1) jak transformowano bakterie pBR322 otrzymano 108 kolonii. Ile otrzymamy jak transformujemy bakterie plazmidem z insertem o dl. (chyba) 2000pz.
odp. mniej bo im mniejsza cz. DNA tym lepiej bakteria ją łyknie (z insertem jest wiekszy niz sam plazmid)
2) Ktory enzym jest przede wszystkim odp. za utrate fragmentu 5' sekwencji cDNA
ja dalam polimeraza DNA I , bo odwrotna transkryptaza ma starter komplementarny do AAAAAA na 3' koncu mRNA a jak ona juz zrobi ta cz. DNA to pol.DNA I moze miec problem ze starterem
5-------------------------------AAAAAAAAAAA3 mRNA
_________TTTTTT (starter dla odw. transkryptazy)
5---------------------------------AAAAA3 (RNA)
3---------------------------------TTTTT5 (1szy DNA)
^^^ tu jest problem wlasnie (a to robi pol. DNA)
3) Ktory z procesow nie dotyczy techniki primer extension
tu nie pamietam co bylo
1.Charakterystyka wektora(tylko rysunku nie ma hehheheheh)
a)wektor może być użyty do przygotowania biblioteki genomowej
b) zawiera geny markerowe
c)może replikować w komórkach bakteryjnych w sposób charakterystyczny dla plazmidów
d)zawiera COS -pakowanie do wektora
e)zawiera polilinker(sekwencje wielokrotnego klonowania)
ja tu mialam inne odpowiedzi i bez rysunku nie wiem o co chodzi
2.Nukleaza SI
a) może być użyta do lokalizacji sekwencji intronowych tak
b) może degradować DNA i RNA i powstaja produkty posiadajace sekwencje P-5' tak
c) DNANA,RNA:RNA i DNA:RNA sa odporne na działanie tego enzymu tak
b) jest egzonukleazą NIE - endo!
e) używana do odtrawiania fragmentów kw.nukleinowych ,które maja forme pojedynczej nici tak
3.Który ze zwiazków może byz użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych (ja pamietam ze tu bylo dodane ze chodzi o zn. 5')?
a) dATP znakowany P32 w pozycji g
b) ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a
d) [g-P32] -ATP
e) [a-P32]-dATP
to sie robi kinaza polinukleotydowa wiec moze byc jakikolwiek ale zeby byw pozycji GAMMA, bo to kinaza i ona nie wbudowuje do lancucha tylko przenosi tą grupe PO4 co jest najdalej cukru
nie ma chyba roznicy czy to bedzie dATP w pozycji gamma czy ATP bo one i tak maja chyba taka sama energie
wiec d i a
4.Wektor plazmidowy poddano linearyzacji enzymem EcoRI został uzyty do ligacji z DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów. Syntatyczny ds.DNA został tak zaprojektowany iż posiada konce identyczne z końcami wektora(EcoRI).Mieszanine poligacyjna poddano transformacji komórki bakteryjne i wylano je na podłoze zawierajace odpowiedni dla wekrota antybiotyk. Które z podanych ponizej twierdzen sa nieprawdziwe?
a)pośród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierajace wektor pozbawiony insertu tak bo mogle sie sam zamknac
b )pośród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierajace rekombinowany wektor z wbudowanym jednym fragmentem tak
c)pośród powstałych klonów można było zaobserwowac wektor zawierajacy wiecej niż jeden fragment tak bo jak to oligonukleotyd (krotki) i ma takie same wszystkie konce to moze tak byc
d)ligacji jednego fragmentu i czasteczki wektora towarzyszy powstanie 4ch wiazań fosfodiestrowych tak (po 2 wiazana na kazdej nici a to bylo dsDNA)
f) ligacji jednego fragmentu i czasteczki wektora towarzyszy powstanie 2ch wiazań fosfodiestrowych nie
5. Dwie próbki E.coli poddano transformacji plazmidem zawierajacym gen AmpR (opornośc na ampicylinę).Do pierwszej próbko dodano niewielka ilośc pozywki i wylano na podłoze.do drugiej również dodano niewielka ilosc pozywki i wylano na podłoze najpierw bez antybiotyku ,inkubowano przez 30 min w 37'C a potem na antybiotyk.:
na pierwszej na pewno bedzie mniej niz na 2 bo opornosc na ant. daje produkt genu a nie sam gen wiec komorka musi miec czas na zrobienie tego bialka co daje opornosc
a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonów NIE
b) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonów NIE
c) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonów MOZLIWE, ZAKŁADAJĄC ZE SAME SIE TEZ MOGA ZMUTOWAC, ZWLASZCZA ZE TO MNIEJ NIZ 10% ALE NIE DAM SOBIE ZA TO GLOWY UCIAC
d) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonów TO JEST NA PEWNO OK
e) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów NIE
6.Dla elektroforezy nie jest prawdą: (chyba zalezy w jakim żelu )
a)superzwinięte czasteczki DNA wędruja szybciej niż liniowe prawda
b)cząsteczki DNA obdazone ładunkiem ujemnym wędrują do elektrody dodatniej prawda
c)mieszanian fragmentów Dna jest rozdzielana tym ekektywniej im któtsze sa fragmenty prawda
d)małe cząsteczki Dna wedruja najczescoej szybciej niż wieksze [przy załozeniu ze stosunek ładunku do masy jest bardzo podobny dla różnych DNA] prawda
e)cząsteczki o długości 302 i 303 pz mogą być rozdzielane dla agarozowego nie prawda, bo to do duzych cz. jest i musza miec duza roznice masy, a dla poliakryloamidowego prawda
Lanii (19:47)
7.Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje AT CGAT i trawi wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy resztami TiC.enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje T CGA:
ClaI : AT CGAT TaqI : T CGA
TAGC TA AGC T
^^ i to sie pewnie rozjedzie
a)ktotsze (chyba wystające raczej) fragmenty DNA generowane przez enzymy sa końcami komplementarnymi TAK
b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami sa tylko w czesci komplementarne W CAŁOŚCI KOMPLEMENTARNE
c)ClaI i TagI sa izoschizomerami IZOKAUDAMERAMI (TWORZĄ TAKIE SAME KOCE LEPKIE, IZOSCHIZOMERY TNA TĘ SAMĄ SEKWENCJĘ ALE NIE KONIECZNIE TAK SAMO)
d)dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TagI mogą być ligowane i następnie trawione ClaI NIE bo przy Taq za T lub A moze być cokolwiek a przy Cla musi byc ATCGAT
e)dowolne fragmenty powstałe po ligowaniu produktu trawienia ClaI i TagI mogą być trawione TagI tak
8.Klon może być użyty jako substrat do radioaktywnego znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu fragmentu Klenowa polimerazy I DNA: (TO JEST BEZ SENSU BO KLON TO NIE SUBSTRAT DLA NICZEGO, ALE DLA POLMERAZY KLENOWA SUBSTRATEM DO ZNAKOWANIA SĄ dNTP ZNAKOWANE W POZ. ALFA - są wbudowywane do łancucha dlatego alfa - najblizej cukru)
a)dATP znakowany P32 w pozycji g
b)ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a OK
d)[g-P32] -ATP
e)[a-P32]-dATP OK
10.Zakładajac ze polimeraza Tagi nie traci aktywnosci ani nie ulega rozkładowi,substraty PCR można powiedziec ze dov\celowa sekswncja Dna jest powielana po n-cyklach:
2 ^ (n-2) bo 2 pierwsze są bezuzyteczne
11.Który z podanych wektorów jest najmniej przydatny do sekwencjonowania genomu ssaczego?:
a)YAC
b)BAC
c)wektor bedacy pochodną faga l
d)kosmid
e)wektor plazmidowy (-- ten najmniej przydatny bo najmniej miesci
12.spośród podanych temperatur wybrac która z najwiekszym powodzeniem da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzajac dla startera 5' GGTAATCGGTTAGGCTCC3':
a)56'C
b)72'C
c)59'C
d)55'C
e)żadna
Tm=4*(ilość G +ilość C) +2*(ilość A + ilość T)
temp. hybrydyzacji jest o 1-2 st. niższa do Tm
tu chyba bylo 55 st ale przelicz sobie bo nie wiem czy ta sama sekwencja byla w obu gr.
13.Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalajacych an otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnymza brak cDNA inf reprezentujacej 5' koniec transkryptu:
a)5'AGCAATGG3'
3'TCGT5'
b)5'AGCAATGG3'
3'ACC5'
c)5'AGCAATGG3'
3'TCGTTACC5'
d)5'AGGAA3'
3'TCGTTACC5'
f) nie wiadomo
tu chyba kolezanka pomylila pytanie z odpowiedzią, bo odpowiedz na to pytanie jest w 1), a odpowiedzi są do tego gdzie najpierw starwiono DNA jakims e.r. co daje 5'konce lepkie a potem trawiono Bal31 i S1 wiec konce na pewno beda tepe (Bal31 i S1 sie o to postaraja), ale kij wie czy to nie byl hak i czy nie chodzi o odpowiez ze nie wiadomo bo nie wiadomo jaka byla sekwencja poczatkowa
14.Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiedajacy za odpornośc na erytromycynę(EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za opornośc na ampicylinę.Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplemantarnych do wektora.Które z ponizsych fenotypów maja komórki transformowane: (insercyjan inaktywacja AmpR w rekombinowanych plazmidach, ja pamietam ze w pytaniu chodzilo nie o transformowane po prostu, tylko transformowane rekombinowanym)
a)niewrażliwe na ampicylinę & niewrazliwe na erytromycynę (-- to jest ok przy transformowanych wektorem NIErekombinowanym (samoligacja)
b) niewrażliwe na ampicylinę & wrazliwe na erytromycynę
c) wrażliwe na ampicylinę & wrazliwe na erytromycynę
d) wrażliwe na ampicylinę & niewrazliwe na erytromycynę (-- to jest ok przy transformowanych wektorem rekombinowanym
e)nie wiadomo
Lanii (20:10)
15.Kolista cząsteczka Dna posiada n-miejsc restrykcyjnych EcoRI.ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu?
a)n-1
b)n OK bo kolista, jak jest liniowa to jest wtedy n+1
c)n+1
d)2n-1
e) zależy od liczby powtórzeń
16.w analizie Southern fragment sekwencji genu z drożdzy zostal uzyty jako sonda do analizy fragmentow powstałych w wyniku trawiania EcoRI DNA genowowego z jalpa. Na autoradiogramie zaobserwowano zadioaktywne pasmo odpowiedajace fragmentowi DNA o dłudości 4 kb.Oznacza to ze:
a)gen jalpa ma 4kb NIE, bo nie wiadomo czy to caly gen czy jego fragment
b)gen japla jest takisam jak gen drozdzy NIE, mogą miec wspolne sekwencje ale ne musza byc cale takie same
c)gen japla jest obcy (NIE OBCY YLKO OBECNY BYŁO !!!) w preparacie poddanym analizie jesli obecny to ok - TU JESZCZE BYLO NAPISANE ZE GEN CZEGOŚTAM JALPA I TO JEST WAZNE BO GEN KODUJACY TO SAMO BIALKO Z DROZDZY BYL SONDĄ, GENY KODUJACA BIAŁKA Z TEJ SAMEJ RODZINY MAJĄ CZĘSTO PODOBNĄ SEKWENCJĘ (SEKWENCJE WSPOLNE) W ROZNYCH ORGANIZMACH
d)gen japla jest obecny w 4ch kopiech w genomie bez sensu zupelnie
e) gen japla ma taka sama sekwencje jak gen drożdzy no niby prawda ZAWIERA taka sama sekwencje ale nie zaznaczylam tego bo to brzmi tak jakby mial CAŁĄ sekwencję taka samą