Jest początek maja. Młody Werter rozstaje się ze swoim przyjacielem, Wilhelmem. Udaje się do małego miasteczka, obiecując utrzymanie z nim kontaktu listowego. Ma załatwić sprawy majątkowe swojej matki, ale tak naprawdę „ucieka” też przed uczuciem bliżej nieznanej Eleonory. W ciągu tygodnia poznaje najbliższe okolice, zaprzyjaźnia się z mieszkańcami, zachwyca się malowniczością i urokiem miejscowego krajobrazu. Dużo rysuje. Jest szczęśliwy. Rozumie życie okolicznego ludu, utożsamia się z jego niedolą i trudami codziennego życia. W kolejnych dniach wzrasta w nim jednak osamotnienie i poczucie niezrozumienia ze strony ludzi zaprzyjaźnionych z nim. Zaczyna unikać spotkań, izoluje się. W takich chwilach często rozmyśla. Widzi różnicę między sobą a otoczeniem. Jest wrażliwy, czuły, z bogatą wyobraźnią. Upodobnia się w tym do dzieci, o których zresztą wspomina w listach do Wilhelma.

Mijają kolejne tygodnie. Werter spędza dużo czasu na spacerach. Czyta chętnie Homera w cieniu dwóch lip. Szczególnie przypadło mu do gustu wzgórze w miejscowości Wahlheim: „położenie na wzgórku jest bardzo malownicze.” Bacznie obserwuje przechodzących tędy ludzi. Jest świadkiem wielu zdarzeń, które w szczególny sposób przykuwają jego uwagę. Poznaje sporo rodzinnych historii. Dwie z nich wzbudzają w nim zainteresowanie. Pierwsza jest opowieścią parobka, który służy u pewnej niemłodej wdowy i darzy ją uczuciem, myśli nawet o stałym z nią związku. Inną opowiada kobieta, która czeka powrotu męża ze Szwajcarii.

W drugim miesiącu pobytu Wertera w miasteczku (połowa czerwca) zaczyna się ciąg zdarzeń, który zaważy na jego dalszym życiu. Na wiejskiej zabawie poznaje piękną dziewczynę Charlottę (nazywaną też Lottą), córkę komisarza książęcego. Mimo że jest już zaręczona z Albertem, chwilo nieobecnym z powodu wyjazdu, staje się obiektem westchnień i marzeń Wertera. Fakt, że ma narzeczonego, młodzieniec przyjmuje bez emocji. Zakochuje się w niej bez pamięci. Zaczyna bywać w domu państwa S. Poznaje całą rodzinę Lotty, jej rodzeństwo i krewnych. Często rozmawia z dziewczyną, bo widzi z jej strony zainteresowanie swoją osobą. Zdobywa też sympatię jej ojca.

Miłość do Lotty nabiera barw i rumieńców. Szaleje za nią. Jednak ten stan wielkiego szczęścia nie trwa długo. Po sześciu tygodniach przychodzi przełom. Pod koniec lipca wraca bowiem Albert i komplikuje tym samym sytuację. Zadziwia stosunkiem do Wertera. Jest mu bardzo przyjazny, grzeczny, nie okazuje zazdrości, chętnie z nim rozmawia, nie unika spotkań we trójkę. Tym dekoncentruje i zbija z tropu zakochanego młodzieńca. Mija kolejnych sześć tygodni rozterek i wewnętrznej walki Wertera, wzrasta w nim stan napięcia. W połowie września chłopak decyduje się odejść i wyjeżdża bez pożegnania.

W bliżej nieznanym mieście wstępuje do służby dyplomatycznej, rozpoczyna pracę w poselstwie. Nowe obowiązki pozwalają na jakiś czas zapomnieć o bólu rozstania z ukochaną i ukoić wewnętrzne niepokoje. Wydawałoby się, że czas uleczy tę ranę, ale w lutym spada na Wertera wiadomość jak grom z jasnego nieba – Lotta wychodzi za mąż za Alberta. Na początku przyjmuje to spokojnie, akceptując ten związek, wysyła nawet list z życzeniami do pary młodych. Niedługo potem przeżywa ciężkie doświadczenie natury towarzyskiej – podczas poobiedniego spotkania u hrabiego von C. zostaje wyproszony z arystokratycznego domu: „towarzystwo jest niezadowolone, jak widzę, z pana obecności” – powie hrabia do Wertera. Ten towarzyski policzek wstrząsa młodym człowiekiem. Jest go gruntu poruszony. Rezygnuje z posady poselskiej i decyduje się na powrót do rodzinnego miasta. Po drodze zajeżdża do zaprzyjaźnionego księcia i zamieszkuje u niego. Spędza tam kilka tygodni. Czuje się źle, jest trochę znudzony, nie potrafi znaleźć z księciem wspólnego języka ani wspólnych zainteresowań. Zbyt różnią się od siebie. W połowie czerwca postanawia opuścić książęcy zamek. W liście do Wilhelma z dn. 16 czerwca napisze:

Tak, jestem tylko wędrowcem, pielgrzymem na ziemi.

Chce być jak najbliżej Lotty. Udaje się więc tam, gdzie mieszkają małżonkowie. W Wahlheim spotyka znaną sobie kobietę. Jej mąż powrócił ze Szwajcarii, ale nic nie zdziałał w sprawie spadku po zmarłym krewnym. Poza tym umarł jej najmłodszy syn. Werter jest wstrząśnięty historią tej rodziny. Próbuje odnaleźć miejsca sprzed wielu miesięcy, kiedy czuł się taki szczęśliwy. Odwiedza je, ale nie potrafi odtworzyć atmosfery tamtych dni. W tym czasie dowiaduje się też o losach parobka i jego planach z wdową. Wyrzuciła go z domu, kiedy z niepohamowanej namiętności próbował ją uwieść. Obie te historie przygnębiają Wertera. Widzi poza tym zmiany w odwiedzanych miejscach. Nie ma na przykład w pobliżu kościoła pięknych orzechów. Kazała je ściąć nowa pastorowa.

Dla młodego mężczyzny przychodzi ciężki czas jesiennego, minorowego nastroju. Nie chce czytać już Homera, zaczytuje się w mistycznych, pełnych wewnętrznej magii Pieśniach Osjana Jamesa Macphersona. Stan jego duszy ulega przemianie. Nawiązuje kontakt z Lottą. Odwiedza jej dom. Jest tam częstym gościem. Wyznaje dziewczynie swoją miłość, nie ukrywa już uczucia, coraz bardziej czuje się zdeterminowany i niespokojny. Obecność Alberta i poczucie mącenia rodzinnej atmosfery źle działają na Wertera. Czuje się winny, jest wewnętrznie skłócony. Wiadomość, że znany mu parobek zabija nowego służącego wdowy, bo zgodziła się za niego wyjść, jeszcze bardziej rujnuje szanse na wyciszenie się Wertera. Mało tego – ten utożsamia się z parobkiem, który mówi:

Żaden mieć jej nie będzie i ona nie będzie miała żadnego.

Natarczywość Wertera niepokoi i drażni już Alberta. Daje więc znać po sobie, że niechętnie widzi go w progach swojego domu. Mężczyzna jest przygnębiony. Coraz częściej myśli o samobójstwie. Nie jest w stanie wytrzymać takiego napięcia. Chwila, kiedy składa pocałunek na ustach Lotty, będzie dla niego nadzieją, że jednak dziewczyna go kocha. Ale Lotta odrzuca ten moment swojej słabości. Werter pożycza od Alberta – za pośrednictwem służącego – pistolet. O północy, ubrany w strój, w którym poznał ukochaną, strzela do siebie. Umiera jednak dopiero następnego dnia. Pogrzeb odbywa się bez udziału Lotty i Alberta.