1.Dwie próbki E.coli poddano transformacji plazmidem zawierajacym gen AmpR (opornośc na ampicylinę).Do pierwszej próbko dodano niewielka ilośc pozywki i wylano na podłoze.do drugiej również dodano niewielka ilosc pozywki i wylano na podłoze,inkubowano przez 30 min w 37'C.:
a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
b) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonów
c) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonów
d) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
e) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów

2. Który ze zwiazków może byz użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?
a) dATP znakowany P32 w pozycji g
b) ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a
d) [g-P32] -ATP
e) [a-P32]-dATP
3. DNA przecięto nukleazą, która daje lepkie końce, następnie poddano działaniu nukleazy S1 a potem w obecności mieszaniny dNTP terminalnej transferazy. Jakiego typu będą końce fragmentu:
A)  5'ATGECACCCA3'
 3'ATTAc...GG5'
B) tempe końce (tylko, ze narysowane takie coś mniej więcej jak w A z tempymi końcami)
C) końce typu 5'
D)    5'ATGCGTAA3'
  3'ATGTACGCATT5'
E) nie wiadomo

4. . Plazmid ma gen markerowy AmpR, bierzemy jakiś plazmid co ma geny odporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd, tniemy go i kolekcję fragmentów wklonowujemy w nasz wektor, do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:
A) z ampicyliną
B) z chloramfenikolem i ampicyliną
C) z chloramfenikolem
d) erytromycyna i ampicylina

E) erytro i chloramfenikol

5. bardzo długie pytanie - mogłem dokłądnie nie zapamiętać:
student chciał zrobić bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrębie jakiegoś genu, zrobił tak:
gen dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał synttyczne oligonukleotydy  i pytanie było - zaznaczyć co po tym eksperymencie było, ja zapamiętałem tyle:
A) komórki ze zrekombinowanym wektorem będeą niebieskie (po tej selekcji i wogole)
B) komórki ze zrekombinowanym wektorem będą białe
reszty nie pamiętam

C) zaobserwujemy niska 1-2% ilosc koloni, w porównaniu do eksperymentu, w którym nie defosforylowano koncow wektora

E) nie da się badac aktywności genu

Na pewno dobra jest e) i być może c) która ja zaznaczyłam tez

6. Nukleaza S1 może być użyta do mapowania końca 5' transkryptu. Można jej też używać do mapowania końca 3', ale przy zmianie pewnych warunków eksperymentu. Które z poniższych odnoszą się tylko do eksperymentu mapowania końca 3':

1. użycie [γ-32P] dATP jako jednego z substratów

2. użycie [α-32P] dATP jako jednego z substratów

3. denaturacja DNA i elekrotforeza

4. w reakcji bierze udział rekombinowany enzym o właściwościach enzymu, którego używają retrowirusy do tworzenia DNA na matrycy RNA

5. w reakcji bierze udział polimeraza DNA I

7. Pożywka płynna M9:

a)zawiera niezbędny komórkom do wzrostu antybiotyk ampicylinę

b)zawiera tylko związki nieorganiczne

c)zawiera tylko związki organiczne

d)umożliwia prowadzenie hodowli w ściśle zdefiniowanych warunkach

e)po dodaniu do niej glukozy otrzymamy pożywkę LB

8. Przygotowano ekstrakt z DNA, do którego dodano NaOH przez co pH zwiększyło się do 12,35. Jakie cehcy tego eksrtaktu:

a)w takich warunkach cały komórkowy DNA ulegnie denaturacji do formy jednoniciowej

b) w takich warunkach do formy jednoniciowej nie ulegnie denaturacji tylko superzwinięty DNA (supercolid)

c)w tych warunkach denaturacji nie ulegnie cDNA

d)po zakwaszeniu ( do pH ok. 7,00) ekstraktu łatwo można oddzielić zdenaturowany DNA plazmidowy od DNA chromosomowego bakterii

e)po zakwaszeniu ( do pH ok. 7,00) ekstraktu łatwo można oddzielić zdenaturowany DNA chromosomowy bakterii od DNA plazmidowego

9. Metoda FISH ( Fluorescence in situ hybridization). Badanie genu znajdującego się na chromosomie pojedynczym. Hybrydyzacja z komplementarną sonda fluorescencyjną. Jakich sygnałów spodziewasz się w profazie mitozy:

a)2 sygnały blisko siebie fluorescencyjne

b)2 sygnały fluorescencyjne

c)2 pary sygnałów fluorescencyjnych

d)4 sygnały fluorescencyjne

e)4 pary sygnałów fluorescencyjnych

10. Anemia sieropowata powodowana jest przez mutacje na recesywnym allelu genu, który koduje enzym. Soutern Blotting daje następujące rezultaty: pasmo wielkości 1,3 kb dla allelu zmutowanego i dwa fragmenty 1,1 kb i 0,m2 kb dla allelu dzikiego. Jakie fragmenty moją rodzice jeśli dziecko może zachorować z 25% prawodopodobieństwem:

1. fragmenty 1,1 kb i 0,2 kb u obu rodziców

2. fragmenty 1,3 i 0,2 kb u obu rodziców

3. fragment 1,3 u jednego z rodziców i 0,2kb, 1,1 kb u drugiego

5. fragmenty 1,1 kb, 0,2 kb i 1,3 kb u obu rodziców.

11. Charakterystyka wektora pBluescript II KS(+/-):

a)może być używany do transkrypcji in vitro przy użyciu polimeraz fagowych

b)zawiera gen markerowy

c)jest fagemidem

d)może być używany do wklonowywania insertów ss DNA

e)może być używany do badania promotorów prokarotycznych w komórkach eukariotycznych

12.coś o łączeniu kontigów po analizie STS
w tabelce podane sekwencje i na których kontigach występują:
  

1  2  3  4  5
A  + +  +  
B   +  +
C        +   +
D      + +

D-A-B-C?  ta jest dobra

13.transgeniczne myszki - nie pamiętam dokładnie, w każdym razie bylo pytanie o komórki macierzyste, które chyba zamierzamy transformować - przaynajmniej ja to tak zrozumiałem
A) mahą jeden allel typu dzikiego a drugi uszkodzony
B) mają oba allele typu dzikiego
C) prowadzimy selekcję w celu wybrania tych ktore uległy rekombinacji niehomologicznej
D) są odporne na neomycynę
E) posiadają albo nie posiadają gen tk (kinazy tymidylanowej
)

14.Haploidalny neurospora jest transgeniczny, ma wprowadzony gen LUX. krzyżujemy go z dzikim (bez LUX) i robimy analizę PCR askospor (chyba tak się to nazywało)(przeprowadzoną najlepiej jak to tylko możliwe - bez żadnych błędów). U ilu analizowanych askospor będzie gen LUX:
a)0%
b)25%
c)50%
d)75%
e)100%

15.Wektor

1. jest cosmidem

2. można prowadzic transkrypcje In vitro za pomoca enzymow fagowych

3. ma gen markerowy(amp)

4. można pozyskiwac jego wieksze ilości hodując w bakterii

e)pozwala na bedanie aktywności promotorow prokariotycznych w Komorkach eukariota
W mojej grupie poprawne były : B) C) amp^r d) ori e) miał gen cat

16. Znamy sekwencje genu oddalony od genu powowdujacy nowotwor o 200kb Co należy zrobic by poznac sekwencje genu?

A-podzielic genom BamH! na frg. 20kb

B-strawic genom całkowicie za pomoca EcoRI

c-wyizolowac DNA człowieka

D-wyizolowac Dna bakterii

E-zrobic biblioteke genomowi za pomoca faga lambda

F-powtarzac dwa poprzednie procesy do uzyskania odpowiedniej ilości klonu

G-Northern bloking sonda z genu

H-przeszukanie biblioteki sonda z genu, potem izolowanie klonu ktory zhybrydyzowal

I-subklonowanie fragmentu z konca izolowanego klonu jako sondy do nowego przeszukania biblioteki i odnalezienia nowego klonu

Ja mialam c, a, e, h, i, f no i to jest dobrze

17. ddATP ddCTP ddGTP ddTTP

5 3'

4

3

2

1 5'
Sekwencja która będzie odpowiadala sekwencji….

A) 3'TACGT5'

B) 5'TGCAT3'

C) 3'ACGTT5'

D) 5'ATGCA3'

E) 5'TTGCA3'

F) zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa

Czytam sekw. Od dolu: 5'TGCAT3' czyli sekwencja nici matrycowej: 5'ATGCA3'

18. W celu przeprowadzenia trawienia enzymem….

Zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego…

Zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej…

Pozwolila na otrzymanie prawidłowych, i z dobrze…..

Optymalne dla enzymu XYZ stezenie NaCl wynosi 50 mM….

Wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

A) 100mM

B)1000mM

C)50 mM

D) 500 mM (ta jest poprawna, bo jako obj. NaCl trzeba przyjac obj. Buforu czyli 2 ul i wtedy wyjdzie ze rozcienczamy go 10 razy)

E)Trudno powiedziec bez dodatkowych informacji

19.Fragmenty wektora zastępczego(30 kb) będącego pochodna faga lambda zostaly poddane ligacji w celu utrzymania biblioteki genomowej. Max dl. Insertu poszczególnych klonow:

A)8 B)40 C) 1000 D) 20 E) 22 to jest dobra odp. Bo max do faga wchodzi 52 kb

20.W trakcie elektroforezy w zelu agarazowym w nieobecności bromku etydyny:

A) czasteczki ds. DNA poruszaja się w kierunku do elektrody ujemnej

B) obdarzone ładunkiem +

C) liniowe czasteczki poruszaja się tym szybciej im sa krótsze tak

D)superzwiniete czasteczki DNA poruszaja się wolniej niż cz. Zlinealizowane

E) fragment DNA o dlo 1006 kb i 1007 mogą być rozdzielone w celu preparatywnym tu być może prawda, ale zel agarozowy jest mniej dokładny, nie wiem na 100%

---