PYTANIA BIOLOGIA MOLEKULARNA 28.012008

1. Cechy charakterystyczne mRNA eukariota

1. [x] Zazwyczaj powstają z pre-mRNA

2. [x] Posiadają na końcu 3' ogon poliA , nie kodowany przez matryce

3. [?] Posiadają na końcu 5' rejon bogaty w ppG- tutaj chodziło chyba o kap ale w kapie nie ma dużo ppG tylko jest jeden ppG (kap0) a potem są już metylowane reszty rybozy i powstają kapy następne, więc to chyba jest źle

4. [?] Posiadają na końcu 5' rejon bogaty w ppG lub pppG

5. [-] Translacja jest sprzężona z transkrypcja i zachodzi w tym samym czasie

2. Odwrotna transkryptaza

a) [-] polimeraza DNA zalezna od DNA

b) [x] polimeraza DNA zalezna od RNA

c) [-] replikaza RNA-polimeraza RNA zalezna od RNA

d) wirusowa czy komórki gospodarza - wirusowa(to jest enzym wprowadzany do komórki gospodarza przez wirus razem z jego materiałem genetycznym)

e)[x] powstaje hybryda DNA - RNA

f) odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

g) [-] 2-niciowy RNA wbudowuje się do genomu

h) [?] organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm,

3. Sekwencja transkryptu ; 5' AAUUGUAA 3'(NIEDOKOŃCA TA SAMA ALE NIE O TO CHODZI)

2 ODP DOBRE;

RNA 5' AAUUGUAA 3'

DNA_{MATRYCOWA (ANTYSENSOWNA)} 3' TTAACAT T 5' - 5'TTACAATT 3'

DNA_{KODUJACA (SENSOWNA)} 5' AATTGTAA 3'

4. SPLAJSING

1. gr 1 jest u Procaryota gr 2 u Eucaryota - u prokariota nie ma splicingu bo nie ma intronów!!! U niektórych prokariota występują introny. Nie zaznaczyłem tej odpowiedzi, bo taki podział chyba nie występuje.

2. w splicingu gr 1 następuje atak guaniny lub guanozyny ma na 2' OH? Na miejsce splicingowe 5' powinno być (tak, że powstaje wolna gr.3'0h egzonu pierwszego)

3. [x] w splicosomie u wszystkich Eucaryotów uczestniczą katalityczne cząsteczki snRna - to było poprawne

4. [-] splajsing autokatalityczny grupy 1 wymaga guanozyny lub guanylanu i wiąże się do miejsca splajsingowego 3'

5. Histony -modyfikacje potranslacyjne na końcu N'

a) [x] ulegają acetylacji , fosforylacji , fosforylacji , ubikwitynacji

b) [?] wystawienie ogonów na działanie acetylaz

c)[?] coś tam było z acylacją reszt Lys w ogonach hisonowych- to jest chyba zla odpowiedz, bo było napisane, że tylko Lys a to Lys i Arg ma być

d) kod histonowy - było coś o tym, że kod histonowy jest informacją czy zbiorem informacji o modyfikacjach czy coś takiego. W każdym razie dobra odpowiedz) no właśnie pewien nie jestem. Tak to było sformułowane, że nie zaznaczyłem. Trzeba doczytać co to jest ten kod hstonowy:)

e) [?] czy łańcuch te są dodatnio naładowane przez Arg i Lys- w starych notatkach znalazłam, ze też arginina tam jest a nie tylko lys

f) [x] w euchromatynie acetylacja N-końców (euchromatyna - rozluźniona forma chromatyny)

g) [-] w heterochromatynie acetylacja N-końców

h) [?] tylko Lys ulega acetylacji

i) [?] regulacje dotyczące histonów noszą nazwę kodu histonowego

6) Operon laktozowy

a) [-] Y koduje β-galaktozydaze ,- ma być Z

b) [?] tworzy wiązanie 1,6 βglikozydowe w allolaktozie ,sam operon nic nie tworzy

c) [-] katalizuje tworzenie glukozy i czegoś tam jeszcze - nieprawda bo glukozy i galaktozy

d) [-] katalizuje syntezę laktozy z glukozy i galaktozy - nieprawda

e) [?] coś tam że jak się łączy z kompleksem CAP-cAMP w miejscu operatorowym (to jest źle bo ten kompleks łączy się z miejscem tzw. CAP-site a nie z operatorem)

f) IPTG jest induktorem metabolizowanym przez B-galaktozydazę jest induktorem niemetabolizowanym i chyba tak to było sformułowane

g) [x] tworzy się jeszcze permeaza i transacetylaza

h) przyłącza się cAMP enigmatyczne sformułowanie :) jakoś tam pośrednio się łączy

7) Enzymy restrykcyjne ;Pocięto jakiś liniowy odcinek DNA enzymem EcoRV , obraz po elektroforezie uwidoczniono na żelu , Co możesz powiedzieć na podstawie rysunku poniżej , żel wybarwiono bromkiem etydyny , zwróć uwagę na słabo rozdzielone elementy o długościach 433 i 415 pz

1. W żelu znajduje się bromek etydyny

2. [x] Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych mc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym - tak, bo to był liniowy DNA i powstalo 6 kawałków czyli 5 miejsc restrykcyjnych

3. [-] Długość cząsteczki DNA wynosi 2220

4. [x] Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 210pz

5. [-] Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 2220pz

6. [-] Żadna z powyższych nie jest prawdziwa

7. Metoda ta może być stosowania do produktów ekspresji metody Sangera- nie, bo w metodzie dideoksy sangera nie stosuje się elektroforezy tylko robi się autoradiogram a elektroforeze stosuje się do metody Southern elektroforezę też można stosować z Sangerem. Jest to opisane w Sztrejerze. Ale nie pamiętam, czy zaznaczyłem, czy nie. Coś mi nie grało.

8) Co jest wymagane do przeprowadzenie reakcji Sangera ale chodziło o to że jest obecny zawsze w jednym z odczynników?

a) 2',5'-di detoksy analog jednego z 4 dNTP-źleeeee 2,3-dideoksy analog dNTP -to by było ok

b) [x] polimeraza DNA

c) άP32-ATP (bo dodajemy ddNTP do środka łańcuch DNA a nie na początek więc nie może być gamma)czy γP32-ATP

d) [x] matryca

e) [x] jeden z 4 dNTP

9) Chcesz syntezować nić DNA co jest do tego NIEZBEDNE??????

a) [x] POLIMERAZA DNA

b) AKTYWNOSĆ EGZONUKLEAZOWA 3---5'- to nie jest niezbędne. Powstanie co prawda nic z błedami ale nie jest to konieczne

c) MAGNEZ- ja to zaznaczyłam (sądzę, że to wynik braku precyzji tego, kto układał pytania a poza tym założyłam, że skoro cała reakcja przebiega albo w roztworze albo w środowisku fizjologicznym - In vivo- więc ten magnez i tak będzie w postaci jonów) no właśnie. Ja nie zaznaczyłem (ale też uważam, że nie jest to precyzyjne). Musi być obecny jon dwuwartościowego metalu, najlepiej Mg albo Mn, czyli można magnez czymś zastąpić, czyli nie jest niezbędny... ale jak ma być...

d) MATRYCA komplementarna do startera—JAKAS BZDURKA jeśli się zastanowić... skoro starter jest komplementarny do matrycy, to matryca też jest komplementarna do startera... :) jednak ja nie zaznaczyłem

e) [x] matryca 1 lub 2 niciowa- to jest dobrze, gdzieś tak było w Stryerze

f) [x] wszystkie 4 dNTP

g) [-] wszystkie 4 NTP

h) [x] starter z 3'-OH

10) Pytania dotyczące podjednostek polimeraz RNA(prokariota)- Eucaryota tu było :P (transkrypcja u Eucaryota)

a) przyłącza się do sekwencji TATA która u Procaryota jest bliżej niż u eukariota początku transkrypcji( tu było tak ze TATA znajduje sie blizej poczatku transkrypcji niz homologiczna sekw.u Prokariota i to była nieprawda)

b) [x] związanie TBP do kasety TATA zapoczątkowuje transkrypcję

c) [x] SEKWENCJE WZMACNIAJĄCE - działają w układzie cis wiążąc się z czynnikami transkrypcji działającymi w trans

d) [-] kaseta CG i CAAT leżą tylko na nici antysensownej

11) represor λ nie mam starego Sztrejera, więc nie chcę namotać

a) gdzie się łączy białko cro i co robi- łączy się z OR3 i hamuje represor lambda

b) kiedy faza lityczna kiedy lizogenna

c) w swoim cyklu lizogennym ma taki okres ze powstaje hybryd DNA-RNA
d) faza lizogenna jest utrzymywana dzięki działaniu represora lambda

e) w fazie lizogennej u bakterii nazywa się profagiem

f) przyłącza się do ssDNA - rec A włącza lizę komórki

g) koduje represor lambda i cro

h) cro przyłącza się do OR 1 i hamuje represor lambda

i) koduje represor lambda tylko w fazie lizogennej

12 ) Zadanie ; Z jądra komórkowego wątroby i mózgu pobrano DNA , …………………… j.w. - nie chcę namotać, a tu ważne było dokładnie przeczytać pytania i wiedzieć jak się przeprowadza ten eksperyment

Wynik eksperymentu ;

a) pytanie dotyczyły ekspresji genów cDNA z komórek wątrobowych czy było ekspresjonowane w takim sam sposób , w komórkach mózgu , wątroby

Ja bym to tak narysowała:

W doświadczeniu pobrano DNA z wątroby i mózgu myszy. Do cDNA dodano dUTP znakowany radioaktywnie oraz coś tam z albuminy A aT bT, specyficzne białko pV i mRNA.

b) jak przebiegała ekspresja w wątrobie a jak w mózgu.

c) mRNA z wątroby ulega wydajnej translacji w komórkach wątroby(to
był ten rysunek po lewej stronie) bo tam były te kółka zaczernione. i momi,
że bylo tam napisane że to jest cDNA ale ja dalam mRNA, bo cDNA powstaje z
mRNA a nie odwrotnie.

13 ) Footpriting, przeprowadzony został rozdział na kolumnie jonowymiennej - zdjęcie żelu , 20 -dołkowy , 4 pierwsze dołki - markery , standardy , kontrola , w której brak było poszukiwanego białka . tutaj trochę strzelałem, bo na wykładzie miałem chwilkę zawiechy i nie zanotowałem, co Guru mówił

a) 9-12 zawiera białko (receptor )—źle???? Jak dla mnie to na pewno dobrze!

b) 18 na pewno ma białko represorowe

c) O to analizowany związek

d) NF to analizowany związek po przejściu przez kolumnę jonowymienną

14) Pytanie dotyczące usuwanie deaminowanej Cytozny do uracylu w DNA

a) enzymy usuwające tą mutacje - proces naprawy -glikozydaza uracylowa, potem endonukleaza AP, polimeraza DNA i ligaza na końcu

b) [x] czy da to mutację CG - AT w niciach potomnych chyba tak. Deaminacja cytozyny prowadzi do powstania uracylu, a ten łączy się z adeniną, czyli ostatecznie powstanie para A=T

c)[?] coś z tyminą , że jest obecna w RNA, mimo że koszt energetyczny syntezy jest wiekszy niż w uracylu , występującym w RNA

d)[-] mutacje w DNA są widoczne we wszystkich następnych pokoleniach

e)[-] jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję (nieprawda bo mRNA nie ma tak dużego naczenia na ekspresję)

f) [?] jest to spontaniczna modyfikacja prowadzi do powstania nowych kodonów chyba tak

16) Pytanie o kod genetyczny

a)[-] jest zdegenerowany bo w różnych organizmach różne kodony kodują inny aminokwas - to było źle(tzn jest zdegenerowany ale z innego powodu)

b) ogólnie cechy kodu genetycznego

c)[x] jest uniwersalny jego uniwersalnosc jest prawie absolutna''-dobra odp w stryerze jest

d)[-] ma 64 kodony kodujące 20 aminokwasów- chyba 61 i 3 kodony stop

e)[x] nie ma znaków przecinkowych

f) 3 kodony kodujące 1 aminokwas to synonimy tak, ale potem była dalsza część pytania: „np. CAC i CGC to synonimy metioniny”. Metionina jest kodowana tylko przez jeden kodon, więc to chyba niepoprawna odpowiedź

17) Holoenzym polimerazy RNA

a)[?] bierze udział w inicjacji elongacji i terminacji - tutaj już nie jestem pewna.zaznaczyłam ze tak ale teraz mi się wydaje, że to jest zła odpowiedź, bo przeciez holoenzym to wszystkie podjednostki a podjednostka sigma oddysocjowuje na początku już wiec chyba nie bierze udzialu w terminacji…)

b)[-] łączy się z miejscem promotorowym dopiero po oddysocjowaniu jednej z podjednostek- nie bo sigma oddysocjowuje już jak zachodzi polimeryzacja)

c)[-] ma po 1 podj. Alfa beta gamma i delta (ma 2alfa, 1beta, 1 beta', 1sigma)

d) [x] wiąże się specyficznie z matrycą

18) Redagowanie RNA

a) [x] dodatkowa zmiennosc genetyczna

b) [x] zachodzi już po transkrypcji

c) zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A) (inny przykład to deaminaza przy Apolipoproteinie B 100 i 48) z tego co pamiętam pytanie brzmiało: „zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A)”. Zachodzi przy udziale enzymów, ALE redagowanie polega na zmianie sekwencji zasad, a polimeraza poli(A) dodaje tylko ogonek. W dodatku w S. kolejność jest taka: kap-ogon-redagowanie. Jednym słowem, to chyba nie jest prawda (ja nie zaznaczyłem), bo podany w przykładzie enzym nie bierze udziału w redagowaniu.

d) [-] zachodzi autokatalitycznie- raczej nie

e) [?] zwiększa różnorodność genomu

19) Represory transkrypcji u Eucaryota

a) [x] przyłączają się do rejonów cis a same są trans

b) [x] mają budowę modułową

c) mają 2 rejony wiążące

d) np. deacylacja N-końców histonów co deacetylacja? Odpowiadają za deacetylację? Nie, za deacetylację odpowiadają inne białka, które są „ściągane” przez czynniki transkrypcyjne (w tym wypadku represory). Ja nie zaznaczyłem

20)TOPOIZOMERAZY

a)[-] top. 1 rozcina 2 nici top. 2 jedną - źle na odwrót

b)[?] zmieniają liczbę opleceń -

c)[-] wymagają ATP - nie tylko Giraza wymaga

d) [x] przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

e) [x] 5'-P łaczy się z OH Tyr

f)[-] 5' P laczy się z ε Lys

21) Immunoprecypitacją (doświadczenie)

a) [x] dotyczy to euchromatyny (czyli tej rozwiniętej chromatyny), tzn ze te przeciwciała związą się z euchromatyną (bo tam jest fragment rozpleciony czyli grupy acetylowe są na wierzchu)

b)[-] przeciwciało łączy się do Lys na N' końcu nie wiem, czy to tak jest do końca

c) [x] ukazane rejony są aktywne transkrypcyjnie

d) [?] mają więcej etylowanych reszt

---