……:::PYTANKA Z EGZAMINU:::…… (created by anuHa)

1. Który ze związków może być użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 przy użyciu kinazy polinukleotydowej fragmentu DNA o końcach tępych?

a) dATP znakowany P32 w pozycji g
b) ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a
d) [g-P32] -ATP
e) [a-P32]-dATP

2. Komórki większości szczepów wykorzystywanych w inżynierii genetycznej mogą być hodowane na pożywkach płynnych. M9 jest podłożem minimalnym, które ma składzie:

a) antybiotyk ampicylinę

b) tylko składniki nieorganiczne
c) tylko składniki organiczne

d) pozwala na prowadzenie hodowli komórek o ściśle określonych wymaganiach pokarmowych

e) po uzupełnieniu pożywki M9 o glukozę otrzymamy pożywkę LB

Skład pożywki minimalnej M9 dla E. coli

 

skład na 1000 ml pożywki

Na₂HPO₄ x 12 H₂O 15,2 g

KH₂PO₄ 3 g

NaCl 0,5 g

NH₄Cl 1 g

po wyjałowieniu pożywki trzeba dodać jeszcze jałowe roztwory:

1M MgSO₄ x 7 H₂O 1 ml

0,1M CaCl₂ 1 ml

20% r-r glukozy 10 ml

po zmieszaniu wszyskich składników pH pożywki wynosi około 7,0

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego (które można włączyć do ekstraktu komórkowego) dodano NaOH aż do wartości w której pH wzrosło do 12,35…

Które z opisów/charakterystyk są prawdziwe:

a) w tych warunkach cały ds. DNA jaki znajdował się w komórce bakteryjnej uległ dysocjacji do pojedynczych nici

b) w warunkach dysocjacji do pojedynczych nici….., które są w formie superzwiniętej

c) wszystkie koliste cząsteczki DNA nie ulegną dysocjacji

d) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany DNA plazmidowy może być łatwo oddzielony od chromosomu bakteryjnego

e) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany DNA chromosomu bakteryjnego może być łatwo oddzielony od plazmidowego DNA

[haczyk, ponieważ w tych odpowiedziach jest, że cały DNA ulega dysocjacji a to wcale nie takie oczywiste, ponieważ ph było 12,35 a stosuje się zwykle ph=12,5],

Wg. Mnie w tych warunkach rozdysocjuje się DNA chromosomu bakteryjnego (liniowy), a plazmidowy nie, po zakwaszeniu te rozdysocjonowane znowu się nieco skleja i po odwirowaniu obadna na dno.

4. Przy pomocy nukleazy S1 można zmapować 3' koniec. Przy pomocy tego samego enzymu można też zmapować koniec 3', przy wprowadzeniu odpowiednich zmian w eksperymencie. Która z czynności ma miejsce tylko podczas mapowania końca 3':
a) znakowanie DNA przy wykorzystaniu [g-P32]-ATP jako substratu

b) znakowanie DNA przy wykorzystaniu [a-P32]-dATP jako substratu

c) denaturacja i elektroforeza dna
d) reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu o aktywności enzymu używanego przez retrowirusy do syntezy DNA na RNA
e) reakcja przy udziale polimerazy DNA I

Wg.mnie chodzi tu o to,ze w 3' koncu wykorzystuje się fragmenty Klenowa

5. Student chce otrzymać bibliotekę mutantów posiadających centrum aktywne enzymu XYZ. Posłużył się techniką mutagenezy kasetowej. cDNA kodujący enzym wklonowany był w rankę odczytu z fragmentem genu kodującego b-galaktozydazę (`lac Z' pozostała część znajduje się w chromosomie bakteryjnym) w plazmidzie pUC18. Plazmid zawiera amp^r, ori, sekwencję polilinkerową (msc) zlokalizowaną w obrębie sekwencji lacZ- jej obecność nie wpływa na funkcję produktu białkowego kodowanego przez lacZ.

Z tego można wyekspresjonować aktywny enzym.

Wektor trawiono enzymem restrykcyjnym Nat I usunięto z cDNA 35 bp fragment DNA poddano elektroforezie w żelu agarozowym defosforylacja konców fosfatazą syntetyczny oligonukleotyd prosto z syntezy (czyt nieufosforylowany) dodano i zligowano transformacja i selekcja

a) klony rekombinowane były niebieskie

b) klony rekombinowane nie były niebieskie ----ja tak zaznaczylam

c) klony, w których plazmid uległ samoligacji były niebieskie

d) klonów było zaskakująco mało - 1-2% w stosunku do kontroli w której ligacji ulega sam niedefosforylowany wektor

e)…

6. Kolisty DNA poddano linearyzacji enzymem restrykcyjnym, który generował 5' tępe końce (wystające). Następnie potraktowano to nukleazą s1 i po zahamowaniu reakcji… w obecności DTP-u mnie w grupie było ty chyba terminalna transferaza, która jak wiemy dodaje reszty do 3'końca, jeśli tak to odp.a). Jaki będzie charakter końców?

a) 5'AGCAATGG3'

3'ACCTTCGT5'

b) 5'AGCAATGG3'

3'ACC5'

c) 5'AGCAATGC3'

3'TCGTTACC5'

d) 5'ACTAGCAA3'

3'TCGTTACC5'

e) żadne z powyższych

7. Pewien haploidalny szczep grzyba Neurospora jest transgeniczny pod względem genu lucyferazy. Gen ten nie występuje w szczepie w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny został skrzyżowany ze szczepem typu dzikiego a powstałe auksospory poddano analizie. Po….. wykorzystując startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakładając, że PCR przeprowadzono w sposób optymalny, można przypuszczać, że udział auksospor w których zidentyfikowano specyficzny produkt wynosił:

1. 0%

b) 25%

c) 50% -dałam 50%, ale tego to nie jestem nic,a nic pewna

d) 75%

e) 100%

8. Fragment (ramiona w sumie 30 kb) wektora zstępczego będącego pochodną faga lambda zostały poddane ligacji z prawidłowo przygotowanymi fragmentami w celu otrzymania biblioteki genomowej. Maksymalna długość insertów składających się na bibliotekę będzie wynosić:

a) 8 kb

b) 40 kb

c) 1000kb

d) 20 kb

e) 22 kb

fag lambda - 37-52 kb, wiec skoro ramiona maja 30kb to zostaje nam najwięcej 22kb

9. FISH - sonda z bromkiem etydyny do genu występującego w pojedynczej kopii. W profazie podziału mitotycznego przeprowadzono FISH w cel jego znalezienia. Zaobserwowano:

a) 2 położone blisko siebie sygnały fluorescencyjne---ja tak zaznaczyłam, ale nie daje uciac glowy,bo nie bylam pewna co do profazy ile tam jest materialu genet.
b) 2 sygnały fluorescencyjne
c) 2 pary sygnałów fluorescencyjnych
d) 4 położone blisko siebie sygnały

e) 4 pary sygnałów fluorescencyjnych

10. W doświadczeniu, którego celem jest nokaut genu XYZ u transgenicznych myszy… macierzyste, do których wprowadzany jest rekombinowany… i co będzie:

1. będą zawierać gen tk

2. będą odporne na działanie neomycyny

3. będzie jeden allel zmutowany i jeden typu dzikiego

4. będą dwa dzikie allele

5. przeprowadza się selekcję pod względem mutacji alleli (rekombinacja niehomologiczna)

c) i e) zaznaczyłam

11. Rysunek plazmid pCAT3 -basic (4027 bp)

a) wektor posiada gen markerowy

b) wektor jest kosmidem

c) korzystając z wektora można prowadzić transkrypcję in vivo z udziałem polimerazy fagowej

d) wektor pozwala na badanie aktywności promotorów eukariotycznych

e) większą ilość preparatu potrzebną do … można uzyskać hodując bakterie transformowane tym wektorem

Ja mialam o fagemidzie Bluscrip

12. Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA metoda Sangera, w której korzysta się z analogów 2',3'- dideoksy trifosforanów uzyskano następujący autoradiogram:

Jaka jest sekwencja nici

matrycowej??

5'TGCAT3'

No i matryca tego to

5' ATGCA3'

13. Cztery klony BAC fragmentów ludzkiego genomowego DNA (A-B) zostały testowane pod względem posiadania 5 sekwencji STS (pięć sekwencji oznaczonych 1-5). Plus oznacza obecność STS w określonym klonie:

	STS
DNA	1	2	3	4	5
A	+	+	+
B	+		+
C			+		+
D		+		+

Rysunek wskazuje na to, iż klony składają się na sekwencję:

a) ABCD

b) DCBA

c) ABCE- klon „C” nie pasuje do pozostałych

d) DACB

e) DABC - ja tak dalam

14. Dwie próbki kompetentnych komórek E.coli poddano transformacji plazmidem zawierającym gen AmpR (oporność na ampicylinę). Do pierwszej próbko dodano niewielką ilość pożywki i po 5 min wylano na podłoże z ampicyliną .Do drugiej również dodano niewielka ilosć pożywki i wylano na podłoże po inkubacji przez 30 min w 37'C. Który wynik jest najbardziej prawdopodobny?

a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
b) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonów
c) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonów (???)
d) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonów
e) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów

ja tu dalam tylko odp.d)

15. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym:

a) cząsteczki dsDNA poruszają się w kierunku elektrody ujemnej

b) cząsteczki dsDNA są obdarzone ładunkami dodatnimi

c) liniowe dsDNA porusza się tym szybciej im są krótsze
d) superzwinięte cząsteczki DNA poruszają się wolniej niż cząsteczki zlinearyzowane(-)

e) można rozdzielić DNA o długości 1007 i 1008 pz w celach preparatywnych

Tez dalam tu c)

16. Wyobraż sobie, że dysponujesz klonem A (tzn. sekwencją …) i możesz przypuszczać na podstawie analiz geometrycznych, że znajduje się w odległości nie większej niż 200 kb od genomu odpowiedzialnego za raka piersi. Wśród podanych poniżej czynności proszę wybrać tylko niektóre, aby cały eksperyment ( technika) pozwolił na otrzymanie klonów reprezentujących sekwencje w obszarze 200 kb.

[na jednym końcu ma być gen A do którego już masz klon i możesz z niego zrobić sondę, na drugim końcu ma być gen odpowiedzialny za nowotwór piersi]

A) częściowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania fragmentów o długości ok. 20 kb

B) całkowite trawienie DNA enzymem EcoRI (bez sensu całkowite trawienie skoro potrzebujemy całego odcinaka tych 200kb )

C) izolacja ludzkiego genomowego DNA

D) izolacja genomowego DNA z E.coli

E) Nothern blotting sondą otrzymaną przy wykorzystaniu…(to jest w ogóle bez sensu bo Northern jest do RNA, a nie do DNA)

F) powtórzenia czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach aż do otrzymania odpowiedniej ilości klonów

G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda (lambda nie może spakowac tyle materialu ,z tego copamietam)

H) przeszukanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w etapie pierwszym i izolacja klonu hybrydyzowanego…

I) subklonowanie fragmentów końca nowoizolowanego do ponownego przeszukania biblioteki i identyfikacji

Odpowiedzi:

a) ABCDEG

b) CAGHIF

c) CHIFA

d) ACGHIF

e) żadna nie jest właściwa

17. Podane poniżej enzymy restrykcyjne trawią DNA w specyficzny sposób.

Bam HI NheI XbaI Eco RI

5'GGATCC3' 5'GCTAGC3' 5'TCTAGA3' 5'GAATTC3'

3'CCTAGG5' 3'CGATCG5' 3'AGATCT5' 3'CTTAAG5'

Wszystkie one hydrolizują wiązanie fosfodiestrowe przed ostatnim nukleotydem (licząc od 5' końca) przy czym produkty…

Wybierz prawidłową odpowiedź:

a) Eco RI i Bam HI to izoschizomery

b) produkty trawienia przez Bam HI i NheI mogą być ligowane przez ligazę T4
c) NheI i XbaI to izoschizomery
d) produkt ligacji NheI może być efektywnie trawiony przez Bam HI i NheI
e) NheI i XbaI są izokaudamerami ( rozpoznaja podobna sekwencje i trawia ja tak samo, w przypadku izoschizomerów rozpoznawalyby identyczna sekwencje tyle, ze trawilyby ja tak samo lub inaczej---a ty sekwencje nie sa identyczne)

nie wiem ,czytu nie było jakiejs odp. Ze konce Heni i XbaI sa do siebie komplementarne imoga ulec ligacji,ale nie wiem

18. Podczas trawienia enzymem restrykcyjnym 14µl próbki zawierającej DNA dodano 2 µl enzymu i 2 µl odpowiedniego dla tego enzymu buforu oraz 2 µl wody destylowanej. Tak przygotowana mieszanina pozwoliła na otrzymanie prawidłowych produktów. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 50 mM można oszacować, że w roztworze wyjściowym (buforze) wartość stężenia tej soli wynosi:

a) 100 mM NaCl
b) 1000 mM

c) 50 mM

d) 500 mM - ja tak dalam

e) trudno powiedzieć bez dodatkowych informacji

19. Wektor plazmidowy posiada gen oporności na ampicylinę. Chcemy plazmidu z genem oporności na chloramfenikol. Jakiego podłoża użyjemy do selekcji klonu z genem oporności na chloramfenikol

[chodziło o to, że najpierw nukleazą tniemy gen kodujący odporność na ampicylinę, potem ligujemy go z fragmentami odpowiedzialnymi za kodowanie odporności na erytromycynę i cos tam jeszcze-pytali co musi być w podłożu żeby wyhodować bakterie które będą produkować związek przekształcający jedną z tych substancji w nietoksyczną za pomocą acetylotransferazy chloramfenikolu]

a) ampicylina

b) ampicylina i chloramfenikol

c) chloramfenikol

d) ampicylina i erytromycyna

e) erytromycyna i chloramfenikol

ampicylina nie bo ona jest już wektor ma już odporność na ten antyb. Jeszcze przed wlaczeniem insertu

20. Anemia sierpowata - mutacja w recesywnym allelu powoduje brak miejsca restrykcyjnego dla MstII. Metoda Southerna wykazuje, że jest jeden fragment 1,3 kb zmutowany i dwa fragmenty 1,1 kb i 0,2 kb dzikie. Jakie będą fragmenty u rodziców aby prawdopodobieństwo, że dziecko będzie chore wynosiło 25%:

a) obecność fragmentów 1,1 kb i 0,2 kb u obojga z rodziców -(ja dalam tu a) sugerowałam się ,ze rodzice musieli być heterozygotami, ale nie daje głowy uciac)

b) obecność fragmentów 1,3 kb i 0,2 kb u obojga z rodziców

c) obecność 1,3 kb u jednego z rodziców i 0,2 kb u drugiego

d) obecność fragmentu 1,3 u jednego z rodziców i fragmentów 1,1 kb i 0,2 kb u drugiego

e) obecność fragmentów 1,3 kb, 1,1 kb i 0,2 kb u obojga rodziców

*** to co na niebiesko to sa odp. Jakie ja udzieliłam i jakie wydawalo mi się ze sa ok

1

2

3

4

5

ATP CTP GTP TTP

3'

5'

---