Historia zakładu karnego w Nowym Sączu jest nierozerwalnie związana z dziejami miasta Nowego Sącza. Akt lokalizacji miasta Nowego Sącza wydany przez króla czeskiego Wacława II z dnia 8 listopada 1292 roku, poprzedził usytuowanie w narożniku południowo-zachodnim powstającego miasta - dworu biskupów krakowskich. Do końca XVI wieku okazała niegdyś letnia rezydencja biskupia, została stopniowo zaniedbana i niszczała. Około połowy XVII wieku cały ten obszar wraz z resztkami zabudowań przejęły starosądeckie Klaryski. Do roku 1670 prowadziły prace budowlane, których po wzniesieniu murów po dach - nie ukończyły. W 1732 roku na podstawie umowy z 2 maja - mury klasztoru i przyległego kościoła odstąpiły nieodpłatnie sprowadzonemu do Nowego Sącza w celu założenia przyklasztornej szkoły męskiej - zakonowi Pijarów.
W roku 1733 ukończono budowę zespołu kościoła i klasztoru, który zachował się częściowo w obrębie obecnego więzienia. Dwukondygnacyjny budynek był wkomponowany w basztę muru obronnego; zwrócony na stronę południową; od strony wschodniej przylegał do ulicy (stąd nazwa ulicy - Pijarska). Między kościołem a klasztorem usytuowano ogród o kompozycji kwaterowej. Relacje ówczesnych starszych mieszkańców Nowego Sącza wskazywały na położenie pod ogrodem piwnic z okresu świetności rezydencji biskupiej, których główny chodnik miał łączyć piwnice dworu ze Starym Sączem. W założeniu zakonu budowla miała być zarazem najokazalszym kolegium Pijarów w Polsce. Wpływy Akademii Krakowskiej z obawy o swoją pozycję, uniemożliwiły te zamiary. W efekcie w roku 1782 - Zakon na skutek "kasaty józefińskiej" zniesiono a budynki klasztorne zostały skonfiskowane przez rząd austriacki. Władze zaborcze początkowo oddały budynki poklasztorne wojsku na magazyny. W XIX wieku umieszczono tam urząd cyrkularny. W roku 1818 pierwsze i drugie piętro budynku "popijarskiego" zajęło utworzone 4 listopada - sześcioklasowe gimnazjum z niemieckim językiem nauczania. Zabudowania byłego klasztoru, które imponowały murami o grubości 1,5 metra, pomieszczeniami z łukowymi sklepieniami i wąskimi okienkami; ograniczającymi dostęp światła, utrudniały ich funkcjonowanie zgodnie z przeznaczeniem. W roku 1852 Cesarstwo austriackie ogłosiło powszechną ustawę karną, która znosiła kary o dużej dolegliwości fizycznej takie jak piętnowanie, chłosta, pręgież i zakuwanie w kajdany. Na podstawie jej przepisów - więzienia organizowano przy sądach apelacyjnych i okręgowych. To właśnie kryterium zadecydowało o utworzeniu w 1855 roku - przy nowosądeckim sądzie okręgowym - więzienia. Początkowo przetrzymywano w nim żołnierzy austriackich podpadających pod jurysdykcję wojskową. Na przełomie lat sześćdziesiątych i siedemdziesiątych XIX wieku przekształcono więzienie na miejsce odosobnienia dla pospolitych przestępców, skazanych na krótkoterminowe kary, działaczy socjalistycznych i Polaków - bohaterów ruchów wolnościowych i oporu wobec zaborcy. Od roku 1872, kiedy to władze austriackie przeprowadziły reformę więziennictwa zmieniając sposób zarządzania aresztów i więzień - podporządkowując je Ministerstwu Sprawiedliwości, nowosądecki zakład, jako jeden z 14 "domów więziennych" w Galicji, został objęty bezpośrednim nadzorem przez kierownika sądu grodzkiego. Podstawową zasadą wykonywania kary był wtedy odwet i odstraszanie, oparte wyłącznie na systemie dolegliwych kar regulaminowych (np. chłosta w rocznicę popełnienia przestępstwa zaliczanego do ciężkich). Do 1918 roku Zakład Karny w Nowym Sączu administrowany był przez Austriaków. W roku tym powołano w ramach kształtowania niepodległego państwa polskiego - Sekcję Więzienną przy Ministerstwie Sprawiedliwości, która niezwłocznie przeszkoliła kierowników dla więzień i od 1 stycznia 1919 roku powołała ich nowe władze. Nadzór nad więzieniem w Nowym Sączu objął kierownik sądu grodzkiego. Ujednolicenie organizacji więzień z uwzględnieniem powołania ich samodzielnych naczelników na terenie całego kraju miało miejsce w roku 1926. Pierwszym naczelnikiem Więzienia Karno-Śledczego w Nowym Sączu został Jan Wejgel, który pełnił swą funkcje do roku 1928. Następnymi byli: Władysław Gerlach (1928-1936) i Józef Zacharski do 1939 roku. Postacią, która położyła szczególne zasługi w propagowaniu pożądanych wartości etyczno-moralnych na niwie działalności wyznaniowej w latach 1926 - 1939 był profesor teologii ojciec jezuita Franciszek Kwiatkowski.
W okresie międzywojennym Zakład Karny w Nowym Sączu funkcjonował jako więzienie karno-śledcze klasy II - ze specjalnym oddziałem żeńskim i mógł pomieścić od 150 do 450 osób. Przebywali w nim więźniowie mający do odbycia wyroki od 1 roku do 3 lat. Okres międzywojenny zamyka data 2 września 1939 roku, kiedy to nowosądeccy funkcjonariusze, na mocy ogłoszonej kolejnej w latach międzywojennych amnestii, tym razem spowodowanej głównie wybuchem wojny; otworzyli bramy więzienia umożliwiając jego opuszczenie umieszczonym tam skazanym i aresztowanym. Zakład Karny opuścili również strażnicy, a samo więzienie po dotarciu wojsk niemieckich na teren Nowego Sącza - zostało przejęte przez okupanta. Najbardziej dramatyczne wydarzenia w historii budynku przy ul. Pijarskiej 1, miały miejsce podczas II wojny światowej. Wtedy to Samodzielne Więzienie w Nowym Sączu było miejscem nie tylko izolacji polskich patriotów, ale również miejscem ich tortur i straceń wykonywanych przez hitlerowców. Więziono tutaj głównie partyzantów, kurierów tatrzańskich i beskidzkich organizujących "przerzuty" przez "zieloną granicę" oraz zakładników.
Postacią, która boleśnie wpisała się na karty historii więzienia w Nowym Sączu, był Hauptsturmführer SS Heinrich Hamann. Człowiek ten zasłużył sobie na miano kata Sądeczyzny. W nowosądeckim więzieniu stosował najbardziej wymyślne tortury i kary często zakończone zaplanowaną w taki okrutny sposób śmiercią jego ofiar. Jedną z najstraszliwszych jego zbrodniczych inicjatyw była tzw. noc bartłomiejowa. W nocy z 4 na 5 lutego 1940 roku, po ujawnieniu przygotowań do ucieczki pięciu osób z celi nr 15 na I piętrze, przez wyłom w murze, Hamann wraz z innymi gestapowcami przez godzinę pastwili się nad niedoszłymi uciekinierami, dołączając do nich starszych cel z innych pomieszczeń, aby następnie ich rozstrzelać.
Pierwsza krwawa egzekucja w Nowym Sączu, odbyła się tuż przy torze przyczółku mostu kolejowego nad Dunajcem - naprzeciw więzienia - już 19 listopada 1939 roku. Potem wielokrotnie dokonywano w tym miejscu zbiorowych rozstrzeliwań. W obrębie więzienia i poza nim, przeprowadzono wiele masowych egzekucji, w trakcie których zginęli m.in. znany malarz nowosądecki Bolesław Barbacki a także wybitny działacz niepodległościowy i robotniczy - Ryszard Mędlarski, który jako jeden z pierwszych sądeczan przystąpił do organizowania ruchu oporu podczas okupacji hitlerowskiej. Dla upamiętnienia tych dramatycznych dni i w hołdzie poległym patriotom usytuowano, widoczny z okien więzienia, pamiątkowy obelisk. Więźniem przy ul. Pijarskiej była (obecna na tej uroczystości) Danuta Olszowska, referendarz PKP, aresztowana w 1943 roku (później trafiła do obozu przejściowego w Szebni k. Jasła a następnie więźniarka obozu w Płaszowie, dziś znana nowosądecka działaczka kombatancka a także Zofia Rysiówna (po wojnie wybitna aktorka), która miała swój wielki udział w uwolnieniu ze szpitala nowosądeckiego kuriera rządu polskiego Jana Karskiego. W okresie mrocznych okupacyjnych dni sądeckiego więzienia, wielkim patriotą okazał się strażnik więzienny Edward Szast, który przemycał od więźniów i dostarczał ich rodzinom grypsy więzienne. Za swoje bohaterskie czyny został stracony w 1943 roku w Oświęcimiu. Nie był jedynym strażnikiem, który zapłacił najwyższą cenę za uczciwość i prawość. Wspomnienia okupacyjne więźniów mówią również o ukamienowaniu nieznanego strażnika za pomoc więźniom.
W okresie powojennym do roku 1946 na terenie zakładu wykonywano wyroki śmierci przez powieszenie, głównie na konfidentach wojennych, donosicielach i volksdeutschach (ostatni wyrok wykonano najprawdopodobniej na kobiecie, donosicielce z Nowego Sącza, winnej śmierci wielu ludzi).
Po II wojnie światowej jednostka funkcjonowała jako areszt karno-śledczy, w której przebywali zarówno mężczyźni, jak i kobiety. Dostępne materiały historyczne, nie wskazują na fakty mające związek tego miejsca ze zbrodniami okresu stalinowskiego. Pierwszym naczelnikiem więzienia po wyzwoleniu - w październiku 1945 roku został Mieczysław Zygadło; kolejnymi byli - Henryk Grzyb, Władysław Kubka - Kubicki dwukrotnie, Jan Szewiernowski , Czesław Piszczek, Stanisław Adamski, Antoni Kawecki, Lucjan Pytel i kierujący obecnie jednostką Tadeusz Chruślicki.
Od 29 września 1967 roku areszt przekształcono na Zakład Karny dla dorosłych mężczyzn. Zgodnie z podstawowymi zasadami ustrojowymi naprawa przestępców odbywała się kolektywnie (podstawowymi środkami oddziaływań była przymusowa praca produkcyjna w ramach przedsiębiorstwa produkcyjnego - gospodarstwa pomocniczego i zbiorowe zajęcia kulturalno-oświatowe). Niejako z urzędu i wszyscy więźniowie byli resocjalizowani bez względu na ich aktywność i umotywowanie do tego procesu. Tak realizowane oddziaływania penitencjarne połączone z surowymi regulaminami więziennymi zwłaszcza w zakładach zwykłych, powodowały kumulację agresji więźniów i powielanie zachowań podkulturowych. W okresie stanu wojennego, w latach 1981 - 1982 jednostka była wyłącznie Zakładem Karnym, ominął ją więc los niektórych zakładów i aresztów zamienionych na ośrodki odosobnienia i internowania działaczy opozycyjnych.
Uznając zasadę, że prawo nie może zamykać drogi do "autorskiego prowadzenia więzień" w ramach pracy penitencjarnej w latach 1980 - 2005 - wielokrotnie podejmowano działania penitencjarne oparte na niekonwencjonalnych metodach oddziaływania na skazanych. Radykalna wymiana kadry penitencjarnej w latach 1987 - 1990, zdecydowanie wzmogła inicjatywy w tym zakresie. Wyjątkową rolę w tym względzie odegrał kapelan więzienny w latach 1985 do 1997 ks. Ignacy Klucznik. Wdrożony w Zakładzie Karnym w Nowym Sączu w latach 1993 -1997 autorski system progresji wewnętrznej - przedstawiony na I Polskim Kongresie Penitencjarnym w Kaliszu w dniach 3-5 czerwca 1996 roku - stanowił podstawy do opracowania ogólnopolskiego systemu programowanego oddziaływania na skazanych; wprowadzonego w życie w kodeksie karnym wykonawczym w roku 1997. Więzienie nowosądeckie miało również swojego reprezentanta na obradach III Polskiego Kongresu penitencjarnego w dniach 6-7 czerwca w Popowie gdzie poddano ocenie wprowadzone w/w rozwiązania ustawowe w ramach hasła "więziennictwa polskiego XXI wieku" a także w trakcie posiedzenia sejmowej komisji sprawiedliwości w roku 2004 w ramach przedstawiania w sejmie propozycji poszukiwania praktycznych rozwiązań zmniejszenia zaludnienia jednostek penitencjarnych i uruchamiania prac skazanych na rzecz samorządu terytorialnego. Jednostka była również prekursorem organizacji stałej i systemowej współpracy Ośrodkiem Pomocy Społecznej w Nowym Sączu a w roku 2005 rozwinięto współpracę o podobnym charakterze z Centrum Edukacji OHP w Nowym Sączu. Od 1992 roku kontynuowane jest współdziałanie z Sądem Okręgowym w Nowym Sączu; oparte o realizację zajęć instruktażowo-edukacyjnych z kuratorami i ławnikami sądowymi na temat aktualnych trendów w realizacji systemów i celów wykonywania kary w zakładach karnych. Kierownictwo działu penitencjarnego nadzoruje cyklicznie indywidualne i grupowe praktyki studentów wyższych uczelni województwa małopolskiego. Kadra penitencjarna uczestniczyła czynnie w opracowaniu komputerowego programu penitencjarnego NOE ODYSEJA, wdrożonego do obsługi jednostek penitencjarnych w 2002 roku.
Najnowsza historia zakładu karnego to również zdarzenia o charakterze dramatycznym, jakim był wywołany spontanicznie - na fali ogólnopolskiego protestów więźniów; bunt w nocy z 22 na 23 lipca 1991 roku; z czynnym udziałem ok. 200 osadzonych, którzy niszcząc mienie kwaterunkowe i przysłony okienne usiłowali wydostać się z cel mieszkalnych a także te, których okoliczności kładą się cieniem na sposób realizacji zadań służbowych przez funkcjonariuszy tj. stwierdzony przypadek udostępniania telefonu komórkowego przez oddziałowego jednemu z bossów sądeckiego gangu Chowańców w roku 1996, jak również zagubienie jednostki broni w 2000 roku.
Przez okres tych 150 lat mury sądeckiego więzienia wsłuchiwały się w losy kilkuset tysięcy więźniów; byli wśród nich ludzie skrzywdzeni przez władzę poprzez uwarunkowania polityczne, zamordowani przez okupanta, przypadkowi przestępcy a także ci, którzy z dokonywania przestępstw uczynili sobie źródło dochodu; wśród nich skazani z pierwszych stron gazet (również osoby znane i sławne takie jak: funkcjonariusz państwowy w randze wiceministra, słynny domorosły Casanowa z lat 80-tych Kalibabka, mistrz olimpijski, pseudo biznesmeni najgłośniejszych afer w RP m.in. alkoholowej czy paliwowej i inni).
Nie wszyscy godzili się z wyrokami TEMIDY i próbowali samowolnie wydostać się poza mury więzienia. Najgłośniejszą ucieczkę zorganizowali osadzeni zatrudnieni w kotłowni, którzy we wrześniu 1977 roku ok. godz. 2 w nocy po wypiłowaniu krat, korzystając z wyjątkowo mglistej i burzowej nocy pokonali mur zewnętrzny i wydostali się poza teren zakładu. W trakcie zeskakiwania z muru jeden z nich doznał skręcenia nogi co ułatwiło ich identyfikację w trakcie bezpośredniego pościgu i w lasach w okolicach Grybowa - zostali oni ujęci. Inne zdarzenie o podobnym charakterze dotyczy ucieczki z sierpnia 1977 roku osadzonego, który w trakcie realizacji spaceru za pomocą prowizorycznego haka w kształcie kotwicy i zaplecionego koca, przeskoczył mur więzienia (został ujęty po kilku dniach). Jedyny przypadek spektakularnej a zarazem udanej ucieczki z Zakładu Karnego w Nowym Sączu odnotowano w roku 1978, kiedy to osadzony oczekujący na przyjęcie do zakładu karnego wykorzystał zamieszanie w rejonie bramy głównej i wyszedł w gronie pracowników cywilnych gospodarstwa pomocniczego opuszczających jednostkę. Notabene przesłał on z Włoch okolicznościową widokówkę i od tej pory ślad po nim zaginął. Te wyjątkowe i już historyczne zdarzenia; od tego czasu bowiem, nie podejmowano prób ucieczki z wewnątrz zakładu karnego, uzasadniają pogląd jednego z osadzonych narodowości niemieckiej Tomasa P. który przebywał w zakładzie karnym w Nowym Sączu w roku 1993; oczekując na deportację a w swej bogatej "przestępczej biografii" dokonał kilkanaście udanych ucieczek z niemieckich jednostek penitencjarnych - "stąd nawet nie będę próbował" - o skali trudności tego rodzaju przedsięwzięć - w tym obiekcie. Byli również tacy, którzy doświadczenie więzienne potraktowali jako swoistą trampolinę do "społecznego pojednania" a wśród nich wyjątkowo zdolny złodziej kieszonkowy, który w trakcie odbywania kolejnej już kary pozbawienia wolności eksternistycznie zdał maturę a po warunkowym zwolnieniu, ukończył uniwersyteckie studia o kierunku pedagogiki resocjalizacyjnej i zgłosił akces do pracy w więziennictwie (ze względów proceduralnych tj. wielokrotnej karalności nie został zatrudniony; uczestniczy jednak w wyznaniowych spotkaniach z osadzonymi w zakładzie karnym).
Od czasów umowy społecznej J. J. Rousseau przyjęto rozumowanie, że obywatele państwa sami wybierają władzę i sposób jej wykonywania. Więzienie to instrument tej władzy, który pozwala ją demonstrować, używać i wykorzystywać. Dzisiejsza refleksja nad ta instytucją wykazuje, że akceptować można tego typu działania jedynie w stosunku do sprawców groźnych przestępstw kryminalnych. W innych przypadkach tak reprezentowana władza musi budzić sprzeciw a podobne jubileusze stanowić przestrogę dla następnych pokoleń.