• telomeraza (RNA nie jest starterem tylko matryca!!! I czy syntetyzuje od 5'-3' czy odwrotnie)

• Obróbka przedtranslacyjna u Eukariota

• Topoizomerazy : klasy, czy wymaga ATP (zmiana Lk, ile nici tna)

• Jaka mutacja żeby białko nie przeszło przez ER

• Naprawa DNA uszkodzonego światłem : kolejno uporządkować etapy

• Cechy wspólne ligazy bakteriofaga i ligazy u zwierząt

• cechy ligazy

• Autokatalityczny splicing i jego klasy

• Porównanie translacji u prokariota i eukariota

• Mechanizm działania PCR

• w metodzie dideoksy Sangera otrzymano następujące widmo. Wskaż, który dinukleotyd był nicią matrycowa

• Mamy oligonukleotyd, który ma tępe końce. Jakich odczynników musimy dodać aby powstał peptyd o końcach lepkich

• Kod genetyczny- jego cechy

• Mamy dinukleotyd d(AGCATA) jak go możemy znakowac

• Czym się różni polimeraza RNA od polimerazy DNA

• Która z odpowiedzi dotyczącej łańcuchowej polimeryzacji jest nieprawdziwa

• Kasia chciala zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC, GCA, GCG. Fragment DNA to

• Oczywiście było pytanie w którym było narysowane 6 zasad i trzeba było rozróżnić, które sa purynami, a które pirymidynami

• Było pytanie o retrowirusy, głównie o odwrotnej transkryptazie (skąd pochodzi).

• jak można wywoływać fragmenty DNA po elektroforezie

• jak można znakować DNA

• Była opisana krótka charakterystyka jakiegoś rodzaju DNA i trzeba było dojść do tego jaki to jest rodzaj i gdzie wystepuje.

• jakie są kolejne etapy w replikacji DNA

• Kolejne etapy przy wycinaniu dimerów pirymidynowych

• Czy uda nam się przeprowadzic PCR gdy denaturacja w zbyt niskiej temperaturze, hybrydyzacja w zbyt wysokiej?

• cos o splicingu chyba z pytania

• Czy cDNA powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA?

• Było pytanie o tRNA

• Było pytanie o czynniki elongacyjne

• Operon tryptofanowy, czy występuje odcinek liderowy

• Było pytanie o histony, czy są zasadowe czy kwaśne i dlaczego

• Telomeraza- działanie

• Jakie funkcje sa charakterystyczne dla tRNA

• W mRNA introny sa?

• Czy prymaza syntezuje krotki fragment DNA

• Pytanie o fragmenty DNA rozluźnione

• Pytanie o modyfikacje posttranskrypcyjne lub przedtranslacyjne

• Jak aktywność posiadaja odwrotna transkryptaza retrowirusy ?

• Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej

• Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram

• W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny co robi czastka DNA

• Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil….

1. Które z poniższych dotyczące reakcji łańcuchowej polimeryzacji jest niepoprawne?

1. Cykl PCR obejmuje 3 etapy: denaturacja w temp. 95 C…………… temp.zaleznej od dł.startera

2. Mieszanina reakcyjna zawiera parę starterow, trifosforany czterech

3. W reakcji PCR DNA powielany jest w postepie geometrycznym

4. służy do wykrywania rearanżacji chromosomalnych powodując

5. reakcja PCR może być wykorzystywana do wykrywania niewielkich

6. produkty PCR mogą być analizowane za pomocą metody Western blooting

2. Które z poniższych dotyczących operonu tryptofanowego sa poprawne?

1. transkrypt operonu tryptofanowego koduje 5 enzymow przekształcających choryzmian w tryptofan

2. transkrypcja operonu trp jest regulowana miedzy innymi przez ……..odcinka literowego

3. tryptofan pelni role korepresora, gdyz może bezpośrednio

4. liderowy mRNA koduje krotki „peptyd testowy”

5. w przypadku niedoboru trp

6. w przypadku mutacji w obrębie sekwencji Sine-Dolgarno….

3. które z poniższych dotyczących sygnałów rozpoczynających i kończących transkrypcje sa poprawne?

1. za prawidłowe rozpoznanie miejsca startu transkrypcji odpowiada podjednostka α polimerazy RNA

2. Typowe promotory E.coi zawiera w obrebie -10 tzw.kasete tata o sekwencji zgodnej TATAA

3. promotory genow szoku cieplnego roznia się w sposób zasadniczy od typowych promotorow rozpoznawanych przez innewarianty odpowiedniej podjednostki polimerazy RNA

4. sygnalem terminacji transkrypcji jest czesc RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUU

5. heksametryczne bialko rho jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy ……….niektorych genow E.coli

6. u E.coli wyspecjalizowane sygnaly terminacji transkrypcji zwane atenuatorami …..okreslonych genow do potrzeb pokarmowych komorki

4. które z poniższych stwierdzen dotyczących sekwencji sygnałowych sa poprawne?

1. wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie sa odcinane po przejsciu przez blone ER

2. cząst. rozpoznajaca sygnal (SRP) jest bialkiem składającym się z

3. uwolnienie SRP z rybosomy powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

4. SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to faldowaniu się bialka

5. cykl ATP-ADP…sekwencje sygnalowa z SRP i odlącza ją od

6. rozfaldowane łańcuchy polipeptydowe sa optymalnymi substratami do transportu przez blone

5. które dotyczące roli bialek ochronnych są poprawne?

1. wiążą się z rosnącymi łańcuchami polipeptydowymi

2. umożliwiają na zwykłe niedozwolone interakcje pomiedzy cząsteczkami

3. są powolnie działającymi ATPazami

4. przykładem jest grupa bialek szoku termicznego

5. kompleks ADP-chaoperon ma duże powinowactwo do bialek

6. żadne z powyższych

6. które dotyczące ekspresji genow u Eukaryota sa poprawne?

1. geny w obrębie upakowanej chromatyny sa aktywne

2. aktywatory i represory działają poprzez zmiane szybkości tworzenia się kompleksu transkrypcyjnego

3. zaktywowane związanym hormonem receptory wiążą się ze specyficznymi sekwencjami…….”… elementami odpowiedzi na hormon”

4. rejony chromosomów, w których aktywnie zachodzi transkrypcja nazywamy „pufami” …szczególnie zwarta strukturą DNA

5. większość genów eukaryota znajduje się pod kontrolą jednego aktywatora i jednego represora

6. w wielu białkach kontrolujących ekspresję genów, wiążących się specyficznie do….. „palca cynkowego”

7. Przykładami przedtranslacyjnej kontroli ekspresji genów u Eukaryota są:

1. alternatywny splicing pre-mRNA dzięki któremu powstają różne cząsteczki transkryptu

2. rozluźnienie struktury spakowanego DNA poprzez modyfikacje białek histonowych

3. glikozylacja i fosforylacja polipeptydów, aby mogły się stać funkcjonalnymi białkami

4. selektywna degradacja cząsteczek mRNA

5. regulacja tworzenia się kompleksu inicjującego translację

6. selektywne skladanie aktywnych kompleksów transkrypcyjnych na ….

8. które dotyczące transkrypcji genow u E.coli sa prawdziwe??

1. produktem może być policistronowy mRNA

2. faza elongacji podczas transkrypcji jest przeprowadzana przez rdzen polimerazy

3. polimeraza RNA wykazuje aktywność egzonukleazowa, która umozliwia jej korekcję błędów

4. rRNA(tzw.odwrotny RNA, ) jest syntetyzowany w kierunku odwrotnym do typowego 5'---3' stąd jego nazwa

5. Pre-mRNA podlega procesowi składania(slipingu) jeszcze zanim zajdzie translacja

6. ekspresja genow jest kontrolowana głównie na poziomie transkrypcji

9. (brak pytania)

1. ponieważ transkrypcja zachodzi w jadrze komórkowym a translacja w cytoplazmie konieczny jest transport transkryptow z jadra do cytozolu

2. ponieważ wszystkie pierwotne transkrypty zawieraja introny konieczny jest splicing

3. pierwotne transkrypty tRNA podlegaja intensywnej obróbce potranskrypcyjnej, po……. transestryfikacji zbliżone mechanizmem do splicingu pre-mRNA

4. struktura określana mianem „kap” tworzona jest na końcu 5' większości mRNA oraz...

5. większość genow kodujących mRNA jest rozcinana przez endonukleazę rozpoznająca …..od konca 3' przez polimerazę poli(a)

6. cząsteczki pre-mRNA kodujące część białek podlegają procesowi redagowania co, ….. transkryptu nie jest w pełni zgodna z sekwencja odpowiedniego eksonu w genie kodującym…..(ale nie jestem pewna????)

10. Translacja mRNA u Procariota:

a) 1 kodon AUG od konca 5' transkryptu hydrolizującego ATP

b) równanie reakcji:

c) czasteczka elongacyjna Ts wiaze GTP,podlega hydrolizacji EF-Ts do GDP

d) czasteczka elongacyjna Tu oddzialuje ze wszystkimi czasteczkami aminiacetyl-tRNA oprocz fMet-RNAf

e) peptydylo-tRNA może zajmowac miejsce P lub A zalezne od tego, w którym cyklu komorkowym się znajduje

f) fMet-tRNA zajmuje miejsce P(jako jedyne)

11. Które z poniższych sekwencji mogą występować w Z DNA

1. GAGAGAGAGA

2. CGTACGTACG

3. TAGAGGTAGA

4. GAATTTAAAG

5. GCGCGCGCGC

6. TTGGAATTAA

12.Mamy jednoniciowe z 200 nukleotydami o składzie [%], bufor z Mg, polimerazę DNA, [γ-32P]dATP i pozostałe dNTP. Dysponujemy komplementarnym starterem do 20 reszty matrycy od konca 3. Jaka ilość w nowo zsyntetyzowanej nici DNA będzie mieć znakowany fosfor ?

Odp. 20/200= 1%

13. mamy hybryd 19 ° , prawoskretna, waski i gleboki rowek to: Odp. hybryd DNA-RNA, ssRNA, A-DNA

14. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu WC

a) dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi

b) tworzy pary A-C i G-T

c) helisa ma pelny obrot o 34 st. Bo kazda para obraca się o 36 st. Względem sąsiedniej pary zasady i oddaloneo 3,4 A

d) puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy na zewnatrz

e) sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest rowne, tak jak ilość G i C

f) można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici

15. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)

a) może być pakowany w fag

b) może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy

c) musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie

d) może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu

e) mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym

16. Topoizimeraza

a) zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow

b) przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych

c) wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy zrelaksowane

d) tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA

e) mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego DNA z formy rozluźnionej

17. Miejsca promotorowe E.coli

a) mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji

b) dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje

c) okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA

d) maja identyczne i określone sekwencje

e) sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja powoduje utrate aktywności)

f) te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane przez 17 par zasad sa bardzo wydajne

18. Bombel transkrypcyjny

a) czesc polimeryzacje enzymu

b) podjednostka σ (utrata tej podjednostki, bo wtedy rdzen silniej się wiaze do matrycy DNA)

c) w przybliżeniu 17 nukleozydow nici kodującej DNA w formie pojedynczej

d) w przybliżeniu 12 nukleozydow konce 5 lini wydłużającej się RNA

e) w przybliżeniu 12 bp helisy DNA-RNA

19.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.

Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie

(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb

B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI

C) izolacja ludzkiego genomowego DNA

D) izolacja genomowego DNA z E.coli

E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A

F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania

odpowiedniej ilości klonow

G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda

H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu

A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda

I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej

sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu

hybrydyzowanego z sond

4

---