Koll zaliczeniowe z modelowania biomolekularnego, ROK III, SEM 6, modelowanie biomolekularne


Kolokwium zaliczeniowe z modelowania biomolekularnego

Zagadnienia i przykładowe pytania

  1. Główne obszary modelowania biomolekularnego:…..

  1. Krótko scharakteryzuj bazy: KEGG, CATH, PDB

  1. W jakich bazach znajdziesz informacje nt.

  1. W jakich bazach znajdziesz informacje nt. przemian metabolicznych:

  1. Na czym polegają metody mechaniki molekularnej

  1. Podaj przykłady/nazwy pól siłowych:

  1. Energia w polu siłowym jakie oddziaływania

  1. Jakie rodzaje oddziaływań uwzględniają pola siłowe:

  1. Jakie znasz rodzaje oddziaływań między zespołami:…..

  1. Jakie znasz oddziaływania niewiążące: ……

  1. Na czym polega metoda Monte Carlo: …………

  1. Co to jest PES?

  1. Jakie informacje można uzyskać dla białka na podstawie mapy:

  1. Wyjaśnij co to jest analiza konformacyjna i na czym polega:…….

  1. Jak można stwierdzić metodami modelowania biomolekularnego, że struktura cząsteczki jest nie płaska

  1. Na czym polegają metody dynamiki molekularnej

  1. Zastosowania dynamiki molekularnej w modelowaniu biomolekularnym

  1. Przedstaw równanie Szrodingera i zdefiniuj wielkości w nim występujące:

  1. Przybliżenie Borna-Oppenheimera

  1. Operatory, wartości własne i funkcje własne

  1. Krótko scharakteryzuj fermiony, bozony

  1. Co to jest spinoorbital

  1. Wyjaśnij co to jest metoda ab initio

  1. na czym polega metoda SCF:………..

  1. Funkcje Gaussian'a

  1. Różnice między metodą UHF a RHF:…….

  1. wyjaśnij bazę 6-31G, 6-31G(d,p)

  1. co to jest stan singletowy, stan trypletowy , podaj przykłady

  1. wzór na multipletowość: podany będzie zły/dobry, wskazać prawidłowy

  1. Jaka jest multipletowość elektronów:

  1. jakie są podstawy metod półempirycznych

  1. Wskaż metody półempiryczne:

  1. Jakie są najważniejsze podstawy metody DFT

  1. Jakie właściwości wykorzystywana jest w metodzie DFT:

  1. Przykłady funkcjonałów

  1. W jaki sposób można stwierdzić, że reakcja przebiega wg mechanizmu odszczepienia grupy OH z pozycji 3 lub 5 np. w pierścieniu benzenowym

  1. W jaki sposób można stwierdzić, że początkowy etap reakcji przebiega wg mechanizmu odszczepienia H z grupy OH a nie oderwania elektronu

  1. Przedstaw na wykresie energia poziomów molekularnych dwóch reagentów A i B koncepcję reaktywności na podstawie teorii orbitali granicznych

  1. Co to są HOMO i LUMO

  1. Jakie znaczenie HOMO, LUMO

  1. Pewne związki A, B, C, D wykazują następujące wartości energii HOMO: A(-5.327 eV), B(-4.987 eV), C(-5.726 eV), D (-6.943 eV). Jak sądzisz, który z nich wykazuje

  1. Co to jest stan przejściowy reakcji

  1. Jak można modelować reakcję chemiczną i badać jej termodynamikę

  1. Przedstaw wykres zmian entalpii w funkcji współrzędnej reakcji, jakie wnosi informacje

  1. Po czym można poznać stan przejściowy

  1. Metody modelowania stanu przejściowego:

  1. Co to jest mapa reakcji i jak ją można modelować

  1. Jak można przewidywać mechanizm reakcji chemicznej na podstawie modelowania jej stanu przejściowego

  1. Na czym polega analiza homologiczna

  1. Modelowanie struktur białek w oparciu o homologię

  1. Jakie znasz postępowania w modelowaniu struktury 3D białka

  1. Na czym polega metoda przewidywania struktury drugorzędowej białka

  1. sztuczne sieci w modelowaniu struktury drugorzędowej białka

  1. Metoda fizyczna modelowania struktury białka

  1. Podejście ewolucyjne w modelowaniu struktury białka

  1. Podaj kilka programów/serwerów do modelowania struktury białka

  1. Programy do przyrównań wielosekwencyjnych

  1. Etapy modelowania homologicznego w przewidywaniu 3D struktury białka

  1. Krótko wyjaśnij do czego służy i jakie są etapy postępowania z Swiss-Model

  1. Wyjaśnij skrót QSAR

  1. Jakie są zasadnicze założenia QSAR:

  1. Podaj kilka metod modelowania logP:

  1. Krótko wyjaśnij na czym polega metoda COMFA

  1. Krótko wyjaśnij na czym polega metoda COMSIA

  1. Na przykładzie cząsteczki H2C=CH2 wyjaśnij pojęcie macierzy połączeń: ……

  1. Na przykładzie cząsteczki H2C=CH2 wyjaśnij pojęcie macierzy sąsiedztwa: …..

  1. Podaj przykłady deskryptorów konstytucyjnych: ………

  1. Podaj przykłady deskryptorów topologicznych: …………

  1. Podaj przykłady indeksów geometrycznych: ……….

  1. Podaj przykłady deskryptorów elektrostatycznych: ……….

  1. Podaj przykłady deskryptorów kwantowo-chemicznych: ………….

  1. Podaj przykłady indeksów reaktywności: …..

  1. Planowanie badań QSAR

  1. Jak najczęściej dzieli się zbiór danych w badaniach QSAR

  1. Metody wyznaczania równań QSAR

  1. Co to jest dokowanie molekularne i do czego służy: ….

  1. Stosowane metody (algorytmy) w procesie dokowania molekularnego

  1. Etapy procesu dokowania molekularnego

  1. Jak można ocenić jakość dokowania molekularnego

  1. Modelowanie (opracowanie) nieznanej struktury receptora

  1. Jak można modelować widmo UV, jakie wnosi informacje

  1. Co to jest analiza filogenetyczna

  1. Co to jest filogenetyka, klad, węzeł, filogram, kladogram

  1. Macierze PAM, BLOSUM, krótkie wyjaśnienie

  1. Jak określa się miarę podobieństwa (score), wartość oczekiwaną (e-value): podane wzory/ należy wskazać prawidłowe

  1. Wyjaśnić znaczenie parametrów w pkt. 86

  1. Etapy analizy filogenetycznej

  1. Metody modelowania drzewa filogenetycznego białka

  1. Na czym polega metoda maksymalnej parsymonii

  1. Na czym polega metoda bootstrap

Zaliczenie obejmie 30 pytań z przedstawionych zagadnień/pytań


Wyszukiwarka