowej jednak ani zmiany sytuacji na frontach wojny, ani poczucie własnej siły. Było to raczej następstwem działań komunistów polskich skupionych w Polskiej Partii Robotniczej. Głosili oni hasła natychmiastowego podjęcia otwartego oporu przeciwko okupantowi. Hasła te padały na podatny grunt, jednak wszelkie otwarte przeciwstawienie się Niemcom musiało oznaczać jeszcze w tym czasie całkowitą klęskę. By zwalczać tak nieprzemyślaną propagandę w ramach AK utworzono nawet specjalną komórkę "K" (1942), a w lipcu 1942 roku komendant AK zdecydował się do przejścia do walk, ale jak na razie dosyć ograniczonych. Temu postanowieniu sprzyjała aktualna sytuacja na froncie wschodnim - duża klęska sił niemieckich w bitwie o Stalingrad. Poza tym coraz więcej osób wobec działań służb Gestapo i SS musiało przejść do partyzantki i ograniczone działania militarne były jedyną możliwością ich wykorzystania.

W samej Armii Krajowej następowały zmiany organizacyjne. Utworzono (łącząc Związek Odwetu z inną, podobną jednostką - "Wachlarzem") Kierownictwo Dywersji (Kedyw), dowodzone przez płk Emila Nila - Fieldorfa. W ramach Kedywu własne jednostki dywersyjne zaczęli tworzyć harcerze z Szarych Szeregów. Powołano do życia Kierownictwo Walki Konspiracyjnej z Roweckim na czele. Skupiało ono działaczy Kedywu, wywiadu oraz komórki "N" odpowiedzialnej za propagandę wśród Niemców. Coraz częściej przeprowadzano akcje partyzanckie. Szczególnie widoczne to było na Zamojszczyźnie. Ludność tych terenów była wysiedlana przez Niemców, czemu zbrojnie się przeciwstawiono. Akcje Kedywu były tak skuteczne, że Niemcy poniechali w końcu akcji przesiedleńczej. Rosła liczba oddziałów partyzanckich - w 1943 roku było ich już 50. Na wschodzie przybywał im konkurent w postaci grup partyzanckich tworzonych przez Sowietów i polskich komunistów, a którego założeniem było przechwycenie władzy na tych terenach wraz z wejściem na nie Armii Czerwonej.

Od maja 1943 roku zaczęto z inicjatywy Stalina tworzyć na terenie Związku Radzieckiego nowe polskie oddziały, które miały wkrótce stworzyć 1. Dywizję im. Tadeusza Kościuszki. Jej dowódcą został płk Zygmunt Berling. Miejscem powstania Dywizji były Sielce nad Oką. Do Dywizji zgłaszali się ochotnicy, którym nie udało się ewakuować z armią Andersa. Poza nimi żołnierzami Dywizji stawali się obywatele Związku Radzieckiego tworzący przedwojenną mniejszość polską na terenie ZSRR. Do polskich oddziałów tym razem dopuszczano obywateli polskich innych narodowości: Żydów, Ukraińców, Białorusinów. Dużym problemem dla tworzącej się armii był brak dostatecznej ilości oficerów. Członkowie kadry oficerskiej przedwojennego wojska polskiego w większości albo zostali zamordowani przez radzieckie NKWD, albo znaleźli się w armii Andersa. Braki wśród oficerów starano się zapełniać oficerami radzieckimi. Ostatecznie stanowili oni ponad 60% kadry dowódczej, z czego tylko bardzo nieliczni posiadali wyższe wykształcenie, a dosyć duża ich liczba miała wykształcenie jedynie podstawowe. Taka ilość radzieckich żołnierzy na wyższych stanowiskach musiała wpłynąć na obraz armii. Z Armii Czerwonej zaczerpnięto musztrę, podział i nazwy oddziałów. Jednocześnie zachowano elementy typowo polskie, jak obecność w wojsku polskich księży i możliwość odprawiania nabożeństw. Żołnierze dostawali program polityczny stworzony przez Związek Patriotów Polskich, skupiający podległych Kremlowi polskich komunistów. Jak na razie program ten był na wskroś demokratyczny i patriotyczny i nie było w nim mowy o wprowadzaniu komunizmu w wyzwalanej ojczyźnie.

W sierpniu 1943 roku sformowano I Korpus Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR. W jego skład wchodziła dywizja kościuszkowska, a miał być on powiększony o kolejne jednostki wciąż tworzone. Dowódcą Korpusu był, już generał, Zygmunt Berling, a jego zastępcami - gen. Aleksander Zawadzki oraz gen. Karol Świerczewski, który przed wojną walczył po stronie komunistów w walkach w Hiszpanii (1936).

30 czerwca 1943 roku Niemcom udało się aresztować gen. Grota - Roweckiego. Jego następcą został gen. Tadeusz Bór - Komorowski. Pierwszy komendant AK znalazł się w Berlinie, w głównej siedzibie Gestapo, a później w obozie w Sachsenhausen, gdzie w sierpniu 1944 roku został zastrzelony. Bór - Komorowski miał pod swoimi rozkazami armię, która w połowie 1944 roku liczyła sobie 300 tys. żołnierzy, z czego 11 tys. stanowiła kadra oficerska, 7,5 tys. - podchorąży, a 88 tys. - podoficerowie. Wraz ze wzrostem ilości przeprowadzanych akcji wszystkie decyzje w tym zakresie miały być koordynowane przez nowo utworzoną instytucję - Kierownictwo Walki Podziemnej. Zostało ono utworzone 5 lipca 1943 roku poprzez połączenie Kierownictwa Walki Konspiracyjnej z Kierownictwem Walki Cywilnej.

Liczba przeprowadzanych akcji stale rosła. Likwidowano agentów Gestapo (w ciągu niespełna półtora roku - 2 tys.), odbijano więźniów z rąk niemieckich. Z głośniejszych akcji w tamtym okresie można wymienić akcję pod Arsenałem w Warszawie (marzec 1943). Przeprowadzona była przez członków Szarych Szeregów pod dowództwem Stanisława Orszy-Broniewskiego. W jej efekcie odbito 25 więźniów, głównie członków AK, w tym - członka Szarych Szeregów, Jana Bytnara ps. "Rudy". W sumie udało się odbić kilkuset uwięzionych działaczy podziemia. Głośna była akcja zastrzelenia 1 lutego 1944 roku znanego z okrucieństwa szefa policji w dystrykcie warszawskim - gen. SS Franza Kutschery. Oddziały partyzanckie przeprowadzały akcje wykolejania transportów wojskowych okupanta - łącznie akcji tego typu wykonano ponad 700. Polacy zatrudnieni, często przymusowo, przy produkcji broni dla Niemców, sprawiali, ze znaczna ich liczba miała defekty. Na obszarze niektórych wsi partyzanci jawnie już panowali. Dochodziło do pierwszych potyczek z partyzantką komunistyczną.

Wraz z wyzwalaniem obszarów przedwojennej Polski przez Armię Czerwoną polskie podziemie zapoczątkowało akcję o kryptonimie "Burza". Miała ona polegać na współpracy z wojskami radzieckimi poprzez atakowanie wycofujących się sił niemieckich. Po raz pierwszy taka współpraca była możliwa w lutym 1944 roku na Wołyniu. Po wyjściu z podziemia żołnierze AK utworzyli tu 27. Dywizję Piechoty o liczebności 6 tys. żołnierzy - było to nawiązanie do oddziału walczącego w tych rejonach we wrześniu 1939 roku. Początkowo współpraca z wojskami Armii Czerwonej układała się pomyślnie. Jednakże po niedługim czasie NKWD zażądało włączenia oddziałów do I Korpusu Polskiego gen. Berlinga i podporządkowanie się jego dowództwu. Część żołnierzy AK na to się nie zgodziła i po przekroczeniu Bugu nadal walczyła w partyzantce z Niemcami. Część została włączona do armii Berlinga. Oficerowie, którzy znaleźli się w tej grupie, zostali wysłani do obozów jenieckich ZSRR.

W okolicach Lwowa akcja "Burza" rozpoczęła się w marcu 1944 roku. Oddziały AK sformowały tam na nowo przedwojenne: 5. Dywizję Piechoty oraz 14. Pułk Ułanów - łącznie 3 tys. żołnierzy dowodzonych przez płk Władysława Janki-Filipkowskiego. Żołnierze z tych jednostek uczestniczyli w wyzwoleniu Lwowa wraz z wojskami radzieckimi (27 lipca 1944). Wkrótce potem Rosjanie zażądali rozwiązania oddziałów i wstąpienia żołnierzy AK do I Korpusu Polskiego lub do oddziałów Armii Czerwonej. Płk Filipkowski, a także członkowie delegatury na kraj zostali aresztowani przez NKWD.

Podobnie jak na Wołyniu, było także na obszarze Wileńsczyzny. Oddziały AK dowodzone przez płk Aleksandra Wilka - Krzyżanowskiego wspólnie z Armią Czerwoną wyzwoliły Wilno (13 lipca 1944). Władzę w mieście przejęły dotychczas ukrywające się władze polskie. Było to nie w smak Rosjanom, którzy nakazali oddziałom polskim opuszczenie Wilna i zgrupowanie w okolicach Puszczy Rudnickiej. Niedługo po tym aresztowano dowódców AK tego regionu, a także członków delegatury rządu. Ich dalszych losów można się jedynie domyślać. Pozostałe oddziały Armii Krajowej zaczęły kierować się na zachód, by podjąć tam na nowo walkę z Niemcami. Przemieszczające się w kierunku Białegostoku i Grodna oddziały zostały zaatakowane i osaczone przez żołnierzy armii radzieckiej. Schwytanym 5 tysiącom żołnierzy przedstawiono alternatywę - albo wstąpienie do armii Berlinga, albo obozy jenieckie w głębi ZSRR. Większość wybrała tą drugą "propozycję".

Podobny scenariusz akcja "Burza" miała na Lubelszczyźnie. W okręgu lubelskim oddziały AK wyzwoliły szereg miast bądź same, bądź przy pomocy Armii Czerwonej. Ujawniały swoją działalność władze cywilne. Wtedy Rosjanie zażądali rozwiązania oddziałów albo włączenia ich do oddziałów Berlinga. Głównodowodzący na tym obszarze płk Kazimierz Edward Tumidajski wybrał pierwszą opcję. Efektem tego było aresztowanie członków oddziałów AK, osadzenie ich w obozach przejściowych, a następnie wysłanie na Syberię. Podobnie zachowano się wobec urzędników cywilnych i przedstawicieli delegatury rządu na kraj.

Z kolei na Białostocczyźnie dowódca sił AK, znając przebieg wydarzeń z innych rejonów ziem polskich postanowił się nie ujawniać. W okręgu warszawskim z działających tam oddziałów Armii Krajowej utworzono 8. Dywizję Piechoty, która zajęła Siedlce, Węgrów i Mińsk Mazowiecki. Przybywający Rosjanie aresztowali dowódców, a jednostki wojskowe rozwiązali. W okręgu radomskim, jak i łódzkim gdy pojawiające się oddziały NKWD zaczęły rozbrajać Polaków, pozostałe siły polskie przeszły do podziemia, co umożliwiło funkcjonowanie na tych terenach przez jeszcze jakiś czas. W okręgu krakowskim odtworzono 6. i 21. Dywizję Piechoty oraz brygadę kawalerii w rejonie Krakowa, w Rzeszowie - 24. Dywizję Piechoty, a w okolicach Przemyśla - 22. Dywizję Piechoty. Nastawienie wojsk radzieckich do tych oddziałów i kroki podjęte wobec nich nie różniły się od tych podjętych w innych częściach wyzwalanego kraju.

Podsumowując akcję "Burza" trzeba stwierdzić, że z czysto wojskowego punktu widzenia okazała się ona ogromnym sukcesem i znacznie przyspieszyła wyzwalanie ziem polskich. Jednakże ważniejsze dla przyszłych losów Polski okazały się konsekwencje polityczne. Wkraczająca Armia Czerwona umiejętnie współpracowała z Armią Krajową. Z kolei już po wycofaniu się Niemców za wojskami radzieckimi pojawiały się na tych terenach jednostki NKWD, które zmuszały Polaków albo do wstąpienia do podporządkowanej sobie armii albo do rozwiązania oddziałów, co w rzeczywistości równało się aresztowaniu. Naczelny Dowódca polskich sił zbrojnych w instrukcji z 1 maja 1944 roku odradzał wstępowanie do armii Berlinga. W konsekwencji w niedługim czasie radzieckie obozy i więzienia zapełniły się byłymi żołnierzami AK. Liczba aresztowanych przekraczała 50 tys. Jak na to wszystko reagowało dowództwo podziemnej armii? Utworzyło organizację "Nie" o zabarwieniu już nie tylko wojskowym, ale także politycznym. Organizacja ta miała skupiać członków kadry oficerskiej AK i inne osoby, które w odpowiednim momencie miały zacząć tworzyć nową armię konspiracyjną skierowaną do walki już nie przeciwko Niemcom, ale przeciwko komunistom, nie tylko radzieckim. Dowódcą tej organizacji został gen. Nil - Fieldorf.

Jednym z pierwszych kroków samozwańczego tymczasowego rządu polskiego - Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego było stworzenie sił bezpieczeństwa. Pod okiem faktycznie sprawującego władzę gen. NKWD Iwana Sierowa (Malinowa, Iwanowa - różnie się tytułował) tworzono jednostki Urzędu Bezpieczeństwa Państwa. Miały one wspomagać działanie NKWD na odzyskanych terenach. Polski UB, przynajmniej formalnie podlegał ministrowi bezpieczeństwa w rządzie PKWN, Stanisławowi Radkiewiczowi. Podlegała mu także nowo utworzona Milicja Obywatelska z gen. Franciszkiem Jóźwiakiem jako jej komendantem głównym. Podczas gdy w Warszawie trwało powstanie przeciwko Niemcom, na terenie Lubelszczyzny i innych wolnych już rejonów zaczęła się wspólna akcja NKWD i UB, której celem było wyłapanie ukrywających się członków Armii Krajowej. PKWN wydał dekret "o zbrodniarzach hitlerowskich i ich pomocnikach". Miało to być podstawą prawną akcji. Ludność miejscowa była zastraszana, grabiono jej majątki. Działacze podziemia trafiali do więzień i obozów, w których nie tak dawno temu przetrzymywano jeszcze wrogów nazistów (m.in. do obozu w Majdanku czy więzienia w zamku lubelskim). W taki sposób kilkadziesiąt tysięcy osób wyzwalających kraj wraz z Armią Czerwoną stało się więźniami dotychczasowego sojusznika. Ruszyła akcja propagandowa mająca zmienić obraz AK w oczach ludności. Żołnierze podziemia byli przedstawiani jako reakcjoniści, którzy współpracowali podczas wojny z Niemcami. Jednocześnie zaczęła się wielka migracja ludności cywilnej ze wschodnich regionów przedwojennej Polski. Było to następstwem podpisania przez PKWN umów o wymianach ludności z Białoruską, Ukraińską i Litewską Socjalistyczną Republiką Radziecką (wrzesień - listopad 1944). Ten krok może dziwić, gdyż w tym okresie sprawa wschodnich granic powojennej Polski była jeszcze kwestią otwartą.

PKWN w dniu 15 sierpnia ogłosił mobilizację, a w 9 dni później wezwał do rozwiązania wszelkich organizacji podziemnych. Jednocześnie wzywał, by działacze tych organizacji wstępowali w szeregi armii Berlinga, którą przemianowano na ludowe Wojsko Polskie. Z pozyskanych tą drogą rekrutów uzupełniono skład 1. Armii Wojska Polskiego i zaczęto formować 2. Armię. Łącznie Wojsko Polskie liczyło sobie 115 tys. żołnierzy. Wielkim problemem nadal pozostawała mała liczba oficerów polskich. Rangi oficerskie otrzymywały więc osoby bez wyższego wykształcenia, po przejściu krótkiego kursu.

Kolejne dwa dekrety PKWN (z 23 września i 30 października 1944 r.) wprowadzały tymczasowy system sądowniczy. Tak stworzono kodeks karny Wojska Polskiego i prawo o ochronie państwa. Ten drugi dekret za złamanie jego postanowień przewidywał tylko jeden rodzaj kary - śmierć. Na ich mocy wydziały informacji armii, pod czujnym okiem NKWD skazały na śmierć setki żołnierzy AK., którym odmówiono nawet prawa do obrony.

Działalność PKWN nie odnosiła się wyłącznie do walki z podziemiem niepodległościowym. Komitet przeprowadził także reformy gospodarcze, które miały sprawić, że komuniści uzyskają przychylność w społeczeństwie, a jednocześnie miały zbudować podwalinę do wprowadzenia systemu komunistycznego. Z samego początku jednak głównym problemem było wyżywienie wojska. By sprostać temu zadaniu 18 sierpnia 1944 r. wydano dekret o obowiązkowych dostawach żywności dla wojska i miast. Ten krok był sprzeczny z postanowieniami Manifestu PKWN wydanego mniej niż miesiąc wcześniej.

Drogą do zdobycia funduszy dla PKWN okazała się reforma walutowa. W miejsce "młynarek", rubli i marek niemieckich zdecydowano wprowadzić nową walutę. Najpierw (październik 1944 r.) wycofano z obiegu marki niemieckie, następnie złote okupacyjne (6 stycznia 1945 r.) i ruble. System wymiany był trudny do wyobrażenia sobie. Władze umożliwiły wymianę 500 zł "młynarek" na osobę, a resztę posiadanych pieniędzy po prostu konfiskowały. W taki sposób PKWN zdobył duże środki pieniężne kosztem zubożenia dużej części społeczeństwa. Podczas tej reformy do życia powołano Narodowy Bank Polski (15 stycznia 1945 r.) mający zajmować się wymianą i mający zastąpić przedwojenny Bank Polski.

Przemysł miał znaleźć się w rękach państwa. W listopadzie 1944 r. powołano specjalne grupy mające zająć się zabezpieczeniem obiektów przemysłowych. Dużą przeszkodą w ich działalności była postawa jednostek radzieckich, które demontowały całe fabryki i wszystkie urządzenia wysyłały do Związku Radzieckiego.

Ważną datą jest 6 września 1944 r. Wtedy to PKWN wydał dekret o reformie rolnej. Jego postanowienia były tak sformułowane, by przyciągnąć chłopów do władz komunistycznych. Na mocy dekretu miała nastąpić parcelacja (podział) majątków, których obszar przekraczał 100 ha, a w przypadku użytków rolniczych - 50 ha (województwo śląskie, poznańskie oraz pomorskie - 100 ha powierzchni ogólnej niezależnie od rodzaju). Parcelacja miała przebiegać niemal bez jakichkolwiek odszkodowań dla właścicieli - jedyne, co im proponowano to ziemia w powiecie innym, niż ten, gdzie znajdował się przejmowany majątek, lub uposażenie w wielkości tego przyznawanego urzędnikom średniego szczebla. Chłopi, którzy otrzymywali ziemię, musieli za nią zapłacić kwotą równą wartości jednorocznych zbiorów z otrzymywanych terenów. Należność tą rozkładano nawet na 20 rocznych rat. Mimo tak korzystnych dla chłopów postanowień reforma rolna przebiegała powoli. Złożyło się na to niechętne stanowisko samych urzędów ziemskich, a także nastawienie chłopów, którym trudno było uwierzyć w trwałość w taki sposób pozyskanej własności. Przeciwko reformie zaprotestowały władze podziemne oraz Kościół Katolicki, opowiadające się za przeprowadzeniem reformy, ale przy udziale władzy ustawodawczej, a parlamentu jak na razie w kraju nie było. Wreszcie przeciwny tak sformułowanemu wywłaszczeniu (bo do tego sprowadzała się reforma) wystąpił sam kierownik resortu rolnictwa w PKWN, co skończyło się dla niego dymisją. Pomimo tych sprzeciwów reforma była kontynuowana, nawet przy użyciu siły (MO, wojsko, aktywiści PPR). Pod koniec roku 1944 w rękach państwa znalazło się 320 tys. ha gruntów, z czego chłopom (ponad 100 tys. rodzin) przekazano 212 tys. ha. Są to liczby z ziem, na których PKWN sprawował wtedy władzę. Obok zmiany nastawienia chłopów, PKWN zyskał coś jeszcze - niemal całkowicie zniszczył klasę ziemiaństwa (a czego nie udało mu się osiągnąć na drodze reformy rolnej, to osiągnął przez propagandę wymierzoną w ziemiaństwo i aresztowania). Co do legalności samej reformy do dziś można mieć duże wątpliwości.

Do ostatecznego zniszczenia polskiego podziemia komunistom brakowało jednego - schwytania osób stanowiących główne dowództwo Armii Krajowej. Wiedzieli oni, że dowództwo ukrywa się prawdopodobnie gdzieś pod Warszawą i starali się nawiązać z nim kontakt. Po stronie komunistów sprawą zainteresował się gen. Iwan Sierow (wobec AK występujący jako gen. Iwanow). Kontakt umożliwili oficerowie Wojska Polskiego, wcześniej prześwietleni przez NKWD. Zarówno stojący na czele AK po aresztowaniu Bora - Komorowskiego (po upadku powstania warszawskiego) gen. Leopold Okulicki, jak i podziemne władze cywilne (Rada Jedności Narodowej, Delegatura rządu na kraj) nie sprzeciwiali się spotkaniu z drugą stroną. Uważali bowiem, że aktualny stan - rzeczywista dwuwładza, źle się odbije na sytuacji w kraju. Pierwsze spotkanie obu stron odbyło się w wilii w Pruszkowie pod Warszawą. Po stronie AK pojawili się przewodniczący RJN Kazimierz Pużak oraz dwaj ministrowie rządu podziemnego - Stanisław Jasiukowicz i Antoni Pajdak, a także delegat Jan Jankowski. Początkowo nic nie wskazywało na podstęp. Zaakceptowano pomysł przeprowadzenia rozmów w większym gronie, wysunięty przez reprezentującego drugą stronę płk Pimienowa. Następna konferencja miała odbyć się 23 marca. Przedstawiciele podziemia na tą konferencję zostali przerzuceni do Włoch, skąd dalej drogą powietrzną mieli udać się na konferencję z udziałem władz państw alianckich. Podstępnie zwabieni, znaleźli się w Moskwie i trafili do więzienia na Łubiance. Rozwój wydarzeń był szokiem dla polskiego podziemia - oto w rękach Sowietów znalazło się 16 osób ze ścisłego kierownictwa państwa podziemnego. Tymczasowo rolę delegata na kraj przejął za zgodą Londynu Stefan Korboński ze Stronnictwa Ludowego, a Okulickiego zastąpił płk Jan Rzepecki. Nie przyniosły efektów naciski na przewodniczącego konferencji założycielskiej Organizacji Narodów Zjednoczonych, która zbierała się jak raz w San Francisco.

Nowy komendant AK uważał, że w zaistniałej sytuacji dalsze istnienie Armii Krajowej nie przyniesie nic dobrego. 19 kwietnia 1945 roku gen. Anders, p.o. naczelnego wodza rozwiązał organizację "Nie". Powołano Delegaturę Sił Zbrojnych na Kraj, której szefem został sam Rzepecki. Te kroki wśród części żołnierzy AK spotkały się ze stanowczym sprzeciwem. Gotowi oni byli walczyć dalej, tym razem z komunistami. Liczyli też na to, że po pokonaniu Niemców wybuchnie nowa wojna, której stronami będą ZSRR i kraje kapitalistyczne. Spowodowało to tworzenie się małych ugrupowań próbujących działać na własną rękę. Przykładowo były to: NZW, Konspiracyjne Wojsko Polskie, grupa Kurasia na Podhalu, Wielkopolska Samodzielna Grupa Ochotnicza "Warta", białostocka Armia Krajowa Obywatelska. Inni postanowili pogodzić się z zaistniałą sytuacją.

Tymczasem w Moskwie ruszył proces władz polskiego podziemia, zwany później "procesem szesnastu" (równolegle zaś toczyły się rozmowy między komunistami a przedstawicielami rządu londyńskiego o utworzeniu wspólnego Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej...). Na ławie oskarżonych zasiedli m.in. były komendant AK gen. Okulicki, delegat rządu Jankowski, przewodniczący RJN Pużak. Od strony prawnej proces można nazwać farsą. Prawo międzynarodowe nie dopuszczało sytuacji, gdy przed sądem jednego kraju i na mocy jego prawa odpowiadałyby władze kraju innego. Wobec oskarżonych wysuwano podejrzenia o współpracę z Hitlerem, działania antyradzieckie, stosowanie terroru. Nie musiano nawet przedstawiać dowodów na te oskarżenia - wyrok zapadł jeszcze przed rozpoczęciem się procesu. Ostatecznie 13 osób oskarżonych zostało skazanych na kary więzienia. Niektórzy z nich, m.in. Okulicki, w więzieniu zmarli.

Podsumowując cały okres walki podziemnej nasuwa się jedna myśl. Tak wiele sukcesów wojskowych, stworzenie świetnie zorganizowanego państwa podziemnego, ogromne poświęcenie dużej części społeczeństwa uczestniczącej w ruchu oporu, nie przełożyło się na konsekwencje polityczne i obraz powojennej ojczyzny. Trudno dziś ocenić jednoznacznie co było tego powodem. Być może polityka rządu na uchodźstwie, nie potrafiącego wykorzystać wszystkich polskich atutów. Bardziej jednak prawdopodobne jest, że niezależnie od postawy polskiego rządu, losy ojczyzny potoczyłyby się podobnie. W tej części Europy karty rozdawał Stalin. Mało prawdopodobne jest, że zachodni Alianci podtrzymywaliby żądania Polski powrotu do granic z 1939 roku, gdyż mogło to oznaczać utratę najważniejszego sojusznika w wojnie z Hitlerem - Związku Radzieckiego. Można z kolei postawić sobie pytanie jak zareagowałby Stalin gdyby rząd na uchodźstwie nie obstawał tak mocno przy powrocie do przedwojennych granic. Najbardziej prawdopodobną odpowiedzią na to pytanie byłaby, że nic by to nie zmieniło jego zamierzeń. Polska miała się znaleźć w strefie jego wpływów i nie zaakceptowałby większej niezależności państwa, niż sam dla tego państwa oferował. Czy więc nie było żadnego pozytywnego efektu postawy polskiego państwa podziemnego w walce z Niemcami? Można przypuszczać, że gdyby takiej postawy nie reprezentowano, to Polska podzieliłaby losy takich przedwojennych państw, jak Litwa, Łotwa czy Estonia i stałaby się jedną z wielu socjalistycznych republik radzieckich w ramach ZSRR.