Linkage Problem 1

Calculate likelihood ratio and LOD score for the hypothesis that autosomal dominant disease is linked with locus A, whose alleles were typed in the family below. Assume  (theta)=0

Linkage Problem 2

Calculate likelihood ratio and LOD score for the hypothesis that autosomal dominant disease is linked with locus A, whose alleles were typed in the family below. Assume  (theta)=0,05, 0.1, 0,2. What can you conclude?

Linkage Problem 3

Calculate likelihood ratio and LOD score for the hypothesis that autosomal dominant disease is linked with locus A, whose alleles were typed in the families below. Assume  (theta)=0.

Assuming that in both families the same disease occurs calculate the total LOD score.

Linkage Zadanie 1 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0

LR 2 LOD 0,301030

Linkage Zadanie 2 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta) =0,05, 0.1, 0,2. Jakie wnioski na temat lokalizacji genu wywołującego chorobę można wyciągnąć z obliczeń?

LR 32,2687697779, 39,6718580736 27,4877906944

LOD 1,50878 1,59848 1,4391398

Linkage Zadanie 3 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0. Zakładając, że w powyższych rodowodach występuje ta sama choroba jaki jest łączny LOD score?

16:1, 1,204 LR 8 LOD 0.903089

Razem 128:1 2,107

11

23

13

11

12

13

34

12

23

23

33

13

23

13

11

12

13

11

23

13

11

12

13

34

12

13

23

13

11

12

13

12

2 3

2 3

3 3

1 2

---