1. DEGRADACJA EUKARIOTYCZNYCH RNA:

1. powoduje, że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10-20 minut. - ssacze mRNA mogą kilka godzin

2. może przebiegać, w procesie, w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA, skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha Poli(A), co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego. - na odwrót, najpierw łańcuch, potem czapeczka

3. może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA, który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

4. może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntezowanego przez polimerazę RNA II. - chodzi o miRNA

5. w prawidłowej, niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21-28 nukleotydów. - na tej podstawie wyciszane są wirusowe RNA

6. może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu - np. dzięki granicom egzon-intron

2. Jednym z typowych promotorów E.Coli poddano, wraz z kontrolowanym przez ten promotor genem gruntownym badaniom, korzystając z odpowiednich metod biologii molekularnej. Poniżej przedstawione są wybrane wnioski jakie sformułowano po ich przeprowadzeniu. Wybrać te które są zgodne z aktualnym stanem wiedzy.

1. rdzeń polimerazy RNA rozpoznaje sekwencję promotora i łączy się z nim - podjednostka sigma

2. zmiana sekwencji bloku/kasety -35 promotora ma bezpośredni wpływ na przekształcenie zamkniętego kompleksu promotorowego w kompleks otwarty. - 10, a nie -35

3. w zamkniętym kompleksie promotorowym polimeraza pokrywa ok. 80pz, rozpoczynając powyżej bloku -35 i kończąc poniżej bloku -10

4. wzbogacenie sekwencji -10 w pary G-C wpływa na proces rozpoznania promotora przez podjednostkę polimerazy RNA za to odpowiedzialną -35 jest rozpoznawany, -10 nie ma znaczenia w rozpoznawaniu promotora przez polimerazę

5. w trakcie eksperymentów prowadzonych in vitro nie zaobserwowano powstawania krótszych , niż spodziewany, transkryptów. (prawda, jeśli dotyczy to białka Rho).

6. Rozpoczęciu elongacji towarzyszy zmiana konformacyjna holoenzymu polimerazy RNA, skutkiem czego pokrywa ona mniejszy odcinek DNA (30-40bp). - to rdzeń zmienia konformacje, a nie holoenzym; Początkowo rdzeń polimerazy pokrywa 60bp, jednak szybko po rozpoczęciu elongacji następuje kolejna zmiana konformacyjna polimerazy, wyniku której pokrywa ona mniejszy odcinek DNA (30-40bp)

3. Bardzo często polipeptyd uwalniany z rybosomu jest nieaktywny i zanim będzie mógł spełniać swoją funkcję w komórce, musi być poddany obróbce postranslacyjnej. Z podanych poniżej wybrać te, które są PRAWDZIWE w odniesieniu do obróbki potranslacyjnej.

1. nie jest możliwe, aby niewłaściwie sfałdowane białko przyjęło właściwą dla siebie konformację. - może nastąpić częściowe lub całkowite rozfałdowanie, dzięki czemu białko ma drugą szansę przyjęcia prawidłowej konformacji (jest możliwe!: str. 408)

2. gdyby w komórce proces fałdowania polipeptydu przebiegał, gdy dostępna jest tylko jego część, to mogłoby zmniejszyć prawdopodobieństwo występowania nieprawidłowych odgałęzień ścieżki fałdowania.- zwiększyć (str.409)

3. inteina, to wewnętrzny fragment białka usuwany po translacji z jednoczesnym połączeniem fragmentów go otaczających (eksteiny)

4. niektóre z intein posiadają aktywność endonukleazy, która może specyficznie przeciąć gen nie zawierający inteiny, co jest wymagane do ukierunkowanego przemieszczania się sekwencji intronu inteiny (str. 414: chodzi o wbudowanie genu kodującego inteinę, a jeśli coś jest kodowane przez ten gen to nie jest to intron tylko egzon)

5. niektóre białka syntezowane są jako poliproteiny, długie polipeptydy zawierające kilka białek połączonych ze sobą jedno za drugim, sposobem głowa-ogon; zdarza się, że sekwencje kodujące poszczególne produkty (białka) zachodzą na siebie.

6. białka opiekuńcze decydują o trzeciorzędowej strukturze białek. - pomagają im odnaleźć prawidłową strukturę (str. 409)

4. Które z poniższych cech są prawdziwe w odniesieniu do heterochromatyny konstytutywnej:

1. można ją obserwować czasami w pewnych komórkach - konstytutywna - zawsze zwarta

2. w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

3. zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego

4. jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci - tylko Y

5. zawiera ona DNA, który ma zwartą strukturę

6. w rejonach w których występuje heterochromatyna konstytutywna można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego.- euchromatyna je ma, heterochromatyna nie

5. Izolatory to:

1. sekwencje o długości 1-2 kb wyznaczające granice domen, tzw. domen funkcjonalnych, charakteryzujących się zwartą strukturą - rozluźniona struktura, bo ulegają ekspresji

2. sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego, przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen. (efekt pozycyjny to zmienność poziomu ekspresji genów, która PRZEJAWIA się zmiennością lokalizacji genu, a w odpowiedzi jest, czym się przejawia efekt pozycyjny, a nie co to jest [za SJP: przejawić się — przejawiać się «wyjść na jaw»]; Izolatory (...) mają zdolność znoszenia EFEKTU POZYCYJNEGO występującego w czasie klonowania genów (...) Terminem tym określa się zmienność ekspresji genu (...) zmienność ta wynika z tego, że proces insercji jest losowy).

3. sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami. (rysunek str. 277)

4. sekwencje, które najprawdopodobniej do spełniania swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie izolatory zarówno (...) jak sieć włókien zbudowanych z RNA i białek (...) całe jadro (?) - wymagają białek łączących się z DNA, ale oddziałują również z matrix mitochondrialną, a nie z całym jądrem. Matrix zawiera sieć włókien zbudowanych z białek i RNA, która przenika całe jądro" (str. 273) a izolatory wymagają białek oddziałujących zarówno z DNA, jak i matrix (str. 277)

5. sekwencje które w swoich normalnych położeniach izolują poszczególne geny danej domeny funkcjonalnej - izolują domeny, a nie tylko poszczególne geny

6. sekwencja występująca wyłącznie w genomie Drosophilia melanogaster

6. Które z poniższych twierdzeń dotyczących telomerazy ssaków jest PRAWDZIWE?

1. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA

2. Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek np. w komórkach homopoetyczych szpiku kostnego

3. Telomeraza syntezuje tylko jeden z łańcuchów polinukleotydowych telomeru, korzystając z matrycy bogatej w reszty G - matryca bogata w C, telomer bogaty w G

4. Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, promujące tworzenie struktury telomerów typu pętli t - powoduje to białko TRF2

5. Terapia powodująca inaktywację telomerazy powinna być stosowana w walce z rakiem tylko wtedy, gdy aktywacja telomerazy jest przyczyną powstawania raka, a nie skutkiem - bez względu czy jest przyczyną czy skutkiem

6. Żadna z powyższych odpowiedzi nie jest prawdziwa

7. Które z podanych poniżej twierdzeń są PRAWDZIWE dla zjawiska replikacji DNA w komórkach eukariotycznych

1. Polimeraza DNA kopiująca nić opóźnioną tworzy kompleksy dimeryczne. - takie same polimerazy DNA kopiują obie nici, dimeryczna jest polimeraza kopiująca mitochondrialne DNA

2. Zakończenie syntezy fragmentu Okazaki wymaga usunięcia sekwencji startera przez odpowiednią polimerazę posiadającą aktywność egzonukleazy. - u Eukariota nie ma polimerazy posiadającej aktywność egzonukleazową 5'3', robi to endonukleaza FEN1
   

3. Koniec 5' startera używanego przez polimerazę DNA zawiera resztę 5' fosforanową, która blokuje aktywność enzymatyczną nukleazy oznaczanej skrótem FEN1. (Blokuje grupa 5'-trifosforanowa, 5'-monofosforanowa nie blokuje: str. 486-487; koniec 5' zawiera resztę 5'-trifosforanową, która blokuje aktywność enzymu)

4. Enzymy i pozostałe białka, biorące udział w replikacji, tworzą duże struktury wewnątrzjądrowe, tzw. fabryki replikacyjne, z których każda zawiera odpowiednik bakteryjnego replisomu. - u Eukariota nie stwierdzono odpowiednika replisomu (str. 488)

5. Chromatydy siostrzane są związane razem aż do stadium anafazy dzięki kohezynom, które dołączane są do nowych nici DNA natychmiast po przejściu przez widełki replikacyjne. (Kohezyny utrzymują razem chromatydy siostrzane aż do stadium anafazy. Wtedy zostają pocięte przez odpowiednie enzymy proteolityczne, co umożliwia chromosomom siostrzanym rozejście się i podział kom.” (str. 491) )

6. Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

8. Problem topologiczy dotyczy którego z następujących zagadnień?

1. Zablokowanie miejsc replikacji DNA przez nukleosomy

2. Trudności związane z syntezą DNA na nici opóźnionej

3. Rozwijanie dsDNA i rotacja cząsteczki DNA

4. Synchronizacja replikacji DNA z podziałem komórkowym

5. Aranżacja DNA zapobiegająca rozdziałowi łańcuchów ds. DNA opisuje grupa plektonemiczna

6. Aranżacja DNA zapobiegająca rozdziałowi łańcuchów DNA opisuje grupa toponimiczna

9. Standardowy mechanizm syntezy białka polega na przesuwaniu się rybosomu względem mRNA dokładnie kodon za kodonem. Są znane jednak nietypowe zjawiska zachodzące podczas elongacji. Poniżej podane zostały informacje na ich temat - zaznaczyć prawdziwe.

1. w przypadku kilku mRNA obserwuję się zaprogramowaną zmianę fazy odczytu, zmieniającą fazę odczytu w specyficznym miejscu transkryptu.

2. zaprogramowana zamian fazy odczytu występuje wyłącznie w bakteriach. - występuje u wszystkich organizmów

3. zmiana fazy odczytu polega na tym, iż w czasie translacji mRNA rybosom zatrzymuje się, przesuwa o jeden kodon do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację. - przesuwa się o 1 nukleotyd

4. poślizg rybosomu umożliwia jednemu rybosomowi translację wybranych fragmentów mRNA policistronowego, np. mRNA operonu laktozowego.

5. pominięcie translacyjne zaczyna się i kończy zawsze na dwóch identycznych kodonach. - mogą być różne kodony, ale oba muszą być rozpoznawane przez ten sam tRNA na zasadzie tolerancji

6. wskutek pominięcia translacyjnego z jednego mRNA mogą być syntezowane dwa różna białka.

10. Które z podanych poniżej informacji są PRAWDZIWE w odniesieniu do domeny C-końcowej (CTD) największej podjednostki polimerazy RNA II?

1. Jej fosforylacja warunkuje przyłączenie się polimerazy do kompleksu preinicjacyjnego - potrzebna jest do aktywacji, a nie do przyłączenia

2. Kompleks białkowy zwany mediatorem bezpośrednio aktywuje inicjację transkrypcji przez fosforylację CTD - mediator pośredniczy, nie jest to więc bezpośredni; aktywuje elongację i pośrednio za pomocą TFIIH).

3. CTD jest zaangażowane w oddziaływaniu z czynnikami białkowymi biorącymi udział w procesach molekularnych towarzyszących terminacji transkrypcji

4. Status jej fosforylacji jest stały podczas trwania procesu transkrypcji - status fosforylacji CTD nie jest stały w czasie trwania transkrypcji (str. 354)

5. U ssaków CTD zawiera 52 powtórzenia siedmioaminokwasowej sekwencji Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. Dwie z reszt Pro w każdym powtórzeniu mogą być modyfikowane przez dodanie grup fosforanowych - dwie z reszt SERYNY, a nie proliny; str. 314)

6. Wieloskładnikowy kompleks białkowy, tzw. czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji (CPSF), pozyskiwany do kompleksu polimerazy jest już na etapie inicjacji transkrypcji i wchodzi w kontakt z CTD. CPSF pozostaje związany z CTD do czasu pojawienia się sekwencji poliA w transkrypcie.

11. Zakończenie transkrypcji bakteryjnej:

1. Mniej więcej w połowie przypadków następuje w obrębie sekwencji nici matrycowej DNA, która zawiera sekwencję odwróconego palindromu.

2. Poprzedzone jest nieciągłym procesem transkrypcji - tak, jeśli chodzi o pauzę wywołaną zsyntezowaniem spinki do włosów

3. Może być zależne od białka Rho, które posiada aktywność helikazy, dzięki czemu może ono aktywnie „rozbijać” pary zasad; w tym przypadku pomiędzy matrycą, a ciągiem reszt U struktury spinki do włosów transkryptu - między matrycą a transkryptem bez poliU, gdy jest poliU nie potrzebne jest Rho

4. Może być kontrolowane przez tzw. białko antyterminacyjne, którego obecność zapobiega, na przykład, zatrzymaniu się polimerazy przy terminatorze zależnym od białka Rho.

5. Może być skutkiem specjalnego rodzaju kontroli, zależnego od sprzężonych ze sobą procesów syntezy transkryptu i białka - bakteriofag lambda - syntezowane białka są antyterminatorami, dzięki czemu bakteriofag może przejść w kolejną fazę

6. Żadne z powyższych stwierdzeń nie jest prawdziwe

12. ……………………….

1. ……

2. ……

3. Pierwszy nukleotyd kodonu tworzy parę z 36 nukleotydem tRNA (…) - 1 kodon łączy się z 36 nukleotydem tRNA, a nie antykodonu).

4. Zasada tolerancji to zjawisko polegające na tym, że dany rodzaj tRNA może połączyć się więcej niż jednym kodonem; redukuje to liczbę niezbędnych w komórce tRNA umożliwiają jednej cząsteczce tRNA odczytywanie dwóch, trzech a nawet czterech nukleotydów - 4 kodonów!

5. Inozyna, będąca zmodyfikowaną pirymidyną może tworzyć pary z A,C, U - puryna!

6. U Eucaryota, w porównaniu z bakteriami, występują różnice w zastosowaniu zasad tolerancji - 3'-XXU-5' nie występuje u Eukariontów, bo mogłaby być odczytywana jako Met, zamiast Ile

---